More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1538 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1538  isocitrate dehydrogenase  100 
 
 		 335 aa  682    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1393  isocitrate dehydrogenase  97.31 
 
 		 335 aa  662    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.150123  normal  0.145781 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3318  isocitrate dehydrogenase  92.54 
 
 		 335 aa  639    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2992  isocitrate dehydrogenase  97.31 
 
 		 335 aa  662    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0272592  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1286  isocitrate dehydrogenase  98.21 
 
 		 336 aa  669    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000741785  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2980  isocitrate dehydrogenase  92.84 
 
 		 336 aa  637    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2561  isocitrate dehydrogenase  95.52 
 
 		 336 aa  652    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1354  isocitrate dehydrogenase  97.31 
 
 		 335 aa  662    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.308033  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2720  isocitrate dehydrogenase  98.21 
 
 		 336 aa  669    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273137  normal  0.0347586 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2791  isocitrate dehydrogenase  98.21 
 
 		 336 aa  669    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000299358  normal  0.0670544 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2779  isocitrate dehydrogenase  94.03 
 
 		 336 aa  646    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3466  isocitrate dehydrogenase  92.84 
 
 		 335 aa  640    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.954346  hitchhiker  0.000126516 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2760  isocitrate dehydrogenase  94.03 
 
 		 335 aa  646    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000146661  normal  0.225413 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1368  isocitrate dehydrogenase  97.31 
 
 		 335 aa  662    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0157662  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2890  isocitrate dehydrogenase  98.21 
 
 		 336 aa  669    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000476084  hitchhiker  0.00000772445 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2423  isocitrate dehydrogenase  94.63 
 
 		 336 aa  631  1e-180  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000245229  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3540  isocitrate dehydrogenase  81.19 
 
 		 335 aa  563  1.0000000000000001e-159  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3197  isocitrate dehydrogenase  79.4 
 
 		 335 aa  551  1e-156  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03050  isocitrate dehydrogenase  78.51 
 
 		 335 aa  544  1e-154  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0609305  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0664  isocitrate dehydrogenase  65.67 
 
 		 335 aa  442  1e-123  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.430122 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02485  isocitrate dehydrogenase  62.46 
 
 		 335 aa  428  1e-119  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.413989  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2166  isocitrate dehydrogenase  61.56 
 
 		 335 aa  426  1e-118  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2077  isocitrate dehydrogenase  61.56 
 
 		 335 aa  426  1e-118  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0828  isocitrate dehydrogenase  62.65 
 
 		 334 aa  422  1e-117  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.47191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1434  isocitrate dehydrogenase  61.68 
 
 		 338 aa  402  1e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.13761  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3071  isocitrate dehydrogenase, NAD-dependent, putative  55.69 
 
 		 340 aa  385  1e-106  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0525  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  54.55 
 
 		 335 aa  379  1e-104  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000187732  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2154  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  53.31 
 
 		 333 aa  372  1e-102  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1038  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  55.18 
 
 		 336 aa  371  1e-102  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1102  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  52.54 
 
 		 334 aa  366  1e-100  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4042  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  53.35 
 
 		 348 aa  365  1e-100  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0993  isocitrate dehydrogenase (NADP)  51.94 
 
 		 336 aa  359  3e-98  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000014677  normal  0.0984652 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0287  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  53.17 
 
 		 348 aa  359  3e-98  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.48991 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0788  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  48.02 
 
 		 361 aa  347  2e-94  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0404  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  50.3 
 
 		 334 aa  344  1e-93  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.638011 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1297  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  51.2 
 
 		 336 aa  344  1e-93  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1706  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  50.95 
 
 		 331 aa  343  2.9999999999999997e-93  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08060  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.55 
 
 		 331 aa  332  4e-90  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000201667  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0214  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  51.47 
 
 		 342 aa  329  3e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.6389  normal  0.0659244 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4250  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  53.89 
 
 		 343 aa  327  2.0000000000000001e-88  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0777  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  52.25 
 
 		 345 aa  325  7e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02380  isocitrate dehydrogenase (NADP)  48.33 
 
 		 364 aa  323  3e-87  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.713853  normal  0.672997 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4079  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  52.69 
 
 		 343 aa  323  4e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2334  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  46.93 
 
 		 361 aa  314  9.999999999999999e-85  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01003  hypothetical protein similar to isocitrate dehydrogenase (Broad)  45.54 
 
 		 385 aa  310  2.9999999999999997e-83  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.97635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1101  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  50 
 
 		 344 aa  307  2.0000000000000002e-82  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2411  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  50.15 
 
 		 345 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2380  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  50.3 
 
 		 344 aa  306  3e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA04610  isocitrate dehydrogenase, putative  46.71 
 
 		 379 aa  304  1.0000000000000001e-81  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.673993  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0665  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  47.45 
 
 		 344 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0450  isocitrate dehydrogenase, putative  42.42 
 
 		 359 aa  302  6.000000000000001e-81  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_392  isocitrate dehydrogenase  42.13 
 
 		 359 aa  300  2e-80  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.952399  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0427  isocitrate dehydrogenase (NADP)  44.44 
 
 		 359 aa  297  2e-79  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2029  isocitrate dehydrogenase  46.92 
 
 		 487 aa  293  2e-78  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1458  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.75 
 
 		 333 aa  289  4e-77  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.568664  normal  0.0894322 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1134  isocitrate dehydrogenase  43.73 
 
 		 481 aa  281  2e-74  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.404972 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1337  3-isopropylmalate dehydrogenase  45.73 
 
 		 334 aa  276  3e-73  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0443699  normal  0.850661 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0651  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.88 
 
 		 326 aa  276  3e-73  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.443768  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0444  isocitrate dehydrogenase  42.98 
 
 		 478 aa  276  5e-73  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1114  isocitrate dehydrogenase  43.49 
 
 		 482 aa  276  5e-73  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_42313  mitochondrial isocitrate dehydrogenase (NAD+) subunit 2  42.81 
 
 		 367 aa  275  6e-73  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  hitchhiker  0.00286555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0353  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  45.81 
 
 		 330 aa  275  6e-73  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0234047  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1057  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.66 
 
 		 362 aa  275  8e-73  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.101264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1558  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  45.81 
 
 		 330 aa  274  1.0000000000000001e-72  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.262348 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0079  Isocitrate dehydrogenase (NADP(+))  41 
 
 		 389 aa  273  3e-72  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1068  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  46.71 
 
 		 330 aa  273  3e-72  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0791  isocitrate dehydrogenase  43.49 
 
 		 472 aa  272  7e-72  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0890  isocitrate dehydrogenase  43.32 
 
 		 482 aa  272  7e-72  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2738  3-isopropylmalate dehydrogenase  44.67 
 
 		 335 aa  270  2e-71  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0166  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.06 
 
 		 370 aa  270  2e-71  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.294157  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1295  isocitrate dehydrogenase  42.69 
 
 		 480 aa  269  4e-71  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0769313  normal  0.338174 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1069  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  43.4 
 
 		 337 aa  269  5e-71  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2190  isocitrate dehydrogenase  42.98 
 
 		 485 aa  268  1e-70  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1172  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  43.7 
 
 		 335 aa  267  2e-70  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.651985 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1693  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  46.11 
 
 		 331 aa  266  4e-70  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0855  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenases  43.98 
 
 		 323 aa  265  5.999999999999999e-70  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1775  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  42.14 
 
 		 339 aa  265  7e-70  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0688  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  42.14 
 
 		 339 aa  265  8e-70  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.705253  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0128  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  41.54 
 
 		 339 aa  263  3e-69  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.0813409 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0040  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  42.69 
 
 		 337 aa  263  4e-69  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.101406  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_91057  isocitrate dehydrogenase  42.47 
 
 		 362 aa  262  6.999999999999999e-69  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.433771 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1557  isocitrate dehydrogenase  41.86 
 
 		 480 aa  261  1e-68  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3304  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.87 
 
 		 331 aa  261  2e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.652858  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0172  isocitrate dehydrogenase  40.77 
 
 		 471 aa  259  3e-68  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4313  isocitrate dehydrogenase  42.14 
 
 		 456 aa  260  3e-68  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0560117 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3471  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.61 
 
 		 360 aa  259  6e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.023683 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1073  isocitrate dehydrogenase (NADP)  40.88 
 
 		 337 aa  257  2e-67  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.606358  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1416  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  45.7 
 
 		 330 aa  257  2e-67  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05790  isocitrate dehydrogenase subunit 1, mitochondrial precursor (Broad)  41.96 
 
 		 439 aa  256  4e-67  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.650799  normal  0.420111 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3335  isocitrate dehydrogenase  41 
 
 		 482 aa  251  2e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.743871 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0623  isocitrate dehydrogenase (NADP)  40.8 
 
 		 342 aa  250  3e-65  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0248  3-isopropylmalate dehydrogenase  44.38 
 
 		 338 aa  248  9e-65  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1484  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  42.31 
 
 		 343 aa  246  4e-64  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006679  CNJ02060  isocitrate dehydrogenase (NAD+), putative  41.42 
 
 		 378 aa  244  1.9999999999999999e-63  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3600  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.48 
 
 		 332 aa  243  1.9999999999999999e-63  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.177438 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2659  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  44.11 
 
 		 326 aa  242  7e-63  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.122672  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1984  isocitrate dehydrogenase  40.18 
 
 		 483 aa  241  2e-62  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.569508  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1605  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.12 
 
 		 325 aa  240  2e-62  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0088  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.18 
 
 		 336 aa  241  2e-62  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00287551  hitchhiker  0.00000627763 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0699  isocitrate dehydrogenase  37.89 
 
 		 412 aa  239  5e-62  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0144889  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>