More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3197 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3197  isocitrate dehydrogenase  100 
 
 		 335 aa  689    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03050  isocitrate dehydrogenase  88.36 
 
 		 335 aa  621  1e-177  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0609305  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3540  isocitrate dehydrogenase  83.88 
 
 		 335 aa  594  1e-169  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2760  isocitrate dehydrogenase  80.3 
 
 		 335 aa  560  1e-158  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000146661  normal  0.225413 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2561  isocitrate dehydrogenase  80.9 
 
 		 336 aa  560  1e-158  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2980  isocitrate dehydrogenase  80.6 
 
 		 336 aa  559  1e-158  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2720  isocitrate dehydrogenase  79.7 
 
 		 336 aa  554  1e-157  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273137  normal  0.0347586 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2791  isocitrate dehydrogenase  79.7 
 
 		 336 aa  554  1e-157  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000299358  normal  0.0670544 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2779  isocitrate dehydrogenase  79.7 
 
 		 336 aa  556  1e-157  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1538  isocitrate dehydrogenase  79.4 
 
 		 335 aa  551  1e-156  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1286  isocitrate dehydrogenase  79.4 
 
 		 336 aa  550  1e-156  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000741785  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3318  isocitrate dehydrogenase  79.1 
 
 		 335 aa  554  1e-156  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2890  isocitrate dehydrogenase  79.7 
 
 		 336 aa  553  1e-156  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000476084  hitchhiker  0.00000772445 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1368  isocitrate dehydrogenase  79.4 
 
 		 335 aa  550  1e-155  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0157662  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1354  isocitrate dehydrogenase  79.4 
 
 		 335 aa  550  1e-155  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.308033  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3466  isocitrate dehydrogenase  78.51 
 
 		 335 aa  548  1e-155  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.954346  hitchhiker  0.000126516 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2992  isocitrate dehydrogenase  79.4 
 
 		 335 aa  550  1e-155  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0272592  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1393  isocitrate dehydrogenase  79.4 
 
 		 335 aa  550  1e-155  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.150123  normal  0.145781 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2423  isocitrate dehydrogenase  79.7 
 
 		 336 aa  545  1e-154  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000245229  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02485  isocitrate dehydrogenase  64.26 
 
 		 335 aa  438  9.999999999999999e-123  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.413989  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0664  isocitrate dehydrogenase  64.48 
 
 		 335 aa  440  9.999999999999999e-123  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.430122 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0828  isocitrate dehydrogenase  64.46 
 
 		 334 aa  435  1e-121  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.47191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2166  isocitrate dehydrogenase  61.86 
 
 		 335 aa  437  1e-121  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2077  isocitrate dehydrogenase  61.86 
 
 		 335 aa  437  1e-121  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1434  isocitrate dehydrogenase  59.28 
 
 		 338 aa  404  1e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.13761  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3071  isocitrate dehydrogenase, NAD-dependent, putative  53.57 
 
 		 340 aa  375  1e-103  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2154  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  53.31 
 
 		 333 aa  369  1e-101  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0287  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  53.01 
 
 		 348 aa  366  1e-100  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.48991 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0525  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  51.66 
 
 		 335 aa  358  5e-98  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000187732  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0404  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  50.3 
 
 		 334 aa  355  6.999999999999999e-97  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.638011 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4042  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  49.24 
 
 		 348 aa  353  2e-96  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0993  isocitrate dehydrogenase (NADP)  51.64 
 
 		 336 aa  352  7e-96  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000014677  normal  0.0984652 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1038  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  50.46 
 
 		 336 aa  345  6e-94  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1102  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  49.7 
 
 		 334 aa  345  7e-94  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0788  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  49.01 
 
 		 361 aa  344  1e-93  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1706  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  50 
 
 		 331 aa  343  2e-93  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1297  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  51.2 
 
 		 336 aa  337  9.999999999999999e-92  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08060  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.91 
 
 		 331 aa  337  1.9999999999999998e-91  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000201667  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0777  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  53.15 
 
 		 345 aa  335  7.999999999999999e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0214  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  51.65 
 
 		 342 aa  332  4e-90  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.6389  normal  0.0659244 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4079  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  52.4 
 
 		 343 aa  323  2e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4250  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  52.69 
 
 		 343 aa  322  7e-87  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02380  isocitrate dehydrogenase (NADP)  46.39 
 
 		 364 aa  318  6e-86  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.713853  normal  0.672997 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2411  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  49.85 
 
 		 345 aa  311  1e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2380  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  50 
 
 		 344 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01003  hypothetical protein similar to isocitrate dehydrogenase (Broad)  45.07 
 
 		 385 aa  309  5e-83  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.97635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0665  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  49.7 
 
 		 344 aa  309  5e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0450  isocitrate dehydrogenase, putative  43.82 
 
 		 359 aa  308  5.9999999999999995e-83  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_392  isocitrate dehydrogenase  43.54 
 
 		 359 aa  308  6.999999999999999e-83  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.952399  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2334  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  46.26 
 
 		 361 aa  307  1.0000000000000001e-82  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0427  isocitrate dehydrogenase (NADP)  44.1 
 
 		 359 aa  305  8.000000000000001e-82  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1101  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  48.79 
 
 		 344 aa  300  2e-80  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA04610  isocitrate dehydrogenase, putative  46.08 
 
 		 379 aa  299  6e-80  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.673993  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2029  isocitrate dehydrogenase  45.75 
 
 		 487 aa  291  1e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1458  3-isopropylmalate dehydrogenase  45.56 
 
 		 333 aa  280  2e-74  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.568664  normal  0.0894322 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1134  isocitrate dehydrogenase  43.15 
 
 		 481 aa  277  2e-73  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.404972 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_42313  mitochondrial isocitrate dehydrogenase (NAD+) subunit 2  41.74 
 
 		 367 aa  275  7e-73  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  hitchhiker  0.00286555  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0128  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  42.9 
 
 		 339 aa  273  3e-72  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.0813409 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1069  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  42.57 
 
 		 337 aa  271  9e-72  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1558  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  43.92 
 
 		 330 aa  271  1e-71  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.262348 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0353  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  43.62 
 
 		 330 aa  270  2e-71  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0234047  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1337  3-isopropylmalate dehydrogenase  45.59 
 
 		 334 aa  269  4e-71  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0443699  normal  0.850661 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1775  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  41.72 
 
 		 339 aa  268  8.999999999999999e-71  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0688  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  41.72 
 
 		 339 aa  268  1e-70  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.705253  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1068  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  43.32 
 
 		 330 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1295  isocitrate dehydrogenase  42.27 
 
 		 480 aa  266  5e-70  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0769313  normal  0.338174 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0444  isocitrate dehydrogenase  41.69 
 
 		 478 aa  265  8.999999999999999e-70  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4313  isocitrate dehydrogenase  42.77 
 
 		 456 aa  265  1e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0560117 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0651  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.99 
 
 		 326 aa  265  1e-69  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.443768  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2738  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.54 
 
 		 335 aa  265  1e-69  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0623  isocitrate dehydrogenase (NADP)  42.45 
 
 		 342 aa  264  2e-69  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0040  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  43.32 
 
 		 337 aa  263  2e-69  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.101406  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0079  Isocitrate dehydrogenase (NADP(+))  39.61 
 
 		 389 aa  263  3e-69  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1693  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  43.28 
 
 		 331 aa  261  2e-68  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0890  isocitrate dehydrogenase  43.35 
 
 		 482 aa  259  3e-68  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_91057  isocitrate dehydrogenase  42.6 
 
 		 362 aa  260  3e-68  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.433771 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1057  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.94 
 
 		 362 aa  259  4e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.101264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3304  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.74 
 
 		 331 aa  259  5.0000000000000005e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.652858  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1114  isocitrate dehydrogenase  43.06 
 
 		 482 aa  258  7e-68  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1557  isocitrate dehydrogenase  41.69 
 
 		 480 aa  258  8e-68  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1172  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  42.61 
 
 		 335 aa  258  1e-67  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.651985 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2190  isocitrate dehydrogenase  40.76 
 
 		 485 aa  255  8e-67  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0166  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.39 
 
 		 370 aa  254  1.0000000000000001e-66  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.294157  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1073  isocitrate dehydrogenase (NADP)  40.84 
 
 		 337 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.606358  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1416  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  43.66 
 
 		 330 aa  251  1e-65  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3335  isocitrate dehydrogenase  40.83 
 
 		 482 aa  249  4e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.743871 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3471  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.19 
 
 		 360 aa  249  5e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.023683 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1484  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  41.11 
 
 		 343 aa  248  7e-65  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0855  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenases  42.47 
 
 		 323 aa  249  7e-65  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05790  isocitrate dehydrogenase subunit 1, mitochondrial precursor (Broad)  39.88 
 
 		 439 aa  247  2e-64  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.650799  normal  0.420111 
 
 
-
 
NC_002978  WD0791  isocitrate dehydrogenase  40.53 
 
 		 472 aa  243  1.9999999999999999e-63  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0172  isocitrate dehydrogenase  39.76 
 
 		 471 aa  242  7.999999999999999e-63  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3600  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.84 
 
 		 332 aa  239  5e-62  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.177438 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0248  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.43 
 
 		 338 aa  238  1e-61  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0699  isocitrate dehydrogenase  37.66 
 
 		 412 aa  237  2e-61  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0144889  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1984  isocitrate dehydrogenase  39.64 
 
 		 483 aa  233  3e-60  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.569508  n/a   
 
 
-
 
NC_006679  CNJ02060  isocitrate dehydrogenase (NAD+), putative  39.35 
 
 		 378 aa  233  4.0000000000000004e-60  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1781  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  40.12 
 
 		 336 aa  232  6e-60  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3616  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.15 
 
 		 360 aa  230  2e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.79276  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0088  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.53 
 
 		 336 aa  230  3e-59  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00287551  hitchhiker  0.00000627763 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>