More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_1297 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_1297  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  100 
 
 
336 aa  683    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0993  isocitrate dehydrogenase (NADP)  64.97 
 
 
336 aa  436  1e-121  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000014677  normal  0.0984652 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0525  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  63.58 
 
 
335 aa  420  1e-116  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000187732  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1102  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  62.69 
 
 
334 aa  419  1e-116  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1038  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  61.68 
 
 
336 aa  408  1e-113  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0788  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  56.94 
 
 
361 aa  402  1e-111  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2154  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  55.99 
 
 
333 aa  369  1e-101  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0450  isocitrate dehydrogenase, putative  52.5 
 
 
359 aa  367  1e-100  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_392  isocitrate dehydrogenase  51.94 
 
 
359 aa  366  1e-100  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.952399  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08060  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.01 
 
 
331 aa  368  1e-100  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000201667  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0427  isocitrate dehydrogenase (NADP)  52.22 
 
 
359 aa  363  3e-99  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0287  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  56.12 
 
 
348 aa  361  9e-99  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.48991 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1706  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  52.87 
 
 
331 aa  361  9e-99  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0404  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  52.98 
 
 
334 aa  360  2e-98  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.638011 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2980  isocitrate dehydrogenase  53.13 
 
 
336 aa  356  2.9999999999999997e-97  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2720  isocitrate dehydrogenase  51.64 
 
 
336 aa  352  5.9999999999999994e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273137  normal  0.0347586 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2791  isocitrate dehydrogenase  51.64 
 
 
336 aa  352  5.9999999999999994e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000299358  normal  0.0670544 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2890  isocitrate dehydrogenase  51.64 
 
 
336 aa  351  8.999999999999999e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000476084  hitchhiker  0.00000772445 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3318  isocitrate dehydrogenase  51.5 
 
 
335 aa  351  1e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02380  isocitrate dehydrogenase (NADP)  53.22 
 
 
364 aa  350  2e-95  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.713853  normal  0.672997 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3466  isocitrate dehydrogenase  51.5 
 
 
335 aa  349  3e-95  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.954346  hitchhiker  0.000126516 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2760  isocitrate dehydrogenase  51.5 
 
 
335 aa  350  3e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000146661  normal  0.225413 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1286  isocitrate dehydrogenase  51.34 
 
 
336 aa  349  4e-95  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000741785  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1354  isocitrate dehydrogenase  51.2 
 
 
335 aa  347  2e-94  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.308033  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1368  isocitrate dehydrogenase  51.2 
 
 
335 aa  347  2e-94  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0157662  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2992  isocitrate dehydrogenase  51.2 
 
 
335 aa  347  2e-94  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0272592  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1393  isocitrate dehydrogenase  51.2 
 
 
335 aa  347  2e-94  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.150123  normal  0.145781 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2779  isocitrate dehydrogenase  50.6 
 
 
336 aa  345  6e-94  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1538  isocitrate dehydrogenase  51.2 
 
 
335 aa  344  1e-93  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2334  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  51.11 
 
 
361 aa  344  1e-93  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2561  isocitrate dehydrogenase  50.9 
 
 
336 aa  344  1e-93  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03050  isocitrate dehydrogenase  51.2 
 
 
335 aa  343  2e-93  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0609305  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3071  isocitrate dehydrogenase, NAD-dependent, putative  50.6 
 
 
340 aa  342  5.999999999999999e-93  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3540  isocitrate dehydrogenase  50.3 
 
 
335 aa  339  4e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3197  isocitrate dehydrogenase  51.2 
 
 
335 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2423  isocitrate dehydrogenase  51.5 
 
 
336 aa  335  5e-91  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000245229  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2166  isocitrate dehydrogenase  51.03 
 
 
335 aa  333  3e-90  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2077  isocitrate dehydrogenase  51.03 
 
 
335 aa  333  3e-90  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02485  isocitrate dehydrogenase  52.07 
 
 
335 aa  330  2e-89  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.413989  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1101  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  55.59 
 
 
344 aa  328  8e-89  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4042  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  49.24 
 
 
348 aa  328  1.0000000000000001e-88  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0079  Isocitrate dehydrogenase (NADP(+))  46.84 
 
 
389 aa  325  8.000000000000001e-88  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0828  isocitrate dehydrogenase  51.79 
 
 
334 aa  324  2e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.47191  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01003  hypothetical protein similar to isocitrate dehydrogenase (Broad)  48.65 
 
 
385 aa  321  9.000000000000001e-87  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.97635  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0777  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  52.41 
 
 
345 aa  310  2e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0214  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  50.45 
 
 
342 aa  310  2e-83  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.6389  normal  0.0659244 
 
 
-
 
NC_009042  PICST_42313  mitochondrial isocitrate dehydrogenase (NAD+) subunit 2  46.59 
 
 
367 aa  310  2.9999999999999997e-83  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  hitchhiker  0.00286555  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2029  isocitrate dehydrogenase  48.39 
 
 
487 aa  304  1.0000000000000001e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0665  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  52.54 
 
 
344 aa  301  9e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0664  isocitrate dehydrogenase  50.15 
 
 
335 aa  301  9e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.430122 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1434  isocitrate dehydrogenase  49.11 
 
 
338 aa  301  1e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.13761  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA04610  isocitrate dehydrogenase, putative  47.01 
 
 
379 aa  299  4e-80  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.673993  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4250  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  50.58 
 
 
343 aa  292  5e-78  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_91057  isocitrate dehydrogenase  46.08 
 
 
362 aa  292  6e-78  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.433771 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4079  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  49.7 
 
 
343 aa  283  4.0000000000000003e-75  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05790  isocitrate dehydrogenase subunit 1, mitochondrial precursor (Broad)  44.91 
 
 
439 aa  281  1e-74  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.650799  normal  0.420111 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0444  isocitrate dehydrogenase  44.64 
 
 
478 aa  275  9e-73  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0651  3-isopropylmalate dehydrogenase  45.21 
 
 
326 aa  274  2.0000000000000002e-72  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.443768  n/a   
 
 
-
 
NC_006679  CNJ02060  isocitrate dehydrogenase (NAD+), putative  45.97 
 
 
378 aa  273  4.0000000000000004e-72  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2380  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  46.97 
 
 
344 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2411  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  47.49 
 
 
345 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1134  isocitrate dehydrogenase  45.22 
 
 
481 aa  271  1e-71  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.404972 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2939  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  40.36 
 
 
434 aa  270  2e-71  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3335  isocitrate dehydrogenase  45.16 
 
 
482 aa  270  2.9999999999999997e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.743871 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4313  isocitrate dehydrogenase  44.71 
 
 
456 aa  269  5.9999999999999995e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0560117 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2190  isocitrate dehydrogenase  45.16 
 
 
485 aa  267  2e-70  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1557  isocitrate dehydrogenase  43.73 
 
 
480 aa  265  5.999999999999999e-70  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0353  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  44.24 
 
 
330 aa  265  1e-69  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0234047  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1295  isocitrate dehydrogenase  44.64 
 
 
480 aa  264  2e-69  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0769313  normal  0.338174 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0166  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.55 
 
 
370 aa  262  4.999999999999999e-69  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.294157  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1558  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  43.94 
 
 
330 aa  260  2e-68  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.262348 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3304  3-isopropylmalate dehydrogenase  44.88 
 
 
331 aa  261  2e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.652858  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1453  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  55.24 
 
 
246 aa  259  4e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.146865  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0579  isocitrate dehydrogenase (NADP)  40.05 
 
 
438 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1068  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  43.64 
 
 
330 aa  259  6e-68  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0001  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  39.25 
 
 
412 aa  258  1e-67  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0183219  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1069  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  42.27 
 
 
337 aa  257  2e-67  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0101  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  40.16 
 
 
380 aa  257  2e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2464  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  40.86 
 
 
380 aa  256  3e-67  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0703  isocitrate dehydrogenase  38.12 
 
 
430 aa  256  4e-67  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal  0.0523745 
 
 
-
 
NC_002978  WD0791  isocitrate dehydrogenase  42.44 
 
 
472 aa  256  5e-67  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2330  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  40.78 
 
 
420 aa  255  7e-67  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.827266 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1672  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  38.86 
 
 
438 aa  255  8e-67  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.789911  normal  0.0375366 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1337  3-isopropylmalate dehydrogenase  45.43 
 
 
334 aa  253  3e-66  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0443699  normal  0.850661 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3896  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  38.8 
 
 
411 aa  253  3e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.16256 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0172  isocitrate dehydrogenase  42.43 
 
 
471 aa  253  4.0000000000000004e-66  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0547  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  39.07 
 
 
425 aa  251  9.000000000000001e-66  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1842  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  39.43 
 
 
439 aa  251  1e-65  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.282265 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2659  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  44.31 
 
 
326 aa  250  3e-65  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.122672  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1739  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  40.28 
 
 
382 aa  249  4e-65  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0021  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  39.06 
 
 
417 aa  249  7e-65  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0040  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  41.74 
 
 
337 aa  249  7e-65  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.101406  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1506  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  39.69 
 
 
425 aa  248  9e-65  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1458  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.24 
 
 
333 aa  248  9e-65  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.568664  normal  0.0894322 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0281  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  38.76 
 
 
425 aa  248  1e-64  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.398355  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1416  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  42.3 
 
 
330 aa  247  3e-64  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1985  Isocitrate dehydrogenase (NADP(+))  37.6 
 
 
385 aa  246  4.9999999999999997e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.865956  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0128  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  41.07 
 
 
339 aa  246  4.9999999999999997e-64  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.0813409 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1775  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  41.07 
 
 
339 aa  245  6.999999999999999e-64  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0855  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenases  42.56 
 
 
323 aa  245  8e-64  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>