More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_0579 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009376  Pars_1842  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  87.93 
 
 		 439 aa  803    Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.282265 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0698  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  86.3 
 
 		 437 aa  780    Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1672  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  89.5 
 
 		 438 aa  811    Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.789911  normal  0.0375366 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0579  isocitrate dehydrogenase (NADP)  100 
 
 		 438 aa  880    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1738  isocitrate dehydrogenase  56.9 
 
 		 416 aa  478  1e-133  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.73457 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0001  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  54.81 
 
 		 412 aa  471  1.0000000000000001e-131  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0183219  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0703  isocitrate dehydrogenase  53.85 
 
 		 430 aa  453  1.0000000000000001e-126  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0523745 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0021  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  52.44 
 
 		 417 aa  417  9.999999999999999e-116  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2290  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  51.21 
 
 		 589 aa  415  9.999999999999999e-116  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2939  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  49.17 
 
 		 434 aa  409  1e-113  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0262  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  49.52 
 
 		 586 aa  410  1e-113  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.141081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3896  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  51.23 
 
 		 411 aa  409  1e-113  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.16256 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1401  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  51.08 
 
 		 426 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2330  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  48.46 
 
 		 420 aa  398  1e-109  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.827266 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2396  isocitrate dehydrogenase (NADP)  48.92 
 
 		 418 aa  390  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.286181  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1822  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  50.77 
 
 		 418 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.083178 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4011  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  50.77 
 
 		 418 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.775226  normal  0.120573 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1908  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  48.76 
 
 		 413 aa  387  1e-106  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000199693  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2756  isocitrate dehydrogenase  49.49 
 
 		 416 aa  387  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3593  isocitrate dehydrogenase (NADP)  51.02 
 
 		 418 aa  385  1e-106  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0565  isocitrate dehydrogenase  50 
 
 		 418 aa  388  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000686773  decreased coverage  0.000103322 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1166  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  47.63 
 
 		 420 aa  387  1e-106  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1288  isocitrate dehydrogenase [NADP]  49.06 
 
 		 428 aa  384  1e-105  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0878  isocitrate dehydrogenase  46.75 
 
 		 418 aa  383  1e-105  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0849  isocitrate dehydrogenase  46.75 
 
 		 418 aa  383  1e-105  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2348  isocitrate dehydrogenase  47.83 
 
 		 432 aa  384  1e-105  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3415  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  48.33 
 
 		 418 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.174828 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2895  isocitrate dehydrogenase  49.49 
 
 		 416 aa  384  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.328131 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3616  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  50.51 
 
 		 418 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.133268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30190  isocitrate dehydrogenase  48.31 
 
 		 418 aa  382  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1349  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  48.82 
 
 		 427 aa  382  1e-105  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2511  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  47.26 
 
 		 416 aa  381  1e-104  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.173116  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2896  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  46.75 
 
 		 416 aa  380  1e-104  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0310087  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1615  isocitrate dehydrogenase  47.02 
 
 		 417 aa  379  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3169  isocitrate dehydrogenase  49.13 
 
 		 418 aa  381  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000957877  hitchhiker  0.00686608 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1598  isocitrate dehydrogenase  47.02 
 
 		 416 aa  379  1e-104  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000606037 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2584  isocitrate dehydrogenase  48.31 
 
 		 418 aa  382  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.261253  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1050  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  48.94 
 
 		 600 aa  380  1e-104  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1950  isocitrate dehydrogenase (NADP)  43.53 
 
 		 481 aa  380  1e-104  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1723  isocitrate dehydrogenase  47.02 
 
 		 417 aa  379  1e-104  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2025  isocitrate dehydrogenase  47.26 
 
 		 417 aa  378  1e-104  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.11175 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2848  isocitrate dehydrogenase  47.02 
 
 		 417 aa  379  1e-104  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.476023 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1684  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  47.28 
 
 		 425 aa  381  1e-104  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.22491  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1355  isocitrate dehydrogenase  47.13 
 
 		 416 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.485597 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01134  isocitrate dehydrogenase  46.78 
 
 		 416 aa  378  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2157  isocitrate dehydrogenase  46.54 
 
 		 417 aa  376  1e-103  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0640579  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2490  isocitrate dehydrogenase  48.74 
 
 		 416 aa  377  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.957983  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1315  isocitrate dehydrogenase  46.78 
 
 		 416 aa  377  1e-103  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0854  isocitrate dehydrogenase (NADP)  48.47 
 
 		 413 aa  375  1e-103  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.515822 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1945  isocitrate dehydrogenase  46.54 
 
 		 417 aa  375  1e-103  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.446407  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1989  isocitrate dehydrogenase  46.78 
 
 		 416 aa  378  1e-103  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.903484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1317  isocitrate dehydrogenase  47.13 
 
 		 416 aa  376  1e-103  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.10003 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01142  hypothetical protein  46.78 
 
 		 416 aa  378  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0797  isocitrate dehydrogenase  48.63 
 
 		 418 aa  377  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000273834  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2060  isocitrate dehydrogenase  46.54 
 
 		 417 aa  377  1e-103  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.714189  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2467  isocitrate dehydrogenase  46.78 
 
 		 416 aa  377  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1299  isocitrate dehydrogenase  46.78 
 
 		 416 aa  378  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1256  isocitrate dehydrogenase  46.78 
 
 		 416 aa  377  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00899143  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1872  isocitrate dehydrogenase  46.54 
 
 		 417 aa  377  1e-103  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.138329  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2572  isocitrate dehydrogenase  48.47 
 
 		 419 aa  372  1e-102  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0647268  decreased coverage  0.00287604 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1562  isocitrate dehydrogenase  48.47 
 
 		 419 aa  373  1e-102  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.252568  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2349  isocitrate dehydrogenase  48.23 
 
 		 416 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.297968  normal  0.244469 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2649  isocitrate dehydrogenase  48.47 
 
 		 419 aa  372  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.214665  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0486  isocitrate dehydrogenase  48.01 
 
 		 419 aa  373  1e-102  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2297  isocitrate dehydrogenase  48.21 
 
 		 419 aa  372  1e-102  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.351069  normal  0.0198285 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1649  isocitrate dehydrogenase  46.41 
 
 		 416 aa  374  1e-102  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0964571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0960  isocitrate dehydrogenase  48.01 
 
 		 419 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.607193  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2128  isocitrate dehydrogenase  46.89 
 
 		 416 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000573381 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1108  isocitrate dehydrogenase  48.01 
 
 		 419 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000441125  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1378  isocitrate dehydrogenase NADP-dependent  48.47 
 
 		 422 aa  373  1e-102  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2323  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  46.21 
 
 		 437 aa  372  1e-102  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.051263  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1946  isocitrate dehydrogenase  46.89 
 
 		 416 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0759  isocitrate dehydrogenase  47.51 
 
 		 419 aa  372  1e-102  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00264456  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1015  isocitrate dehydrogenase  48.01 
 
 		 419 aa  373  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.575855  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0956  isocitrate dehydrogenase  48.01 
 
 		 419 aa  373  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0812619  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2942  isocitrate dehydrogenase  47.96 
 
 		 417 aa  372  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.549514 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2752  isocitrate dehydrogenase  48.23 
 
 		 416 aa  374  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.687266  normal  0.825547 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0683  isocitrate dehydrogenase  48.01 
 
 		 419 aa  373  1e-102  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.205602  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0782  isocitrate dehydrogenase  48.43 
 
 		 423 aa  375  1e-102  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0132  isocitrate dehydrogenase  48.01 
 
 		 419 aa  373  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0439  Isocitrate dehydrogenase (NADP(+))  48.74 
 
 		 386 aa  372  1e-102  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.364858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1339  isocitrate dehydrogenase  46.89 
 
 		 416 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.697532  normal  0.0115036 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1264  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  48.35 
 
 		 418 aa  374  1e-102  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2235  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  46.21 
 
 		 437 aa  372  1e-102  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1930  isocitrate dehydrogenase  47.7 
 
 		 417 aa  372  1e-102  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.49104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1241  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  45.31 
 
 		 454 aa  370  1e-101  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0785  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  45.47 
 
 		 453 aa  371  1e-101  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.173874 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1840  isocitrate dehydrogenase  48.21 
 
 		 419 aa  369  1e-101  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0618  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  44.79 
 
 		 421 aa  369  1e-101  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.384588  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1505  isocitrate dehydrogenase NADP-dependent  47.37 
 
 		 424 aa  370  1e-101  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0469387 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2245  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  49.24 
 
 		 417 aa  369  1e-101  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000403811  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1625  isocitrate dehydrogenase (NADP)  47.02 
 
 		 437 aa  370  1e-101  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0866166  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0281  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  45.05 
 
 		 425 aa  370  1e-101  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.398355  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0770  isocitrate dehydrogenase  48.13 
 
 		 418 aa  370  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000236369 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0378  isocitrate dehydrogenase  47.42 
 
 		 422 aa  370  1e-101  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2769  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  48.47 
 
 		 417 aa  370  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2468  isocitrate dehydrogenase  48.47 
 
 		 417 aa  371  1e-101  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.240334  normal  0.106657 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1881  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  49.02 
 
 		 407 aa  369  1e-101  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.328566  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3119  isocitrate dehydrogenase (NADP)  47.39 
 
 		 413 aa  367  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2761  isocitrate dehydrogenase  46.94 
 
 		 417 aa  367  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0660078  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>