More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_1723 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011149  SeAg_B1946  isocitrate dehydrogenase  91.61 
 
 		 416 aa  786    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0956  isocitrate dehydrogenase  73.85 
 
 		 419 aa  639    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0812619  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1615  isocitrate dehydrogenase  100 
 
 		 417 aa  854    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01134  isocitrate dehydrogenase  90.65 
 
 		 416 aa  783    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2511  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  90.17 
 
 		 416 aa  780    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.173116  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0565  isocitrate dehydrogenase  72.64 
 
 		 418 aa  639    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000686773  decreased coverage  0.000103322 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4011  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  78.07 
 
 		 418 aa  686    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.775226  normal  0.120573 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2467  isocitrate dehydrogenase  90.17 
 
 		 416 aa  780    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3616  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  77.83 
 
 		 418 aa  685    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.133268  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2490  isocitrate dehydrogenase  74.1 
 
 		 416 aa  639    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.957983  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2896  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  72.42 
 
 		 416 aa  648    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0310087  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1256  isocitrate dehydrogenase  90.17 
 
 		 416 aa  780    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00899143  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1872  isocitrate dehydrogenase  92.09 
 
 		 417 aa  797    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.138329  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0486  isocitrate dehydrogenase  73.85 
 
 		 419 aa  638    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0878  isocitrate dehydrogenase  76.33 
 
 		 418 aa  664    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0849  isocitrate dehydrogenase  76.33 
 
 		 418 aa  665    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1339  isocitrate dehydrogenase  91.61 
 
 		 416 aa  786    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.697532  normal  0.0115036 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0960  isocitrate dehydrogenase  73.85 
 
 		 419 aa  638    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.607193  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3119  isocitrate dehydrogenase (NADP)  73.86 
 
 		 413 aa  637    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2756  isocitrate dehydrogenase  73.62 
 
 		 416 aa  644    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2157  isocitrate dehydrogenase  91.37 
 
 		 417 aa  792    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0640579  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1598  isocitrate dehydrogenase  90.41 
 
 		 416 aa  781    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000606037 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2025  isocitrate dehydrogenase  95.44 
 
 		 417 aa  821    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.11175 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0132  isocitrate dehydrogenase  73.85 
 
 		 419 aa  638    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1562  isocitrate dehydrogenase  75.06 
 
 		 419 aa  656    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.252568  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1108  isocitrate dehydrogenase  73.85 
 
 		 419 aa  638    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000441125  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3593  isocitrate dehydrogenase (NADP)  77.29 
 
 		 418 aa  680    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2752  isocitrate dehydrogenase  74.58 
 
 		 416 aa  642    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.687266  normal  0.825547 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2128  isocitrate dehydrogenase  91.61 
 
 		 416 aa  786    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000573381 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1355  isocitrate dehydrogenase  91.37 
 
 		 416 aa  785    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.485597 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1840  isocitrate dehydrogenase  75.54 
 
 		 419 aa  658    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2245  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  72.42 
 
 		 417 aa  635    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000403811  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1989  isocitrate dehydrogenase  90.65 
 
 		 416 aa  783    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.903484  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0759  isocitrate dehydrogenase  73.72 
 
 		 419 aa  634    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00264456  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1264  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  73.61 
 
 		 418 aa  647    Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1649  isocitrate dehydrogenase  90.17 
 
 		 416 aa  775    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0964571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2396  isocitrate dehydrogenase (NADP)  79.71 
 
 		 418 aa  700    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.286181  normal  0.119624 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2584  isocitrate dehydrogenase  79.04 
 
 		 418 aa  697    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.261253  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2942  isocitrate dehydrogenase  72.66 
 
 		 417 aa  644    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.549514 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0797  isocitrate dehydrogenase  74.21 
 
 		 418 aa  640    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000273834  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2848  isocitrate dehydrogenase  100 
 
 		 417 aa  854    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.476023 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1288  isocitrate dehydrogenase [NADP]  75.91 
 
 		 428 aa  654    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2349  isocitrate dehydrogenase  74.58 
 
 		 416 aa  642    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.297968  normal  0.244469 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1299  isocitrate dehydrogenase  90.65 
 
 		 416 aa  783    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2895  isocitrate dehydrogenase  73.86 
 
 		 416 aa  645    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.328131 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01142  hypothetical protein  90.65 
 
 		 416 aa  783    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1261  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  74.28 
 
 		 414 aa  635    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.332531  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1723  isocitrate dehydrogenase  100 
 
 		 417 aa  854    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3661  isocitrate dehydrogenase  73.37 
 
 		 420 aa  635    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.158813 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1945  isocitrate dehydrogenase  91.37 
 
 		 417 aa  791    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.446407  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1822  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  78.07 
 
 		 418 aa  685    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.083178 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30190  isocitrate dehydrogenase  79.28 
 
 		 418 aa  698    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2060  isocitrate dehydrogenase  89.69 
 
 		 417 aa  782    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.714189  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1015  isocitrate dehydrogenase  73.85 
 
 		 419 aa  638    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.575855  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1315  isocitrate dehydrogenase  90.17 
 
 		 416 aa  780    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2649  isocitrate dehydrogenase  73.61 
 
 		 419 aa  643    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.214665  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1349  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  75.67 
 
 		 427 aa  652    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3169  isocitrate dehydrogenase  74.94 
 
 		 418 aa  643    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000957877  hitchhiker  0.00686608 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3415  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  78.31 
 
 		 418 aa  685    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.174828 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1317  isocitrate dehydrogenase  91.37 
 
 		 416 aa  785    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.10003 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2572  isocitrate dehydrogenase  74.45 
 
 		 419 aa  640    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0647268  decreased coverage  0.00287604 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1930  isocitrate dehydrogenase  72.66 
 
 		 417 aa  646    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.49104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2297  isocitrate dehydrogenase  75.3 
 
 		 419 aa  657    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.351069  normal  0.0198285 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0683  isocitrate dehydrogenase  73.85 
 
 		 419 aa  638    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.205602  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2769  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  71.94 
 
 		 417 aa  631  1e-180  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0196883 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2761  isocitrate dehydrogenase  71.94 
 
 		 417 aa  632  1e-180  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0660078  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0770  isocitrate dehydrogenase  73.97 
 
 		 418 aa  632  1e-180  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000236369 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2549  isocitrate dehydrogenase  73.24 
 
 		 418 aa  630  1e-179  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0115447  hitchhiker  0.0000544039 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5856  isocitrate dehydrogenase  73.24 
 
 		 418 aa  630  1e-179  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.261017  normal  0.474311 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2443  isocitrate dehydrogenase  73.24 
 
 		 418 aa  630  1e-179  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000919661 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1913  isocitrate dehydrogenase  73.24 
 
 		 418 aa  630  1e-179  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2572  isocitrate dehydrogenase  73.24 
 
 		 418 aa  630  1e-179  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2524  isocitrate dehydrogenase  73.24 
 
 		 418 aa  630  1e-179  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140161  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2468  isocitrate dehydrogenase  71.94 
 
 		 417 aa  628  1e-179  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.240334  normal  0.106657 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0314  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  71.08 
 
 		 419 aa  624  1e-178  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.839134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1378  isocitrate dehydrogenase NADP-dependent  69.57 
 
 		 422 aa  614  1e-175  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0854  isocitrate dehydrogenase (NADP)  69.73 
 
 		 413 aa  605  9.999999999999999e-173  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.515822 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2139  isocitrate dehydrogenase (NADP)  68.18 
 
 		 413 aa  593  1e-168  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000111217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1401  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  71.6 
 
 		 426 aa  594  1e-168  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0618  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  69.19 
 
 		 421 aa  587  1e-166  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.384588  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1166  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  67.46 
 
 		 420 aa  574  1.0000000000000001e-163  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1684  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  66.35 
 
 		 425 aa  570  1e-161  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.22491  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2348  isocitrate dehydrogenase  67.21 
 
 		 432 aa  568  1e-161  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1505  isocitrate dehydrogenase NADP-dependent  66.67 
 
 		 424 aa  564  1.0000000000000001e-159  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0469387 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2678  isocitrate dehydrogenase  66.59 
 
 		 424 aa  556  1e-157  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0782  isocitrate dehydrogenase  66.98 
 
 		 423 aa  553  1e-156  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4724  isocitrate dehydrogenase  65.89 
 
 		 435 aa  541  1e-153  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4487  isocitrate dehydrogenase  65.89 
 
 		 435 aa  541  1e-153  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4322  isocitrate dehydrogenase  65.89 
 
 		 435 aa  541  1e-153  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4334  isocitrate dehydrogenase  65.89 
 
 		 435 aa  541  1e-153  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4423  isocitrate dehydrogenase  66.59 
 
 		 430 aa  542  1e-153  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4708  isocitrate dehydrogenase  66.59 
 
 		 430 aa  540  9.999999999999999e-153  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000166005 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4703  isocitrate dehydrogenase  66.59 
 
 		 430 aa  540  9.999999999999999e-153  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0535  isocitrate dehydrogenase  66.59 
 
 		 430 aa  541  9.999999999999999e-153  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0195794 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4838  isocitrate dehydrogenase  66.59 
 
 		 430 aa  540  9.999999999999999e-153  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3277  isocitrate dehydrogenase  66.35 
 
 		 430 aa  538  9.999999999999999e-153  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4719  isocitrate dehydrogenase  66.59 
 
 		 430 aa  540  9.999999999999999e-153  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0378  isocitrate dehydrogenase  63.27 
 
 		 422 aa  528  1e-149  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0424  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  60.84 
 
 		 428 aa  521  1e-147  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2235  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  60.82 
 
 		 437 aa  521  1e-147  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>