More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_C0665 on replicon NC_007953
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007953  Bxe_C0665  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  100 
 
 
344 aa  690    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0777  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  70.26 
 
 
345 aa  489  1e-137  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2380  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  66.08 
 
 
344 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2411  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  66.07 
 
 
345 aa  443  1e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4250  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  66.27 
 
 
343 aa  442  1e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4079  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  66.37 
 
 
343 aa  439  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0214  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  61.18 
 
 
342 aa  431  1e-119  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.6389  normal  0.0659244 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3071  isocitrate dehydrogenase, NAD-dependent, putative  52.24 
 
 
340 aa  359  5e-98  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0287  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  53.29 
 
 
348 aa  343  2e-93  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.48991 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1706  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  50.6 
 
 
331 aa  342  5e-93  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03050  isocitrate dehydrogenase  50.9 
 
 
335 aa  338  9.999999999999999e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0609305  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2166  isocitrate dehydrogenase  52.24 
 
 
335 aa  337  1.9999999999999998e-91  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2077  isocitrate dehydrogenase  51.94 
 
 
335 aa  336  2.9999999999999997e-91  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3540  isocitrate dehydrogenase  49.7 
 
 
335 aa  334  2e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3318  isocitrate dehydrogenase  49.25 
 
 
335 aa  332  8e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3197  isocitrate dehydrogenase  49.7 
 
 
335 aa  331  1e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2760  isocitrate dehydrogenase  48.35 
 
 
335 aa  330  3e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000146661  normal  0.225413 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0788  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  51.96 
 
 
361 aa  330  3e-89  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3466  isocitrate dehydrogenase  48.95 
 
 
335 aa  330  3e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.954346  hitchhiker  0.000126516 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2154  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  47.15 
 
 
333 aa  327  1.0000000000000001e-88  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0828  isocitrate dehydrogenase  51.8 
 
 
334 aa  327  2.0000000000000001e-88  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.47191  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0525  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  50.45 
 
 
335 aa  327  2.0000000000000001e-88  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000187732  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02485  isocitrate dehydrogenase  50.9 
 
 
335 aa  327  3e-88  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.413989  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1286  isocitrate dehydrogenase  47.45 
 
 
336 aa  326  3e-88  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000741785  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1538  isocitrate dehydrogenase  47.45 
 
 
335 aa  325  7e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0993  isocitrate dehydrogenase (NADP)  50.75 
 
 
336 aa  325  1e-87  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000014677  normal  0.0984652 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2720  isocitrate dehydrogenase  47.15 
 
 
336 aa  324  1e-87  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273137  normal  0.0347586 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2791  isocitrate dehydrogenase  47.15 
 
 
336 aa  324  1e-87  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000299358  normal  0.0670544 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2779  isocitrate dehydrogenase  47.31 
 
 
336 aa  324  1e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2890  isocitrate dehydrogenase  47.15 
 
 
336 aa  323  2e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000476084  hitchhiker  0.00000772445 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02380  isocitrate dehydrogenase (NADP)  48.02 
 
 
364 aa  323  3e-87  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.713853  normal  0.672997 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2980  isocitrate dehydrogenase  48.05 
 
 
336 aa  322  4e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1368  isocitrate dehydrogenase  46.85 
 
 
335 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0157662  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1354  isocitrate dehydrogenase  46.85 
 
 
335 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.308033  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1297  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  52.54 
 
 
336 aa  321  9.999999999999999e-87  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2992  isocitrate dehydrogenase  46.85 
 
 
335 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0272592  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1393  isocitrate dehydrogenase  46.85 
 
 
335 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.150123  normal  0.145781 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08060  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.15 
 
 
331 aa  319  5e-86  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000201667  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2561  isocitrate dehydrogenase  46.41 
 
 
336 aa  318  1e-85  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4042  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  48.8 
 
 
348 aa  317  1e-85  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1102  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  50 
 
 
334 aa  315  9e-85  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2423  isocitrate dehydrogenase  47.45 
 
 
336 aa  315  9e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000245229  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0664  isocitrate dehydrogenase  52.84 
 
 
335 aa  312  3.9999999999999997e-84  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.430122 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0404  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  45.65 
 
 
334 aa  307  2.0000000000000002e-82  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.638011 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1038  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  49.55 
 
 
336 aa  301  1e-80  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_392  isocitrate dehydrogenase  46.05 
 
 
359 aa  300  3e-80  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.952399  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2334  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  49 
 
 
361 aa  299  5e-80  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0427  isocitrate dehydrogenase (NADP)  46.33 
 
 
359 aa  297  1e-79  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0450  isocitrate dehydrogenase, putative  45.76 
 
 
359 aa  297  2e-79  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1434  isocitrate dehydrogenase  49.7 
 
 
338 aa  295  1e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.13761  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01003  hypothetical protein similar to isocitrate dehydrogenase (Broad)  46.13 
 
 
385 aa  293  4e-78  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.97635  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0128  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  44.02 
 
 
339 aa  292  5e-78  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.0813409 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1775  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  43.44 
 
 
339 aa  290  3e-77  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0688  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  43.15 
 
 
339 aa  285  7e-76  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.705253  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1101  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  45.29 
 
 
344 aa  276  4e-73  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0040  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  41.32 
 
 
337 aa  273  3e-72  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.101406  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2029  isocitrate dehydrogenase  47.06 
 
 
487 aa  272  8.000000000000001e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1458  3-isopropylmalate dehydrogenase  47.9 
 
 
333 aa  267  2e-70  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.568664  normal  0.0894322 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0651  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.85 
 
 
326 aa  265  8.999999999999999e-70  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.443768  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA04610  isocitrate dehydrogenase, putative  44.05 
 
 
379 aa  265  1e-69  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.673993  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0079  Isocitrate dehydrogenase (NADP(+))  41.94 
 
 
389 aa  263  2e-69  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_42313  mitochondrial isocitrate dehydrogenase (NAD+) subunit 2  41.07 
 
 
367 aa  255  8e-67  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  hitchhiker  0.00286555  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1484  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  39.94 
 
 
343 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2738  3-isopropylmalate dehydrogenase  44.74 
 
 
335 aa  251  1e-65  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3304  3-isopropylmalate dehydrogenase  45.65 
 
 
331 aa  244  9.999999999999999e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.652858  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1337  3-isopropylmalate dehydrogenase  44.68 
 
 
334 aa  243  3e-63  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0443699  normal  0.850661 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1069  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  40.87 
 
 
337 aa  243  3.9999999999999997e-63  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0855  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenases  44.41 
 
 
323 aa  242  7.999999999999999e-63  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006679  CNJ02060  isocitrate dehydrogenase (NAD+), putative  40.83 
 
 
378 aa  241  1e-62  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1134  isocitrate dehydrogenase  41.19 
 
 
481 aa  240  2e-62  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.404972 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_91057  isocitrate dehydrogenase  38.02 
 
 
362 aa  240  2.9999999999999997e-62  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.433771 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2190  isocitrate dehydrogenase  40.62 
 
 
485 aa  239  4e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3335  isocitrate dehydrogenase  40.4 
 
 
482 aa  239  5e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.743871 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1295  isocitrate dehydrogenase  40.87 
 
 
480 aa  237  2e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0769313  normal  0.338174 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1557  isocitrate dehydrogenase  42.2 
 
 
480 aa  235  6e-61  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05790  isocitrate dehydrogenase subunit 1, mitochondrial precursor (Broad)  38.64 
 
 
439 aa  234  1.0000000000000001e-60  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.650799  normal  0.420111 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0088  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.95 
 
 
336 aa  234  2.0000000000000002e-60  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00287551  hitchhiker  0.00000627763 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3471  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.37 
 
 
360 aa  231  1e-59  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.023683 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1781  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  37.61 
 
 
336 aa  231  2e-59  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0444  isocitrate dehydrogenase  39.13 
 
 
478 aa  230  3e-59  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3600  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.75 
 
 
332 aa  229  5e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.177438 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2659  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  43.88 
 
 
326 aa  229  8e-59  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.122672  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1057  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.85 
 
 
362 aa  228  9e-59  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.101264  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0166  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.5 
 
 
370 aa  226  4e-58  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.294157  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND03850  isocitrate dehydrogenase, putative  38.01 
 
 
370 aa  223  3e-57  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1172  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  40.12 
 
 
335 aa  223  3e-57  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.651985 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0353  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  40.67 
 
 
330 aa  221  9.999999999999999e-57  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0234047  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2064  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.31 
 
 
325 aa  221  9.999999999999999e-57  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.189691 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1815  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.15 
 
 
325 aa  221  9.999999999999999e-57  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  hitchhiker  0.00000286516 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2464  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  38.44 
 
 
380 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0890  isocitrate dehydrogenase  38.9 
 
 
482 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0791  isocitrate dehydrogenase  38.89 
 
 
472 aa  219  5e-56  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0248  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.24 
 
 
338 aa  219  6e-56  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1073  isocitrate dehydrogenase (NADP)  38.19 
 
 
337 aa  219  6e-56  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.606358  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1558  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  39.35 
 
 
330 aa  219  6e-56  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.262348 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_50442  homo- isocitrate dehydrogenase  38.04 
 
 
377 aa  219  7e-56  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.185544  normal  0.0465536 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1739  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  38.12 
 
 
382 aa  218  7.999999999999999e-56  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1416  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  40.71 
 
 
330 aa  218  1e-55  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4313  isocitrate dehydrogenase  38.86 
 
 
456 aa  218  1e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0560117 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0833  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.85 
 
 
325 aa  217  2e-55  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>