More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4079 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4079  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  100 
 
 		 343 aa  687    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2380  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  85.71 
 
 		 344 aa  584  1e-166  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2411  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  86.43 
 
 		 345 aa  584  1e-166  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4250  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  83.97 
 
 		 343 aa  568  1e-161  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0777  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  67.56 
 
 		 345 aa  444  1e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0214  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  62.8 
 
 		 342 aa  432  1e-120  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.6389  normal  0.0659244 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0665  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  66.37 
 
 		 344 aa  429  1e-119  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3071  isocitrate dehydrogenase, NAD-dependent, putative  53.85 
 
 		 340 aa  353  2e-96  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0287  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  54.44 
 
 		 348 aa  339  4e-92  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.48991 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3540  isocitrate dehydrogenase  51.8 
 
 		 335 aa  336  2.9999999999999997e-91  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0828  isocitrate dehydrogenase  56.3 
 
 		 334 aa  335  5e-91  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.47191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3466  isocitrate dehydrogenase  53.59 
 
 		 335 aa  333  2e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.954346  hitchhiker  0.000126516 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2166  isocitrate dehydrogenase  53.64 
 
 		 335 aa  332  4e-90  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3318  isocitrate dehydrogenase  52.99 
 
 		 335 aa  332  8e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2077  isocitrate dehydrogenase  53.35 
 
 		 335 aa  332  8e-90  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2720  isocitrate dehydrogenase  52.54 
 
 		 336 aa  331  1e-89  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273137  normal  0.0347586 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2791  isocitrate dehydrogenase  52.54 
 
 		 336 aa  331  1e-89  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000299358  normal  0.0670544 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03050  isocitrate dehydrogenase  53.29 
 
 		 335 aa  331  1e-89  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0609305  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02485  isocitrate dehydrogenase  54.81 
 
 		 335 aa  330  2e-89  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.413989  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2760  isocitrate dehydrogenase  52.69 
 
 		 335 aa  330  2e-89  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000146661  normal  0.225413 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3197  isocitrate dehydrogenase  52.4 
 
 		 335 aa  330  2e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2890  isocitrate dehydrogenase  52.54 
 
 		 336 aa  330  2e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000476084  hitchhiker  0.00000772445 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1538  isocitrate dehydrogenase  52.69 
 
 		 335 aa  330  3e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1286  isocitrate dehydrogenase  52.54 
 
 		 336 aa  329  4e-89  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000741785  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2980  isocitrate dehydrogenase  52.84 
 
 		 336 aa  327  1.0000000000000001e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2992  isocitrate dehydrogenase  52.1 
 
 		 335 aa  323  2e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0272592  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1393  isocitrate dehydrogenase  52.1 
 
 		 335 aa  323  2e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.150123  normal  0.145781 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1368  isocitrate dehydrogenase  52.1 
 
 		 335 aa  323  2e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0157662  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1354  isocitrate dehydrogenase  52.1 
 
 		 335 aa  323  2e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.308033  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2423  isocitrate dehydrogenase  52.69 
 
 		 336 aa  323  2e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000245229  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2779  isocitrate dehydrogenase  51.8 
 
 		 336 aa  322  4e-87  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2561  isocitrate dehydrogenase  52.1 
 
 		 336 aa  322  5e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1102  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  51.93 
 
 		 334 aa  306  2.0000000000000002e-82  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1706  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  49.25 
 
 		 331 aa  305  8.000000000000001e-82  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0664  isocitrate dehydrogenase  53.43 
 
 		 335 aa  304  2.0000000000000002e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.430122 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0525  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  48.51 
 
 		 335 aa  298  8e-80  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000187732  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02380  isocitrate dehydrogenase (NADP)  47.37 
 
 		 364 aa  298  1e-79  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.713853  normal  0.672997 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4042  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  47.94 
 
 		 348 aa  295  1e-78  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2154  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  45.97 
 
 		 333 aa  293  4e-78  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1434  isocitrate dehydrogenase  51.34 
 
 		 338 aa  292  5e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.13761  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0788  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  45.38 
 
 		 361 aa  291  1e-77  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1297  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  49.7 
 
 		 336 aa  290  2e-77  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1038  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  48.8 
 
 		 336 aa  286  4e-76  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0993  isocitrate dehydrogenase (NADP)  49.26 
 
 		 336 aa  286  4e-76  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000014677  normal  0.0984652 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08060  3-isopropylmalate dehydrogenase  48.22 
 
 		 331 aa  285  5.999999999999999e-76  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000201667  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0404  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  45.27 
 
 		 334 aa  278  1e-73  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.638011 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01003  hypothetical protein similar to isocitrate dehydrogenase (Broad)  45.1 
 
 		 385 aa  275  1.0000000000000001e-72  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.97635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2029  isocitrate dehydrogenase  47.84 
 
 		 487 aa  271  9e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0450  isocitrate dehydrogenase, putative  43.06 
 
 		 359 aa  265  7e-70  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_392  isocitrate dehydrogenase  43.3 
 
 		 359 aa  265  1e-69  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.952399  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2334  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  44.63 
 
 		 361 aa  263  4e-69  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0427  isocitrate dehydrogenase (NADP)  42.74 
 
 		 359 aa  261  1e-68  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1775  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  40.59 
 
 		 339 aa  256  3e-67  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0040  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  40.59 
 
 		 337 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.101406  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0128  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  40.29 
 
 		 339 aa  252  6e-66  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.0813409 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0688  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  40.7 
 
 		 339 aa  251  1e-65  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.705253  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1458  3-isopropylmalate dehydrogenase  44.64 
 
 		 333 aa  251  1e-65  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.568664  normal  0.0894322 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1101  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  45.97 
 
 		 344 aa  250  3e-65  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA04610  isocitrate dehydrogenase, putative  43.92 
 
 		 379 aa  248  8e-65  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.673993  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_42313  mitochondrial isocitrate dehydrogenase (NAD+) subunit 2  41.3 
 
 		 367 aa  247  2e-64  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  hitchhiker  0.00286555  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1337  3-isopropylmalate dehydrogenase  44.91 
 
 		 334 aa  243  3.9999999999999997e-63  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0443699  normal  0.850661 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0444  isocitrate dehydrogenase  41.74 
 
 		 478 aa  240  2e-62  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3304  3-isopropylmalate dehydrogenase  44.11 
 
 		 331 aa  239  4e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.652858  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2738  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.98 
 
 		 335 aa  239  4e-62  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0079  Isocitrate dehydrogenase (NADP(+))  38.76 
 
 		 389 aa  238  2e-61  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0651  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.44 
 
 		 326 aa  236  3e-61  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.443768  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1134  isocitrate dehydrogenase  43.1 
 
 		 481 aa  236  4e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.404972 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ02060  isocitrate dehydrogenase (NAD+), putative  40.53 
 
 		 378 aa  236  4e-61  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3471  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.78 
 
 		 360 aa  236  4e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.023683 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2190  isocitrate dehydrogenase  42.73 
 
 		 485 aa  235  7e-61  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1557  isocitrate dehydrogenase  43.64 
 
 		 480 aa  234  2.0000000000000002e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_91057  isocitrate dehydrogenase  40.77 
 
 		 362 aa  233  4.0000000000000004e-60  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.433771 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05790  isocitrate dehydrogenase subunit 1, mitochondrial precursor (Broad)  40.41 
 
 		 439 aa  230  2e-59  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.650799  normal  0.420111 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1057  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.44 
 
 		 362 aa  228  1e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.101264  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3335  isocitrate dehydrogenase  40.57 
 
 		 482 aa  226  3e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.743871 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1069  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  40.58 
 
 		 337 aa  226  3e-58  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1295  isocitrate dehydrogenase  40.46 
 
 		 480 aa  225  7e-58  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0769313  normal  0.338174 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1484  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  38.12 
 
 		 343 aa  224  1e-57  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0855  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenases  42.04 
 
 		 323 aa  225  1e-57  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4313  isocitrate dehydrogenase  40.41 
 
 		 456 aa  223  3e-57  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0560117 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1114  isocitrate dehydrogenase  41.23 
 
 		 482 aa  223  3e-57  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0890  isocitrate dehydrogenase  41.11 
 
 		 482 aa  222  8e-57  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2611  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.55 
 
 		 360 aa  221  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0404939  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3600  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.07 
 
 		 332 aa  219  7.999999999999999e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.177438 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0166  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.2 
 
 		 370 aa  218  1e-55  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.294157  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2572  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.27 
 
 		 360 aa  217  2e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2617  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.27 
 
 		 360 aa  217  2e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.89884 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1739  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  38.81 
 
 		 382 aa  217  2.9999999999999998e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0353  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  38.6 
 
 		 330 aa  216  7e-55  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0234047  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1558  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  38.84 
 
 		 330 aa  215  9e-55  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.262348 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0699  isocitrate dehydrogenase  34.95 
 
 		 412 aa  215  9.999999999999999e-55  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0144889  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0791  isocitrate dehydrogenase  41.09 
 
 		 472 aa  214  1.9999999999999998e-54  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2464  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  37.23 
 
 		 380 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1985  Isocitrate dehydrogenase (NADP(+))  36.65 
 
 		 385 aa  212  9e-54  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.865956  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1068  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  38.3 
 
 		 330 aa  211  1e-53  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0833  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.82 
 
 		 325 aa  210  2e-53  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1815  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.71 
 
 		 325 aa  211  2e-53  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00000286516 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1416  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  39.88 
 
 		 330 aa  208  9e-53  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0088  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.64 
 
 		 336 aa  208  9e-53  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00287551  hitchhiker  0.00000627763 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0424  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  36.25 
 
 		 428 aa  208  1e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>