More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4250 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_4250  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  100 
 
 
343 aa  696    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4079  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  83.97 
 
 
343 aa  573  1.0000000000000001e-162  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2380  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  82.22 
 
 
344 aa  560  1.0000000000000001e-159  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2411  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  82.16 
 
 
345 aa  558  1e-158  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0777  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  67.26 
 
 
345 aa  444  1e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0665  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  66.27 
 
 
344 aa  434  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0214  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  61.65 
 
 
342 aa  431  1e-119  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.6389  normal  0.0659244 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3466  isocitrate dehydrogenase  55.09 
 
 
335 aa  347  2e-94  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.954346  hitchhiker  0.000126516 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3318  isocitrate dehydrogenase  54.49 
 
 
335 aa  342  5e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2760  isocitrate dehydrogenase  53.89 
 
 
335 aa  340  2e-92  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000146661  normal  0.225413 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2720  isocitrate dehydrogenase  53.89 
 
 
336 aa  340  2e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273137  normal  0.0347586 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2791  isocitrate dehydrogenase  53.89 
 
 
336 aa  340  2e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000299358  normal  0.0670544 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1286  isocitrate dehydrogenase  53.89 
 
 
336 aa  340  2e-92  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000741785  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1538  isocitrate dehydrogenase  53.89 
 
 
335 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2980  isocitrate dehydrogenase  54.49 
 
 
336 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2890  isocitrate dehydrogenase  53.89 
 
 
336 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000476084  hitchhiker  0.00000772445 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3071  isocitrate dehydrogenase, NAD-dependent, putative  52.07 
 
 
340 aa  339  4e-92  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03050  isocitrate dehydrogenase  54.19 
 
 
335 aa  337  1.9999999999999998e-91  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0609305  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2779  isocitrate dehydrogenase  53.59 
 
 
336 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3540  isocitrate dehydrogenase  52.51 
 
 
335 aa  336  3.9999999999999995e-91  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2561  isocitrate dehydrogenase  53.59 
 
 
336 aa  335  1e-90  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3197  isocitrate dehydrogenase  52.69 
 
 
335 aa  334  2e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2992  isocitrate dehydrogenase  52.99 
 
 
335 aa  333  3e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0272592  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1354  isocitrate dehydrogenase  52.99 
 
 
335 aa  333  3e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.308033  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1368  isocitrate dehydrogenase  52.99 
 
 
335 aa  333  3e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0157662  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1393  isocitrate dehydrogenase  52.99 
 
 
335 aa  333  3e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.150123  normal  0.145781 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0287  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  52.06 
 
 
348 aa  331  1e-89  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.48991 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2166  isocitrate dehydrogenase  53.35 
 
 
335 aa  330  2e-89  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0828  isocitrate dehydrogenase  55.43 
 
 
334 aa  330  2e-89  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.47191  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2423  isocitrate dehydrogenase  53.89 
 
 
336 aa  330  3e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000245229  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2077  isocitrate dehydrogenase  53.06 
 
 
335 aa  329  4e-89  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02485  isocitrate dehydrogenase  54.23 
 
 
335 aa  328  9e-89  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.413989  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1102  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  52.82 
 
 
334 aa  312  3.9999999999999997e-84  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02380  isocitrate dehydrogenase (NADP)  49.3 
 
 
364 aa  312  5.999999999999999e-84  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.713853  normal  0.672997 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2154  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  48.36 
 
 
333 aa  308  1.0000000000000001e-82  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1297  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  50.58 
 
 
336 aa  305  5.0000000000000004e-82  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1434  isocitrate dehydrogenase  53.04 
 
 
338 aa  303  2.0000000000000002e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.13761  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0788  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  47.62 
 
 
361 aa  304  2.0000000000000002e-81  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1706  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  48.66 
 
 
331 aa  302  4.0000000000000003e-81  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0664  isocitrate dehydrogenase  53.87 
 
 
335 aa  302  5.000000000000001e-81  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.430122 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1038  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  50.44 
 
 
336 aa  300  2e-80  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4042  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  48.09 
 
 
348 aa  296  3e-79  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0525  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  48.96 
 
 
335 aa  295  9e-79  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000187732  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0993  isocitrate dehydrogenase (NADP)  51.19 
 
 
336 aa  294  1e-78  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000014677  normal  0.0984652 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2334  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  48.3 
 
 
361 aa  291  9e-78  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08060  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.11 
 
 
331 aa  283  3.0000000000000004e-75  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000201667  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0404  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  45.54 
 
 
334 aa  281  1e-74  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.638011 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_392  isocitrate dehydrogenase  43.09 
 
 
359 aa  277  2e-73  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.952399  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2029  isocitrate dehydrogenase  50.92 
 
 
487 aa  276  5e-73  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0450  isocitrate dehydrogenase, putative  42.82 
 
 
359 aa  275  6e-73  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0427  isocitrate dehydrogenase (NADP)  47.09 
 
 
359 aa  275  1.0000000000000001e-72  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1775  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  41.21 
 
 
339 aa  268  7e-71  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01003  hypothetical protein similar to isocitrate dehydrogenase (Broad)  44.51 
 
 
385 aa  266  5e-70  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.97635  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0128  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  40.92 
 
 
339 aa  265  8e-70  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.0813409 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0688  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  40.92 
 
 
339 aa  265  1e-69  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.705253  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0040  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  41.18 
 
 
337 aa  262  8e-69  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.101406  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_42313  mitochondrial isocitrate dehydrogenase (NAD+) subunit 2  42.82 
 
 
367 aa  253  3e-66  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  hitchhiker  0.00286555  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0079  Isocitrate dehydrogenase (NADP(+))  41.32 
 
 
389 aa  253  3e-66  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0444  isocitrate dehydrogenase  43.3 
 
 
478 aa  252  8.000000000000001e-66  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1557  isocitrate dehydrogenase  43.87 
 
 
480 aa  248  9e-65  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1458  3-isopropylmalate dehydrogenase  44.05 
 
 
333 aa  247  2e-64  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.568664  normal  0.0894322 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2190  isocitrate dehydrogenase  43.31 
 
 
485 aa  246  3e-64  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1101  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  45.43 
 
 
344 aa  246  3e-64  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2738  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.15 
 
 
335 aa  245  9.999999999999999e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4313  isocitrate dehydrogenase  43.27 
 
 
456 aa  243  1.9999999999999999e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0560117 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ02060  isocitrate dehydrogenase (NAD+), putative  40.83 
 
 
378 aa  241  9e-63  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3335  isocitrate dehydrogenase  43.28 
 
 
482 aa  240  2.9999999999999997e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.743871 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1337  3-isopropylmalate dehydrogenase  44.97 
 
 
334 aa  240  2.9999999999999997e-62  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0443699  normal  0.850661 
 
 
-
 
NC_006670  CNA04610  isocitrate dehydrogenase, putative  43.03 
 
 
379 aa  236  3e-61  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.673993  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0651  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.44 
 
 
326 aa  236  4e-61  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.443768  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1134  isocitrate dehydrogenase  42.57 
 
 
481 aa  236  6e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.404972 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3304  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.11 
 
 
331 aa  235  7e-61  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.652858  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3471  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.33 
 
 
360 aa  234  1.0000000000000001e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.023683 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_91057  isocitrate dehydrogenase  39.88 
 
 
362 aa  234  2.0000000000000002e-60  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.433771 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1057  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.42 
 
 
362 aa  234  2.0000000000000002e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.101264  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05790  isocitrate dehydrogenase subunit 1, mitochondrial precursor (Broad)  39.35 
 
 
439 aa  233  3e-60  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.650799  normal  0.420111 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0890  isocitrate dehydrogenase  40.39 
 
 
482 aa  231  1e-59  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1114  isocitrate dehydrogenase  41.85 
 
 
482 aa  231  1e-59  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0166  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.06 
 
 
370 aa  229  7e-59  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.294157  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1069  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  40.35 
 
 
337 aa  225  7e-58  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1295  isocitrate dehydrogenase  40.62 
 
 
480 aa  225  1e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0769313  normal  0.338174 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2611  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.18 
 
 
360 aa  223  4.9999999999999996e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0404939  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0855  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenases  41.44 
 
 
323 aa  222  8e-57  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1484  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  39.18 
 
 
343 aa  221  9.999999999999999e-57  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0353  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  40.06 
 
 
330 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0234047  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1558  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  40.58 
 
 
330 aa  220  3e-56  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.262348 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2572  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.9 
 
 
360 aa  219  5e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2617  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.9 
 
 
360 aa  219  5e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.89884 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1739  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  38.01 
 
 
382 aa  219  7e-56  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1068  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  40.06 
 
 
330 aa  218  1e-55  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0791  isocitrate dehydrogenase  42.33 
 
 
472 aa  215  8e-55  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3600  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.57 
 
 
332 aa  214  9.999999999999999e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.177438 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1984  isocitrate dehydrogenase  40.57 
 
 
483 aa  213  2.9999999999999995e-54  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.569508  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1693  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  39.42 
 
 
331 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0699  isocitrate dehydrogenase  34.69 
 
 
412 aa  213  4.9999999999999996e-54  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0144889  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2464  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  36.95 
 
 
380 aa  212  7e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3896  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  35.08 
 
 
411 aa  210  3e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.16256 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1416  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  40.64 
 
 
330 aa  207  2e-52  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10890  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.72 
 
 
358 aa  207  3e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8042  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.88 
 
 
348 aa  207  3e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>