More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_1984 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013124  Afer_1984  isocitrate dehydrogenase  100 
 
 
483 aa  977    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.569508  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1295  isocitrate dehydrogenase  64.36 
 
 
480 aa  617  1e-175  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0769313  normal  0.338174 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1557  isocitrate dehydrogenase  63.1 
 
 
480 aa  608  1e-173  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1134  isocitrate dehydrogenase  61.95 
 
 
481 aa  608  1e-173  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.404972 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0444  isocitrate dehydrogenase  61.13 
 
 
478 aa  604  9.999999999999999e-173  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3335  isocitrate dehydrogenase  62.26 
 
 
482 aa  599  1e-170  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.743871 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2190  isocitrate dehydrogenase  60.88 
 
 
485 aa  597  1e-169  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4313  isocitrate dehydrogenase  61.38 
 
 
456 aa  551  1e-155  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0560117 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0890  isocitrate dehydrogenase  49.69 
 
 
482 aa  492  9.999999999999999e-139  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1114  isocitrate dehydrogenase  49.69 
 
 
482 aa  487  1e-136  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0791  isocitrate dehydrogenase  48.52 
 
 
472 aa  477  1e-133  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0172  isocitrate dehydrogenase  47.98 
 
 
471 aa  469  1.0000000000000001e-131  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2029  isocitrate dehydrogenase  41.46 
 
 
487 aa  352  1e-95  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0525  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  43.15 
 
 
335 aa  273  4.0000000000000004e-72  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000187732  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1102  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  45.75 
 
 
334 aa  271  1e-71  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0287  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  42.94 
 
 
348 aa  271  2e-71  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.48991 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1038  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  45.75 
 
 
336 aa  271  2e-71  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0993  isocitrate dehydrogenase (NADP)  43.15 
 
 
336 aa  270  2.9999999999999997e-71  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000014677  normal  0.0984652 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3071  isocitrate dehydrogenase, NAD-dependent, putative  41.18 
 
 
340 aa  266  5e-70  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0788  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  41.57 
 
 
361 aa  264  2e-69  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01003  hypothetical protein similar to isocitrate dehydrogenase (Broad)  41.04 
 
 
385 aa  263  6e-69  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.97635  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1706  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  42.95 
 
 
331 aa  263  6e-69  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1393  isocitrate dehydrogenase  41.06 
 
 
335 aa  262  1e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.150123  normal  0.145781 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2992  isocitrate dehydrogenase  41.06 
 
 
335 aa  262  1e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0272592  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1354  isocitrate dehydrogenase  41.06 
 
 
335 aa  262  1e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.308033  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1368  isocitrate dehydrogenase  41.06 
 
 
335 aa  262  1e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0157662  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4042  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  40.99 
 
 
348 aa  261  2e-68  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08060  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.48 
 
 
331 aa  261  2e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000201667  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2077  isocitrate dehydrogenase  43.53 
 
 
335 aa  258  1e-67  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02485  isocitrate dehydrogenase  44.67 
 
 
335 aa  259  1e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.413989  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2166  isocitrate dehydrogenase  43.7 
 
 
335 aa  258  2e-67  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2760  isocitrate dehydrogenase  40.47 
 
 
335 aa  257  3e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000146661  normal  0.225413 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2980  isocitrate dehydrogenase  41.06 
 
 
336 aa  256  5e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2720  isocitrate dehydrogenase  40.18 
 
 
336 aa  256  8e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273137  normal  0.0347586 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2791  isocitrate dehydrogenase  40.18 
 
 
336 aa  256  8e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000299358  normal  0.0670544 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1286  isocitrate dehydrogenase  40.18 
 
 
336 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000741785  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2890  isocitrate dehydrogenase  40.18 
 
 
336 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000476084  hitchhiker  0.00000772445 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2561  isocitrate dehydrogenase  40.18 
 
 
336 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1297  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  43.97 
 
 
336 aa  254  2.0000000000000002e-66  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2779  isocitrate dehydrogenase  39.77 
 
 
336 aa  254  3e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_392  isocitrate dehydrogenase  40.34 
 
 
359 aa  253  4.0000000000000004e-66  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.952399  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0450  isocitrate dehydrogenase, putative  40.34 
 
 
359 aa  253  6e-66  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0427  isocitrate dehydrogenase (NADP)  40.62 
 
 
359 aa  252  8.000000000000001e-66  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1538  isocitrate dehydrogenase  40.18 
 
 
335 aa  252  1e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3466  isocitrate dehydrogenase  39.88 
 
 
335 aa  251  2e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.954346  hitchhiker  0.000126516 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3318  isocitrate dehydrogenase  39.88 
 
 
335 aa  251  3e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2154  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  40.12 
 
 
333 aa  250  4e-65  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_42313  mitochondrial isocitrate dehydrogenase (NAD+) subunit 2  41.3 
 
 
367 aa  250  5e-65  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  hitchhiker  0.00286555  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0404  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  40.36 
 
 
334 aa  249  8e-65  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.638011 
 
 
-
 
NC_006670  CNA04610  isocitrate dehydrogenase, putative  43.35 
 
 
379 aa  249  9e-65  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.673993  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2423  isocitrate dehydrogenase  40.76 
 
 
336 aa  248  1e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000245229  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0828  isocitrate dehydrogenase  47.73 
 
 
334 aa  248  1e-64  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.47191  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02380  isocitrate dehydrogenase (NADP)  43.3 
 
 
364 aa  246  4.9999999999999997e-64  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.713853  normal  0.672997 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3540  isocitrate dehydrogenase  39.35 
 
 
335 aa  244  1.9999999999999999e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3197  isocitrate dehydrogenase  39.64 
 
 
335 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03050  isocitrate dehydrogenase  39.05 
 
 
335 aa  241  2e-62  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0609305  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1101  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  41.18 
 
 
344 aa  235  2.0000000000000002e-60  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2334  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  42.25 
 
 
361 aa  233  7.000000000000001e-60  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0664  isocitrate dehydrogenase  42.73 
 
 
335 aa  231  2e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.430122 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0777  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  42.25 
 
 
345 aa  229  1e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0214  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  41.54 
 
 
342 aa  228  2e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.6389  normal  0.0659244 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_91057  isocitrate dehydrogenase  37.17 
 
 
362 aa  219  6e-56  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.433771 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0079  Isocitrate dehydrogenase (NADP(+))  36.01 
 
 
389 aa  219  7e-56  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1172  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  39.81 
 
 
335 aa  216  5.9999999999999996e-55  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.651985 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0665  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  40.57 
 
 
344 aa  216  7e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0353  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  37.34 
 
 
330 aa  215  1.9999999999999998e-54  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0234047  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3304  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.06 
 
 
331 aa  215  1.9999999999999998e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.652858  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1558  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  37.03 
 
 
330 aa  212  1e-53  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.262348 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05790  isocitrate dehydrogenase subunit 1, mitochondrial precursor (Broad)  35.55 
 
 
439 aa  211  3e-53  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.650799  normal  0.420111 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4250  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  40.57 
 
 
343 aa  211  3e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1434  isocitrate dehydrogenase  42.39 
 
 
338 aa  210  6e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.13761  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1069  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  35.08 
 
 
337 aa  209  9e-53  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1068  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  37.03 
 
 
330 aa  207  3e-52  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4079  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  40.34 
 
 
343 aa  207  3e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0651  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.97 
 
 
326 aa  207  4e-52  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.443768  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1463  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  39.63 
 
 
399 aa  207  4e-52  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00933786  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1775  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  37.77 
 
 
339 aa  206  6e-52  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0040  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  36.88 
 
 
337 aa  205  1e-51  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.101406  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0128  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  37.77 
 
 
339 aa  204  4e-51  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.0813409 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1693  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  36.58 
 
 
331 aa  203  5e-51  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0688  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  37.77 
 
 
339 aa  203  5e-51  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.705253  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1416  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  35.96 
 
 
330 aa  200  6e-50  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2380  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  39.37 
 
 
344 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2411  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  38.92 
 
 
345 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0549  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  37.58 
 
 
375 aa  199  1.0000000000000001e-49  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.229929  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0855  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenases  37.61 
 
 
323 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2064  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.51 
 
 
325 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.189691 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3096  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  38.29 
 
 
387 aa  197  4.0000000000000005e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000077544  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3896  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  36.13 
 
 
411 aa  195  1e-48  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.16256 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3600  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.75 
 
 
332 aa  194  3e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.177438 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2290  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  36.58 
 
 
589 aa  192  9e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2885  3-isopropylmalate dehydrogenase  44.44 
 
 
362 aa  192  1e-47  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.566713  n/a   
 
 
-
 
NC_006679  CNJ02060  isocitrate dehydrogenase (NAD+), putative  35.73 
 
 
378 aa  191  2e-47  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0021  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  36.22 
 
 
417 aa  192  2e-47  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0001  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  34.86 
 
 
412 aa  191  2.9999999999999997e-47  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0183219  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2659  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  37.01 
 
 
326 aa  191  2.9999999999999997e-47  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.122672  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1337  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.62 
 
 
334 aa  189  8e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0443699  normal  0.850661 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0262  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  34.36 
 
 
586 aa  189  1e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.141081  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1781  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  37.46 
 
 
336 aa  188  2e-46  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0088  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.45 
 
 
336 aa  188  2e-46  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00287551  hitchhiker  0.00000627763 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>