More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_2411 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_2380  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  98.54 
 
 		 344 aa  675    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2411  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  100 
 
 		 345 aa  692    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4079  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  86.43 
 
 		 343 aa  589  1e-167  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4250  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  82.16 
 
 		 343 aa  559  1e-158  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0777  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  65.69 
 
 		 345 aa  448  1e-125  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0665  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  66.07 
 
 		 344 aa  437  9.999999999999999e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0214  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  61.11 
 
 		 342 aa  431  1e-119  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.6389  normal  0.0659244 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3071  isocitrate dehydrogenase, NAD-dependent, putative  52.07 
 
 		 340 aa  343  2e-93  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2166  isocitrate dehydrogenase  53.12 
 
 		 335 aa  335  5e-91  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2077  isocitrate dehydrogenase  52.82 
 
 		 335 aa  334  1e-90  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0828  isocitrate dehydrogenase  53.25 
 
 		 334 aa  331  1e-89  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.47191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02485  isocitrate dehydrogenase  53.12 
 
 		 335 aa  328  6e-89  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.413989  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0287  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  51.02 
 
 		 348 aa  326  3e-88  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.48991 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3540  isocitrate dehydrogenase  49.55 
 
 		 335 aa  323  2e-87  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3197  isocitrate dehydrogenase  49.85 
 
 		 335 aa  323  3e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3466  isocitrate dehydrogenase  50.59 
 
 		 335 aa  322  4e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.954346  hitchhiker  0.000126516 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1538  isocitrate dehydrogenase  50.15 
 
 		 335 aa  319  3.9999999999999996e-86  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3318  isocitrate dehydrogenase  50.45 
 
 		 335 aa  319  3.9999999999999996e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2720  isocitrate dehydrogenase  49.85 
 
 		 336 aa  319  5e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273137  normal  0.0347586 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2791  isocitrate dehydrogenase  49.85 
 
 		 336 aa  319  5e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000299358  normal  0.0670544 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2760  isocitrate dehydrogenase  49.85 
 
 		 335 aa  318  7e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000146661  normal  0.225413 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2890  isocitrate dehydrogenase  49.85 
 
 		 336 aa  318  7e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000476084  hitchhiker  0.00000772445 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1286  isocitrate dehydrogenase  49.85 
 
 		 336 aa  318  9e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000741785  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03050  isocitrate dehydrogenase  50.15 
 
 		 335 aa  318  1e-85  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0609305  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1706  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  51.8 
 
 		 331 aa  317  2e-85  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2980  isocitrate dehydrogenase  50.15 
 
 		 336 aa  315  6e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1368  isocitrate dehydrogenase  49.55 
 
 		 335 aa  314  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0157662  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2992  isocitrate dehydrogenase  49.55 
 
 		 335 aa  314  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0272592  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1393  isocitrate dehydrogenase  49.55 
 
 		 335 aa  314  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.150123  normal  0.145781 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1354  isocitrate dehydrogenase  49.55 
 
 		 335 aa  314  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.308033  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2423  isocitrate dehydrogenase  50.75 
 
 		 336 aa  312  5.999999999999999e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000245229  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2779  isocitrate dehydrogenase  49.55 
 
 		 336 aa  312  6.999999999999999e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2561  isocitrate dehydrogenase  49.25 
 
 		 336 aa  310  2e-83  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02380  isocitrate dehydrogenase (NADP)  48.19 
 
 		 364 aa  306  4.0000000000000004e-82  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.713853  normal  0.672997 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1102  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  50.74 
 
 		 334 aa  299  6e-80  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2154  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  46.43 
 
 		 333 aa  295  6e-79  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08060  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.85 
 
 		 331 aa  295  8e-79  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000201667  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0664  isocitrate dehydrogenase  51.79 
 
 		 335 aa  295  8e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.430122 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0788  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  45.66 
 
 		 361 aa  293  3e-78  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1434  isocitrate dehydrogenase  50.59 
 
 		 338 aa  289  4e-77  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.13761  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4042  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  46.31 
 
 		 348 aa  289  4e-77  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0525  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  46.31 
 
 		 335 aa  285  8e-76  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000187732  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1297  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  47.49 
 
 		 336 aa  285  8e-76  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0993  isocitrate dehydrogenase (NADP)  48.51 
 
 		 336 aa  285  9e-76  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000014677  normal  0.0984652 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1038  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  48.95 
 
 		 336 aa  284  1.0000000000000001e-75  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0404  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  45.27 
 
 		 334 aa  283  2.0000000000000002e-75  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.638011 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01003  hypothetical protein similar to isocitrate dehydrogenase (Broad)  45.27 
 
 		 385 aa  276  5e-73  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.97635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0040  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  43.6 
 
 		 337 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.101406  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1775  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  43.19 
 
 		 339 aa  273  3e-72  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2334  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  45.22 
 
 		 361 aa  273  3e-72  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0688  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  42.61 
 
 		 339 aa  268  1e-70  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.705253  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0128  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  41.74 
 
 		 339 aa  265  8e-70  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.0813409 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_392  isocitrate dehydrogenase  44.91 
 
 		 359 aa  263  4.999999999999999e-69  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.952399  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0427  isocitrate dehydrogenase (NADP)  44.91 
 
 		 359 aa  262  6e-69  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0450  isocitrate dehydrogenase, putative  44.15 
 
 		 359 aa  261  2e-68  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2029  isocitrate dehydrogenase  48.34 
 
 		 487 aa  258  8e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1101  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  46.57 
 
 		 344 aa  252  5.000000000000001e-66  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_42313  mitochondrial isocitrate dehydrogenase (NAD+) subunit 2  39.77 
 
 		 367 aa  246  4.9999999999999997e-64  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  hitchhiker  0.00286555  normal  1 
 
 
-
 
NC_006670  CNA04610  isocitrate dehydrogenase, putative  43.79 
 
 		 379 aa  242  7e-63  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.673993  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2738  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.77 
 
 		 335 aa  240  2.9999999999999997e-62  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1484  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  40.06 
 
 		 343 aa  239  4e-62  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1337  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.95 
 
 		 334 aa  239  5.999999999999999e-62  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0443699  normal  0.850661 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1458  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.72 
 
 		 333 aa  239  5.999999999999999e-62  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.568664  normal  0.0894322 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0444  isocitrate dehydrogenase  41.69 
 
 		 478 aa  238  8e-62  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_91057  isocitrate dehydrogenase  41 
 
 		 362 aa  238  1e-61  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.433771 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0651  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.31 
 
 		 326 aa  237  2e-61  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.443768  n/a   
 
 
-
 
NC_006679  CNJ02060  isocitrate dehydrogenase (NAD+), putative  40.29 
 
 		 378 aa  236  4e-61  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0079  Isocitrate dehydrogenase (NADP(+))  40.5 
 
 		 389 aa  236  6e-61  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3471  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.78 
 
 		 360 aa  234  1.0000000000000001e-60  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.023683 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3304  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.07 
 
 		 331 aa  233  5e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.652858  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0855  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenases  42.14 
 
 		 323 aa  230  2e-59  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1557  isocitrate dehydrogenase  43.1 
 
 		 480 aa  228  1e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1134  isocitrate dehydrogenase  40.7 
 
 		 481 aa  228  1e-58  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.404972 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0166  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.36 
 
 		 370 aa  228  1e-58  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.294157  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2190  isocitrate dehydrogenase  41.52 
 
 		 485 aa  227  3e-58  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1057  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.89 
 
 		 362 aa  226  4e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.101264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1069  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  38.53 
 
 		 337 aa  226  4e-58  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05790  isocitrate dehydrogenase subunit 1, mitochondrial precursor (Broad)  39.53 
 
 		 439 aa  224  1e-57  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.650799  normal  0.420111 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1295  isocitrate dehydrogenase  38.66 
 
 		 480 aa  219  7e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0769313  normal  0.338174 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3600  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.2 
 
 		 332 aa  218  1e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.177438 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2611  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.05 
 
 		 360 aa  216  4e-55  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0404939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0890  isocitrate dehydrogenase  38.89 
 
 		 482 aa  215  9e-55  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1114  isocitrate dehydrogenase  39.13 
 
 		 482 aa  215  9.999999999999999e-55  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0353  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  38.84 
 
 		 330 aa  214  9.999999999999999e-55  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0234047  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3335  isocitrate dehydrogenase  38.51 
 
 		 482 aa  214  1.9999999999999998e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.743871 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2572  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.05 
 
 		 360 aa  213  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2617  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.05 
 
 		 360 aa  213  2.9999999999999995e-54  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.89884 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4313  isocitrate dehydrogenase  38.95 
 
 		 456 aa  213  3.9999999999999995e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0560117 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1558  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  39.31 
 
 		 330 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.262348 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1797  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.52 
 
 		 329 aa  212  7e-54  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2464  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  37.54 
 
 		 380 aa  212  9e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1693  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  38.4 
 
 		 331 aa  210  3e-53  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1068  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  38.84 
 
 		 330 aa  210  4e-53  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1739  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  37.74 
 
 		 382 aa  209  5e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1781  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  37.8 
 
 		 336 aa  209  7e-53  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1815  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.46 
 
 		 325 aa  206  5e-52  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00000286516 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0586  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  35.82 
 
 		 430 aa  205  1e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0791  isocitrate dehydrogenase  40.31 
 
 		 472 aa  205  1e-51  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3476  isocitrate dehydrogenase (NADP)  37.32 
 
 		 382 aa  204  1e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.99614  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2064  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.69 
 
 		 325 aa  204  1e-51  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.189691 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>