More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_0214 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011365  Gdia_0214  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  100 
 
 
342 aa  694    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.6389  normal  0.0659244 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0777  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  67.26 
 
 
345 aa  462  1e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4079  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  62.8 
 
 
343 aa  420  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4250  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  61.65 
 
 
343 aa  413  1e-114  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2380  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  61.95 
 
 
344 aa  414  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2411  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  61.11 
 
 
345 aa  413  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0665  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  61.18 
 
 
344 aa  409  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3071  isocitrate dehydrogenase, NAD-dependent, putative  54.63 
 
 
340 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0287  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  53.67 
 
 
348 aa  344  1e-93  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.48991 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3466  isocitrate dehydrogenase  51.76 
 
 
335 aa  336  3.9999999999999995e-91  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.954346  hitchhiker  0.000126516 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2760  isocitrate dehydrogenase  51.47 
 
 
335 aa  335  7.999999999999999e-91  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000146661  normal  0.225413 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1354  isocitrate dehydrogenase  51.76 
 
 
335 aa  334  1e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.308033  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1368  isocitrate dehydrogenase  51.76 
 
 
335 aa  334  1e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0157662  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2992  isocitrate dehydrogenase  51.76 
 
 
335 aa  334  1e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0272592  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1393  isocitrate dehydrogenase  51.76 
 
 
335 aa  334  1e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.150123  normal  0.145781 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3318  isocitrate dehydrogenase  51.18 
 
 
335 aa  333  2e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03050  isocitrate dehydrogenase  52.85 
 
 
335 aa  333  2e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0609305  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0788  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  50 
 
 
361 aa  334  2e-90  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3197  isocitrate dehydrogenase  51.65 
 
 
335 aa  332  4e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1286  isocitrate dehydrogenase  51.76 
 
 
336 aa  332  7.000000000000001e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000741785  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2720  isocitrate dehydrogenase  51.47 
 
 
336 aa  332  8e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273137  normal  0.0347586 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2791  isocitrate dehydrogenase  51.47 
 
 
336 aa  332  8e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000299358  normal  0.0670544 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3540  isocitrate dehydrogenase  52.25 
 
 
335 aa  331  1e-89  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2890  isocitrate dehydrogenase  51.47 
 
 
336 aa  331  1e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000476084  hitchhiker  0.00000772445 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2561  isocitrate dehydrogenase  51.91 
 
 
336 aa  330  2e-89  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1538  isocitrate dehydrogenase  51.47 
 
 
335 aa  329  3e-89  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02380  isocitrate dehydrogenase (NADP)  50.7 
 
 
364 aa  327  1.0000000000000001e-88  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.713853  normal  0.672997 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2779  isocitrate dehydrogenase  51.18 
 
 
336 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2154  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  51.8 
 
 
333 aa  328  1.0000000000000001e-88  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1102  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  53.94 
 
 
334 aa  326  3e-88  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0525  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  51.5 
 
 
335 aa  325  6e-88  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000187732  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1038  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  53.33 
 
 
336 aa  324  1e-87  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2980  isocitrate dehydrogenase  51.35 
 
 
336 aa  324  1e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1706  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  50.9 
 
 
331 aa  324  2e-87  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4042  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  49.24 
 
 
348 aa  322  8e-87  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0993  isocitrate dehydrogenase (NADP)  51.2 
 
 
336 aa  320  1.9999999999999998e-86  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000014677  normal  0.0984652 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2423  isocitrate dehydrogenase  51.18 
 
 
336 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000245229  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08060  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.65 
 
 
331 aa  320  3e-86  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000201667  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0404  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  50.6 
 
 
334 aa  316  4e-85  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.638011 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1297  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  50.45 
 
 
336 aa  310  2e-83  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2077  isocitrate dehydrogenase  50.75 
 
 
335 aa  308  1.0000000000000001e-82  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2166  isocitrate dehydrogenase  50.75 
 
 
335 aa  307  1.0000000000000001e-82  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0828  isocitrate dehydrogenase  51.95 
 
 
334 aa  307  2.0000000000000002e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.47191  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2334  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  48.99 
 
 
361 aa  303  3.0000000000000004e-81  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02485  isocitrate dehydrogenase  50.9 
 
 
335 aa  300  2e-80  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.413989  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0664  isocitrate dehydrogenase  51.74 
 
 
335 aa  300  2e-80  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.430122 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1434  isocitrate dehydrogenase  53.29 
 
 
338 aa  296  3e-79  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.13761  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_392  isocitrate dehydrogenase  45.92 
 
 
359 aa  295  7e-79  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.952399  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0427  isocitrate dehydrogenase (NADP)  48.35 
 
 
359 aa  295  9e-79  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0450  isocitrate dehydrogenase, putative  45.25 
 
 
359 aa  292  6e-78  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01003  hypothetical protein similar to isocitrate dehydrogenase (Broad)  45.91 
 
 
385 aa  288  6e-77  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.97635  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA04610  isocitrate dehydrogenase, putative  47.66 
 
 
379 aa  280  4e-74  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.673993  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_91057  isocitrate dehydrogenase  44.21 
 
 
362 aa  270  2.9999999999999997e-71  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal  0.433771 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0079  Isocitrate dehydrogenase (NADP(+))  40.93 
 
 
389 aa  267  2.9999999999999995e-70  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1101  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  46.13 
 
 
344 aa  265  5.999999999999999e-70  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2029  isocitrate dehydrogenase  48.45 
 
 
487 aa  263  3e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_42313  mitochondrial isocitrate dehydrogenase (NAD+) subunit 2  43.11 
 
 
367 aa  263  4e-69  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  hitchhiker  0.00286555  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05790  isocitrate dehydrogenase subunit 1, mitochondrial precursor (Broad)  44.81 
 
 
439 aa  262  6.999999999999999e-69  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.650799  normal  0.420111 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1775  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  41.84 
 
 
339 aa  258  8e-68  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0040  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  43.16 
 
 
337 aa  256  3e-67  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.101406  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0128  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  41.25 
 
 
339 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.0813409 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0688  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  41.54 
 
 
339 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.705253  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1458  3-isopropylmalate dehydrogenase  44.31 
 
 
333 aa  249  4e-65  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.568664  normal  0.0894322 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1557  isocitrate dehydrogenase  43.73 
 
 
480 aa  246  6e-64  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1337  3-isopropylmalate dehydrogenase  44.91 
 
 
334 aa  245  8e-64  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0443699  normal  0.850661 
 
 
-
 
NC_006679  CNJ02060  isocitrate dehydrogenase (NAD+), putative  40.4 
 
 
378 aa  244  9.999999999999999e-64  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2738  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.99 
 
 
335 aa  244  1.9999999999999999e-63  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2190  isocitrate dehydrogenase  44.65 
 
 
485 aa  243  3e-63  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1484  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  41 
 
 
343 aa  240  2e-62  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3335  isocitrate dehydrogenase  40.58 
 
 
482 aa  239  6.999999999999999e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.743871 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1069  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  39.31 
 
 
337 aa  236  3e-61  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0166  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.24 
 
 
370 aa  234  1.0000000000000001e-60  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.294157  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0651  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.87 
 
 
326 aa  233  5e-60  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.443768  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0791  isocitrate dehydrogenase  41.62 
 
 
472 aa  232  8.000000000000001e-60  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0444  isocitrate dehydrogenase  40.52 
 
 
478 aa  232  8.000000000000001e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3304  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.95 
 
 
331 aa  232  8.000000000000001e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.652858  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1134  isocitrate dehydrogenase  41.57 
 
 
481 aa  231  2e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.404972 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0088  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.58 
 
 
336 aa  229  6e-59  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00287551  hitchhiker  0.00000627763 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1295  isocitrate dehydrogenase  40.52 
 
 
480 aa  229  7e-59  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0769313  normal  0.338174 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4313  isocitrate dehydrogenase  41.06 
 
 
456 aa  227  3e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0560117 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0172  isocitrate dehydrogenase  43.04 
 
 
471 aa  227  3e-58  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1057  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.18 
 
 
362 aa  224  2e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.101264  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1114  isocitrate dehydrogenase  40 
 
 
482 aa  224  2e-57  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0602  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.09 
 
 
325 aa  223  4e-57  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.785398 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1739  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  40.11 
 
 
382 aa  223  4e-57  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0890  isocitrate dehydrogenase  40.99 
 
 
482 aa  221  9.999999999999999e-57  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2611  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.28 
 
 
360 aa  220  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0404939  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1781  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  39 
 
 
336 aa  219  3.9999999999999997e-56  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0021  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  36.41 
 
 
417 aa  219  5e-56  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1985  Isocitrate dehydrogenase (NADP(+))  38.48 
 
 
385 aa  219  5e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.865956  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3471  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.85 
 
 
360 aa  219  6e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.023683 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0353  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  38.12 
 
 
330 aa  218  1e-55  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0234047  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1693  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  40.24 
 
 
331 aa  218  2e-55  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2572  3-isopropylmalate dehydrogenase  39 
 
 
360 aa  216  4e-55  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2617  3-isopropylmalate dehydrogenase  39 
 
 
360 aa  216  4e-55  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.89884 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1984  isocitrate dehydrogenase  41.54 
 
 
483 aa  216  5.9999999999999996e-55  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.569508  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0101  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  38.14 
 
 
380 aa  215  7e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3476  isocitrate dehydrogenase (NADP)  38.42 
 
 
382 aa  215  7e-55  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.99614  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1558  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  37.98 
 
 
330 aa  215  8e-55  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.262348 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2464  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  39.3 
 
 
380 aa  215  9.999999999999999e-55  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>