More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_3616 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_3616  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 		 360 aa  717    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.79276  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2488  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.43 
 
 		 377 aa  479  1e-134  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2611  3-isopropylmalate dehydrogenase  60 
 
 		 360 aa  414  1e-114  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0404939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2572  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.71 
 
 		 360 aa  411  1e-114  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2617  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.71 
 
 		 360 aa  411  1e-114  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.89884 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2885  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.67 
 
 		 362 aa  363  3e-99  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.566713  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1270  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.43 
 
 		 353 aa  325  1e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1349  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.7 
 
 		 356 aa  292  5e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0357942 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1172  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  43.8 
 
 		 335 aa  275  1.0000000000000001e-72  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.651985 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0329  3-isopropylmalate dehydrogenase oxidoreductase protein  44.38 
 
 		 365 aa  269  4e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00841082  normal  0.066253 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1069  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  36.62 
 
 		 337 aa  256  3e-67  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0353  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  41.24 
 
 		 330 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0234047  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0525  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  43.02 
 
 		 335 aa  254  2.0000000000000002e-66  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000187732  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1558  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  40.96 
 
 		 330 aa  251  2e-65  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.262348 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1068  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  40.68 
 
 		 330 aa  249  6e-65  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0128  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  40.44 
 
 		 339 aa  245  6.999999999999999e-64  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.0813409 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03050  isocitrate dehydrogenase  40.85 
 
 		 335 aa  245  9e-64  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0609305  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1458  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.02 
 
 		 333 aa  245  9e-64  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.568664  normal  0.0894322 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2980  isocitrate dehydrogenase  40.74 
 
 		 336 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2720  isocitrate dehydrogenase  41.31 
 
 		 336 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273137  normal  0.0347586 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2791  isocitrate dehydrogenase  41.31 
 
 		 336 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000299358  normal  0.0670544 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1393  isocitrate dehydrogenase  41.6 
 
 		 335 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.150123  normal  0.145781 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1368  isocitrate dehydrogenase  41.6 
 
 		 335 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0157662  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2992  isocitrate dehydrogenase  41.6 
 
 		 335 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0272592  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1354  isocitrate dehydrogenase  41.6 
 
 		 335 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.308033  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1286  isocitrate dehydrogenase  41.31 
 
 		 336 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000741785  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3318  isocitrate dehydrogenase  41.31 
 
 		 335 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2890  isocitrate dehydrogenase  41.31 
 
 		 336 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000476084  hitchhiker  0.00000772445 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1337  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.94 
 
 		 334 aa  244  1.9999999999999999e-63  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0443699  normal  0.850661 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1775  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  39.34 
 
 		 339 aa  243  3e-63  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2760  isocitrate dehydrogenase  40.74 
 
 		 335 aa  243  3e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000146661  normal  0.225413 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1538  isocitrate dehydrogenase  41.31 
 
 		 335 aa  242  7.999999999999999e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2779  isocitrate dehydrogenase  40.46 
 
 		 336 aa  242  7.999999999999999e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3466  isocitrate dehydrogenase  41.03 
 
 		 335 aa  241  1e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.954346  hitchhiker  0.000126516 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2561  isocitrate dehydrogenase  40.74 
 
 		 336 aa  241  1e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0248  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.21 
 
 		 338 aa  241  2e-62  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2423  isocitrate dehydrogenase  41.08 
 
 		 336 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000245229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0688  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  38.52 
 
 		 339 aa  239  5e-62  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.705253  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3071  isocitrate dehydrogenase, NAD-dependent, putative  40.45 
 
 		 340 aa  237  2e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0013  tartrate dehydrogenase  41.37 
 
 		 361 aa  237  3e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.562064  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0015  tartrate dehydrogenase  41.32 
 
 		 361 aa  235  8e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.582572  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4976  tartrate dehydrogenase  40.6 
 
 		 361 aa  235  8e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.260447 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0014  tartrate dehydrogenase  41.32 
 
 		 396 aa  235  8e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1518  tartrate dehydrogenase  41.32 
 
 		 361 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0040  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  38.03 
 
 		 337 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.101406  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0014  tartrate dehydrogenase  41.05 
 
 		 396 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1440  tartrate dehydrogenase  41.05 
 
 		 396 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.918707  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3119  tartrate dehydrogenase  39.95 
 
 		 361 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.560856 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1159  tartrate dehydrogenase  41.05 
 
 		 396 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0011  tartrate dehydrogenase  41.05 
 
 		 361 aa  233  3e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1693  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  38.7 
 
 		 331 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3197  isocitrate dehydrogenase  39.72 
 
 		 335 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3540  isocitrate dehydrogenase  39.15 
 
 		 335 aa  232  7.000000000000001e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2077  isocitrate dehydrogenase  39.89 
 
 		 335 aa  231  1e-59  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1706  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  39.42 
 
 		 331 aa  231  2e-59  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2166  isocitrate dehydrogenase  39.89 
 
 		 335 aa  231  2e-59  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3173  tartrate dehydrogenase  39.51 
 
 		 361 aa  230  3e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5152  tartrate dehydrogenase  39.95 
 
 		 361 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5707  tartrate dehydrogenase  39.95 
 
 		 361 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0365882 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4532  tartrate dehydrogenase  39.95 
 
 		 361 aa  229  4e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.946498 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0993  isocitrate dehydrogenase (NADP)  40.92 
 
 		 336 aa  229  5e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000014677  normal  0.0984652 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5317  tartrate dehydrogenase  40.71 
 
 		 361 aa  229  5e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6571  tartrate dehydrogenase  39.51 
 
 		 359 aa  228  1e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3471  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.24 
 
 		 360 aa  228  1e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.023683 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0287  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  41.64 
 
 		 348 aa  228  1e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.48991 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02485  isocitrate dehydrogenase  40.4 
 
 		 335 aa  227  2e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.413989  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4042  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  38.53 
 
 		 348 aa  227  2e-58  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2804  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.95 
 
 		 359 aa  227  3e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.84525  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1846  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.78 
 
 		 350 aa  226  5.0000000000000005e-58  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1601  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.27 
 
 		 352 aa  226  5.0000000000000005e-58  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0498293 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1038  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  40.82 
 
 		 336 aa  226  6e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1781  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  36.96 
 
 		 336 aa  225  8e-58  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0828  isocitrate dehydrogenase  39.89 
 
 		 334 aa  225  1e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.47191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1057  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.44 
 
 		 362 aa  225  1e-57  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.101264  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1102  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  40.4 
 
 		 334 aa  224  2e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1183  tartrate dehydrogenase  41.05 
 
 		 349 aa  224  2e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.272593  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2396  tartrate dehydrogenase  38.54 
 
 		 373 aa  223  4e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0821619  normal  0.606865 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1416  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  37.75 
 
 		 330 aa  223  4.9999999999999996e-57  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6279  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.92 
 
 		 363 aa  222  6e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.00000172683  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0088  3-isopropylmalate dehydrogenase  36 
 
 		 336 aa  222  7e-57  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00287551  hitchhiker  0.00000627763 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1605  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.11 
 
 		 325 aa  222  9e-57  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5638  tartrate dehydrogenase  39.89 
 
 		 362 aa  221  1.9999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2738  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.69 
 
 		 335 aa  220  3e-56  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1486  tartrate dehydrogenase  38.9 
 
 		 360 aa  219  5e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.197806  hitchhiker  0.00128881 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3600  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.39 
 
 		 332 aa  219  7e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.177438 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0651  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.29 
 
 		 326 aa  219  7e-56  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.443768  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04003  tartrate dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G04150)  38.59 
 
 		 351 aa  217  2e-55  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.538835  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2662  tartrate dehydrogenase  37.97 
 
 		 364 aa  218  2e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508333  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1788  tartrate dehydrogenase  37.84 
 
 		 361 aa  217  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0769  tartrate dehydrogenase  39.66 
 
 		 362 aa  218  2e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0696899 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2029  isocitrate dehydrogenase  45.36 
 
 		 487 aa  217  2.9999999999999998e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND03850  isocitrate dehydrogenase, putative  37.73 
 
 		 370 aa  216  4e-55  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6098  tartrate dehydrogenase  38.63 
 
 		 360 aa  216  5e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.609209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0855  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenases  40.97 
 
 		 323 aa  216  5e-55  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0593  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.76 
 
 		 363 aa  216  5.9999999999999996e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2064  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.65 
 
 		 325 aa  215  9.999999999999999e-55  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.189691 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00190  tartrate dehydrogenase, putative  38.46 
 
 		 374 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2698  tartrate dehydrogenase  39.39 
 
 		 364 aa  214  1.9999999999999998e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1320  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.27 
 
 		 343 aa  214  1.9999999999999998e-54  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2196  tartrate dehydrogenase  37.33 
 
 		 363 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>