More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_2488 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_2488  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 
377 aa  762    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3616  3-isopropylmalate dehydrogenase  69.43 
 
 
360 aa  481  1e-134  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.79276  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2572  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.7 
 
 
360 aa  392  1e-108  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2617  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.7 
 
 
360 aa  392  1e-108  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.89884 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2611  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.98 
 
 
360 aa  394  1e-108  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0404939  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2885  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.27 
 
 
362 aa  366  1e-100  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.566713  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1270  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.57 
 
 
353 aa  315  8e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0329  3-isopropylmalate dehydrogenase oxidoreductase protein  46 
 
 
365 aa  281  2e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00841082  normal  0.066253 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1349  3-isopropylmalate dehydrogenase  45.37 
 
 
356 aa  274  2.0000000000000002e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0357942 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1172  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  43.23 
 
 
335 aa  273  3e-72  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.651985 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2561  isocitrate dehydrogenase  40.62 
 
 
336 aa  241  1e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2720  isocitrate dehydrogenase  40.62 
 
 
336 aa  241  1e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273137  normal  0.0347586 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2791  isocitrate dehydrogenase  40.62 
 
 
336 aa  241  1e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000299358  normal  0.0670544 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2890  isocitrate dehydrogenase  40.62 
 
 
336 aa  241  1e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000476084  hitchhiker  0.00000772445 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2760  isocitrate dehydrogenase  40.62 
 
 
335 aa  239  5e-62  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000146661  normal  0.225413 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3318  isocitrate dehydrogenase  40.62 
 
 
335 aa  239  6.999999999999999e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2779  isocitrate dehydrogenase  40.06 
 
 
336 aa  238  1e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0525  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  39.01 
 
 
335 aa  237  2e-61  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000187732  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1286  isocitrate dehydrogenase  40.34 
 
 
336 aa  236  3e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000741785  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1368  isocitrate dehydrogenase  40.34 
 
 
335 aa  236  4e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0157662  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1393  isocitrate dehydrogenase  40.34 
 
 
335 aa  236  4e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.150123  normal  0.145781 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2992  isocitrate dehydrogenase  40.34 
 
 
335 aa  236  4e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0272592  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1354  isocitrate dehydrogenase  40.34 
 
 
335 aa  236  4e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.308033  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1337  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.22 
 
 
334 aa  236  5.0000000000000005e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0443699  normal  0.850661 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1558  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  39.09 
 
 
330 aa  236  7e-61  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.262348 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3466  isocitrate dehydrogenase  40.06 
 
 
335 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.954346  hitchhiker  0.000126516 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0353  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  39.24 
 
 
330 aa  233  3e-60  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0234047  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1538  isocitrate dehydrogenase  40.34 
 
 
335 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2423  isocitrate dehydrogenase  40.62 
 
 
336 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000245229  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2980  isocitrate dehydrogenase  38.92 
 
 
336 aa  233  5e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1068  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  38.53 
 
 
330 aa  232  9e-60  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1069  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  36.57 
 
 
337 aa  231  1e-59  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1706  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  38.07 
 
 
331 aa  229  6e-59  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03050  isocitrate dehydrogenase  40.23 
 
 
335 aa  228  1e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0609305  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3471  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.03 
 
 
360 aa  227  2e-58  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.023683 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1693  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  38.24 
 
 
331 aa  226  6e-58  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3071  isocitrate dehydrogenase, NAD-dependent, putative  38.81 
 
 
340 aa  224  2e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0040  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  37.29 
 
 
337 aa  224  2e-57  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.101406  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2738  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.17 
 
 
335 aa  222  7e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0248  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.79 
 
 
338 aa  221  9.999999999999999e-57  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0688  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  37.36 
 
 
339 aa  221  9.999999999999999e-57  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.705253  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1775  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  37.08 
 
 
339 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02485  isocitrate dehydrogenase  39.26 
 
 
335 aa  221  1.9999999999999999e-56  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.413989  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0128  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  36.8 
 
 
339 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.0813409 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1057  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.89 
 
 
362 aa  220  3e-56  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.101264  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3540  isocitrate dehydrogenase  37.5 
 
 
335 aa  219  3.9999999999999997e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2064  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.64 
 
 
325 aa  219  5e-56  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.189691 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0088  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.93 
 
 
336 aa  218  1e-55  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00287551  hitchhiker  0.00000627763 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1365  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.41 
 
 
356 aa  218  1e-55  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.528909  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2077  isocitrate dehydrogenase  37.43 
 
 
335 aa  218  1e-55  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3796  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.78 
 
 
363 aa  218  1e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1781  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  38.22 
 
 
336 aa  218  2e-55  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2166  isocitrate dehydrogenase  37.43 
 
 
335 aa  217  2e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0287  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  39.66 
 
 
348 aa  217  2.9999999999999998e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.48991 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0593  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.72 
 
 
363 aa  216  5.9999999999999996e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3197  isocitrate dehydrogenase  39.37 
 
 
335 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1677  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.26 
 
 
367 aa  216  8e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1038  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  37.18 
 
 
336 aa  215  9e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5238  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.58 
 
 
356 aa  215  9e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.37874 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1605  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.18 
 
 
325 aa  215  9.999999999999999e-55  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4042  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  37.46 
 
 
348 aa  215  9.999999999999999e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0585  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.08 
 
 
369 aa  215  9.999999999999999e-55  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0320977  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2252  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.62 
 
 
357 aa  214  1.9999999999999998e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1221  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.65 
 
 
357 aa  213  2.9999999999999995e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.725495  normal  0.0144759 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1101  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.68 
 
 
355 aa  213  2.9999999999999995e-54  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.815797  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0078  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.24 
 
 
363 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.656199 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30170  tartrate dehydrogenase  38.12 
 
 
363 aa  214  2.9999999999999995e-54  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3041  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.98 
 
 
356 aa  213  3.9999999999999995e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0080  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.96 
 
 
363 aa  213  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00075  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.24 
 
 
363 aa  213  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3525  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.24 
 
 
363 aa  213  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3584  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.24 
 
 
363 aa  213  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00038703 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00074  hypothetical protein  38.24 
 
 
363 aa  213  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0078  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.24 
 
 
363 aa  213  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0076  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.24 
 
 
363 aa  213  4.9999999999999996e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0123  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.53 
 
 
363 aa  213  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0556005 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0121  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.53 
 
 
363 aa  213  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.165091  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0833  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.88 
 
 
325 aa  213  5.999999999999999e-54  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.53 
 
 
363 aa  213  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1703  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.42 
 
 
351 aa  213  5.999999999999999e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.112603  hitchhiker  0.00699985 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0124  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.53 
 
 
363 aa  213  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.736589  normal  0.998111 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.53 
 
 
363 aa  213  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0349763 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1264  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.13 
 
 
355 aa  212  9e-54  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0067  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.96 
 
 
363 aa  211  1e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2132  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.24 
 
 
348 aa  211  2e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2095  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.24 
 
 
348 aa  211  2e-53  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6279  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.48 
 
 
363 aa  211  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.00000172683  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2140  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.33 
 
 
358 aa  211  2e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0621  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.68 
 
 
363 aa  211  2e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0240916 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0391  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.75 
 
 
358 aa  210  3e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0648  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.23 
 
 
358 aa  210  4e-53  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0597503  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1434  isocitrate dehydrogenase  40.46 
 
 
338 aa  210  4e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.13761  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1102  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  38.46 
 
 
334 aa  210  4e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2066  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.11 
 
 
363 aa  210  4e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1020  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.37 
 
 
356 aa  210  4e-53  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00117198  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1793  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.46 
 
 
356 aa  209  5e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.121615  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2586  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.62 
 
 
359 aa  209  6e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3233  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.62 
 
 
357 aa  209  7e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0488471  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3600  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.38 
 
 
332 aa  209  7e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.177438 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1458  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.14 
 
 
333 aa  209  8e-53  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.568664  normal  0.0894322 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>