More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6279 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6279  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 		 363 aa  732    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.00000172683  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2804  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.82 
 
 		 359 aa  402  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.84525  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3393  3-isopropylmalate dehydrogenase  52 
 
 		 357 aa  322  5e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1558  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  40.11 
 
 		 330 aa  244  9.999999999999999e-64  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.262348 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14420  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase  43.78 
 
 		 356 aa  243  3e-63  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.404223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0353  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  39.26 
 
 		 330 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0234047  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1693  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  40.5 
 
 		 331 aa  239  5e-62  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1486  tartrate dehydrogenase  41.46 
 
 		 360 aa  238  1e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.197806  hitchhiker  0.00128881 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2592  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.58 
 
 		 371 aa  237  2e-61  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.229971  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10890  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.46 
 
 		 358 aa  237  2e-61  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1601  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.15 
 
 		 352 aa  236  4e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0498293 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1068  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  39.43 
 
 		 330 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1057  3-isopropylmalate dehydrogenase  44.29 
 
 		 362 aa  233  3e-60  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.101264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6098  tartrate dehydrogenase  40.93 
 
 		 360 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.609209  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3819  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.69 
 
 		 364 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3471  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.36 
 
 		 364 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.556446 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2226  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.11 
 
 		 359 aa  232  8.000000000000001e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0860  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.32 
 
 		 371 aa  232  9e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2890  isocitrate dehydrogenase  38.59 
 
 		 336 aa  231  1e-59  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000476084  hitchhiker  0.00000772445 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1538  isocitrate dehydrogenase  38.59 
 
 		 335 aa  231  2e-59  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0335  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.81 
 
 		 364 aa  231  2e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6339  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.13 
 
 		 400 aa  230  2e-59  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2720  isocitrate dehydrogenase  38.31 
 
 		 336 aa  230  2e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273137  normal  0.0347586 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2791  isocitrate dehydrogenase  38.31 
 
 		 336 aa  230  2e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000299358  normal  0.0670544 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3827  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.19 
 
 		 364 aa  230  3e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0648  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.83 
 
 		 358 aa  230  3e-59  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0597503  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0013  tartrate dehydrogenase  40.77 
 
 		 361 aa  229  4e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.562064  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0015  tartrate dehydrogenase  41.11 
 
 		 361 aa  229  5e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.582572  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2779  isocitrate dehydrogenase  38.31 
 
 		 336 aa  229  7e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6571  tartrate dehydrogenase  40.72 
 
 		 359 aa  228  9e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1518  tartrate dehydrogenase  41.11 
 
 		 361 aa  228  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0014  tartrate dehydrogenase  41.11 
 
 		 396 aa  228  1e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2561  isocitrate dehydrogenase  39.04 
 
 		 336 aa  228  1e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1286  isocitrate dehydrogenase  38.4 
 
 		 336 aa  228  2e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000741785  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0014  tartrate dehydrogenase  40.83 
 
 		 396 aa  227  3e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4235  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.27 
 
 		 364 aa  226  3e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0011  tartrate dehydrogenase  40.83 
 
 		 361 aa  226  3e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1440  tartrate dehydrogenase  40.83 
 
 		 396 aa  227  3e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.918707  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03086  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.62 
 
 		 365 aa  227  3e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1159  tartrate dehydrogenase  40.83 
 
 		 396 aa  227  3e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3760  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.27 
 
 		 364 aa  227  3e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.930795  normal  0.184493 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3466  isocitrate dehydrogenase  38.59 
 
 		 335 aa  227  3e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.954346  hitchhiker  0.000126516 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3119  tartrate dehydrogenase  40.44 
 
 		 361 aa  226  4e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.560856 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3587  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.27 
 
 		 364 aa  226  4e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0369  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.27 
 
 		 364 aa  226  4e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3318  isocitrate dehydrogenase  38.59 
 
 		 335 aa  226  7e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5152  tartrate dehydrogenase  40.5 
 
 		 361 aa  225  7e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5707  tartrate dehydrogenase  40.5 
 
 		 361 aa  225  7e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0365882 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4532  tartrate dehydrogenase  40.5 
 
 		 361 aa  225  8e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.946498 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0288  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.3 
 
 		 356 aa  225  8e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5246  tartrate dehydrogenase  39.34 
 
 		 359 aa  225  9e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00980702 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0336  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.24 
 
 		 364 aa  225  9e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.309261  normal  0.513692 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1339  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.62 
 
 		 375 aa  224  1e-57  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1846  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.66 
 
 		 350 aa  224  1e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2980  isocitrate dehydrogenase  37.75 
 
 		 336 aa  225  1e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0364  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.43 
 
 		 354 aa  225  1e-57  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0381  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.43 
 
 		 354 aa  225  1e-57  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1393  isocitrate dehydrogenase  38.03 
 
 		 335 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.150123  normal  0.145781 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1368  isocitrate dehydrogenase  38.03 
 
 		 335 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0157662  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2396  tartrate dehydrogenase  37.91 
 
 		 373 aa  224  2e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0821619  normal  0.606865 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2760  isocitrate dehydrogenase  37.75 
 
 		 335 aa  224  2e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000146661  normal  0.225413 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0739  3-isopropylmalate dehydrogenase  44.11 
 
 		 362 aa  224  2e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.379297  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1354  isocitrate dehydrogenase  38.03 
 
 		 335 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.308033  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2252  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.23 
 
 		 357 aa  224  2e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2162  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.2 
 
 		 363 aa  224  2e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4976  tartrate dehydrogenase  40.17 
 
 		 361 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.260447 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3993  tartrate dehydrogenase  38.96 
 
 		 363 aa  224  2e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.023747 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2992  isocitrate dehydrogenase  38.03 
 
 		 335 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0272592  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1069  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  36.31 
 
 		 337 aa  223  3e-57  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2662  tartrate dehydrogenase  37.71 
 
 		 364 aa  223  3e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508333  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0394  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.92 
 
 		 364 aa  224  3e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000221943 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5811  tartrate dehydrogenase  39.13 
 
 		 359 aa  223  4e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.213581  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3197  isocitrate dehydrogenase  37.64 
 
 		 335 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2066  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.66 
 
 		 363 aa  222  7e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4549  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.63 
 
 		 364 aa  222  8e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.412128  normal  0.012049 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1612  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.12 
 
 		 370 aa  222  8e-57  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1320  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.33 
 
 		 343 aa  222  8e-57  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2423  isocitrate dehydrogenase  38.87 
 
 		 336 aa  222  8e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000245229  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3173  tartrate dehydrogenase  39.94 
 
 		 361 aa  222  9e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0387  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.11 
 
 		 364 aa  222  9e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1337  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.64 
 
 		 334 aa  222  9.999999999999999e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0443699  normal  0.850661 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0412  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.11 
 
 		 364 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000160123 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5152  tartrate dehydrogenase  38.42 
 
 		 359 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.887106  normal  0.123182 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0398  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.11 
 
 		 364 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00047099 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0769  tartrate dehydrogenase  40.29 
 
 		 362 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0696899 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3471  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.49 
 
 		 360 aa  221  9.999999999999999e-57  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.023683 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0386  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.11 
 
 		 364 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3540  isocitrate dehydrogenase  36.62 
 
 		 335 aa  221  1.9999999999999999e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0472  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.4 
 
 		 364 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5317  tartrate dehydrogenase  40.22 
 
 		 361 aa  220  3e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0194  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.96 
 
 		 359 aa  220  3e-56  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.18652  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3610  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.32 
 
 		 361 aa  220  3e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.358353 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0593  3-isopropylmalate dehydrogenase  40 
 
 		 363 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08261  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.44 
 
 		 359 aa  219  3.9999999999999997e-56  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.842173  normal  0.408942 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03050  isocitrate dehydrogenase  37.36 
 
 		 335 aa  219  5e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0609305  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5230  tartrate dehydrogenase  38.96 
 
 		 359 aa  219  6e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.268691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0376  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.44 
 
 		 363 aa  219  7.999999999999999e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2573  tartrate dehydrogenase  40.11 
 
 		 350 aa  218  8.999999999999998e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.808224  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2618  tartrate dehydrogenase  40.11 
 
 		 350 aa  218  8.999999999999998e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.921478 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3233  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.18 
 
 		 357 aa  218  1e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0488471  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>