More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_1349 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_1349  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 		 356 aa  724    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0357942 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0329  3-isopropylmalate dehydrogenase oxidoreductase protein  49.14 
 
 		 365 aa  328  7e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00841082  normal  0.066253 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3616  3-isopropylmalate dehydrogenase  46.7 
 
 		 360 aa  306  3e-82  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.79276  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1270  3-isopropylmalate dehydrogenase  45.89 
 
 		 353 aa  290  2e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2488  3-isopropylmalate dehydrogenase  45.37 
 
 		 377 aa  286  2.9999999999999996e-76  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2885  3-isopropylmalate dehydrogenase  44.57 
 
 		 362 aa  269  7e-71  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.566713  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2611  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.53 
 
 		 360 aa  257  2e-67  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0404939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1172  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  40.29 
 
 		 335 aa  256  5e-67  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.651985 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2572  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.24 
 
 		 360 aa  254  1.0000000000000001e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2617  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.24 
 
 		 360 aa  254  1.0000000000000001e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.89884 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0248  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.4 
 
 		 338 aa  239  5.999999999999999e-62  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3071  isocitrate dehydrogenase, NAD-dependent, putative  40.51 
 
 		 340 aa  229  5e-59  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1069  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  35.04 
 
 		 337 aa  229  6e-59  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0525  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  37.43 
 
 		 335 aa  229  6e-59  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000187732  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1354  isocitrate dehydrogenase  38.97 
 
 		 335 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.308033  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1393  isocitrate dehydrogenase  38.97 
 
 		 335 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.150123  normal  0.145781 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2992  isocitrate dehydrogenase  38.97 
 
 		 335 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0272592  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1368  isocitrate dehydrogenase  38.97 
 
 		 335 aa  228  1e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0157662  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2760  isocitrate dehydrogenase  38.68 
 
 		 335 aa  226  4e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000146661  normal  0.225413 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1538  isocitrate dehydrogenase  38.64 
 
 		 335 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3318  isocitrate dehydrogenase  39.71 
 
 		 335 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2561  isocitrate dehydrogenase  39.09 
 
 		 336 aa  225  1e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2779  isocitrate dehydrogenase  39.89 
 
 		 336 aa  225  1e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1286  isocitrate dehydrogenase  38.68 
 
 		 336 aa  224  1e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000741785  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2720  isocitrate dehydrogenase  38.57 
 
 		 336 aa  224  2e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273137  normal  0.0347586 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2791  isocitrate dehydrogenase  38.57 
 
 		 336 aa  224  2e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000299358  normal  0.0670544 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2890  isocitrate dehydrogenase  38.57 
 
 		 336 aa  224  2e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000476084  hitchhiker  0.00000772445 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2980  isocitrate dehydrogenase  39.26 
 
 		 336 aa  224  2e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2154  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  35.8 
 
 		 333 aa  224  3e-57  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2166  isocitrate dehydrogenase  40.79 
 
 		 335 aa  223  3e-57  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3466  isocitrate dehydrogenase  39.71 
 
 		 335 aa  223  4e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.954346  hitchhiker  0.000126516 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2077  isocitrate dehydrogenase  40.51 
 
 		 335 aa  223  4.9999999999999996e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3197  isocitrate dehydrogenase  38.46 
 
 		 335 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2064  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.55 
 
 		 325 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.189691 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1038  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  40 
 
 		 336 aa  220  3e-56  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1337  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.71 
 
 		 334 aa  219  5e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0443699  normal  0.850661 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2423  isocitrate dehydrogenase  38.07 
 
 		 336 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000245229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1605  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.13 
 
 		 325 aa  218  1e-55  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1558  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  36.24 
 
 		 330 aa  218  1e-55  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.262348 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3471  3-isopropylmalate dehydrogenase  41.69 
 
 		 360 aa  218  1e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.023683 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02485  isocitrate dehydrogenase  40.51 
 
 		 335 aa  218  1e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.413989  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0353  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  35.96 
 
 		 330 aa  217  2.9999999999999998e-55  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0234047  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0828  isocitrate dehydrogenase  39.89 
 
 		 334 aa  216  5e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.47191  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2738  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.29 
 
 		 335 aa  215  8e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03050  isocitrate dehydrogenase  37.61 
 
 		 335 aa  215  8e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0609305  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1068  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  36.24 
 
 		 330 aa  215  9.999999999999999e-55  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0993  isocitrate dehydrogenase (NADP)  36.86 
 
 		 336 aa  214  9.999999999999999e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000014677  normal  0.0984652 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0128  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  35.69 
 
 		 339 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.0813409 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0833  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.84 
 
 		 325 aa  211  1e-53  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1781  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  33.73 
 
 		 336 aa  211  2e-53  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1815  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.84 
 
 		 325 aa  211  2e-53  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00000286516 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0788  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  37.34 
 
 		 361 aa  210  3e-53  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1775  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  35.41 
 
 		 339 aa  209  4e-53  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1458  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.46 
 
 		 333 aa  209  6e-53  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.568664  normal  0.0894322 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1706  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  38.67 
 
 		 331 aa  209  7e-53  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2015  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.94 
 
 		 360 aa  209  8e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.021307  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23790  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.74 
 
 		 360 aa  208  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0915643 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0688  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  35.13 
 
 		 339 aa  207  2e-52  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.705253  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0797  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.75 
 
 		 357 aa  207  2e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000426941  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1988  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.2 
 
 		 360 aa  207  3e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.325379  normal  0.0231665 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3540  isocitrate dehydrogenase  40.73 
 
 		 335 aa  207  3e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1892  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.27 
 
 		 360 aa  207  3e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.154027  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1519  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.2 
 
 		 360 aa  207  3e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.676476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3771  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.2 
 
 		 360 aa  207  3e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1985  3-isopropylmalate dehydrogenase  37 
 
 		 360 aa  206  5e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.2378  decreased coverage  0.00707192 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0404  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  35.8 
 
 		 334 aa  206  5e-52  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.638011 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1102  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  35.98 
 
 		 334 aa  206  5e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02380  isocitrate dehydrogenase (NADP)  39.37 
 
 		 364 aa  206  5e-52  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.713853  normal  0.672997 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3600  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.31 
 
 		 332 aa  206  6e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.177438 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0855  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenases  40.59 
 
 		 323 aa  205  9e-52  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0791  isocitrate dehydrogenase  39.27 
 
 		 472 aa  205  1e-51  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2175  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.93 
 
 		 360 aa  205  1e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0671441  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4042  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  35.73 
 
 		 348 aa  204  1e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1297  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  36.93 
 
 		 336 aa  205  1e-51  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1551  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.49 
 
 		 360 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.346494 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0664  isocitrate dehydrogenase  41.81 
 
 		 335 aa  204  3e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.430122 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_392  isocitrate dehydrogenase  37.3 
 
 		 359 aa  203  4e-51  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.952399  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0450  isocitrate dehydrogenase, putative  37.3 
 
 		 359 aa  202  6e-51  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0427  isocitrate dehydrogenase (NADP)  36.05 
 
 		 359 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34260  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.84 
 
 		 360 aa  200  1.9999999999999998e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1114  isocitrate dehydrogenase  39.93 
 
 		 482 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0088  3-isopropylmalate dehydrogenase  33.33 
 
 		 336 aa  201  1.9999999999999998e-50  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00287551  hitchhiker  0.00000627763 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1057  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.07 
 
 		 362 aa  201  1.9999999999999998e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.101264  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1693  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  35.11 
 
 		 331 aa  200  3e-50  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0172  isocitrate dehydrogenase  37.01 
 
 		 471 aa  200  3e-50  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1484  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  34.18 
 
 		 343 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1486  tartrate dehydrogenase  35.89 
 
 		 360 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.197806  hitchhiker  0.00128881 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6098  tartrate dehydrogenase  35.62 
 
 		 360 aa  199  5e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.609209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1434  isocitrate dehydrogenase  42.55 
 
 		 338 aa  199  7.999999999999999e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.13761  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0890  isocitrate dehydrogenase  36.23 
 
 		 482 aa  199  9e-50  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08060  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.06 
 
 		 331 aa  198  1.0000000000000001e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000201667  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0651  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.76 
 
 		 326 aa  198  1.0000000000000001e-49  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.443768  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0287  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  37.96 
 
 		 348 aa  197  2.0000000000000003e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.48991 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6339  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.34 
 
 		 400 aa  197  2.0000000000000003e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0040  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  35.36 
 
 		 337 aa  197  3e-49  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.101406  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2084  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.54 
 
 		 357 aa  196  4.0000000000000005e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2698  tartrate dehydrogenase  34.44 
 
 		 364 aa  194  2e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4439  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.78 
 
 		 357 aa  194  2e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2093  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.35 
 
 		 359 aa  194  2e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0127981  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0214  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  37.75 
 
 		 342 aa  194  2e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.6389  normal  0.0659244 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>