More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSp0329 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RSp0329  3-isopropylmalate dehydrogenase oxidoreductase protein  100 
 
 		 365 aa  755    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00841082  normal  0.066253 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1349  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.14 
 
 		 356 aa  314  9.999999999999999e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0357942 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2488  3-isopropylmalate dehydrogenase  45.71 
 
 		 377 aa  287  2e-76  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3616  3-isopropylmalate dehydrogenase  44.38 
 
 		 360 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.79276  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2572  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.38 
 
 		 360 aa  260  2e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2617  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.38 
 
 		 360 aa  260  2e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.89884 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2611  3-isopropylmalate dehydrogenase  43.38 
 
 		 360 aa  259  4e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0404939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1270  3-isopropylmalate dehydrogenase  40.73 
 
 		 353 aa  251  1e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1172  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  39.71 
 
 		 335 aa  247  2e-64  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.651985 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2885  3-isopropylmalate dehydrogenase  42.19 
 
 		 362 aa  244  9.999999999999999e-64  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.566713  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0525  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  39.5 
 
 		 335 aa  234  1.0000000000000001e-60  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000187732  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2077  isocitrate dehydrogenase  37.43 
 
 		 335 aa  222  6e-57  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2166  isocitrate dehydrogenase  37.43 
 
 		 335 aa  222  9e-57  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1038  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  39.61 
 
 		 336 aa  219  7.999999999999999e-56  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0993  isocitrate dehydrogenase (NADP)  40.64 
 
 		 336 aa  218  2e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000014677  normal  0.0984652 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02485  isocitrate dehydrogenase  38.75 
 
 		 335 aa  216  5.9999999999999996e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.413989  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1558  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  37.15 
 
 		 330 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.262348 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1102  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  37.9 
 
 		 334 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2738  3-isopropylmalate dehydrogenase  39.83 
 
 		 335 aa  213  3.9999999999999995e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0353  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  36.87 
 
 		 330 aa  212  7e-54  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0234047  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1337  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.75 
 
 		 334 aa  212  7.999999999999999e-54  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0443699  normal  0.850661 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3071  isocitrate dehydrogenase, NAD-dependent, putative  37.95 
 
 		 340 aa  212  1e-53  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0248  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.31 
 
 		 338 aa  211  1e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1069  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  34.75 
 
 		 337 aa  210  2e-53  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1068  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  36.59 
 
 		 330 aa  211  2e-53  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1706  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  37.1 
 
 		 331 aa  210  4e-53  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0404  isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  37.75 
 
 		 334 aa  210  4e-53  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.638011 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1458  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.96 
 
 		 333 aa  208  1e-52  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.568664  normal  0.0894322 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2064  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.31 
 
 		 325 aa  207  3e-52  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.189691 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1297  isocitrate dehydrogenase (NAD+)  36.47 
 
 		 336 aa  205  9e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1781  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  34.88 
 
 		 336 aa  202  5e-51  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1605  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.16 
 
 		 325 aa  202  8e-51  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0166  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.29 
 
 		 370 aa  202  9e-51  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.294157  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3600  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.93 
 
 		 332 aa  202  9.999999999999999e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.177438 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0855  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenases  38.11 
 
 		 323 aa  202  9.999999999999999e-51  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2154  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  34.08 
 
 		 333 aa  200  3e-50  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1563  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.46 
 
 		 357 aa  199  5e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.27267  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3471  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.18 
 
 		 360 aa  199  6e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.023683 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0833  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.62 
 
 		 325 aa  199  7.999999999999999e-50  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1988  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.4 
 
 		 360 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.325379  normal  0.0231665 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3993  tartrate dehydrogenase  36.59 
 
 		 363 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.023747 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3771  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.4 
 
 		 360 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1519  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.4 
 
 		 360 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.676476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2084  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.64 
 
 		 357 aa  197  2.0000000000000003e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05206  LysBPutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q6DTN1]  35.89 
 
 		 360 aa  197  3e-49  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34260  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.8 
 
 		 360 aa  197  3e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2760  isocitrate dehydrogenase  36.1 
 
 		 335 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000146661  normal  0.225413 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0088  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.31 
 
 		 336 aa  196  4.0000000000000005e-49  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  hitchhiker  0.00287551  hitchhiker  0.00000627763 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1815  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.44 
 
 		 325 aa  196  5.000000000000001e-49  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00000286516 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0828  isocitrate dehydrogenase  38.07 
 
 		 334 aa  196  7e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.47191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3304  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.2 
 
 		 331 aa  196  7e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.652858  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND03850  isocitrate dehydrogenase, putative  34.93 
 
 		 370 aa  195  1e-48  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2698  tartrate dehydrogenase  37.67 
 
 		 364 aa  195  1e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6339  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.15 
 
 		 400 aa  194  2e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1368  isocitrate dehydrogenase  35.9 
 
 		 335 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0157662  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1354  isocitrate dehydrogenase  35.9 
 
 		 335 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.308033  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2992  isocitrate dehydrogenase  35.9 
 
 		 335 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0272592  hitchhiker  0.00000251452 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1393  isocitrate dehydrogenase  35.9 
 
 		 335 aa  194  2e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.150123  normal  0.145781 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2720  isocitrate dehydrogenase  35.71 
 
 		 336 aa  193  3e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000273137  normal  0.0347586 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2791  isocitrate dehydrogenase  35.71 
 
 		 336 aa  193  3e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000299358  normal  0.0670544 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1670  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.23 
 
 		 347 aa  193  4e-48  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_02380  isocitrate dehydrogenase (NADP)  37.74 
 
 		 364 aa  193  4e-48  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.713853  normal  0.672997 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1693  multifunctional 3-isopropylmalate dehydrogenase/D-malate dehydrogenase  35.1 
 
 		 331 aa  193  4e-48  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08060  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.89 
 
 		 331 aa  193  4e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00000000201667  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2890  isocitrate dehydrogenase  35.71 
 
 		 336 aa  193  4e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000476084  hitchhiker  0.00000772445 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1810  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.98 
 
 		 356 aa  192  5e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.704264  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2779  isocitrate dehydrogenase  35.49 
 
 		 336 aa  193  5e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1286  isocitrate dehydrogenase  35.9 
 
 		 336 aa  192  6e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000741785  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2980  isocitrate dehydrogenase  35.71 
 
 		 336 aa  192  7e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2592  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.29 
 
 		 371 aa  192  7e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.229971  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2855  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.1 
 
 		 339 aa  192  8e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1551  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.26 
 
 		 360 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.346494 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2487  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.41 
 
 		 352 aa  192  1e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03050  isocitrate dehydrogenase  36.06 
 
 		 335 aa  191  2e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0609305  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1846  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.49 
 
 		 350 aa  191  2e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2561  isocitrate dehydrogenase  35.21 
 
 		 336 aa  191  2e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3197  isocitrate dehydrogenase  36.9 
 
 		 335 aa  191  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1057  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.83 
 
 		 362 aa  191  2e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.101264  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0788  Isocitrate dehydrogenase (NAD(+))  36 
 
 		 361 aa  191  2e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02610  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.86 
 
 		 357 aa  191  2e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1538  isocitrate dehydrogenase  35.43 
 
 		 335 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1775  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  34.34 
 
 		 339 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3318  isocitrate dehydrogenase  35.53 
 
 		 335 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2721  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.41 
 
 		 360 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0190941  normal  0.0566777 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3762  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.19 
 
 		 367 aa  189  5e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1221  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.03 
 
 		 357 aa  189  5e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.725495  normal  0.0144759 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0128  isopropylmalate/isohomocitrate dehydrogenase  33.79 
 
 		 339 aa  189  5.999999999999999e-47  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.0813409 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09751  3-isopropylmalate dehydrogenase  34.54 
 
 		 360 aa  189  1e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.945321  hitchhiker  0.00220334 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1601  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.62 
 
 		 352 aa  188  1e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0498293 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3466  isocitrate dehydrogenase  35.24 
 
 		 335 aa  188  1e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.954346  hitchhiker  0.000126516 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2093  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.39 
 
 		 359 aa  188  1e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0127981  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2423  isocitrate dehydrogenase  35.71 
 
 		 336 aa  188  1e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000245229  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3041  3-isopropylmalate dehydrogenase  38.4 
 
 		 356 aa  188  1e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2577  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.15 
 
 		 362 aa  187  2e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.338977  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2175  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.62 
 
 		 360 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0671441  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1341  3-isopropylmalate dehydrogenase  36.36 
 
 		 357 aa  188  2e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.643187 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1892  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.39 
 
 		 360 aa  187  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.154027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0427  isocitrate dehydrogenase (NADP)  34.67 
 
 		 359 aa  187  2e-46  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0860  3-isopropylmalate dehydrogenase  37.82 
 
 		 371 aa  187  3e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2804  3-isopropylmalate dehydrogenase  35.82 
 
 		 359 aa  187  3e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.84525  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>