More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9120 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4630  tartrate dehydrogenase  86.83 
 
 		 357 aa  646    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9120  tartrate dehydrogenase  100 
 
 		 362 aa  742    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5565  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  86.27 
 
 		 357 aa  649    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4411  tartrate dehydrogenase  88.52 
 
 		 357 aa  656    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1445  tartrate dehydrogenase  78.15 
 
 		 358 aa  577  1e-164  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.437089  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6783  tartrate dehydrogenase  77.59 
 
 		 358 aa  575  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.351267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4658  tartrate dehydrogenase  77.03 
 
 		 358 aa  570  1e-161  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.77852 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0182  tartrate dehydrogenase  73.88 
 
 		 357 aa  565  1e-160  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.233133  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0770  tartrate dehydrogenase  76.69 
 
 		 359 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.144909 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3034  tartrate dehydrogenase  72.83 
 
 		 360 aa  543  1e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3388  putative isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / tartrate dehydrogenase ttuC  72.83 
 
 		 360 aa  543  1e-153  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5440  tartrate dehydrogenase  70.19 
 
 		 360 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5024  tartrate dehydrogenase  70.67 
 
 		 360 aa  535  1e-151  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3812  tartrate dehydrogenase  69.83 
 
 		 360 aa  535  1e-151  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.402555  normal  0.309986 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3593  tartrate dehydrogenase  70.39 
 
 		 360 aa  536  1e-151  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5655  tartrate dehydrogenase  71.14 
 
 		 360 aa  531  1e-150  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4654  tartrate dehydrogenase  69.83 
 
 		 360 aa  532  1e-150  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.095417  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3709  tartrate dehydrogenase  69.83 
 
 		 360 aa  532  1e-150  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51854  normal  0.0942262 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3176  tartrate dehydrogenase  71.35 
 
 		 358 aa  530  1e-149  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000641803 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1620  tartrate dehydrogenase  69.06 
 
 		 368 aa  528  1e-149  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.607945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5037  tartrate dehydrogenase  69.47 
 
 		 376 aa  528  1e-149  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.575355  normal  0.316837 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0996  tartrate dehydrogenase oxidoreductase protein  69.75 
 
 		 361 aa  527  1e-148  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.932146  normal  0.0127706 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0845  tartrate dehydrogenase  69.75 
 
 		 362 aa  526  1e-148  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.558114  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1027  tartrate dehydrogenase  70.9 
 
 		 354 aa  524  1e-147  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1432  tartrate dehydrogenase  69.61 
 
 		 362 aa  522  1e-147  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.360239 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1016  tartrate dehydrogenase  70.51 
 
 		 362 aa  518  1e-146  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0586204 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00190  tartrate dehydrogenase, putative  70.2 
 
 		 374 aa  514  1.0000000000000001e-145  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0440  tartrate dehydrogenase  68.93 
 
 		 355 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1120  tartrate dehydrogenase  69.69 
 
 		 365 aa  514  1.0000000000000001e-145  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.656227  normal  0.47844 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3186  tartrate dehydrogenase  67.99 
 
 		 362 aa  517  1.0000000000000001e-145  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04822  tartrate dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G01160)  69.86 
 
 		 357 aa  512  1e-144  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.893828  normal  0.720485 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1040  tartrate dehydrogenase  69.41 
 
 		 365 aa  512  1e-144  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1229  tartrate dehydrogenase  71.39 
 
 		 364 aa  514  1e-144  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2113  tartrate dehydrogenase  67.31 
 
 		 368 aa  509  1e-143  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00371607 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1230  tartrate dehydrogenase  68.47 
 
 		 352 aa  505  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.312733  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04003  tartrate dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G04150)  64.18 
 
 		 351 aa  468  1.0000000000000001e-131  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.538835  normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00890  tartrate dehydrogenase, putative  58.69 
 
 		 359 aa  428  1e-119  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0442  tartrate dehydrogenase  55.93 
 
 		 365 aa  408  1e-113  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1797  tartrate dehydrogenase  54.37 
 
 		 360 aa  405  1.0000000000000001e-112  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0306189  normal  0.217391 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01770  predicted dehydrogenase  52.09 
 
 		 361 aa  372  1e-102  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.273325  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1843  tartrate dehydrogenase  52.09 
 
 		 361 aa  372  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1888  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  52.09 
 
 		 361 aa  372  1e-102  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1833  tartrate dehydrogenase  52.09 
 
 		 361 aa  372  1e-102  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.286995 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2526  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  52.09 
 
 		 361 aa  372  1e-102  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2026  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  52.09 
 
 		 361 aa  372  1e-102  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00108776  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01758  hypothetical protein  52.09 
 
 		 361 aa  372  1e-102  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.241519  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1388  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  52.09 
 
 		 361 aa  372  1e-102  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.253968  normal  0.832846 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5899  tartrate dehydrogenase  51.56 
 
 		 358 aa  370  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2058  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  52.09 
 
 		 361 aa  371  1e-101  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4849  tartrate dehydrogenase  49.58 
 
 		 359 aa  365  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5246  tartrate dehydrogenase  50.85 
 
 		 359 aa  364  1e-99  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00980702 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4031  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.26 
 
 		 351 aa  362  4e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1183  tartrate dehydrogenase  50.86 
 
 		 349 aa  362  4e-99  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.272593  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2196  tartrate dehydrogenase  49.72 
 
 		 363 aa  361  1e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2612  tartrate dehydrogenase  50.57 
 
 		 350 aa  360  2e-98  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2573  tartrate dehydrogenase  50.29 
 
 		 350 aa  359  3e-98  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.808224  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2618  tartrate dehydrogenase  50.29 
 
 		 350 aa  359  3e-98  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.921478 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30170  tartrate dehydrogenase  51.7 
 
 		 363 aa  359  4e-98  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5152  tartrate dehydrogenase  50.14 
 
 		 359 aa  359  4e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.887106  normal  0.123182 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4827  tartrate dehydrogenase  49.72 
 
 		 349 aa  358  6e-98  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5025  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.84 
 
 		 347 aa  358  9e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.70387 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5230  tartrate dehydrogenase  50.85 
 
 		 359 aa  358  9.999999999999999e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.268691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3993  tartrate dehydrogenase  50.28 
 
 		 363 aa  356  3.9999999999999996e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.023747 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1914  tartrate dehydrogenase  50.14 
 
 		 352 aa  356  3.9999999999999996e-97  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3895  tartrate dehydrogenase  50.28 
 
 		 355 aa  355  6.999999999999999e-97  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5811  tartrate dehydrogenase  49.72 
 
 		 359 aa  355  6.999999999999999e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.213581  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4115  tartrate dehydrogenase  50.85 
 
 		 387 aa  354  1e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6024  tartrate dehydrogenase  50 
 
 		 359 aa  354  1e-96  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5311  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.41 
 
 		 347 aa  353  2e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.102222  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2662  tartrate dehydrogenase  48.59 
 
 		 364 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508333  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5601  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.69 
 
 		 347 aa  352  4e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.574649 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3080  tartrate dehydrogenase  48.73 
 
 		 357 aa  351  1e-95  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.07336 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2396  tartrate dehydrogenase  47.91 
 
 		 373 aa  350  3e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0821619  normal  0.606865 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2567  tartrate dehydrogenase  48.16 
 
 		 356 aa  348  6e-95  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.25872  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1756  tartrate dehydrogenase  49.3 
 
 		 361 aa  348  8e-95  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000147675 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1616  tartrate dehydrogenase  49.3 
 
 		 361 aa  348  8e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.409343  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1512  tartrate dehydrogenase  49.3 
 
 		 361 aa  348  8e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2879  tartrate dehydrogenase  49.15 
 
 		 362 aa  347  2e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284838  normal  0.0371966 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1942  tartrate dehydrogenase  49.86 
 
 		 359 aa  346  4e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3626  tartrate dehydrogenase  49.86 
 
 		 361 aa  346  4e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1841  tartrate dehydrogenase  49.58 
 
 		 375 aa  345  1e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.473858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2087  tartrate dehydrogenase  47.65 
 
 		 365 aa  344  1e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.136469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1028  tartrate dehydrogenase  49.44 
 
 		 377 aa  343  4e-93  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.20432  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6098  tartrate dehydrogenase  48.75 
 
 		 360 aa  342  8e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.609209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0462  tartrate dehydrogenase  47.35 
 
 		 357 aa  341  9e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00797383  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1486  tartrate dehydrogenase  48.75 
 
 		 360 aa  341  1e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.197806  hitchhiker  0.00128881 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0769  tartrate dehydrogenase  50.57 
 
 		 362 aa  340  2e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0696899 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5317  tartrate dehydrogenase  49.72 
 
 		 361 aa  340  2e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3237  tartrate dehydrogenase  48.88 
 
 		 361 aa  340  2e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6571  tartrate dehydrogenase  49.03 
 
 		 359 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4538  tartrate dehydrogenase  48.45 
 
 		 358 aa  338  9.999999999999999e-92  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4687  tartrate dehydrogenase  50.42 
 
 		 359 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0774003  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3166  tartrate dehydrogenase  49.58 
 
 		 361 aa  336  2.9999999999999997e-91  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0011  tartrate dehydrogenase  48.04 
 
 		 361 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1440  tartrate dehydrogenase  48.04 
 
 		 396 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.918707  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0014  tartrate dehydrogenase  48.04 
 
 		 396 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2860  tartrate dehydrogenase  47.35 
 
 		 364 aa  336  3.9999999999999995e-91  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.668789  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1159  tartrate dehydrogenase  48.04 
 
 		 396 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0015  tartrate dehydrogenase  48.04 
 
 		 361 aa  336  5e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.582572  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0014  tartrate dehydrogenase  47.77 
 
 		 396 aa  334  1e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>