More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4630 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011368  Rleg2_4411  tartrate dehydrogenase  87.39 
 
 		 357 aa  656    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4630  tartrate dehydrogenase  100 
 
 		 357 aa  733    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5565  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  85.15 
 
 		 357 aa  642    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9120  tartrate dehydrogenase  86.83 
 
 		 362 aa  646    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1445  tartrate dehydrogenase  77.03 
 
 		 358 aa  572  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.437089  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6783  tartrate dehydrogenase  75.91 
 
 		 358 aa  567  1e-161  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.351267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4658  tartrate dehydrogenase  76.19 
 
 		 358 aa  561  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.77852 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0770  tartrate dehydrogenase  75.84 
 
 		 359 aa  560  1e-158  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.144909 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0182  tartrate dehydrogenase  72.75 
 
 		 357 aa  545  1e-154  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.233133  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3034  tartrate dehydrogenase  71.99 
 
 		 360 aa  529  1e-149  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3388  putative isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / tartrate dehydrogenase ttuC  71.99 
 
 		 360 aa  530  1e-149  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1620  tartrate dehydrogenase  69.71 
 
 		 368 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.607945  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0996  tartrate dehydrogenase oxidoreductase protein  68.63 
 
 		 361 aa  511  1e-144  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.932146  normal  0.0127706 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3176  tartrate dehydrogenase  68.84 
 
 		 358 aa  511  1e-144  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000641803 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5440  tartrate dehydrogenase  67.6 
 
 		 360 aa  514  1e-144  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5024  tartrate dehydrogenase  68.16 
 
 		 360 aa  514  1e-144  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3593  tartrate dehydrogenase  67.6 
 
 		 360 aa  513  1e-144  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0440  tartrate dehydrogenase  68.84 
 
 		 355 aa  509  1e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0845  tartrate dehydrogenase  67.79 
 
 		 362 aa  511  1e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.558114  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4654  tartrate dehydrogenase  66.48 
 
 		 360 aa  508  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.095417  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3709  tartrate dehydrogenase  66.48 
 
 		 360 aa  508  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51854  normal  0.0942262 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3812  tartrate dehydrogenase  67.04 
 
 		 360 aa  510  1e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.402555  normal  0.309986 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5037  tartrate dehydrogenase  67.23 
 
 		 376 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.575355  normal  0.316837 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1027  tartrate dehydrogenase  69.43 
 
 		 354 aa  506  9.999999999999999e-143  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5655  tartrate dehydrogenase  66.2 
 
 		 360 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1120  tartrate dehydrogenase  69.34 
 
 		 365 aa  505  9.999999999999999e-143  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.656227  normal  0.47844 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1040  tartrate dehydrogenase  69.05 
 
 		 365 aa  503  1e-141  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3186  tartrate dehydrogenase  66.57 
 
 		 362 aa  502  1e-141  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04822  tartrate dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G01160)  68.17 
 
 		 357 aa  500  1e-140  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.893828  normal  0.720485 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1432  tartrate dehydrogenase  68 
 
 		 362 aa  499  1e-140  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.360239 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2113  tartrate dehydrogenase  66.57 
 
 		 368 aa  499  1e-140  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00371607 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1016  tartrate dehydrogenase  67.99 
 
 		 362 aa  500  1e-140  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0586204 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00190  tartrate dehydrogenase, putative  69.05 
 
 		 374 aa  497  1e-139  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1230  tartrate dehydrogenase  66.48 
 
 		 352 aa  495  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.312733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1229  tartrate dehydrogenase  68.64 
 
 		 364 aa  494  9.999999999999999e-139  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04003  tartrate dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G04150)  62.96 
 
 		 351 aa  449  1e-125  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.538835  normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00890  tartrate dehydrogenase, putative  58.64 
 
 		 359 aa  428  1e-119  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0442  tartrate dehydrogenase  57.06 
 
 		 365 aa  413  1e-114  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1797  tartrate dehydrogenase  54.8 
 
 		 360 aa  408  1e-113  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0306189  normal  0.217391 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4827  tartrate dehydrogenase  50.99 
 
 		 349 aa  365  1e-100  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4849  tartrate dehydrogenase  48.75 
 
 		 359 aa  364  1e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2526  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  50.7 
 
 		 361 aa  364  1e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1843  tartrate dehydrogenase  50.7 
 
 		 361 aa  363  2e-99  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1833  tartrate dehydrogenase  50.7 
 
 		 361 aa  363  2e-99  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.286995 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1888  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  50.7 
 
 		 361 aa  363  2e-99  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2026  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  50.7 
 
 		 361 aa  363  2e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00108776  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1183  tartrate dehydrogenase  51.01 
 
 		 349 aa  363  2e-99  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.272593  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1388  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  50.7 
 
 		 361 aa  364  2e-99  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.253968  normal  0.832846 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01770  predicted dehydrogenase  50.7 
 
 		 361 aa  363  3e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.273325  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2058  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  51.11 
 
 		 361 aa  363  3e-99  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01758  hypothetical protein  50.7 
 
 		 361 aa  363  3e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.241519  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2196  tartrate dehydrogenase  49.86 
 
 		 363 aa  361  1e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2573  tartrate dehydrogenase  50.57 
 
 		 350 aa  360  2e-98  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.808224  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2618  tartrate dehydrogenase  50.57 
 
 		 350 aa  360  2e-98  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.921478 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2612  tartrate dehydrogenase  50.72 
 
 		 350 aa  358  6e-98  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30170  tartrate dehydrogenase  52.84 
 
 		 363 aa  358  9e-98  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5899  tartrate dehydrogenase  48.44 
 
 		 358 aa  357  1.9999999999999998e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6024  tartrate dehydrogenase  50.28 
 
 		 359 aa  355  5e-97  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2567  tartrate dehydrogenase  48.59 
 
 		 356 aa  355  7.999999999999999e-97  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.25872  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4031  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.99 
 
 		 351 aa  353  2e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3895  tartrate dehydrogenase  50 
 
 		 355 aa  353  2e-96  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5025  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.14 
 
 		 347 aa  350  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.70387 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2396  tartrate dehydrogenase  48.88 
 
 		 373 aa  349  3e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0821619  normal  0.606865 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1616  tartrate dehydrogenase  49.16 
 
 		 361 aa  349  5e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.409343  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1512  tartrate dehydrogenase  49.16 
 
 		 361 aa  349  5e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1756  tartrate dehydrogenase  49.16 
 
 		 361 aa  349  5e-95  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000147675 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2662  tartrate dehydrogenase  48.87 
 
 		 364 aa  348  6e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508333  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3080  tartrate dehydrogenase  47.61 
 
 		 357 aa  347  2e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.07336 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5311  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.16 
 
 		 347 aa  346  4e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.102222  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0828  tartrate dehydrogenase  48.03 
 
 		 352 aa  344  2e-93  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.369715  normal  0.0383388 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1914  tartrate dehydrogenase  49.86 
 
 		 352 aa  344  2e-93  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1031  Tartrate decarboxylase  52.17 
 
 		 370 aa  342  5.999999999999999e-93  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.507094 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4115  tartrate dehydrogenase  48.59 
 
 		 387 aa  339  4e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2776  tartrate dehydrogenase  47.19 
 
 		 363 aa  339  4e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2087  tartrate dehydrogenase  47.09 
 
 		 365 aa  339  4e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.136469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1028  tartrate dehydrogenase  46.93 
 
 		 377 aa  337  9.999999999999999e-92  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.20432  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5601  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.14 
 
 		 347 aa  338  9.999999999999999e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.574649 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5246  tartrate dehydrogenase  47.47 
 
 		 359 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00980702 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0765  tartrate dehydrogenase  49.58 
 
 		 364 aa  336  2.9999999999999997e-91  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1585  tartrate dehydrogenase  46.48 
 
 		 358 aa  337  2.9999999999999997e-91  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3237  tartrate dehydrogenase  47.9 
 
 		 361 aa  335  5.999999999999999e-91  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0775  tartrate dehydrogenase  49.29 
 
 		 359 aa  335  5.999999999999999e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.731125  normal  0.188776 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0647  tartrate dehydrogenase  47.31 
 
 		 354 aa  335  7e-91  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0015  tartrate dehydrogenase  48.73 
 
 		 361 aa  335  7e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.582572  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1440  tartrate dehydrogenase  48.73 
 
 		 396 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.918707  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0014  tartrate dehydrogenase  48.73 
 
 		 396 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1159  tartrate dehydrogenase  48.73 
 
 		 396 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0462  tartrate dehydrogenase  46.37 
 
 		 357 aa  335  9e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00797383  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0011  tartrate dehydrogenase  48.73 
 
 		 361 aa  334  1e-90  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1518  tartrate dehydrogenase  48.73 
 
 		 361 aa  334  1e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0013  tartrate dehydrogenase  48.44 
 
 		 361 aa  334  1e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.562064  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0014  tartrate dehydrogenase  48.73 
 
 		 396 aa  335  1e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4538  tartrate dehydrogenase  47.32 
 
 		 358 aa  333  2e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5317  tartrate dehydrogenase  48.6 
 
 		 361 aa  333  2e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5152  tartrate dehydrogenase  47.18 
 
 		 359 aa  333  3e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.887106  normal  0.123182 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3993  tartrate dehydrogenase  47.18 
 
 		 363 aa  333  3e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.023747 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5811  tartrate dehydrogenase  47.47 
 
 		 359 aa  332  4e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.213581  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2992  tartrate dehydrogenase  47.32 
 
 		 359 aa  332  5e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3166  tartrate dehydrogenase  49.3 
 
 		 361 aa  332  5e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5230  tartrate dehydrogenase  47.74 
 
 		 359 aa  332  5e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.268691  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>