More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3176 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RSp0996  tartrate dehydrogenase oxidoreductase protein  88.14 
 
 		 361 aa  654    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.932146  normal  0.0127706 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5024  tartrate dehydrogenase  86.72 
 
 		 360 aa  651    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1040  tartrate dehydrogenase  86.4 
 
 		 365 aa  637    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3176  tartrate dehydrogenase  100 
 
 		 358 aa  741    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000641803 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1120  tartrate dehydrogenase  86.69 
 
 		 365 aa  639    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.656227  normal  0.47844 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0845  tartrate dehydrogenase  89.11 
 
 		 362 aa  669    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.558114  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1432  tartrate dehydrogenase  87.29 
 
 		 362 aa  651    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.360239 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1620  tartrate dehydrogenase  85.99 
 
 		 368 aa  646    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.607945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1229  tartrate dehydrogenase  88 
 
 		 364 aa  635    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5655  tartrate dehydrogenase  86.86 
 
 		 360 aa  654    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4654  tartrate dehydrogenase  85.88 
 
 		 360 aa  649    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.095417  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3186  tartrate dehydrogenase  86.4 
 
 		 362 aa  643    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5440  tartrate dehydrogenase  86.16 
 
 		 360 aa  649    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3709  tartrate dehydrogenase  85.88 
 
 		 360 aa  649    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51854  normal  0.0942262 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3812  tartrate dehydrogenase  86.16 
 
 		 360 aa  652    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.402555  normal  0.309986 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3593  tartrate dehydrogenase  86.16 
 
 		 360 aa  649    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5037  tartrate dehydrogenase  86.72 
 
 		 376 aa  645    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.575355  normal  0.316837 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1027  tartrate dehydrogenase  89.55 
 
 		 354 aa  665    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1016  tartrate dehydrogenase  87.89 
 
 		 362 aa  649    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0586204 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0440  tartrate dehydrogenase  85.88 
 
 		 355 aa  633  1e-180  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2113  tartrate dehydrogenase  83.99 
 
 		 368 aa  629  1e-179  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00371607 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6783  tartrate dehydrogenase  74.44 
 
 		 358 aa  559  1e-158  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.351267  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1445  tartrate dehydrogenase  73.67 
 
 		 358 aa  553  1e-156  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.437089  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4658  tartrate dehydrogenase  72.91 
 
 		 358 aa  549  1e-155  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.77852 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0770  tartrate dehydrogenase  72.11 
 
 		 359 aa  543  1e-153  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.144909 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9120  tartrate dehydrogenase  71.35 
 
 		 362 aa  530  1e-149  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4630  tartrate dehydrogenase  68.84 
 
 		 357 aa  511  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5565  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  69.38 
 
 		 357 aa  512  1e-144  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3034  tartrate dehydrogenase  68.63 
 
 		 360 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3388  putative isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / tartrate dehydrogenase ttuC  68.35 
 
 		 360 aa  504  9.999999999999999e-143  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4411  tartrate dehydrogenase  68.27 
 
 		 357 aa  505  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0182  tartrate dehydrogenase  67.61 
 
 		 357 aa  501  1e-141  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.233133  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1230  tartrate dehydrogenase  64.57 
 
 		 352 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.312733  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04822  tartrate dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G01160)  63.92 
 
 		 357 aa  465  9.999999999999999e-131  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.893828  normal  0.720485 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00190  tartrate dehydrogenase, putative  62.78 
 
 		 374 aa  454  1.0000000000000001e-126  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04003  tartrate dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G04150)  60 
 
 		 351 aa  419  1e-116  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.538835  normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00890  tartrate dehydrogenase, putative  54.83 
 
 		 359 aa  394  1e-108  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1797  tartrate dehydrogenase  51.69 
 
 		 360 aa  378  1e-104  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0306189  normal  0.217391 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0442  tartrate dehydrogenase  51.55 
 
 		 365 aa  381  1e-104  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4827  tartrate dehydrogenase  51.41 
 
 		 349 aa  374  1e-102  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0828  tartrate dehydrogenase  49.86 
 
 		 352 aa  364  1e-99  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.369715  normal  0.0383388 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1841  tartrate dehydrogenase  52.27 
 
 		 375 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.473858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4031  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.69 
 
 		 351 aa  356  3.9999999999999996e-97  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3626  tartrate dehydrogenase  51.7 
 
 		 361 aa  355  1e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1942  tartrate dehydrogenase  51.42 
 
 		 359 aa  354  1e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5899  tartrate dehydrogenase  49.3 
 
 		 358 aa  353  2e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2612  tartrate dehydrogenase  49.29 
 
 		 350 aa  353  2e-96  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2573  tartrate dehydrogenase  49.01 
 
 		 350 aa  351  1e-95  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.808224  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2618  tartrate dehydrogenase  49.01 
 
 		 350 aa  351  1e-95  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.921478 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2879  tartrate dehydrogenase  50.85 
 
 		 362 aa  346  4e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284838  normal  0.0371966 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5246  tartrate dehydrogenase  50 
 
 		 359 aa  344  1e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00980702 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4849  tartrate dehydrogenase  49.03 
 
 		 359 aa  345  1e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0534  tartrate dehydrogenase  50.28 
 
 		 358 aa  344  2e-93  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0457204 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3895  tartrate dehydrogenase  48.88 
 
 		 355 aa  343  2e-93  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5152  tartrate dehydrogenase  49.72 
 
 		 359 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.887106  normal  0.123182 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4538  tartrate dehydrogenase  49.02 
 
 		 358 aa  343  2.9999999999999997e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5311  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.85 
 
 		 347 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.102222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3993  tartrate dehydrogenase  50.56 
 
 		 363 aa  343  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.023747 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30170  tartrate dehydrogenase  49.86 
 
 		 363 aa  342  7e-93  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5230  tartrate dehydrogenase  50.28 
 
 		 359 aa  341  1e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.268691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5811  tartrate dehydrogenase  50 
 
 		 359 aa  341  1e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.213581  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1843  tartrate dehydrogenase  49.17 
 
 		 361 aa  340  2e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2526  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  49.17 
 
 		 361 aa  340  2e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2026  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  49.17 
 
 		 361 aa  340  2e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00108776  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5025  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.56 
 
 		 347 aa  340  2e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.70387 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1888  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  49.17 
 
 		 361 aa  340  2e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1833  tartrate dehydrogenase  49.17 
 
 		 361 aa  340  2e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.286995 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1388  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  49.17 
 
 		 361 aa  340  2e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.253968  normal  0.832846 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01770  predicted dehydrogenase  49.17 
 
 		 361 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.273325  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01758  hypothetical protein  49.17 
 
 		 361 aa  340  2.9999999999999998e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.241519  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1914  tartrate dehydrogenase  49.01 
 
 		 352 aa  339  4e-92  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2058  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  48.88 
 
 		 361 aa  338  9.999999999999999e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1486  tartrate dehydrogenase  48.9 
 
 		 360 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.197806  hitchhiker  0.00128881 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0775  tartrate dehydrogenase  49.72 
 
 		 359 aa  337  1.9999999999999998e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.731125  normal  0.188776 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6098  tartrate dehydrogenase  48.07 
 
 		 360 aa  335  5e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.609209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1031  Tartrate decarboxylase  48.55 
 
 		 370 aa  333  2e-90  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.507094 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5601  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.85 
 
 		 347 aa  333  2e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.574649 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1183  tartrate dehydrogenase  50 
 
 		 349 aa  333  2e-90  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.272593  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4999  tartrate dehydrogenase  48.6 
 
 		 357 aa  332  7.000000000000001e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5317  tartrate dehydrogenase  47.93 
 
 		 361 aa  330  2e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2196  tartrate dehydrogenase  46.78 
 
 		 363 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1585  tartrate dehydrogenase  45.63 
 
 		 358 aa  330  3e-89  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6571  tartrate dehydrogenase  48.9 
 
 		 359 aa  330  3e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4687  tartrate dehydrogenase  50.28 
 
 		 359 aa  330  3e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0774003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6024  tartrate dehydrogenase  47.09 
 
 		 359 aa  329  4e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0462  tartrate dehydrogenase  47.5 
 
 		 357 aa  328  6e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00797383  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3080  tartrate dehydrogenase  44.48 
 
 		 357 aa  327  2.0000000000000001e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.07336 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3166  tartrate dehydrogenase  48.88 
 
 		 361 aa  327  2.0000000000000001e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2776  tartrate dehydrogenase  46.37 
 
 		 363 aa  327  2.0000000000000001e-88  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2087  tartrate dehydrogenase  46.13 
 
 		 365 aa  327  2.0000000000000001e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.136469  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3035  tartrate dehydrogenase  49.29 
 
 		 357 aa  327  3e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.931781 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1028  tartrate dehydrogenase  48.04 
 
 		 377 aa  326  4.0000000000000003e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.20432  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2935  tartrate dehydrogenase  48.18 
 
 		 359 aa  326  4.0000000000000003e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0865052  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2360  tartrate dehydrogenase  47.65 
 
 		 362 aa  325  6e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.349605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3389  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / tartrate dehydrogenase  49 
 
 		 357 aa  325  8.000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2247  tartrate dehydrogenase  47.24 
 
 		 361 aa  323  4e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.141085  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1612  tartrate dehydrogenase oxidoreductase protein  46.96 
 
 		 361 aa  322  5e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0186674  normal  0.0323069 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1788  tartrate dehydrogenase  46.98 
 
 		 361 aa  322  6e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1440  tartrate dehydrogenase  47.66 
 
 		 396 aa  322  6e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.918707  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0014  tartrate dehydrogenase  47.66 
 
 		 396 aa  322  6e-87  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>