More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3626 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2879  tartrate dehydrogenase  90.25 
 
 		 362 aa  675    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284838  normal  0.0371966 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3626  tartrate dehydrogenase  100 
 
 		 361 aa  746    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1942  tartrate dehydrogenase  93.3 
 
 		 359 aa  697    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1841  tartrate dehydrogenase  95.81 
 
 		 375 aa  712    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.473858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5811  tartrate dehydrogenase  81.51 
 
 		 359 aa  614  1e-175  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.213581  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5230  tartrate dehydrogenase  79.94 
 
 		 359 aa  593  1e-168  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.268691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5246  tartrate dehydrogenase  79.77 
 
 		 359 aa  592  1e-168  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00980702 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5152  tartrate dehydrogenase  79.38 
 
 		 359 aa  590  1e-167  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.887106  normal  0.123182 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3993  tartrate dehydrogenase  77.93 
 
 		 363 aa  586  1e-166  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.023747 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0534  tartrate dehydrogenase  77.29 
 
 		 358 aa  576  1.0000000000000001e-163  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0457204 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4687  tartrate dehydrogenase  80.23 
 
 		 359 aa  575  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0774003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4538  tartrate dehydrogenase  76.92 
 
 		 358 aa  577  1.0000000000000001e-163  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3035  tartrate dehydrogenase  75.56 
 
 		 357 aa  567  1e-160  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.931781 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0775  tartrate dehydrogenase  75.63 
 
 		 359 aa  564  1e-160  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.731125  normal  0.188776 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3389  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / tartrate dehydrogenase  75.28 
 
 		 357 aa  564  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0462  tartrate dehydrogenase  73.24 
 
 		 357 aa  555  1e-157  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00797383  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2935  tartrate dehydrogenase  73.89 
 
 		 359 aa  551  1e-156  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0865052  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4999  tartrate dehydrogenase  73.88 
 
 		 357 aa  553  1e-156  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1028  tartrate dehydrogenase  74.22 
 
 		 377 aa  545  1e-154  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.20432  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3066  tartrate dehydrogenase  71.9 
 
 		 372 aa  542  1e-153  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0824079  normal  0.43889 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3237  tartrate dehydrogenase  71.39 
 
 		 361 aa  538  9.999999999999999e-153  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3166  tartrate dehydrogenase  73.31 
 
 		 361 aa  539  9.999999999999999e-153  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1632  tartrate dehydrogenase  70.84 
 
 		 368 aa  539  9.999999999999999e-153  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470105  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1788  tartrate dehydrogenase  71.23 
 
 		 361 aa  535  1e-151  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2247  tartrate dehydrogenase  70.75 
 
 		 361 aa  531  1e-150  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.141085  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2776  tartrate dehydrogenase  69.53 
 
 		 363 aa  527  1e-148  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2698  tartrate dehydrogenase  70.25 
 
 		 364 aa  521  1e-147  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6024  tartrate dehydrogenase  70.54 
 
 		 359 aa  523  1e-147  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2196  tartrate dehydrogenase  67.13 
 
 		 363 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4849  tartrate dehydrogenase  69.49 
 
 		 359 aa  511  1e-144  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6098  tartrate dehydrogenase  68.93 
 
 		 360 aa  508  1e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.609209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2396  tartrate dehydrogenase  67.04 
 
 		 373 aa  509  1e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0821619  normal  0.606865 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4115  tartrate dehydrogenase  68.64 
 
 		 387 aa  509  1e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0404  tartrate dehydrogenase  73.19 
 
 		 332 aa  508  1e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0677306 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2662  tartrate dehydrogenase  66.76 
 
 		 364 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508333  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1486  tartrate dehydrogenase  68.45 
 
 		 360 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.197806  hitchhiker  0.00128881 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5317  tartrate dehydrogenase  68.98 
 
 		 361 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6571  tartrate dehydrogenase  69.49 
 
 		 359 aa  503  1e-141  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0011  tartrate dehydrogenase  68.91 
 
 		 361 aa  501  1e-141  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0014  tartrate dehydrogenase  68.33 
 
 		 396 aa  501  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0014  tartrate dehydrogenase  68.61 
 
 		 396 aa  503  1e-141  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1440  tartrate dehydrogenase  68.61 
 
 		 396 aa  503  1e-141  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.918707  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2360  tartrate dehydrogenase  67.13 
 
 		 362 aa  501  1e-141  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.349605  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1159  tartrate dehydrogenase  68.61 
 
 		 396 aa  503  1e-141  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0251  tartrate dehydrogenase  66.58 
 
 		 372 aa  499  1e-140  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.66296  normal  0.147869 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3119  tartrate dehydrogenase  67.31 
 
 		 361 aa  498  1e-140  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.560856 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1518  tartrate dehydrogenase  68.63 
 
 		 361 aa  499  1e-140  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0013  tartrate dehydrogenase  67.79 
 
 		 361 aa  499  1e-140  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.562064  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4976  tartrate dehydrogenase  67.59 
 
 		 361 aa  498  1e-140  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.260447 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0015  tartrate dehydrogenase  68.63 
 
 		 361 aa  499  1e-140  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.582572  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3173  tartrate dehydrogenase  67.87 
 
 		 361 aa  494  1e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5152  tartrate dehydrogenase  67.87 
 
 		 361 aa  495  1e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5707  tartrate dehydrogenase  67.87 
 
 		 361 aa  495  1e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0365882 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4532  tartrate dehydrogenase  68.14 
 
 		 361 aa  497  1e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.946498 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2860  tartrate dehydrogenase  66.39 
 
 		 364 aa  496  1e-139  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.668789  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1612  tartrate dehydrogenase oxidoreductase protein  66.02 
 
 		 361 aa  491  9.999999999999999e-139  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0186674  normal  0.0323069 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2992  tartrate dehydrogenase  65.82 
 
 		 359 aa  491  9.999999999999999e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5538  tartrate dehydrogenase  67.04 
 
 		 367 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5903  tartrate dehydrogenase  67.04 
 
 		 367 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.440083 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2087  tartrate dehydrogenase  65.45 
 
 		 365 aa  492  9.999999999999999e-139  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.136469  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1843  tartrate dehydrogenase  65.35 
 
 		 361 aa  489  1e-137  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1388  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  65.35 
 
 		 361 aa  489  1e-137  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.253968  normal  0.832846 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2526  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  65.35 
 
 		 361 aa  489  1e-137  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2349  tartrate dehydrogenase  66.11 
 
 		 364 aa  491  1e-137  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0663819  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1888  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  65.35 
 
 		 361 aa  489  1e-137  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1833  tartrate dehydrogenase  65.35 
 
 		 361 aa  489  1e-137  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.286995 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2026  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  65.35 
 
 		 361 aa  489  1e-137  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00108776  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2191  tartrate dehydrogenase  66.29 
 
 		 363 aa  488  1e-137  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2058  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  65.35 
 
 		 361 aa  486  1e-136  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01770  predicted dehydrogenase  65.07 
 
 		 361 aa  487  1e-136  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.273325  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01758  hypothetical protein  65.07 
 
 		 361 aa  487  1e-136  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.241519  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0769  tartrate dehydrogenase  68 
 
 		 362 aa  484  1e-136  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0696899 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1512  tartrate dehydrogenase  63.23 
 
 		 361 aa  485  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1756  tartrate dehydrogenase  63.23 
 
 		 361 aa  485  1e-136  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000147675 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1616  tartrate dehydrogenase  63.23 
 
 		 361 aa  485  1e-136  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.409343  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5638  tartrate dehydrogenase  65.45 
 
 		 362 aa  481  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3080  tartrate dehydrogenase  63.25 
 
 		 357 aa  459  9.999999999999999e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.07336 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5899  tartrate dehydrogenase  62.75 
 
 		 358 aa  457  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1585  tartrate dehydrogenase  59.72 
 
 		 358 aa  440  9.999999999999999e-123  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3895  tartrate dehydrogenase  60.74 
 
 		 355 aa  427  1e-118  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0647  tartrate dehydrogenase  60.34 
 
 		 354 aa  426  1e-118  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30170  tartrate dehydrogenase  56.41 
 
 		 363 aa  396  1e-109  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2612  tartrate dehydrogenase  56.78 
 
 		 350 aa  388  1e-107  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2573  tartrate dehydrogenase  56.86 
 
 		 350 aa  386  1e-106  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.808224  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2618  tartrate dehydrogenase  56.86 
 
 		 350 aa  386  1e-106  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.921478 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0828  tartrate dehydrogenase  56.18 
 
 		 352 aa  380  1e-104  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.369715  normal  0.0383388 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4827  tartrate dehydrogenase  57.06 
 
 		 349 aa  377  1e-103  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1914  tartrate dehydrogenase  54.31 
 
 		 352 aa  377  1e-103  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1445  tartrate dehydrogenase  51.98 
 
 		 358 aa  373  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.437089  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4658  tartrate dehydrogenase  51.27 
 
 		 358 aa  367  1e-100  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.77852 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0770  tartrate dehydrogenase  52.3 
 
 		 359 aa  365  1e-100  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.144909 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6783  tartrate dehydrogenase  52.41 
 
 		 358 aa  367  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.351267  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1183  tartrate dehydrogenase  54.47 
 
 		 349 aa  364  1e-99  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.272593  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5440  tartrate dehydrogenase  50.85 
 
 		 360 aa  359  4e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3593  tartrate dehydrogenase  50.85 
 
 		 360 aa  359  4e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3812  tartrate dehydrogenase  50.85 
 
 		 360 aa  358  7e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.402555  normal  0.309986 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5024  tartrate dehydrogenase  50.85 
 
 		 360 aa  358  9e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0996  tartrate dehydrogenase oxidoreductase protein  51.14 
 
 		 361 aa  356  3.9999999999999996e-97  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.932146  normal  0.0127706 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4654  tartrate dehydrogenase  50.57 
 
 		 360 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.095417  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3709  tartrate dehydrogenase  50.57 
 
 		 360 aa  355  8.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51854  normal  0.0942262 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>