More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_2360 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RSp1612  tartrate dehydrogenase oxidoreductase protein  86.91 
 
 
361 aa  658    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0186674  normal  0.0323069 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2360  tartrate dehydrogenase  100 
 
 
362 aa  748    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.349605  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2349  tartrate dehydrogenase  89.14 
 
 
364 aa  671    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0663819  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2087  tartrate dehydrogenase  88.8 
 
 
365 aa  669    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.136469  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2191  tartrate dehydrogenase  87.82 
 
 
363 aa  657    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2860  tartrate dehydrogenase  89.69 
 
 
364 aa  677    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.668789  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5638  tartrate dehydrogenase  80.83 
 
 
362 aa  616  1e-175  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2992  tartrate dehydrogenase  78.83 
 
 
359 aa  591  1e-168  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5317  tartrate dehydrogenase  75.35 
 
 
361 aa  574  1.0000000000000001e-163  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5152  tartrate dehydrogenase  74.58 
 
 
361 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5707  tartrate dehydrogenase  74.58 
 
 
361 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0365882 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6098  tartrate dehydrogenase  74.72 
 
 
360 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.609209  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3173  tartrate dehydrogenase  74.86 
 
 
361 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4976  tartrate dehydrogenase  74.58 
 
 
361 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.260447 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3119  tartrate dehydrogenase  74.58 
 
 
361 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.560856 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4532  tartrate dehydrogenase  74.3 
 
 
361 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.946498 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6024  tartrate dehydrogenase  73.54 
 
 
359 aa  568  1e-161  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1486  tartrate dehydrogenase  74.17 
 
 
360 aa  569  1e-161  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.197806  hitchhiker  0.00128881 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6571  tartrate dehydrogenase  73.06 
 
 
359 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0251  tartrate dehydrogenase  74.18 
 
 
372 aa  556  1e-157  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.66296  normal  0.147869 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0011  tartrate dehydrogenase  71.39 
 
 
361 aa  555  1e-157  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2396  tartrate dehydrogenase  71.31 
 
 
373 aa  555  1e-157  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0821619  normal  0.606865 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4115  tartrate dehydrogenase  72.47 
 
 
387 aa  555  1e-157  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0013  tartrate dehydrogenase  71.51 
 
 
361 aa  556  1e-157  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.562064  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0014  tartrate dehydrogenase  71.11 
 
 
396 aa  554  1e-157  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0014  tartrate dehydrogenase  71.39 
 
 
396 aa  556  1e-157  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1440  tartrate dehydrogenase  71.39 
 
 
396 aa  556  1e-157  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.918707  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1159  tartrate dehydrogenase  71.39 
 
 
396 aa  556  1e-157  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0015  tartrate dehydrogenase  70.83 
 
 
361 aa  552  1e-156  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.582572  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1518  tartrate dehydrogenase  71.11 
 
 
361 aa  554  1e-156  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2662  tartrate dehydrogenase  71.83 
 
 
364 aa  550  1e-155  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508333  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4849  tartrate dehydrogenase  70.51 
 
 
359 aa  546  1e-154  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1843  tartrate dehydrogenase  69.92 
 
 
361 aa  543  1e-153  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1833  tartrate dehydrogenase  69.92 
 
 
361 aa  543  1e-153  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.286995 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2196  tartrate dehydrogenase  70.72 
 
 
363 aa  543  1e-153  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2526  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  69.92 
 
 
361 aa  543  1e-153  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2058  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  69.92 
 
 
361 aa  541  1e-153  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1888  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  69.92 
 
 
361 aa  543  1e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1388  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  69.92 
 
 
361 aa  543  1e-153  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.253968  normal  0.832846 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2026  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  69.92 
 
 
361 aa  543  1e-153  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00108776  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01770  predicted dehydrogenase  69.64 
 
 
361 aa  541  9.999999999999999e-153  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.273325  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01758  hypothetical protein  69.64 
 
 
361 aa  541  9.999999999999999e-153  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.241519  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0769  tartrate dehydrogenase  71.31 
 
 
362 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0696899 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1756  tartrate dehydrogenase  67.04 
 
 
361 aa  526  1e-148  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000147675 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1616  tartrate dehydrogenase  67.04 
 
 
361 aa  526  1e-148  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.409343  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1512  tartrate dehydrogenase  67.04 
 
 
361 aa  526  1e-148  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1028  tartrate dehydrogenase  68.44 
 
 
377 aa  508  1e-143  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.20432  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3626  tartrate dehydrogenase  67.13 
 
 
361 aa  501  1e-141  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1942  tartrate dehydrogenase  65.74 
 
 
359 aa  494  1e-139  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3066  tartrate dehydrogenase  65.01 
 
 
372 aa  494  1e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0824079  normal  0.43889 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4538  tartrate dehydrogenase  64.71 
 
 
358 aa  492  9.999999999999999e-139  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1632  tartrate dehydrogenase  66.3 
 
 
368 aa  492  9.999999999999999e-139  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470105  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1841  tartrate dehydrogenase  65.46 
 
 
375 aa  488  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.473858  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1788  tartrate dehydrogenase  65.38 
 
 
361 aa  488  1e-137  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0534  tartrate dehydrogenase  66.2 
 
 
358 aa  487  1e-136  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0457204 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2935  tartrate dehydrogenase  66.95 
 
 
359 aa  486  1e-136  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0865052  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2879  tartrate dehydrogenase  65.17 
 
 
362 aa  486  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284838  normal  0.0371966 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2698  tartrate dehydrogenase  65.73 
 
 
364 aa  484  1e-136  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.722861 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3166  tartrate dehydrogenase  64.09 
 
 
361 aa  483  1e-135  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3237  tartrate dehydrogenase  64.8 
 
 
361 aa  481  1e-135  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2247  tartrate dehydrogenase  65.92 
 
 
361 aa  479  1e-134  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.141085  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3389  isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / tartrate dehydrogenase  64.59 
 
 
357 aa  475  1e-133  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5246  tartrate dehydrogenase  64.59 
 
 
359 aa  476  1e-133  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00980702 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4999  tartrate dehydrogenase  64.36 
 
 
357 aa  475  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5152  tartrate dehydrogenase  64.02 
 
 
359 aa  475  1e-133  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.887106  normal  0.123182 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3035  tartrate dehydrogenase  64.31 
 
 
357 aa  473  1e-132  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.931781 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0462  tartrate dehydrogenase  62.4 
 
 
357 aa  472  1e-132  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00797383  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5811  tartrate dehydrogenase  64.04 
 
 
359 aa  472  1e-132  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.213581  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5538  tartrate dehydrogenase  66.2 
 
 
367 aa  474  1e-132  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5903  tartrate dehydrogenase  66.2 
 
 
367 aa  474  1e-132  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.440083 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5230  tartrate dehydrogenase  64.02 
 
 
359 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.268691  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0775  tartrate dehydrogenase  64.62 
 
 
359 aa  470  1.0000000000000001e-131  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.731125  normal  0.188776 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2776  tartrate dehydrogenase  64.02 
 
 
363 aa  466  9.999999999999999e-131  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3993  tartrate dehydrogenase  62.95 
 
 
363 aa  464  9.999999999999999e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.023747 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3080  tartrate dehydrogenase  61.06 
 
 
357 aa  462  1e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.07336 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4687  tartrate dehydrogenase  62.99 
 
 
359 aa  464  1e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0774003  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5899  tartrate dehydrogenase  59.1 
 
 
358 aa  434  1e-120  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0404  tartrate dehydrogenase  62.87 
 
 
332 aa  428  1e-119  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0677306 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0647  tartrate dehydrogenase  56.23 
 
 
354 aa  418  1e-116  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1585  tartrate dehydrogenase  57.02 
 
 
358 aa  417  9.999999999999999e-116  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3895  tartrate dehydrogenase  55 
 
 
355 aa  402  1e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1183  tartrate dehydrogenase  53.52 
 
 
349 aa  377  1e-103  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.272593  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2612  tartrate dehydrogenase  54.24 
 
 
350 aa  374  1e-102  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0777  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2573  tartrate dehydrogenase  53.39 
 
 
350 aa  370  1e-101  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.808224  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2618  tartrate dehydrogenase  53.39 
 
 
350 aa  370  1e-101  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.921478 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4827  tartrate dehydrogenase  52.51 
 
 
349 aa  365  1e-100  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30170  tartrate dehydrogenase  51.54 
 
 
363 aa  364  1e-99  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0828  tartrate dehydrogenase  50.28 
 
 
352 aa  363  2e-99  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.369715  normal  0.0383388 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2567  tartrate dehydrogenase  50.14 
 
 
356 aa  350  2e-95  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.25872  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1914  tartrate dehydrogenase  50.42 
 
 
352 aa  348  1e-94  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0765  tartrate dehydrogenase  49.72 
 
 
364 aa  342  7e-93  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1230  tartrate dehydrogenase  51.26 
 
 
352 aa  341  9e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.312733  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4031  3-isopropylmalate dehydrogenase  49.86 
 
 
351 aa  340  2e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1445  tartrate dehydrogenase  48.47 
 
 
358 aa  339  4e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.437089  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0845  tartrate dehydrogenase  48.47 
 
 
362 aa  335  7e-91  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.558114  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0770  tartrate dehydrogenase  47.38 
 
 
359 aa  332  5e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.144909 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6783  tartrate dehydrogenase  47.5 
 
 
358 aa  331  1e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.351267  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9120  tartrate dehydrogenase  47.77 
 
 
362 aa  330  2e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1620  tartrate dehydrogenase  48.75 
 
 
368 aa  328  9e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.607945  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5565  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  47.63 
 
 
357 aa  327  2.0000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>