More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0845 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RSp0996  tartrate dehydrogenase oxidoreductase protein  88.76 
 
 		 361 aa  659    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.932146  normal  0.0127706 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5024  tartrate dehydrogenase  84.87 
 
 		 360 aa  643    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3812  tartrate dehydrogenase  85.43 
 
 		 360 aa  648    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.402555  normal  0.309986 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1027  tartrate dehydrogenase  88.7 
 
 		 354 aa  664    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3186  tartrate dehydrogenase  86.69 
 
 		 362 aa  647    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0440  tartrate dehydrogenase  90.4 
 
 		 355 aa  668    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0845  tartrate dehydrogenase  100 
 
 		 362 aa  748    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.558114  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1432  tartrate dehydrogenase  85.67 
 
 		 362 aa  645    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.360239 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1620  tartrate dehydrogenase  85.43 
 
 		 368 aa  643    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.607945  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5037  tartrate dehydrogenase  85.71 
 
 		 376 aa  645    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.575355  normal  0.316837 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5655  tartrate dehydrogenase  82.91 
 
 		 360 aa  638    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4654  tartrate dehydrogenase  85.15 
 
 		 360 aa  645    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.095417  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2113  tartrate dehydrogenase  85.67 
 
 		 368 aa  641    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00371607 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5440  tartrate dehydrogenase  84.31 
 
 		 360 aa  641    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3709  tartrate dehydrogenase  85.15 
 
 		 360 aa  645    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.51854  normal  0.0942262 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3593  tartrate dehydrogenase  84.87 
 
 		 360 aa  644    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3176  tartrate dehydrogenase  89.11 
 
 		 358 aa  669    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000641803 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1040  tartrate dehydrogenase  87.29 
 
 		 365 aa  648    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1016  tartrate dehydrogenase  90.08 
 
 		 362 aa  658    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0586204 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1120  tartrate dehydrogenase  87.57 
 
 		 365 aa  650    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.656227  normal  0.47844 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1229  tartrate dehydrogenase  83.52 
 
 		 364 aa  627  1e-178  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6783  tartrate dehydrogenase  73.65 
 
 		 358 aa  552  1e-156  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.351267  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1445  tartrate dehydrogenase  73.37 
 
 		 358 aa  550  1e-155  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.437089  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4658  tartrate dehydrogenase  71.67 
 
 		 358 aa  538  9.999999999999999e-153  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.77852 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0770  tartrate dehydrogenase  71.59 
 
 		 359 aa  538  9.999999999999999e-153  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.144909 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9120  tartrate dehydrogenase  69.75 
 
 		 362 aa  526  1e-148  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3388  putative isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / tartrate dehydrogenase ttuC  69.69 
 
 		 360 aa  512  1e-144  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3034  tartrate dehydrogenase  69.69 
 
 		 360 aa  512  1e-144  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4630  tartrate dehydrogenase  67.79 
 
 		 357 aa  511  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5565  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  67.79 
 
 		 357 aa  504  9.999999999999999e-143  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4411  tartrate dehydrogenase  67.51 
 
 		 357 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0182  tartrate dehydrogenase  67.42 
 
 		 357 aa  503  1e-141  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.233133  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1230  tartrate dehydrogenase  63.1 
 
 		 352 aa  467  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.312733  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_04822  tartrate dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_8G01160)  62.15 
 
 		 357 aa  462  1e-129  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.893828  normal  0.720485 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00190  tartrate dehydrogenase, putative  63.35 
 
 		 374 aa  463  1e-129  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04003  tartrate dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G04150)  58.24 
 
 		 351 aa  419  1e-116  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.538835  normal  1 
 
 
-
 
NC_006694  CNI00890  tartrate dehydrogenase, putative  55.11 
 
 		 359 aa  400  9.999999999999999e-111  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0442  tartrate dehydrogenase  51.4 
 
 		 365 aa  382  1e-105  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1797  tartrate dehydrogenase  51.97 
 
 		 360 aa  377  1e-103  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0306189  normal  0.217391 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4827  tartrate dehydrogenase  52.54 
 
 		 349 aa  377  1e-103  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0828  tartrate dehydrogenase  50.99 
 
 		 352 aa  371  1e-102  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.369715  normal  0.0383388 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4849  tartrate dehydrogenase  50.97 
 
 		 359 aa  358  6e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5899  tartrate dehydrogenase  49.86 
 
 		 358 aa  357  9.999999999999999e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4031  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.69 
 
 		 351 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2612  tartrate dehydrogenase  50.14 
 
 		 350 aa  357  1.9999999999999998e-97  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2573  tartrate dehydrogenase  49.58 
 
 		 350 aa  355  6.999999999999999e-97  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.808224  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2618  tartrate dehydrogenase  49.58 
 
 		 350 aa  355  6.999999999999999e-97  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.921478 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1841  tartrate dehydrogenase  50.85 
 
 		 375 aa  353  2e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.473858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3626  tartrate dehydrogenase  50.57 
 
 		 361 aa  352  4e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1942  tartrate dehydrogenase  49.72 
 
 		 359 aa  347  1e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3895  tartrate dehydrogenase  50.28 
 
 		 355 aa  348  1e-94  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5025  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.26 
 
 		 347 aa  347  2e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.70387 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5311  3-isopropylmalate dehydrogenase  50.98 
 
 		 347 aa  347  2e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.102222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2058  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  48.9 
 
 		 361 aa  347  2e-94  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5246  tartrate dehydrogenase  49.72 
 
 		 359 aa  346  5e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00980702 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30170  tartrate dehydrogenase  50 
 
 		 363 aa  345  7e-94  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1183  tartrate dehydrogenase  51.43 
 
 		 349 aa  345  8.999999999999999e-94  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.272593  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1843  tartrate dehydrogenase  48.62 
 
 		 361 aa  344  1e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2026  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  48.62 
 
 		 361 aa  344  1e-93  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00108776  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1888  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  48.62 
 
 		 361 aa  344  1e-93  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1833  tartrate dehydrogenase  48.62 
 
 		 361 aa  344  1e-93  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.286995 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01770  predicted dehydrogenase  48.62 
 
 		 361 aa  343  2e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.273325  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1388  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  48.62 
 
 		 361 aa  344  2e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.253968  normal  0.832846 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2196  tartrate dehydrogenase  47.91 
 
 		 363 aa  343  2e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2879  tartrate dehydrogenase  49.44 
 
 		 362 aa  343  2e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.284838  normal  0.0371966 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4538  tartrate dehydrogenase  48.17 
 
 		 358 aa  343  2e-93  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01758  hypothetical protein  48.62 
 
 		 361 aa  343  2e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.241519  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2526  tartrate dehydrogenase/decarboxylase  48.62 
 
 		 361 aa  344  2e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5811  tartrate dehydrogenase  49.44 
 
 		 359 aa  342  5.999999999999999e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.213581  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3993  tartrate dehydrogenase  49.15 
 
 		 363 aa  342  8e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.023747 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5152  tartrate dehydrogenase  48.45 
 
 		 359 aa  341  9e-93  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.887106  normal  0.123182 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6024  tartrate dehydrogenase  48.19 
 
 		 359 aa  340  2e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3080  tartrate dehydrogenase  46.18 
 
 		 357 aa  340  2e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.07336 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5230  tartrate dehydrogenase  49.15 
 
 		 359 aa  340  2e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.268691  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1031  Tartrate decarboxylase  50 
 
 		 370 aa  339  5.9999999999999996e-92  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.507094 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5601  3-isopropylmalate dehydrogenase  51.82 
 
 		 347 aa  338  7e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.574649 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0775  tartrate dehydrogenase  48.31 
 
 		 359 aa  337  9.999999999999999e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.731125  normal  0.188776 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1914  tartrate dehydrogenase  48.44 
 
 		 352 aa  336  3.9999999999999995e-91  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2360  tartrate dehydrogenase  48.47 
 
 		 362 aa  335  7e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.349605  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1585  tartrate dehydrogenase  45.94 
 
 		 358 aa  334  1e-90  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6098  tartrate dehydrogenase  48.33 
 
 		 360 aa  335  1e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.609209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1486  tartrate dehydrogenase  48.61 
 
 		 360 aa  334  2e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.197806  hitchhiker  0.00128881 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0534  tartrate dehydrogenase  47.46 
 
 		 358 aa  334  2e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0457204 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5538  tartrate dehydrogenase  47.37 
 
 		 367 aa  333  4e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5903  tartrate dehydrogenase  47.37 
 
 		 367 aa  333  4e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.440083 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2662  tartrate dehydrogenase  46.52 
 
 		 364 aa  332  8e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508333  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1028  tartrate dehydrogenase  47.77 
 
 		 377 aa  331  1e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.20432  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0462  tartrate dehydrogenase  46.37 
 
 		 357 aa  330  2e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00797383  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4999  tartrate dehydrogenase  47.61 
 
 		 357 aa  330  2e-89  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2087  tartrate dehydrogenase  45.58 
 
 		 365 aa  331  2e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.136469  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3166  tartrate dehydrogenase  47.77 
 
 		 361 aa  330  3e-89  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4687  tartrate dehydrogenase  49.3 
 
 		 359 aa  329  4e-89  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0774003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0647  tartrate dehydrogenase  45.89 
 
 		 354 aa  328  8e-89  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1632  tartrate dehydrogenase  47.8 
 
 		 368 aa  328  9e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2567  tartrate dehydrogenase  45.35 
 
 		 356 aa  327  1.0000000000000001e-88  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.25872  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2935  tartrate dehydrogenase  48.74 
 
 		 359 aa  328  1.0000000000000001e-88  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0865052  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2396  tartrate dehydrogenase  46.22 
 
 		 373 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0821619  normal  0.606865 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2247  tartrate dehydrogenase  46.69 
 
 		 361 aa  326  4.0000000000000003e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.141085  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3035  tartrate dehydrogenase  49 
 
 		 357 aa  325  1e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.931781 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4115  tartrate dehydrogenase  47.74 
 
 		 387 aa  325  1e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>