More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_0739 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013501  Rmar_0739  3-isopropylmalate dehydrogenase  100 
 
 		 362 aa  723    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.379297  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1365  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.47 
 
 		 356 aa  415  9.999999999999999e-116  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.528909  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1101  3-isopropylmalate dehydrogenase  58 
 
 		 355 aa  416  9.999999999999999e-116  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.815797  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0738  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.18 
 
 		 358 aa  416  9.999999999999999e-116  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1516  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.51 
 
 		 357 aa  413  1e-114  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0986434  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1901  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.1 
 
 		 352 aa  410  1e-113  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1020  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.65 
 
 		 356 aa  409  1e-113  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00117198  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2173  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.57 
 
 		 352 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0850  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.96 
 
 		 352 aa  404  1.0000000000000001e-112  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.898844  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0648  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.27 
 
 		 358 aa  398  9.999999999999999e-111  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0597503  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0788  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.86 
 
 		 357 aa  399  9.999999999999999e-111  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0487359  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0740  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.6 
 
 		 353 aa  395  1e-109  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3222  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.71 
 
 		 358 aa  397  1e-109  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0036  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.52 
 
 		 355 aa  397  1e-109  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.246582  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1720  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.47 
 
 		 353 aa  393  1e-108  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.424747 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0288  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.27 
 
 		 356 aa  390  1e-107  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1846  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.89 
 
 		 350 aa  388  1e-107  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17341  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.43 
 
 		 357 aa  389  1e-107  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1563  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.55 
 
 		 357 aa  388  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.27267  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0347  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.37 
 
 		 361 aa  385  1e-106  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0603  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.18 
 
 		 353 aa  386  1e-106  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1865  3-isopropylmalate dehydrogenase  59.71 
 
 		 357 aa  385  1e-106  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.436203  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1264  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.11 
 
 		 355 aa  388  1e-106  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2577  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.7 
 
 		 362 aa  385  1e-106  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.338977  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0340  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.37 
 
 		 361 aa  385  1e-106  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0972  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.37 
 
 		 362 aa  385  1e-106  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2093  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.58 
 
 		 359 aa  381  1e-105  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0127981  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1601  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.43 
 
 		 352 aa  384  1e-105  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0498293 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2209  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.25 
 
 		 362 aa  382  1e-105  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000258319  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1100  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.46 
 
 		 363 aa  382  1e-105  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.757445  normal  0.166084 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1260  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.78 
 
 		 357 aa  382  1e-105  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000366056  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2592  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.93 
 
 		 371 aa  384  1e-105  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.229971  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3548  3-isopropylmalate dehydrogenase  60.4 
 
 		 341 aa  380  1e-104  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0509  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.17 
 
 		 357 aa  378  1e-104  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2084  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.46 
 
 		 357 aa  378  1e-104  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1341  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.4 
 
 		 357 aa  381  1e-104  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.643187 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0387  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.34 
 
 		 357 aa  379  1e-104  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.603311  normal  0.830854 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3233  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.41 
 
 		 357 aa  375  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0488471  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09751  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.54 
 
 		 360 aa  376  1e-103  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.945321  hitchhiker  0.00220334 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1716  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.26 
 
 		 357 aa  375  1e-103  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08261  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.38 
 
 		 359 aa  375  1e-103  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.842173  normal  0.408942 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1794  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.02 
 
 		 358 aa  376  1e-103  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.741097 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2586  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.41 
 
 		 359 aa  375  1e-103  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4657  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.65 
 
 		 364 aa  378  1e-103  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000431802 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2162  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.46 
 
 		 363 aa  377  1e-103  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.173538 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2252  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.29 
 
 		 357 aa  377  1e-103  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5238  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.62 
 
 		 356 aa  376  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.37874 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1781  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.68 
 
 		 359 aa  377  1e-103  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.500834  hitchhiker  0.00494446 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0194  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.38 
 
 		 359 aa  374  1e-102  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.18652  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3068  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.74 
 
 		 354 aa  373  1e-102  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.787339  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0860  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.75 
 
 		 371 aa  374  1e-102  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0192  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.79 
 
 		 373 aa  373  1e-102  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.82 
 
 		 356 aa  373  1e-102  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2451  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.7 
 
 		 379 aa  374  1e-102  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.197257  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2917  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.1 
 
 		 364 aa  372  1e-102  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2066  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.55 
 
 		 363 aa  373  1e-102  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1230  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.9 
 
 		 361 aa  374  1e-102  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.121054 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2140  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.93 
 
 		 358 aa  374  1e-102  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0440  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.89 
 
 		 373 aa  374  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.506295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1810  3-isopropylmalate dehydrogenase  58.52 
 
 		 356 aa  370  1e-101  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.704264  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2175  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.15 
 
 		 360 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0671441  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1985  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.6 
 
 		 360 aa  368  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.2378  decreased coverage  0.00707192 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1410  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.04 
 
 		 367 aa  370  1e-101  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.531545  normal  0.584251 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0593  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.06 
 
 		 363 aa  369  1e-101  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2987  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.82 
 
 		 362 aa  370  1e-101  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0123626  normal  0.372327 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0797  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.67 
 
 		 357 aa  370  1e-101  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000426941  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1918  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.53 
 
 		 353 aa  368  1e-101  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1793  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.7 
 
 		 356 aa  370  1e-101  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.121615  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2518  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.39 
 
 		 369 aa  369  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1420  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.97 
 
 		 362 aa  369  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2226  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.21 
 
 		 359 aa  369  1e-101  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23790  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.71 
 
 		 360 aa  368  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0915643 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1221  3-isopropylmalate dehydrogenase  57.26 
 
 		 357 aa  370  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.725495  normal  0.0144759 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00075  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.78 
 
 		 363 aa  366  1e-100  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3525  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.78 
 
 		 363 aa  366  1e-100  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1047  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.27 
 
 		 357 aa  367  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1988  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.78 
 
 		 360 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.325379  normal  0.0231665 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1958  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.95 
 
 		 367 aa  365  1e-100  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.487296  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2063  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.65 
 
 		 360 aa  366  1e-100  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0124  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.5 
 
 		 363 aa  365  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.736589  normal  0.998111 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.5 
 
 		 363 aa  365  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0128  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.5 
 
 		 363 aa  365  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0349763 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0864  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.4 
 
 		 350 aa  365  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000147801  hitchhiker  0.00313755 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0080  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.78 
 
 		 363 aa  367  1e-100  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1920  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.57 
 
 		 353 aa  367  1e-100  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0076  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.78 
 
 		 363 aa  366  1e-100  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0078  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.78 
 
 		 363 aa  366  1e-100  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0078  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.78 
 
 		 363 aa  367  1e-100  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.656199 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0744  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.99 
 
 		 363 aa  366  1e-100  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0067  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.5 
 
 		 363 aa  365  1e-100  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_29616  predicted protein  54.62 
 
 		 361 aa  367  1e-100  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0123  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.5 
 
 		 363 aa  365  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0556005 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3584  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.78 
 
 		 363 aa  366  1e-100  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00038703 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1740  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.85 
 
 		 357 aa  366  1e-100  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00074  hypothetical protein  52.78 
 
 		 363 aa  366  1e-100  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1519  3-isopropylmalate dehydrogenase  54.06 
 
 		 360 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.676476  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0121  3-isopropylmalate dehydrogenase  52.5 
 
 		 363 aa  365  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.165091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3771  3-isopropylmalate dehydrogenase  53.78 
 
 		 360 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2015  3-isopropylmalate dehydrogenase  55.71 
 
 		 360 aa  365  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.021307  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3041  3-isopropylmalate dehydrogenase  56.13 
 
 		 356 aa  366  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>