205 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0958 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0958  hypothetical protein  100 
 
 		 779 aa  1587    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.764454  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0806  hypothetical protein  31.44 
 
 		 1083 aa  364  3e-99  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.712772  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08450  efflux transporter, putative, hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  23.36 
 
 		 764 aa  190  9e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2229  Patched family protein  24.57 
 
 		 755 aa  184  7e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.271746  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2986  RND efflux transporter  23.26 
 
 		 1051 aa  182  2e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.594238  normal  0.491222 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1317  RND efflux transporter  21.66 
 
 		 778 aa  166  1.0000000000000001e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00469095  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1652  hypothetical protein  21.32 
 
 		 779 aa  153  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0699635  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0469  hypothetical protein  24.04 
 
 		 905 aa  150  1.0000000000000001e-34  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0677  RND efflux transporter  23.26 
 
 		 811 aa  147  9e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003709  predicted exporter of the RND superfamily  23.44 
 
 		 792 aa  146  1e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0610  exporter of the RND superfamily protein-like protein  22.78 
 
 		 807 aa  133  1.0000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0943  RND efflux transporter  21.84 
 
 		 791 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1526  RND efflux transporter  22.22 
 
 		 756 aa  129  3e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1774  Patched family protein  21.41 
 
 		 815 aa  126  1e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0392  exporter of the RND superfamily protein-like protein  22.84 
 
 		 837 aa  122  1.9999999999999998e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1422  RND efflux transporter  23.81 
 
 		 865 aa  120  7e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0501757  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2375  transport protein, putative  23.51 
 
 		 825 aa  120  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4691  putative transport protein  21.13 
 
 		 797 aa  119  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.628482  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0540  hypothetical protein  21 
 
 		 764 aa  119  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1321  RND efflux transporter  23.1 
 
 		 800 aa  115  2.0000000000000002e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1117  hypothetical protein  23 
 
 		 765 aa  115  4.0000000000000004e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.103936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0154  RND efflux transporter  22.85 
 
 		 751 aa  112  2.0000000000000002e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0209  Patched family protein  22.73 
 
 		 881 aa  111  5e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2278  transport protein, putative  21.13 
 
 		 835 aa  111  6e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2061  putative membrane transporter  23.24 
 
 		 796 aa  110  1e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1180  hypothetical protein  19.73 
 
 		 801 aa  109  2e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2744  RND efflux transporter  23.24 
 
 		 860 aa  109  2e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343287  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0258  hypothetical protein  18.91 
 
 		 767 aa  109  2e-22  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.467137  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2270  putative transport protein  23.7 
 
 		 799 aa  108  3e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0857118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0367  putative integral membrane protein  23.05 
 
 		 821 aa  104  5e-21  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.1024  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1281  resistance-nodulation-cell division family transporter  20.92 
 
 		 828 aa  103  1e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.338562  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2467  RND efflux transporter  19.67 
 
 		 792 aa  102  3e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.022945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3230  hypothetical protein  22.28 
 
 		 808 aa  102  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2704  hypothetical protein  22.14 
 
 		 898 aa  100  7e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1161  Patched family protein  20.72 
 
 		 831 aa  99.8  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05360  predicted exporters of the RND superfamily  21.05 
 
 		 727 aa  98.6  4e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000165826  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1350  RND efflux transporter  20.5 
 
 		 790 aa  97.8  6e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000832069  decreased coverage  0.00000222062 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0768  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  21 
 
 		 747 aa  97.4  9e-19  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.53096  normal  0.282667 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4151  hypothetical protein  21.28 
 
 		 807 aa  95.1  5e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.735313  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2787  transporter, putative  23.09 
 
 		 869 aa  94.4  7e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2968  RND efflux transporter  23.09 
 
 		 869 aa  93.6  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0632  RND efflux transporter  23.5 
 
 		 763 aa  93.6  1e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.510967  normal  0.17381 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1279  hypothetical protein  20.28 
 
 		 821 aa  93.6  1e-17  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1940  RND efflux transporter  20.91 
 
 		 877 aa  92.8  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3675  membrane protein  20.15 
 
 		 808 aa  92.4  3e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3778  putative transport protein  21.79 
 
 		 796 aa  92  4e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000448082  decreased coverage  0.0000696113 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2006  hypothetical protein  19.67 
 
 		 789 aa  89.4  2e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000691446  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0581  RND efflux transporter  18.44 
 
 		 788 aa  89.4  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.843516  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2200  hypothetical protein  21.25 
 
 		 816 aa  88.6  4e-16  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3142  transporter, putative  22.47 
 
 		 799 aa  87.4  9e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0321  putative integral membrane protein  19.3 
 
 		 813 aa  87  0.000000000000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.322021  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1018  MMPL domain-containing protein  21.24 
 
 		 861 aa  87.4  0.000000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00165976  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0460  putative exporter of the RND superfamily protein  20.06 
 
 		 806 aa  87  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04040  hypothetical protein  20.76 
 
 		 803 aa  84.7  0.000000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0413  conserved hypothetical protein, membrane  17.79 
 
 		 773 aa  85.1  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0655355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3579  RND superfamily transporter  21.12 
 
 		 788 aa  84.3  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.900215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1720  RND superfamily transporter  22.07 
 
 		 788 aa  84  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.362573  normal  0.170717 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1056  efflux transporter, , hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  19.1 
 
 		 756 aa  83.6  0.00000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0557741  normal  0.21545 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3357  putative integral membrane protein  21.12 
 
 		 872 aa  82.8  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.42147  normal  0.0868518 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1021  exporter of the RND superfamily protein-like protein  20.05 
 
 		 762 aa  82.8  0.00000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.119734  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0077  putative membrane transporter  23.45 
 
 		 797 aa  83.2  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.273508 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2963  putative membrane transporter  21.84 
 
 		 785 aa  82.8  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.581109 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1961  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  20.71 
 
 		 758 aa  79.3  0.0000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0456  HAE1 family efflux transporter  21.36 
 
 		 752 aa  79.7  0.0000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.857513  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1805  Patched family protein  20.11 
 
 		 804 aa  79.3  0.0000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.732433  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2918  exporter of the RND superfamily protein  22.02 
 
 		 1204 aa  79.3  0.0000000000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0248285  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1155  RND efflux transporter  21.56 
 
 		 830 aa  79.3  0.0000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0588  hypothetical protein  20.11 
 
 		 815 aa  78.6  0.0000000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1152  RND efflux transporter  32.39 
 
 		 692 aa  77.8  0.0000000000007  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0148359  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0582  RND efflux transporter  22.24 
 
 		 805 aa  77.8  0.0000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135299 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0595  RND efflux transporter  22.13 
 
 		 806 aa  77.8  0.0000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.115384  hitchhiker  0.0000495016 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2275  RND superfamily transporter  21.97 
 
 		 797 aa  76.3  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.857443  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4267  putative RND superfamily transporter  21.52 
 
 		 789 aa  76.6  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0397  RND efflux transporter  22.54 
 
 		 805 aa  76.6  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0885  RND efflux transporter  22.54 
 
 		 805 aa  76.6  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3221  hypothetical protein  22.63 
 
 		 874 aa  75.5  0.000000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0222  efflux transporter, , hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  22.68 
 
 		 746 aa  73.2  0.00000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1059  HAE1 family efflux transporter  22.26 
 
 		 777 aa  72.8  0.00000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.101015 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3300  exporter of the RND superfamily protein-like protein  19.8 
 
 		 967 aa  72  0.00000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.107727  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2064  RND efflux transporter  21.23 
 
 		 795 aa  72  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1376  hypothetical protein  21.94 
 
 		 823 aa  71.6  0.00000000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1742  hypothetical protein  19.93 
 
 		 824 aa  71.2  0.00000000006  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00144404  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1714  RND superfamily transporter  21.96 
 
 		 789 aa  70.1  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0904131 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0901  HAE1 family efflux transporter  20.56 
 
 		 752 aa  68.9  0.0000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.395656  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0277  hypothetical protein  21.65 
 
 		 823 aa  68.6  0.0000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3429  hypothetical protein  20.1 
 
 		 787 aa  68.6  0.0000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3164  hypothetical protein  22.22 
 
 		 784 aa  68.6  0.0000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.330305  normal  0.727475 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0020  Patched family protein  19.81 
 
 		 1359 aa  67.8  0.0000000007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.637086  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1565  hypothetical protein  21.61 
 
 		 823 aa  67.8  0.0000000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3091  exporter of the RND superfamily protein-like protein  24.17 
 
 		 776 aa  67  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3183  exporter of the RND superfamily protein-like protein  22.4 
 
 		 717 aa  67  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1447  RND efflux transporter  20.23 
 
 		 820 aa  64.3  0.000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.751862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1519  putative integral membrane protein  28.39 
 
 		 859 aa  64.3  0.000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.430265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1637  hypothetical protein  20.38 
 
 		 385 aa  64.3  0.000000008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4897  hypothetical protein  20.82 
 
 		 864 aa  62.4  0.00000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3229  hypothetical protein  19.39 
 
 		 794 aa  62.4  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0514277  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1194  hypothetical protein  27.23 
 
 		 832 aa  61.2  0.00000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  unclonable  0.0000134903  hitchhiker  0.0000145799 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0572  hypothetical protein  19.86 
 
 		 385 aa  60.8  0.00000008  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.67085  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0528  RND superfamily transporter  21.61 
 
 		 789 aa  59.7  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0867  HAE1 family efflux transporter  24.29 
 
 		 778 aa  59.7  0.0000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>