159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4267 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_2061  putative membrane transporter  68.77 
 
 		 796 aa  1054    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2275  RND superfamily transporter  80.95 
 
 		 797 aa  1274    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.857443  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1720  RND superfamily transporter  87.71 
 
 		 788 aa  1375    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.362573  normal  0.170717 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1714  RND superfamily transporter  84.27 
 
 		 789 aa  1325    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0904131 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3579  RND superfamily transporter  87.61 
 
 		 788 aa  1368    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.900215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2688  RND superfamily transporter  82.1 
 
 		 787 aa  1230    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2963  putative membrane transporter  79.18 
 
 		 785 aa  1233    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.581109 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0077  putative membrane transporter  67.01 
 
 		 797 aa  1023    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.273508 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0528  RND superfamily transporter  65.51 
 
 		 789 aa  925    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4267  putative RND superfamily transporter  100 
 
 		 789 aa  1566    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2562  RND efflux transporter  23.84 
 
 		 697 aa  142  1.9999999999999998e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.143404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3675  membrane protein  18.41 
 
 		 808 aa  127  6e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0460  putative exporter of the RND superfamily protein  19.73 
 
 		 806 aa  127  7e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2229  Patched family protein  23.54 
 
 		 755 aa  125  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.271746  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08450  efflux transporter, putative, hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  23.27 
 
 		 764 aa  117  8.999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0413  conserved hypothetical protein, membrane  19.78 
 
 		 773 aa  112  3e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0655355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1161  Patched family protein  18.35 
 
 		 831 aa  109  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0392  exporter of the RND superfamily protein-like protein  22.28 
 
 		 837 aa  107  6e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2375  transport protein, putative  21.27 
 
 		 825 aa  106  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0321  putative integral membrane protein  21.11 
 
 		 813 aa  104  6e-21  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.322021  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2278  transport protein, putative  22.22 
 
 		 835 aa  103  1e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4151  hypothetical protein  21 
 
 		 807 aa  103  2e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.735313  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1279  hypothetical protein  22.03 
 
 		 821 aa  102  3e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1774  Patched family protein  22.67 
 
 		 815 aa  100  7e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0367  putative integral membrane protein  21.56 
 
 		 821 aa  100  8e-20  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.1024  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003709  predicted exporter of the RND superfamily  22.58 
 
 		 792 aa  100  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1021  exporter of the RND superfamily protein-like protein  22.44 
 
 		 762 aa  98.2  5e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.119734  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4897  hypothetical protein  24.02 
 
 		 864 aa  96.7  2e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1281  resistance-nodulation-cell division family transporter  20.99 
 
 		 828 aa  95.9  3e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.338562  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0588  hypothetical protein  21.66 
 
 		 815 aa  94  1e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3300  exporter of the RND superfamily protein-like protein  21.67 
 
 		 967 aa  93.2  2e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.107727  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2200  hypothetical protein  20.76 
 
 		 816 aa  92  4e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1652  hypothetical protein  21.94 
 
 		 779 aa  91.7  5e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0699635  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1565  hypothetical protein  20.82 
 
 		 823 aa  91.3  7e-17  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1376  hypothetical protein  20.82 
 
 		 823 aa  90.9  9e-17  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0277  hypothetical protein  20.95 
 
 		 823 aa  90.1  1e-16  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2006  hypothetical protein  19.73 
 
 		 789 aa  89.4  2e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000691446  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3357  putative integral membrane protein  22.45 
 
 		 872 aa  87.8  7e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.42147  normal  0.0868518 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0581  RND efflux transporter  18.59 
 
 		 788 aa  85.9  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.843516  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0901  HAE1 family efflux transporter  20.96 
 
 		 752 aa  85.1  0.000000000000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.395656  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1447  RND efflux transporter  22.04 
 
 		 820 aa  83.6  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.751862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1526  RND efflux transporter  21.19 
 
 		 756 aa  83.6  0.00000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0456  HAE1 family efflux transporter  20.89 
 
 		 752 aa  82.8  0.00000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.857513  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2986  RND efflux transporter  22.38 
 
 		 1051 aa  82  0.00000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.594238  normal  0.491222 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0154  RND efflux transporter  25.56 
 
 		 751 aa  81.6  0.00000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0677  RND efflux transporter  25.93 
 
 		 811 aa  81.3  0.00000000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1317  RND efflux transporter  18.65 
 
 		 778 aa  80.1  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00469095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1321  RND efflux transporter  21.56 
 
 		 800 aa  79.3  0.0000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0540  hypothetical protein  20.93 
 
 		 764 aa  79  0.0000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05360  predicted exporters of the RND superfamily  20.8 
 
 		 727 aa  78.6  0.0000000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000165826  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4341  Patched family protein  22.91 
 
 		 895 aa  77.4  0.0000000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.354864  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0562  hypothetical protein  24.76 
 
 		 800 aa  76.6  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.593707  normal  0.20774 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1117  hypothetical protein  21.26 
 
 		 765 aa  76.3  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.103936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0610  exporter of the RND superfamily protein-like protein  19.97 
 
 		 807 aa  74.3  0.000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1742  hypothetical protein  21.32 
 
 		 824 aa  74.3  0.000000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00144404  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0222  efflux transporter, , hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  19.85 
 
 		 746 aa  73.9  0.00000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6781  RND efflux transporter  26.53 
 
 		 799 aa  72.4  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0958  hypothetical protein  21.52 
 
 		 779 aa  71.2  0.00000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.764454  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1805  Patched family protein  19.46 
 
 		 804 aa  70.9  0.00000000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.732433  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1180  hypothetical protein  20.7 
 
 		 801 aa  69.3  0.0000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2270  putative transport protein  20.56 
 
 		 799 aa  68.9  0.0000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0857118  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4435  transporter, putative  23.67 
 
 		 786 aa  67  0.000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.565976 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4325  transporter, putative  23.67 
 
 		 786 aa  67  0.000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0993317 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2812  transporter, putative  27.95 
 
 		 804 aa  66.2  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.796656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4865  RND efflux transporter  22.71 
 
 		 786 aa  66.2  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.743305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2749  transporter, putative  30.69 
 
 		 804 aa  65.9  0.000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00176897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0768  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  19.9 
 
 		 747 aa  65.1  0.000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.53096  normal  0.282667 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1525  hypothetical protein  22.35 
 
 		 694 aa  65.1  0.000000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1056  efflux transporter, , hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  18.48 
 
 		 756 aa  64.7  0.000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0557741  normal  0.21545 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2971  RND efflux transporter  26.32 
 
 		 797 aa  64.3  0.000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3164  hypothetical protein  20.91 
 
 		 784 aa  64.3  0.000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.330305  normal  0.727475 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4346  RND efflux transporter  22.75 
 
 		 786 aa  63.5  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1486  RND efflux transporter  22.67 
 
 		 694 aa  63.5  0.00000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0030427  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2744  RND efflux transporter  22.22 
 
 		 860 aa  61.6  0.00000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1269  RND superfamily protein  24.12 
 
 		 748 aa  61.6  0.00000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2064  RND efflux transporter  21.33 
 
 		 795 aa  61.6  0.00000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3778  putative transport protein  21.61 
 
 		 796 aa  61.2  0.00000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000448082  decreased coverage  0.0000696113 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5040  RND efflux transporter  21.46 
 
 		 786 aa  61.2  0.00000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.981854  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5820  RND efflux transporter  21.46 
 
 		 786 aa  61.2  0.00000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3777  hypothetical protein  22.66 
 
 		 796 aa  59.3  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1195  MMPL domain protein  23.1 
 
 		 741 aa  60.1  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2477  hypothetical protein  20.98 
 
 		 772 aa  60.1  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0495637  normal  0.0162982 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1941  Patched family protein  20.78 
 
 		 767 aa  59.3  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.314196  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1519  putative integral membrane protein  29.33 
 
 		 859 aa  58.2  0.0000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.430265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1422  RND efflux transporter  23.06 
 
 		 865 aa  58.2  0.0000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0501757  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4453  RND efflux transporter  23.59 
 
 		 889 aa  58.2  0.0000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2001  hypothetical protein  20.6 
 
 		 771 aa  57  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0264  MMPL domain-containing protein  21.63 
 
 		 385 aa  57  0.000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00700265 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6390  transporter, putative  23.22 
 
 		 786 aa  56.2  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.191266  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6840  RND efflux transporter  22.98 
 
 		 786 aa  56.6  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.172281  normal  0.135262 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1601  MMPL domain protein  22.73 
 
 		 779 aa  56.6  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.760044  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4359  RND efflux transporter  20.59 
 
 		 786 aa  56.6  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1534  RND superfamily exporter  20.47 
 
 		 787 aa  56.6  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0360223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4691  putative transport protein  19.74 
 
 		 797 aa  55.8  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.628482  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1530  MMPL domain-containing protein  22.55 
 
 		 766 aa  55.5  0.000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1297  hypothetical protein  25.11 
 
 		 380 aa  55.8  0.000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2127  hypothetical protein  19.42 
 
 		 816 aa  56.2  0.000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00224294  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1701  hypothetical protein  21.71 
 
 		 796 aa  55.5  0.000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.49055 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2935  Patched family protein  27.89 
 
 		 784 aa  55.5  0.000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1579  hypothetical protein  23.03 
 
 		 799 aa  55.5  0.000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.69775  normal  0.0697261 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>