More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2001 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009052  Sbal_2441  hypothetical protein  65.63 
 
 		 771 aa  1032    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3723  RND efflux transporter  45.67 
 
 		 799 aa  705    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1551  hypothetical protein  45.8 
 
 		 799 aa  706    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2019  hypothetical protein  45.54 
 
 		 799 aa  702    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.62058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2935  Patched family protein  48.9 
 
 		 784 aa  742    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2060  hypothetical protein  46.1 
 
 		 790 aa  711    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137629  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2803  hypothetical protein  67.8 
 
 		 772 aa  1060    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.929153  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3429  hypothetical protein  44.07 
 
 		 787 aa  658    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2594  hypothetical protein  65.76 
 
 		 771 aa  1050    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3777  hypothetical protein  45.92 
 
 		 796 aa  714    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1701  hypothetical protein  46.31 
 
 		 796 aa  706    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.49055 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2554  hypothetical protein  65.63 
 
 		 771 aa  1032    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0631379  normal  0.121883 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3229  hypothetical protein  46.18 
 
 		 794 aa  719    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0514277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1447  RND efflux transporter  43.26 
 
 		 820 aa  668    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.751862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0027  RND superfamily exporter  43.28 
 
 		 783 aa  642    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1534  RND superfamily exporter  43.1 
 
 		 787 aa  669    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0360223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2477  hypothetical protein  64.85 
 
 		 772 aa  1040    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0495637  normal  0.0162982 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1941  Patched family protein  66.02 
 
 		 767 aa  1043    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.314196  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1728  hypothetical protein  64.98 
 
 		 769 aa  1026    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2434  hypothetical protein  65.63 
 
 		 771 aa  1033    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.338411  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3164  hypothetical protein  49.22 
 
 		 784 aa  800    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.330305  normal  0.727475 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2001  hypothetical protein  100 
 
 		 771 aa  1563    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1679  hypothetical protein  66.15 
 
 		 771 aa  1055    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.980542  normal  0.247829 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1754  hypothetical protein  66.15 
 
 		 771 aa  1055    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0558079  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1808  hypothetical protein  65.03 
 
 		 767 aa  1032    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2222  hypothetical protein  65.71 
 
 		 768 aa  1030    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1910  hypothetical protein  65.63 
 
 		 771 aa  1033    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0338156  normal  0.0625477 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24330  hypothetical protein  45.97 
 
 		 793 aa  709    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.507248  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2139  hypothetical protein  65.37 
 
 		 770 aa  1036    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.124395 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1784  hypothetical protein  65.89 
 
 		 771 aa  1050    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.455314  normal  0.263872 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2006  RND superfamily exporter  42.89 
 
 		 794 aa  657    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.882933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2196  hypothetical protein  66.02 
 
 		 771 aa  1040    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.233357  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1591  hypothetical protein  64.59 
 
 		 768 aa  1037    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1579  hypothetical protein  45.02 
 
 		 799 aa  703    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.69775  normal  0.0697261 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2064  RND efflux transporter  44.4 
 
 		 795 aa  685    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4865  RND efflux transporter  43.04 
 
 		 786 aa  631  1e-179  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.743305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2165  transporter, putative  42.91 
 
 		 808 aa  631  1e-179  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.119631 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2127  hypothetical protein  42.14 
 
 		 816 aa  626  1e-178  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00224294  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1574  hypothetical protein  44.77 
 
 		 810 aa  615  1e-175  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.390542  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3202  transporter, putative  42.13 
 
 		 826 aa  611  1e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.320198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2666  RND efflux transporter  41.89 
 
 		 821 aa  611  1e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0970775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2809  transporter, putative  41.63 
 
 		 821 aa  610  1e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0254275  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2244  putative transporter  41.29 
 
 		 831 aa  605  9.999999999999999e-173  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.166877  hitchhiker  0.0000000000000152774 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2812  transporter, putative  42.09 
 
 		 804 aa  604  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.796656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4325  transporter, putative  42.45 
 
 		 786 aa  602  1.0000000000000001e-171  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0993317 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4435  transporter, putative  42.45 
 
 		 786 aa  602  1.0000000000000001e-171  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.565976 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0967  putative transporter  42.89 
 
 		 813 aa  605  1.0000000000000001e-171  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.108319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4346  RND efflux transporter  41.55 
 
 		 786 aa  600  1e-170  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3142  transporter, putative  40.18 
 
 		 799 aa  600  1e-170  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6781  RND efflux transporter  42.08 
 
 		 799 aa  596  1e-169  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0645  RND family transporter  40.21 
 
 		 834 aa  593  1e-168  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0103634  normal  0.324813 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2971  RND efflux transporter  41.74 
 
 		 797 aa  593  1e-168  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5040  RND efflux transporter  41.68 
 
 		 786 aa  589  1e-167  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.981854  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5820  RND efflux transporter  41.68 
 
 		 786 aa  589  1e-167  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4359  RND efflux transporter  41.42 
 
 		 786 aa  587  1e-166  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6840  RND efflux transporter  41.73 
 
 		 786 aa  587  1e-166  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.172281  normal  0.135262 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6390  transporter, putative  41.42 
 
 		 786 aa  582  1.0000000000000001e-165  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.191266  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0133  transporter, putative  41.25 
 
 		 808 aa  585  1.0000000000000001e-165  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.134014  normal  0.924862 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2749  transporter, putative  40.96 
 
 		 804 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00176897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6867  putative transporter  38.46 
 
 		 827 aa  553  1e-156  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0544338  normal  0.0493157 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4062  RND superfamily transporter, putative  39.33 
 
 		 813 aa  548  1e-154  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4029  RND superfamily transporter, putative  39.51 
 
 		 813 aa  537  1e-151  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.622803  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3922  RND superfamily transporter  38.94 
 
 		 809 aa  530  1e-149  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2270  putative transport protein  28.53 
 
 		 799 aa  300  9e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0857118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4691  putative transport protein  26.46 
 
 		 797 aa  290  5.0000000000000004e-77  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.628482  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3778  putative transport protein  27.78 
 
 		 796 aa  275  2.0000000000000002e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000448082  decreased coverage  0.0000696113 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1350  RND efflux transporter  26.18 
 
 		 790 aa  270  1e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000832069  decreased coverage  0.00000222062 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0943  RND efflux transporter  26.29 
 
 		 791 aa  258  4e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3230  hypothetical protein  25.49 
 
 		 808 aa  254  4.0000000000000004e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2467  RND efflux transporter  25.16 
 
 		 792 aa  226  1e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.022945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1155  RND efflux transporter  25.89 
 
 		 830 aa  219  1e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0397  RND efflux transporter  24.32 
 
 		 805 aa  209  2e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0885  RND efflux transporter  24.32 
 
 		 805 aa  209  2e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0582  RND efflux transporter  22.93 
 
 		 805 aa  203  9e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135299 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0595  RND efflux transporter  22.93 
 
 		 806 aa  202  1.9999999999999998e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.115384  hitchhiker  0.0000495016 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08450  efflux transporter, putative, hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  21.95 
 
 		 764 aa  146  1e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0581  RND efflux transporter  22.17 
 
 		 788 aa  140  1e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.843516  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1161  Patched family protein  21.34 
 
 		 831 aa  138  4e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2986  RND efflux transporter  22.83 
 
 		 1051 aa  130  7.000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.594238  normal  0.491222 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0413  conserved hypothetical protein, membrane  21.89 
 
 		 773 aa  127  9e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0655355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3675  membrane protein  20.35 
 
 		 808 aa  124  8e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04040  hypothetical protein  22.03 
 
 		 803 aa  114  6e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1317  RND efflux transporter  22.22 
 
 		 778 aa  112  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00469095  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0469  hypothetical protein  23.24 
 
 		 905 aa  107  7e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0610  exporter of the RND superfamily protein-like protein  21.23 
 
 		 807 aa  107  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2229  Patched family protein  22.92 
 
 		 755 aa  106  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.271746  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0258  hypothetical protein  20.03 
 
 		 767 aa  104  6e-21  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.467137  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1805  Patched family protein  22.95 
 
 		 804 aa  103  9e-21  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.732433  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0460  putative exporter of the RND superfamily protein  20.51 
 
 		 806 aa  102  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4897  hypothetical protein  23.46 
 
 		 864 aa  99.8  2e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05360  predicted exporters of the RND superfamily  19.02 
 
 		 727 aa  94.7  6e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000165826  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1297  hypothetical protein  23.81 
 
 		 380 aa  87  0.000000000000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2200  hypothetical protein  22.33 
 
 		 816 aa  83.6  0.00000000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0768  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  22.2 
 
 		 747 aa  82.8  0.00000000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.53096  normal  0.282667 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0588  hypothetical protein  23.35 
 
 		 815 aa  79  0.0000000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4151  hypothetical protein  21.83 
 
 		 807 aa  78.6  0.0000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.735313  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2787  transporter, putative  21.83 
 
 		 869 aa  78.2  0.0000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1961  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  20.85 
 
 		 758 aa  77.4  0.0000000000009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4267  putative RND superfamily transporter  20.86 
 
 		 789 aa  77  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0456  HAE1 family efflux transporter  21.5 
 
 		 752 aa  76.6  0.000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.857513  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>