More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2812 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2812  transporter, putative  100 
 
 		 804 aa  1633    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.796656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4359  RND efflux transporter  65.82 
 
 		 786 aa  1083    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6390  transporter, putative  66.46 
 
 		 786 aa  1066    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.191266  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2006  RND superfamily exporter  48.55 
 
 		 794 aa  701    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.882933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4346  RND efflux transporter  65.44 
 
 		 786 aa  1084    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4865  RND efflux transporter  68.82 
 
 		 786 aa  1140    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.743305  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4435  transporter, putative  65.7 
 
 		 786 aa  1068    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.565976 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2749  transporter, putative  81.84 
 
 		 804 aa  1342    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00176897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6781  RND efflux transporter  73.16 
 
 		 799 aa  1169    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6840  RND efflux transporter  66.08 
 
 		 786 aa  1080    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.172281  normal  0.135262 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1534  RND superfamily exporter  44.44 
 
 		 787 aa  648    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0360223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5040  RND efflux transporter  66.2 
 
 		 786 aa  1089    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.981854  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2971  RND efflux transporter  71.86 
 
 		 797 aa  1152    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5820  RND efflux transporter  66.2 
 
 		 786 aa  1089    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4325  transporter, putative  65.7 
 
 		 786 aa  1068    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0993317 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0027  RND superfamily exporter  52.14 
 
 		 783 aa  768    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2803  hypothetical protein  42.22 
 
 		 772 aa  599  1e-170  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.929153  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1941  Patched family protein  41.02 
 
 		 767 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.314196  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2139  hypothetical protein  41.06 
 
 		 770 aa  584  1.0000000000000001e-165  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.124395 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2477  hypothetical protein  40.75 
 
 		 772 aa  582  1e-164  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0495637  normal  0.0162982 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1591  hypothetical protein  40.36 
 
 		 768 aa  579  1e-164  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2001  hypothetical protein  42.04 
 
 		 771 aa  573  1.0000000000000001e-162  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1679  hypothetical protein  40.16 
 
 		 771 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.980542  normal  0.247829 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1754  hypothetical protein  40.16 
 
 		 771 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0558079  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2222  hypothetical protein  40.2 
 
 		 768 aa  575  1.0000000000000001e-162  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2434  hypothetical protein  40.52 
 
 		 771 aa  570  1e-161  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.338411  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2554  hypothetical protein  40.52 
 
 		 771 aa  570  1e-161  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0631379  normal  0.121883 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1728  hypothetical protein  40.83 
 
 		 769 aa  570  1e-161  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1910  hypothetical protein  40.52 
 
 		 771 aa  570  1e-161  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0338156  normal  0.0625477 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2594  hypothetical protein  39.69 
 
 		 771 aa  568  1e-160  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1784  hypothetical protein  39.61 
 
 		 771 aa  567  1e-160  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.455314  normal  0.263872 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2441  hypothetical protein  40.39 
 
 		 771 aa  565  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2196  hypothetical protein  40.13 
 
 		 771 aa  562  1e-158  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.233357  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1808  hypothetical protein  40.66 
 
 		 767 aa  559  1e-158  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3164  hypothetical protein  40.03 
 
 		 784 aa  550  1e-155  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.330305  normal  0.727475 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1447  RND efflux transporter  40.74 
 
 		 820 aa  535  1e-150  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.751862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1579  hypothetical protein  37.4 
 
 		 799 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.69775  normal  0.0697261 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1551  hypothetical protein  36.95 
 
 		 799 aa  512  1e-144  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3229  hypothetical protein  37.28 
 
 		 794 aa  511  1e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0514277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3723  RND efflux transporter  36.7 
 
 		 799 aa  511  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2935  Patched family protein  39.04 
 
 		 784 aa  511  1e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2019  hypothetical protein  36.57 
 
 		 799 aa  508  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.62058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1701  hypothetical protein  37.03 
 
 		 796 aa  505  1e-141  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.49055 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3777  hypothetical protein  35.98 
 
 		 796 aa  499  1e-140  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2127  hypothetical protein  38.31 
 
 		 816 aa  496  1e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00224294  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2060  hypothetical protein  37.12 
 
 		 790 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137629  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24330  hypothetical protein  37.12 
 
 		 793 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.507248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2064  RND efflux transporter  37.66 
 
 		 795 aa  492  1e-137  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3429  hypothetical protein  37.77 
 
 		 787 aa  484  1e-135  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3202  transporter, putative  38.99 
 
 		 826 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.320198  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2165  transporter, putative  40.3 
 
 		 808 aa  478  1e-133  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.119631 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1574  hypothetical protein  41.56 
 
 		 810 aa  471  1.0000000000000001e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.390542  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2244  putative transporter  37.72 
 
 		 831 aa  471  1.0000000000000001e-131  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.166877  hitchhiker  0.0000000000000152774 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2809  transporter, putative  37.88 
 
 		 821 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0254275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2666  RND efflux transporter  37.88 
 
 		 821 aa  464  1e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0970775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3142  transporter, putative  37.29 
 
 		 799 aa  464  1e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0967  putative transporter  38.49 
 
 		 813 aa  455  1.0000000000000001e-126  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.108319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6867  putative transporter  36.99 
 
 		 827 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0544338  normal  0.0493157 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0645  RND family transporter  35.94 
 
 		 834 aa  444  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0103634  normal  0.324813 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4029  RND superfamily transporter, putative  38.08 
 
 		 813 aa  442  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.622803  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4062  RND superfamily transporter, putative  37.53 
 
 		 813 aa  441  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3922  RND superfamily transporter  37.86 
 
 		 809 aa  437  1e-121  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0133  transporter, putative  38.57 
 
 		 808 aa  436  1e-120  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.134014  normal  0.924862 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4691  putative transport protein  30.03 
 
 		 797 aa  280  6e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.628482  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3230  hypothetical protein  26.62 
 
 		 808 aa  256  9e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3778  putative transport protein  28.75 
 
 		 796 aa  256  1.0000000000000001e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000448082  decreased coverage  0.0000696113 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1350  RND efflux transporter  26.15 
 
 		 790 aa  256  2.0000000000000002e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000832069  decreased coverage  0.00000222062 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2270  putative transport protein  28.39 
 
 		 799 aa  251  5e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0857118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0943  RND efflux transporter  27.02 
 
 		 791 aa  248  4e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2467  RND efflux transporter  28.3 
 
 		 792 aa  236  2.0000000000000002e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.022945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1155  RND efflux transporter  26.02 
 
 		 830 aa  212  3e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0595  RND efflux transporter  25.29 
 
 		 806 aa  204  7e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.115384  hitchhiker  0.0000495016 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0582  RND efflux transporter  25.29 
 
 		 805 aa  202  1.9999999999999998e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135299 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0885  RND efflux transporter  25.61 
 
 		 805 aa  188  4e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0397  RND efflux transporter  25.61 
 
 		 805 aa  188  4e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08450  efflux transporter, putative, hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  20.35 
 
 		 764 aa  121  6e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0460  putative exporter of the RND superfamily protein  20.9 
 
 		 806 aa  98.6  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0469  hypothetical protein  20.31 
 
 		 905 aa  94.4  8e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2229  Patched family protein  21.63 
 
 		 755 aa  91.3  7e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.271746  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0413  conserved hypothetical protein, membrane  19.28 
 
 		 773 aa  90.5  1e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0655355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3675  membrane protein  18.51 
 
 		 808 aa  90.5  1e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0581  RND efflux transporter  20.64 
 
 		 788 aa  90.1  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.843516  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1117  hypothetical protein  22.47 
 
 		 765 aa  89  3e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.103936  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1161  Patched family protein  20.02 
 
 		 831 aa  84  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0610  exporter of the RND superfamily protein-like protein  20.9 
 
 		 807 aa  81.6  0.00000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0677  RND efflux transporter  21.18 
 
 		 811 aa  79.3  0.0000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003709  predicted exporter of the RND superfamily  21.87 
 
 		 792 aa  79.3  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2968  RND efflux transporter  22.44 
 
 		 869 aa  78.2  0.0000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2787  transporter, putative  22.29 
 
 		 869 aa  77  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0258  hypothetical protein  19.58 
 
 		 767 aa  77.4  0.000000000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.467137  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0456  HAE1 family efflux transporter  21.78 
 
 		 752 aa  73.9  0.00000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.857513  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1805  Patched family protein  22.08 
 
 		 804 aa  73.6  0.00000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.732433  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4267  putative RND superfamily transporter  21.68 
 
 		 789 aa  70.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0901  HAE1 family efflux transporter  21.19 
 
 		 752 aa  70.5  0.0000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.395656  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2986  RND efflux transporter  20.29 
 
 		 1051 aa  70.5  0.0000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.594238  normal  0.491222 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1317  RND efflux transporter  22.77 
 
 		 778 aa  70.1  0.0000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00469095  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03086  transporter transmembrane protein  26.05 
 
 		 1034 aa  69.3  0.0000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.43508  normal  0.286784 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04040  hypothetical protein  22.46 
 
 		 803 aa  69.3  0.0000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1720  RND superfamily transporter  26.73 
 
 		 788 aa  68.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.362573  normal  0.170717 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2275  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  23.71 
 
 		 812 aa  68.9  0.0000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0590834  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>