More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1321 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1652  hypothetical protein  48.95 
 
 		 779 aa  759    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0699635  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1321  RND efflux transporter  100 
 
 		 800 aa  1627    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0677  RND efflux transporter  48.66 
 
 		 811 aa  714    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0540  hypothetical protein  50.07 
 
 		 764 aa  766    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003709  predicted exporter of the RND superfamily  42.52 
 
 		 792 aa  634  1e-180  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1117  hypothetical protein  35.67 
 
 		 765 aa  474  1e-132  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.103936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1317  RND efflux transporter  26.12 
 
 		 778 aa  258  4e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00469095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0392  exporter of the RND superfamily protein-like protein  26.8 
 
 		 837 aa  246  9.999999999999999e-64  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2229  Patched family protein  27.27 
 
 		 755 aa  235  2.0000000000000002e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.271746  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0610  exporter of the RND superfamily protein-like protein  26.16 
 
 		 807 aa  231  3e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1774  Patched family protein  25.9 
 
 		 815 aa  215  2.9999999999999995e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3183  exporter of the RND superfamily protein-like protein  25.03 
 
 		 717 aa  205  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1526  RND efflux transporter  25.77 
 
 		 756 aa  193  1e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2006  hypothetical protein  25.15 
 
 		 789 aa  182  1e-44  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000691446  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08450  efflux transporter, putative, hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  22.18 
 
 		 764 aa  178  4e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1180  hypothetical protein  23.33 
 
 		 801 aa  171  6e-41  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3168  exporter of the RND superfamily protein-like protein  23.21 
 
 		 723 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.210013  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1161  Patched family protein  22.46 
 
 		 831 aa  159  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0154  RND efflux transporter  24.73 
 
 		 751 aa  159  2e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4151  hypothetical protein  23.22 
 
 		 807 aa  158  3e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.735313  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0460  putative exporter of the RND superfamily protein  22.97 
 
 		 806 aa  157  6e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3675  membrane protein  21.32 
 
 		 808 aa  157  7e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0632  RND efflux transporter  25.03 
 
 		 763 aa  139  2e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.510967  normal  0.17381 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2986  RND efflux transporter  22.59 
 
 		 1051 aa  138  3.0000000000000003e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.594238  normal  0.491222 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0413  conserved hypothetical protein, membrane  20.97 
 
 		 773 aa  135  3.9999999999999996e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0655355  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0581  RND efflux transporter  20.99 
 
 		 788 aa  134  7.999999999999999e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.843516  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2787  transporter, putative  22.61 
 
 		 869 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2968  RND efflux transporter  22.61 
 
 		 869 aa  130  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0258  hypothetical protein  21.28 
 
 		 767 aa  129  2.0000000000000002e-28  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.467137  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2375  transport protein, putative  21.79 
 
 		 825 aa  129  2.0000000000000002e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0806  hypothetical protein  24.25 
 
 		 1083 aa  128  5e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.712772  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1279  hypothetical protein  19.95 
 
 		 821 aa  127  6e-28  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2200  hypothetical protein  23.38 
 
 		 816 aa  122  3e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0367  putative integral membrane protein  21.98 
 
 		 821 aa  122  3.9999999999999996e-26  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.1024  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2278  transport protein, putative  20.72 
 
 		 835 aa  119  3e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0321  putative integral membrane protein  19.12 
 
 		 813 aa  118  3.9999999999999997e-25  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.322021  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2467  RND efflux transporter  21.15 
 
 		 792 aa  117  6e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.022945  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1742  hypothetical protein  22.65 
 
 		 824 aa  117  1.0000000000000001e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00144404  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0277  hypothetical protein  20.3 
 
 		 823 aa  115  3e-24  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3357  putative integral membrane protein  19.95 
 
 		 872 aa  111  5e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.42147  normal  0.0868518 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1565  hypothetical protein  20.18 
 
 		 823 aa  111  6e-23  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1376  hypothetical protein  20.15 
 
 		 823 aa  111  7.000000000000001e-23  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0588  hypothetical protein  23.12 
 
 		 815 aa  110  9.000000000000001e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2744  RND efflux transporter  24.57 
 
 		 860 aa  108  3e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343287  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0209  Patched family protein  26.97 
 
 		 881 aa  108  5e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1021  exporter of the RND superfamily protein-like protein  24.59 
 
 		 762 aa  108  6e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.119734  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0048  integral membrane protein  20.27 
 
 		 788 aa  105  2e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0958  hypothetical protein  23.24 
 
 		 779 aa  106  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.764454  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04040  hypothetical protein  20.11 
 
 		 803 aa  106  2e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1269  RND superfamily protein  20.23 
 
 		 748 aa  105  4e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1281  resistance-nodulation-cell division family transporter  20.57 
 
 		 828 aa  103  2e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.338562  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1940  RND efflux transporter  24.15 
 
 		 877 aa  103  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0943  RND efflux transporter  20.63 
 
 		 791 aa  101  6e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0562  hypothetical protein  22.99 
 
 		 800 aa  100  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.593707  normal  0.20774 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1350  RND efflux transporter  19.72 
 
 		 790 aa  98.2  5e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000832069  decreased coverage  0.00000222062 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2809  transporter, putative  22.45 
 
 		 821 aa  96.7  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0254275  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1422  RND efflux transporter  24.58 
 
 		 865 aa  95.5  3e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0501757  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0469  hypothetical protein  20 
 
 		 905 aa  95.5  3e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2244  putative transporter  21.46 
 
 		 831 aa  95.9  3e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.166877  hitchhiker  0.0000000000000152774 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1805  Patched family protein  22.66 
 
 		 804 aa  94.4  7e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.732433  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2270  putative transport protein  19.89 
 
 		 799 aa  94.4  8e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0857118  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2704  hypothetical protein  20.04 
 
 		 898 aa  93.2  2e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3300  exporter of the RND superfamily protein-like protein  22.95 
 
 		 967 aa  93.2  2e-17  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.107727  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2666  RND efflux transporter  22.01 
 
 		 821 aa  92  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0970775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1534  RND superfamily exporter  20.23 
 
 		 787 aa  91.3  6e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0360223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4691  putative transport protein  18.98 
 
 		 797 aa  88.6  4e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.628482  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3164  hypothetical protein  21.86 
 
 		 784 aa  88.6  4e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.330305  normal  0.727475 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2963  putative membrane transporter  22.89 
 
 		 785 aa  88.6  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.581109 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0901  HAE1 family efflux transporter  22.15 
 
 		 752 aa  88.2  5e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.395656  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2061  putative membrane transporter  22.08 
 
 		 796 aa  87  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3230  hypothetical protein  20.71 
 
 		 808 aa  86.3  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1701  HAE1 family efflux transporter  23.14 
 
 		 777 aa  85.5  0.000000000000004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.271028  normal  0.950997 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0768  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  20.94 
 
 		 747 aa  85.1  0.000000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.53096  normal  0.282667 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3778  putative transport protein  19.81 
 
 		 796 aa  84.7  0.000000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000448082  decreased coverage  0.0000696113 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1519  putative integral membrane protein  19 
 
 		 859 aa  84.3  0.000000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.430265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3091  exporter of the RND superfamily protein-like protein  27.19 
 
 		 776 aa  83.6  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2275  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  20.15 
 
 		 812 aa  82  0.00000000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0590834  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1808  hypothetical protein  20.59 
 
 		 767 aa  82  0.00000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2275  RND superfamily transporter  24.3 
 
 		 797 aa  80.1  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.857443  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2139  hypothetical protein  20.62 
 
 		 770 aa  80.1  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.124395 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4267  putative RND superfamily transporter  21.6 
 
 		 789 aa  80.9  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0077  putative membrane transporter  23.42 
 
 		 797 aa  80.5  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.273508 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0027  RND superfamily exporter  21.88 
 
 		 783 aa  80.1  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1447  RND efflux transporter  22.48 
 
 		 820 aa  79.7  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.751862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1591  hypothetical protein  19.92 
 
 		 768 aa  79.7  0.0000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1720  RND superfamily transporter  22.48 
 
 		 788 aa  80.1  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.362573  normal  0.170717 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3579  RND superfamily transporter  22.34 
 
 		 788 aa  79.7  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.900215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1941  Patched family protein  19.87 
 
 		 767 aa  78.6  0.0000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.314196  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2064  RND efflux transporter  21.15 
 
 		 795 aa  78.2  0.0000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1152  RND efflux transporter  20.45 
 
 		 692 aa  78.6  0.0000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0148359  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1018  MMPL domain-containing protein  20.44 
 
 		 861 aa  78.2  0.0000000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00165976  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2749  transporter, putative  23.87 
 
 		 804 aa  77.8  0.0000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00176897  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2918  exporter of the RND superfamily protein  22.96 
 
 		 1204 aa  76.6  0.000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0248285  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4897  hypothetical protein  20.49 
 
 		 864 aa  76.3  0.000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0867  HAE1 family efflux transporter  20.47 
 
 		 778 aa  76.3  0.000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3150  RND superfamily protein  19.28 
 
 		 755 aa  75.9  0.000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0817693  normal  0.0240782 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1155  RND efflux transporter  21.18 
 
 		 830 aa  75.5  0.000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6867  putative transporter  20.84 
 
 		 827 aa  74.7  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0544338  normal  0.0493157 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0222  efflux transporter, , hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  20.28 
 
 		 746 aa  73.6  0.00000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3142  transporter, putative  21.39 
 
 		 799 aa  73.6  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>