More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_4151 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0562  hypothetical protein  47.31 
 
 		 800 aa  743    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.593707  normal  0.20774 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4151  hypothetical protein  100 
 
 		 807 aa  1628    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.735313  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2278  transport protein, putative  35.78 
 
 		 835 aa  528  1e-148  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2375  transport protein, putative  34.59 
 
 		 825 aa  483  1e-135  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1281  resistance-nodulation-cell division family transporter  35.12 
 
 		 828 aa  444  1e-123  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.338562  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2200  hypothetical protein  31.78 
 
 		 816 aa  436  1e-121  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0588  hypothetical protein  32.31 
 
 		 815 aa  438  1e-121  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0367  putative integral membrane protein  32 
 
 		 821 aa  429  1e-118  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.1024  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1742  hypothetical protein  31.48 
 
 		 824 aa  421  1e-116  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00144404  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1279  hypothetical protein  32.03 
 
 		 821 aa  405  1e-111  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0321  putative integral membrane protein  32.49 
 
 		 813 aa  405  1e-111  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.322021  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3357  putative integral membrane protein  29.93 
 
 		 872 aa  399  1e-109  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.42147  normal  0.0868518 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0277  hypothetical protein  30.75 
 
 		 823 aa  373  1e-102  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1376  hypothetical protein  30.79 
 
 		 823 aa  370  1e-101  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1565  hypothetical protein  30.54 
 
 		 823 aa  369  1e-100  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1519  putative integral membrane protein  30.46 
 
 		 859 aa  243  1e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.430265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1317  RND efflux transporter  25.68 
 
 		 778 aa  190  1e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00469095  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2229  Patched family protein  25.33 
 
 		 755 aa  185  3e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.271746  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0048  integral membrane protein  25.6 
 
 		 788 aa  184  6e-45  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08450  efflux transporter, putative, hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  23.02 
 
 		 764 aa  182  2e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0460  putative exporter of the RND superfamily protein  23.64 
 
 		 806 aa  181  5.999999999999999e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0610  exporter of the RND superfamily protein-like protein  23.05 
 
 		 807 aa  169  2.9999999999999998e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1774  Patched family protein  22.22 
 
 		 815 aa  166  2.0000000000000002e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1161  Patched family protein  21.32 
 
 		 831 aa  156  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0413  conserved hypothetical protein, membrane  22.25 
 
 		 773 aa  152  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0655355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3675  membrane protein  21.91 
 
 		 808 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1321  RND efflux transporter  22.76 
 
 		 800 aa  149  2.0000000000000003e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0581  RND efflux transporter  24.11 
 
 		 788 aa  148  4.0000000000000006e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.843516  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2986  RND efflux transporter  23.65 
 
 		 1051 aa  147  9e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.594238  normal  0.491222 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0677  RND efflux transporter  22.3 
 
 		 811 aa  144  6e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1526  RND efflux transporter  23.26 
 
 		 756 aa  138  3.0000000000000003e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04040  hypothetical protein  23.84 
 
 		 803 aa  138  3.0000000000000003e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1180  hypothetical protein  26.09 
 
 		 801 aa  138  5e-31  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0392  exporter of the RND superfamily protein-like protein  21.63 
 
 		 837 aa  133  1.0000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003709  predicted exporter of the RND superfamily  22.41 
 
 		 792 aa  132  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0154  RND efflux transporter  25.61 
 
 		 751 aa  129  2.0000000000000002e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0540  hypothetical protein  21.99 
 
 		 764 aa  129  3e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1652  hypothetical protein  20.62 
 
 		 779 aa  127  6e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0699635  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0258  hypothetical protein  23.25 
 
 		 767 aa  127  1e-27  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.467137  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1805  Patched family protein  24.95 
 
 		 804 aa  121  4.9999999999999996e-26  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.732433  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3300  exporter of the RND superfamily protein-like protein  21.54 
 
 		 967 aa  120  7e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.107727  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0867  HAE1 family efflux transporter  24.35 
 
 		 778 aa  118  5e-25  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0806  hypothetical protein  22.05 
 
 		 1083 aa  118  6e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.712772  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2744  RND efflux transporter  24.21 
 
 		 860 aa  117  6e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3183  exporter of the RND superfamily protein-like protein  23.69 
 
 		 717 aa  115  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2275  RND superfamily transporter  21.45 
 
 		 797 aa  114  9e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.857443  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1720  RND superfamily transporter  21.11 
 
 		 788 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.362573  normal  0.170717 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0632  RND efflux transporter  24.28 
 
 		 763 aa  110  1e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.510967  normal  0.17381 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3168  exporter of the RND superfamily protein-like protein  23.51 
 
 		 723 aa  109  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.210013  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0768  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  23.79 
 
 		 747 aa  109  2e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.53096  normal  0.282667 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2006  hypothetical protein  22.75 
 
 		 789 aa  108  4e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000691446  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2061  putative membrane transporter  22.4 
 
 		 796 aa  106  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1021  exporter of the RND superfamily protein-like protein  23.32 
 
 		 762 aa  103  9e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.119734  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3579  RND superfamily transporter  20.67 
 
 		 788 aa  103  9e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.900215  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4267  putative RND superfamily transporter  21 
 
 		 789 aa  103  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0020  Patched family protein  24.19 
 
 		 1359 aa  102  3e-20  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.637086  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2704  hypothetical protein  24.43 
 
 		 898 aa  102  4e-20  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2787  transporter, putative  23.22 
 
 		 869 aa  101  5e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0077  putative membrane transporter  21.93 
 
 		 797 aa  100  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.273508 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2968  RND efflux transporter  22.91 
 
 		 869 aa  97.8  7e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2918  exporter of the RND superfamily protein  23.01 
 
 		 1204 aa  96.7  2e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0248285  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2865  Patched family protein  21.68 
 
 		 1011 aa  94.4  8e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1269  RND superfamily protein  20.35 
 
 		 748 aa  93.6  1e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1714  RND superfamily transporter  21.27 
 
 		 789 aa  92.8  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0904131 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4341  Patched family protein  21.38 
 
 		 895 aa  92.4  3e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.354864  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0958  hypothetical protein  21.28 
 
 		 779 aa  90.5  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.764454  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3777  hypothetical protein  21.51 
 
 		 796 aa  88.2  5e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1486  RND efflux transporter  23.41 
 
 		 694 aa  87.8  7e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0030427  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0469  hypothetical protein  30.43 
 
 		 905 aa  87  0.000000000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3150  RND superfamily protein  22.87 
 
 		 755 aa  87  0.000000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0817693  normal  0.0240782 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3091  exporter of the RND superfamily protein-like protein  26.4 
 
 		 776 aa  87  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2963  putative membrane transporter  19.12 
 
 		 785 aa  85.9  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.581109 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2935  Patched family protein  22.94 
 
 		 784 aa  85.9  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3164  hypothetical protein  20.1 
 
 		 784 aa  83.6  0.00000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.330305  normal  0.727475 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1422  RND efflux transporter  21.77 
 
 		 865 aa  83.2  0.00000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0501757  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0222  efflux transporter, , hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  22.43 
 
 		 746 aa  82  0.00000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24330  hypothetical protein  22.31 
 
 		 793 aa  81.6  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.507248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2060  hypothetical protein  22.48 
 
 		 790 aa  81.3  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137629  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1668  Patched family protein  27.4 
 
 		 842 aa  80.9  0.00000000000008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1701  hypothetical protein  22.65 
 
 		 796 aa  80.1  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.49055 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2681  hypothetical protein  27.07 
 
 		 879 aa  80.5  0.0000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.43238 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05360  predicted exporters of the RND superfamily  21.13 
 
 		 727 aa  80.9  0.0000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000165826  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1579  hypothetical protein  22.61 
 
 		 799 aa  80.1  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.69775  normal  0.0697261 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2019  hypothetical protein  22.24 
 
 		 799 aa  80.1  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.62058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1056  efflux transporter, , hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  22.82 
 
 		 756 aa  79.7  0.0000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0557741  normal  0.21545 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1297  hypothetical protein  24.06 
 
 		 380 aa  80.1  0.0000000000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2275  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  20.7 
 
 		 812 aa  79.3  0.0000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0590834  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1152  RND efflux transporter  22.39 
 
 		 692 aa  79.3  0.0000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0148359  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1238  hypothetical protein  23.14 
 
 		 855 aa  79  0.0000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.409284  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4002  putative transporter  22.54 
 
 		 730 aa  78.6  0.0000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000986471 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3723  RND efflux transporter  22.09 
 
 		 799 aa  79  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1701  HAE1 family efflux transporter  21.93 
 
 		 777 aa  77.8  0.0000000000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.271028  normal  0.950997 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1239  hypothetical protein  21.68 
 
 		 862 aa  77.4  0.0000000000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1591  hypothetical protein  21.27 
 
 		 768 aa  77.4  0.0000000000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2688  RND superfamily transporter  20.51 
 
 		 787 aa  77  0.000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1342  putative transporter  21.97 
 
 		 730 aa  77  0.000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.487554  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2594  hypothetical protein  20.22 
 
 		 771 aa  76.3  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1669  hypothetical protein  22.57 
 
 		 388 aa  76.3  0.000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2803  hypothetical protein  22.1 
 
 		 772 aa  75.5  0.000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.929153  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3221  hypothetical protein  28.9 
 
 		 874 aa  75.5  0.000000000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>