More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2935 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2019  hypothetical protein  75.99 
 
 		 799 aa  1281    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.62058  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3202  transporter, putative  53.21 
 
 		 826 aa  785    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.320198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2064  RND efflux transporter  60.72 
 
 		 795 aa  984    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0967  putative transporter  52.99 
 
 		 813 aa  775    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.108319  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2060  hypothetical protein  79.44 
 
 		 790 aa  1311    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137629  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2803  hypothetical protein  48.27 
 
 		 772 aa  712    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.929153  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3429  hypothetical protein  52.28 
 
 		 787 aa  837    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2594  hypothetical protein  50.13 
 
 		 771 aa  736    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3777  hypothetical protein  76.67 
 
 		 796 aa  1285    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1701  hypothetical protein  75.76 
 
 		 796 aa  1265    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.49055 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3164  hypothetical protein  43.43 
 
 		 784 aa  654    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.330305  normal  0.727475 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1808  hypothetical protein  48.89 
 
 		 767 aa  716    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2196  hypothetical protein  49.09 
 
 		 771 aa  705    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.233357  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3229  hypothetical protein  77.52 
 
 		 794 aa  1306    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0514277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2244  putative transporter  48.91 
 
 		 831 aa  738    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.166877  hitchhiker  0.0000000000000152774 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1941  Patched family protein  47.61 
 
 		 767 aa  706    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.314196  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2165  transporter, putative  49.81 
 
 		 808 aa  743    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.119631 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4062  RND superfamily transporter, putative  43.89 
 
 		 813 aa  639    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0133  transporter, putative  50.64 
 
 		 808 aa  723    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.134014  normal  0.924862 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0645  RND family transporter  48.03 
 
 		 834 aa  729    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0103634  normal  0.324813 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1728  hypothetical protein  48.64 
 
 		 769 aa  717    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1910  hypothetical protein  48.89 
 
 		 771 aa  724    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0338156  normal  0.0625477 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2434  hypothetical protein  48.89 
 
 		 771 aa  724    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.338411  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2666  RND efflux transporter  51.09 
 
 		 821 aa  773    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0970775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1579  hypothetical protein  77.28 
 
 		 799 aa  1292    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.69775  normal  0.0697261 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2001  hypothetical protein  48.9 
 
 		 771 aa  708    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1679  hypothetical protein  49.54 
 
 		 771 aa  734    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.980542  normal  0.247829 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1754  hypothetical protein  49.54 
 
 		 771 aa  734    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0558079  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2222  hypothetical protein  48.23 
 
 		 768 aa  709    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2477  hypothetical protein  47.65 
 
 		 772 aa  712    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0495637  normal  0.0162982 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24330  hypothetical protein  79.44 
 
 		 793 aa  1311    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.507248  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1551  hypothetical protein  75.99 
 
 		 799 aa  1284    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3142  transporter, putative  50.7 
 
 		 799 aa  774    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2554  hypothetical protein  48.89 
 
 		 771 aa  723    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0631379  normal  0.121883 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2139  hypothetical protein  47.79 
 
 		 770 aa  701    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.124395 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1784  hypothetical protein  49.28 
 
 		 771 aa  731    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.455314  normal  0.263872 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6867  putative transporter  48.04 
 
 		 827 aa  715    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0544338  normal  0.0493157 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2809  transporter, putative  50.9 
 
 		 821 aa  768    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0254275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2441  hypothetical protein  48.89 
 
 		 771 aa  723    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1591  hypothetical protein  48.82 
 
 		 768 aa  721    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3723  RND efflux transporter  75.99 
 
 		 799 aa  1282    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2935  Patched family protein  100 
 
 		 784 aa  1601    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4029  RND superfamily transporter, putative  43.76 
 
 		 813 aa  629  1e-179  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.622803  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3922  RND superfamily transporter  43.63 
 
 		 809 aa  617  1e-175  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2127  hypothetical protein  42.48 
 
 		 816 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00224294  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1447  RND efflux transporter  42.34 
 
 		 820 aa  612  1e-173  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.751862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1534  RND superfamily exporter  41.28 
 
 		 787 aa  600  1e-170  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0360223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0027  RND superfamily exporter  41.19 
 
 		 783 aa  563  1.0000000000000001e-159  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2006  RND superfamily exporter  40.1 
 
 		 794 aa  556  1e-157  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.882933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1574  hypothetical protein  42.89 
 
 		 810 aa  555  1e-156  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.390542  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4865  RND efflux transporter  39.12 
 
 		 786 aa  544  1e-153  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.743305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4359  RND efflux transporter  39.21 
 
 		 786 aa  529  1e-148  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5040  RND efflux transporter  39.08 
 
 		 786 aa  525  1e-147  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.981854  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5820  RND efflux transporter  39.08 
 
 		 786 aa  525  1e-147  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2812  transporter, putative  39.04 
 
 		 804 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.796656  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4435  transporter, putative  38.06 
 
 		 786 aa  518  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.565976 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4325  transporter, putative  38.06 
 
 		 786 aa  518  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0993317 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4346  RND efflux transporter  37.83 
 
 		 786 aa  518  1.0000000000000001e-145  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6390  transporter, putative  38.47 
 
 		 786 aa  515  1e-144  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.191266  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6840  RND efflux transporter  38.7 
 
 		 786 aa  512  1e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.172281  normal  0.135262 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6781  RND efflux transporter  37.63 
 
 		 799 aa  504  1e-141  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2971  RND efflux transporter  38.08 
 
 		 797 aa  499  1e-140  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2749  transporter, putative  38.54 
 
 		 804 aa  499  1e-140  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00176897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0943  RND efflux transporter  26.55 
 
 		 791 aa  273  6e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1350  RND efflux transporter  25.71 
 
 		 790 aa  264  6e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000832069  decreased coverage  0.00000222062 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4691  putative transport protein  26.02 
 
 		 797 aa  263  1e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.628482  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2270  putative transport protein  25.87 
 
 		 799 aa  255  2.0000000000000002e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0857118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3230  hypothetical protein  25.66 
 
 		 808 aa  248  2e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2467  RND efflux transporter  25.77 
 
 		 792 aa  247  4.9999999999999997e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.022945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0595  RND efflux transporter  25.22 
 
 		 806 aa  241  2.9999999999999997e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.115384  hitchhiker  0.0000495016 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0582  RND efflux transporter  25.22 
 
 		 805 aa  239  1e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135299 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3778  putative transport protein  24.65 
 
 		 796 aa  228  4e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000448082  decreased coverage  0.0000696113 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1155  RND efflux transporter  24.47 
 
 		 830 aa  218  2e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0397  RND efflux transporter  24.71 
 
 		 805 aa  213  1e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0885  RND efflux transporter  24.71 
 
 		 805 aa  213  1e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08450  efflux transporter, putative, hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  20.9 
 
 		 764 aa  138  5e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2986  RND efflux transporter  22.55 
 
 		 1051 aa  121  6e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.594238  normal  0.491222 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1317  RND efflux transporter  23.4 
 
 		 778 aa  108  6e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00469095  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0413  conserved hypothetical protein, membrane  20.65 
 
 		 773 aa  105  4e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0655355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0109  hypothetical protein  23.12 
 
 		 674 aa  103  2e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05360  predicted exporters of the RND superfamily  18.16 
 
 		 727 aa  97.1  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000165826  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04040  hypothetical protein  21.17 
 
 		 803 aa  95.5  3e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0110  RND efflux transporter  22.91 
 
 		 674 aa  95.9  3e-18  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.384036  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1805  Patched family protein  22.17 
 
 		 804 aa  94  9e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.732433  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1637  hypothetical protein  27.69 
 
 		 385 aa  89.7  2e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4151  hypothetical protein  23.26 
 
 		 807 aa  89.4  3e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.735313  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3675  membrane protein  18.74 
 
 		 808 aa  87.4  9e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1526  RND efflux transporter  24.71 
 
 		 756 aa  85.5  0.000000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1152  RND efflux transporter  22.74 
 
 		 692 aa  85.1  0.000000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0148359  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0264  MMPL domain-containing protein  28.45 
 
 		 385 aa  85.1  0.000000000000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00700265 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2229  Patched family protein  20.26 
 
 		 755 aa  84.7  0.000000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.271746  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0581  RND efflux transporter  19.77 
 
 		 788 aa  84.7  0.000000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.843516  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0572  hypothetical protein  23.99 
 
 		 385 aa  81.6  0.00000000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.67085  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2787  transporter, putative  22.71 
 
 		 869 aa  80.1  0.0000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4897  hypothetical protein  20.88 
 
 		 864 aa  79  0.0000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0677  RND efflux transporter  19.86 
 
 		 811 aa  79  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0456  HAE1 family efflux transporter  23.04 
 
 		 752 aa  78.2  0.0000000000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.857513  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0460  putative exporter of the RND superfamily protein  20 
 
 		 806 aa  76.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1321  RND efflux transporter  21.56 
 
 		 800 aa  75.9  0.000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0610  exporter of the RND superfamily protein-like protein  20.62 
 
 		 807 aa  75.1  0.000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>