More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1534 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2477  hypothetical protein  44.33 
 
 		 772 aa  672    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0495637  normal  0.0162982 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2812  transporter, putative  44.44 
 
 		 804 aa  649    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.796656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1534  RND superfamily exporter  100 
 
 		 787 aa  1609    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0360223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2006  RND superfamily exporter  46.66 
 
 		 794 aa  711    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.882933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2971  RND efflux transporter  45.49 
 
 		 797 aa  637    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3164  hypothetical protein  44.15 
 
 		 784 aa  639    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.330305  normal  0.727475 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2803  hypothetical protein  44.77 
 
 		 772 aa  674    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.929153  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2594  hypothetical protein  44.32 
 
 		 771 aa  669    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2196  hypothetical protein  44.42 
 
 		 771 aa  653    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.233357  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2434  hypothetical protein  43.9 
 
 		 771 aa  655    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.338411  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1808  hypothetical protein  44.15 
 
 		 767 aa  645    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1941  Patched family protein  43.33 
 
 		 767 aa  647    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.314196  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6781  RND efflux transporter  44.39 
 
 		 799 aa  640    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1728  hypothetical protein  42.63 
 
 		 769 aa  639    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1910  hypothetical protein  43.9 
 
 		 771 aa  655    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0338156  normal  0.0625477 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2554  hypothetical protein  43.9 
 
 		 771 aa  655    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0631379  normal  0.121883 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2001  hypothetical protein  43.1 
 
 		 771 aa  642    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1679  hypothetical protein  44.55 
 
 		 771 aa  667    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.980542  normal  0.247829 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1754  hypothetical protein  44.55 
 
 		 771 aa  667    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0558079  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2222  hypothetical protein  44.52 
 
 		 768 aa  657    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1784  hypothetical protein  44.42 
 
 		 771 aa  666    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.455314  normal  0.263872 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1591  hypothetical protein  44.27 
 
 		 768 aa  665    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0027  RND superfamily exporter  53.33 
 
 		 783 aa  792    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4865  RND efflux transporter  44.34 
 
 		 786 aa  662    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.743305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2441  hypothetical protein  43.9 
 
 		 771 aa  654    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2139  hypothetical protein  43.5 
 
 		 770 aa  655    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.124395 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4359  RND efflux transporter  44.02 
 
 		 786 aa  630  1e-179  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5040  RND efflux transporter  44.14 
 
 		 786 aa  631  1e-179  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.981854  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5820  RND efflux transporter  44.14 
 
 		 786 aa  631  1e-179  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2749  transporter, putative  43.79 
 
 		 804 aa  622  1e-177  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00176897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6840  RND efflux transporter  44.27 
 
 		 786 aa  619  1e-176  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.172281  normal  0.135262 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3229  hypothetical protein  42.09 
 
 		 794 aa  617  1e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0514277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4346  RND efflux transporter  42.6 
 
 		 786 aa  616  1e-175  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4325  transporter, putative  43.28 
 
 		 786 aa  615  9.999999999999999e-175  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0993317 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4435  transporter, putative  43.28 
 
 		 786 aa  615  9.999999999999999e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.565976 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6390  transporter, putative  43.8 
 
 		 786 aa  611  1e-173  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.191266  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2935  Patched family protein  41.67 
 
 		 784 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2019  hypothetical protein  41.31 
 
 		 799 aa  598  1e-169  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.62058  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3777  hypothetical protein  40.65 
 
 		 796 aa  598  1e-169  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1701  hypothetical protein  40.78 
 
 		 796 aa  596  1e-169  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.49055 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3723  RND efflux transporter  41.31 
 
 		 799 aa  597  1e-169  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1579  hypothetical protein  41.05 
 
 		 799 aa  597  1e-169  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.69775  normal  0.0697261 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1551  hypothetical protein  41.31 
 
 		 799 aa  597  1e-169  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1447  RND efflux transporter  41.12 
 
 		 820 aa  594  1e-168  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.751862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2060  hypothetical protein  41.15 
 
 		 790 aa  592  1e-168  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137629  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3429  hypothetical protein  41.82 
 
 		 787 aa  588  1e-166  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24330  hypothetical protein  40.76 
 
 		 793 aa  587  1e-166  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.507248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1574  hypothetical protein  43.37 
 
 		 810 aa  575  1.0000000000000001e-162  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.390542  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2064  RND efflux transporter  40.34 
 
 		 795 aa  575  1.0000000000000001e-162  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2127  hypothetical protein  39.92 
 
 		 816 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00224294  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3202  transporter, putative  39.58 
 
 		 826 aa  536  1e-151  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.320198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0967  putative transporter  39.84 
 
 		 813 aa  524  1e-147  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.108319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0133  transporter, putative  40.81 
 
 		 808 aa  521  1e-146  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.134014  normal  0.924862 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3142  transporter, putative  38.27 
 
 		 799 aa  517  1.0000000000000001e-145  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2666  RND efflux transporter  38.67 
 
 		 821 aa  510  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0970775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2809  transporter, putative  38.77 
 
 		 821 aa  511  1e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0254275  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2165  transporter, putative  38.67 
 
 		 808 aa  504  1e-141  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.119631 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2244  putative transporter  38.59 
 
 		 831 aa  500  1e-140  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.166877  hitchhiker  0.0000000000000152774 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6867  putative transporter  37.55 
 
 		 827 aa  486  1e-136  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0544338  normal  0.0493157 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0645  RND family transporter  36.46 
 
 		 834 aa  480  1e-134  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0103634  normal  0.324813 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4062  RND superfamily transporter, putative  36.67 
 
 		 813 aa  460  9.999999999999999e-129  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4029  RND superfamily transporter, putative  36.77 
 
 		 813 aa  451  1e-125  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.622803  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3922  RND superfamily transporter  36.8 
 
 		 809 aa  440  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3230  hypothetical protein  28.9 
 
 		 808 aa  298  2e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1350  RND efflux transporter  26.19 
 
 		 790 aa  289  1e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000832069  decreased coverage  0.00000222062 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2467  RND efflux transporter  28.13 
 
 		 792 aa  285  2.0000000000000002e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.022945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2270  putative transport protein  26.44 
 
 		 799 aa  281  3e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0857118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0943  RND efflux transporter  26.01 
 
 		 791 aa  277  6e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4691  putative transport protein  26.62 
 
 		 797 aa  271  4e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.628482  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3778  putative transport protein  26.83 
 
 		 796 aa  266  1e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000448082  decreased coverage  0.0000696113 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1155  RND efflux transporter  25.65 
 
 		 830 aa  230  7e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0885  RND efflux transporter  23.35 
 
 		 805 aa  203  9e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0397  RND efflux transporter  23.35 
 
 		 805 aa  203  9e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0595  RND efflux transporter  22.65 
 
 		 806 aa  198  4.0000000000000005e-49  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.115384  hitchhiker  0.0000495016 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0582  RND efflux transporter  22.52 
 
 		 805 aa  195  2e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135299 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08450  efflux transporter, putative, hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  21.65 
 
 		 764 aa  152  2e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0413  conserved hypothetical protein, membrane  21.79 
 
 		 773 aa  132  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0655355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0460  putative exporter of the RND superfamily protein  21.02 
 
 		 806 aa  111  6e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2986  RND efflux transporter  21.7 
 
 		 1051 aa  105  5e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.594238  normal  0.491222 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0581  RND efflux transporter  21.18 
 
 		 788 aa  104  6e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.843516  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1161  Patched family protein  21.39 
 
 		 831 aa  103  9e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0610  exporter of the RND superfamily protein-like protein  20.77 
 
 		 807 aa  100  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1317  RND efflux transporter  21.01 
 
 		 778 aa  98.6  4e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00469095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0677  RND efflux transporter  20.11 
 
 		 811 aa  94.4  8e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1117  hypothetical protein  20.96 
 
 		 765 aa  94  9e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.103936  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2704  hypothetical protein  25.6 
 
 		 898 aa  92.8  2e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0469  hypothetical protein  22.87 
 
 		 905 aa  90.1  2e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0258  hypothetical protein  19.45 
 
 		 767 aa  88.2  6e-16  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.467137  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4897  hypothetical protein  20.53 
 
 		 864 aa  87.4  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0297  hypothetical protein  22.97 
 
 		 387 aa  87  0.000000000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.981573  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1526  RND efflux transporter  22.9 
 
 		 756 aa  86.7  0.000000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1805  Patched family protein  23.15 
 
 		 804 aa  85.5  0.000000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.732433  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1321  RND efflux transporter  20.42 
 
 		 800 aa  85.9  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1652  hypothetical protein  20.42 
 
 		 779 aa  85.5  0.000000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0699635  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1297  hypothetical protein  24.23 
 
 		 380 aa  84.7  0.000000000000006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3675  membrane protein  18.18 
 
 		 808 aa  82.8  0.00000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05360  predicted exporters of the RND superfamily  19.51 
 
 		 727 aa  82  0.00000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000165826  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003709  predicted exporter of the RND superfamily  19.89 
 
 		 792 aa  81.6  0.00000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04040  hypothetical protein  22.29 
 
 		 803 aa  80.9  0.00000000000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0456  HAE1 family efflux transporter  22 
 
 		 752 aa  79.3  0.0000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.857513  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>