More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_04040 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014230  CA2559_04040  hypothetical protein  100 
 
 
803 aa  1619    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0581  RND efflux transporter  57.03 
 
 
788 aa  906    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.843516  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1805  Patched family protein  62.34 
 
 
804 aa  947    Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.732433  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0413  conserved hypothetical protein, membrane  40.4 
 
 
773 aa  592  1e-167  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0655355  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3675  membrane protein  38.15 
 
 
808 aa  582  1.0000000000000001e-165  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0460  putative exporter of the RND superfamily protein  39.09 
 
 
806 aa  574  1.0000000000000001e-162  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1161  Patched family protein  38.54 
 
 
831 aa  570  1e-161  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08450  efflux transporter, putative, hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  22.54 
 
 
764 aa  221  3e-56  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2229  Patched family protein  24.42 
 
 
755 aa  218  5e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.271746  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0610  exporter of the RND superfamily protein-like protein  25.29 
 
 
807 aa  211  3e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1317  RND efflux transporter  25.67 
 
 
778 aa  204  5e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00469095  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2278  transport protein, putative  22.92 
 
 
835 aa  194  6e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1774  Patched family protein  24.18 
 
 
815 aa  180  1e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003709  predicted exporter of the RND superfamily  23.29 
 
 
792 aa  177  6e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1652  hypothetical protein  21.34 
 
 
779 aa  177  8e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0699635  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4151  hypothetical protein  24.37 
 
 
807 aa  174  7.999999999999999e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.735313  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2986  RND efflux transporter  22.89 
 
 
1051 aa  173  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.594238  normal  0.491222 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0392  exporter of the RND superfamily protein-like protein  22.58 
 
 
837 aa  173  1e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0677  RND efflux transporter  21.99 
 
 
811 aa  163  1e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2006  hypothetical protein  22.26 
 
 
789 aa  160  6e-38  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000691446  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2200  hypothetical protein  22.3 
 
 
816 aa  159  2e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1180  hypothetical protein  21.97 
 
 
801 aa  155  4e-36  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1526  RND efflux transporter  21.63 
 
 
756 aa  151  4e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1321  RND efflux transporter  20.11 
 
 
800 aa  150  6e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0562  hypothetical protein  23.87 
 
 
800 aa  147  9e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.593707  normal  0.20774 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1279  hypothetical protein  21.73 
 
 
821 aa  144  6e-33  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0540  hypothetical protein  20.21 
 
 
764 aa  143  9.999999999999999e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0943  RND efflux transporter  20.96 
 
 
791 aa  141  3.9999999999999997e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2064  RND efflux transporter  21.45 
 
 
795 aa  140  7.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2375  transport protein, putative  22.15 
 
 
825 aa  140  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1281  resistance-nodulation-cell division family transporter  23.83 
 
 
828 aa  139  2e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.338562  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1579  hypothetical protein  22.39 
 
 
799 aa  139  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.69775  normal  0.0697261 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0367  putative integral membrane protein  23.55 
 
 
821 aa  137  9.999999999999999e-31  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.1024  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3164  hypothetical protein  20.23 
 
 
784 aa  136  9.999999999999999e-31  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.330305  normal  0.727475 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1350  RND efflux transporter  21.17 
 
 
790 aa  135  3.9999999999999996e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000832069  decreased coverage  0.00000222062 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3357  putative integral membrane protein  21.77 
 
 
872 aa  134  5e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.42147  normal  0.0868518 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0588  hypothetical protein  23.41 
 
 
815 aa  134  6e-30  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0277  hypothetical protein  23.49 
 
 
823 aa  134  6.999999999999999e-30  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2935  Patched family protein  22.28 
 
 
784 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0321  putative integral membrane protein  21.38 
 
 
813 aa  133  1.0000000000000001e-29  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.322021  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0469  hypothetical protein  22.69 
 
 
905 aa  132  2.0000000000000002e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3723  RND efflux transporter  21.54 
 
 
799 aa  131  6e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1551  hypothetical protein  21 
 
 
799 aa  130  7.000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2019  hypothetical protein  21.54 
 
 
799 aa  130  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.62058  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1376  hypothetical protein  23.22 
 
 
823 aa  129  2.0000000000000002e-28  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1565  hypothetical protein  23.42 
 
 
823 aa  129  2.0000000000000002e-28  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3777  hypothetical protein  22.5 
 
 
796 aa  129  3e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2594  hypothetical protein  22.76 
 
 
771 aa  128  4.0000000000000003e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0154  RND efflux transporter  21.67 
 
 
751 aa  128  5e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0967  putative transporter  21.57 
 
 
813 aa  127  9e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.108319  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2222  hypothetical protein  22.85 
 
 
768 aa  127  9e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2477  hypothetical protein  22.5 
 
 
772 aa  127  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0495637  normal  0.0162982 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2060  hypothetical protein  22.12 
 
 
790 aa  125  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137629  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1591  hypothetical protein  22.9 
 
 
768 aa  125  3e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2001  hypothetical protein  22.26 
 
 
771 aa  125  4e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2270  putative transport protein  20.95 
 
 
799 aa  124  5e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0857118  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1742  hypothetical protein  21.55 
 
 
824 aa  124  5e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00144404  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1808  hypothetical protein  22.6 
 
 
767 aa  124  6e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2803  hypothetical protein  22.48 
 
 
772 aa  122  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.929153  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3229  hypothetical protein  21.51 
 
 
794 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0514277  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1941  Patched family protein  22.21 
 
 
767 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.314196  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1701  hypothetical protein  22.43 
 
 
796 aa  122  3e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.49055 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0258  hypothetical protein  21.86 
 
 
767 aa  121  4.9999999999999996e-26  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.467137  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1728  hypothetical protein  21.94 
 
 
769 aa  120  9e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0048  integral membrane protein  21.22 
 
 
788 aa  119  9.999999999999999e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2467  RND efflux transporter  20.23 
 
 
792 aa  120  9.999999999999999e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.022945  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24330  hypothetical protein  21.74 
 
 
793 aa  120  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.507248  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3142  transporter, putative  20.78 
 
 
799 aa  119  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4691  putative transport protein  20.24 
 
 
797 aa  118  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.628482  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3429  hypothetical protein  21.52 
 
 
787 aa  118  5e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2244  putative transporter  22.7 
 
 
831 aa  118  5e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.166877  hitchhiker  0.0000000000000152774 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1679  hypothetical protein  22.12 
 
 
771 aa  118  6e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.980542  normal  0.247829 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1754  hypothetical protein  22.12 
 
 
771 aa  118  6e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0558079  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1784  hypothetical protein  22 
 
 
771 aa  117  7.999999999999999e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.455314  normal  0.263872 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3230  hypothetical protein  22.06 
 
 
808 aa  116  2.0000000000000002e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0133  transporter, putative  21.9 
 
 
808 aa  116  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.134014  normal  0.924862 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1534  RND superfamily exporter  23 
 
 
787 aa  115  3e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0360223  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2127  hypothetical protein  21.27 
 
 
816 aa  115  3e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00224294  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0958  hypothetical protein  20.67 
 
 
779 aa  115  4.0000000000000004e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.764454  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2061  putative membrane transporter  19.37 
 
 
796 aa  114  1.0000000000000001e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2787  transporter, putative  23.38 
 
 
869 aa  112  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0077  putative membrane transporter  20.58 
 
 
797 aa  111  4.0000000000000004e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.273508 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2139  hypothetical protein  21.82 
 
 
770 aa  111  7.000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.124395 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3202  transporter, putative  20.16 
 
 
826 aa  110  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.320198  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1910  hypothetical protein  21.73 
 
 
771 aa  110  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0338156  normal  0.0625477 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2434  hypothetical protein  21.73 
 
 
771 aa  110  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.338411  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3300  exporter of the RND superfamily protein-like protein  19.53 
 
 
967 aa  110  1e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.107727  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3778  putative transport protein  20.89 
 
 
796 aa  109  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000448082  decreased coverage  0.0000696113 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2554  hypothetical protein  21.61 
 
 
771 aa  109  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0631379  normal  0.121883 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1447  RND efflux transporter  19.88 
 
 
820 aa  109  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.751862  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2196  hypothetical protein  21.98 
 
 
771 aa  108  4e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.233357  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0867  HAE1 family efflux transporter  19.67 
 
 
778 aa  108  5e-22  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1021  exporter of the RND superfamily protein-like protein  20.74 
 
 
762 aa  107  9e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.119734  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0901  HAE1 family efflux transporter  21.71 
 
 
752 aa  107  1e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.395656  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4267  putative RND superfamily transporter  18.5 
 
 
789 aa  107  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2441  hypothetical protein  21.61 
 
 
771 aa  106  2e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0768  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  21.09 
 
 
747 aa  106  2e-21  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.53096  normal  0.282667 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3579  RND superfamily transporter  19.11 
 
 
788 aa  106  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.900215  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2006  RND superfamily exporter  21.64 
 
 
794 aa  105  3e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.882933  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0528  RND superfamily transporter  19.13 
 
 
789 aa  105  3e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.760184 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>