260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2006 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2812  transporter, putative  48.55 
 
 		 804 aa  691    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.796656  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4359  RND efflux transporter  47.05 
 
 		 786 aa  676    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6390  transporter, putative  46.67 
 
 		 786 aa  653    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.191266  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2006  RND superfamily exporter  100 
 
 		 794 aa  1606    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.882933  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4435  transporter, putative  46.67 
 
 		 786 aa  667    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.565976 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2749  transporter, putative  48.85 
 
 		 804 aa  689    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00176897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4325  transporter, putative  46.67 
 
 		 786 aa  667    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0993317 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6781  RND efflux transporter  49.87 
 
 		 799 aa  694    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6840  RND efflux transporter  46.03 
 
 		 786 aa  648    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.172281  normal  0.135262 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1534  RND superfamily exporter  46.66 
 
 		 787 aa  702    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0360223  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2971  RND efflux transporter  47.69 
 
 		 797 aa  673    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5040  RND efflux transporter  47.11 
 
 		 786 aa  675    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.981854  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0027  RND superfamily exporter  53.42 
 
 		 783 aa  799    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4346  RND efflux transporter  46.34 
 
 		 786 aa  655    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5820  RND efflux transporter  47.11 
 
 		 786 aa  675    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4865  RND efflux transporter  47.63 
 
 		 786 aa  711    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.743305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2001  hypothetical protein  42.89 
 
 		 771 aa  630  1e-179  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2477  hypothetical protein  43.1 
 
 		 772 aa  625  1e-178  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0495637  normal  0.0162982 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1679  hypothetical protein  43.23 
 
 		 771 aa  627  1e-178  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.980542  normal  0.247829 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1754  hypothetical protein  43.23 
 
 		 771 aa  627  1e-178  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0558079  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2594  hypothetical protein  42.56 
 
 		 771 aa  623  1e-177  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1784  hypothetical protein  42.89 
 
 		 771 aa  623  1e-177  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.455314  normal  0.263872 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2139  hypothetical protein  43.06 
 
 		 770 aa  621  1e-176  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.124395 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2803  hypothetical protein  42.32 
 
 		 772 aa  620  1e-176  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.929153  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1808  hypothetical protein  43.81 
 
 		 767 aa  622  1e-176  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2222  hypothetical protein  42.26 
 
 		 768 aa  615  1e-175  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2434  hypothetical protein  42.69 
 
 		 771 aa  614  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.338411  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1728  hypothetical protein  42.39 
 
 		 769 aa  615  9.999999999999999e-175  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2554  hypothetical protein  42.69 
 
 		 771 aa  614  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0631379  normal  0.121883 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2196  hypothetical protein  42.56 
 
 		 771 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.233357  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1941  Patched family protein  42.37 
 
 		 767 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.314196  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1591  hypothetical protein  42.69 
 
 		 768 aa  615  9.999999999999999e-175  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1910  hypothetical protein  42.69 
 
 		 771 aa  614  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0338156  normal  0.0625477 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2441  hypothetical protein  42.69 
 
 		 771 aa  614  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3164  hypothetical protein  41.52 
 
 		 784 aa  597  1e-169  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.330305  normal  0.727475 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2064  RND efflux transporter  41.43 
 
 		 795 aa  575  1.0000000000000001e-162  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1447  RND efflux transporter  40.21 
 
 		 820 aa  566  1e-160  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.751862  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3429  hypothetical protein  39.02 
 
 		 787 aa  557  1e-157  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3777  hypothetical protein  38.77 
 
 		 796 aa  556  1e-157  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1701  hypothetical protein  39.11 
 
 		 796 aa  550  1e-155  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.49055 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3229  hypothetical protein  37.9 
 
 		 794 aa  547  1e-154  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0514277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2935  Patched family protein  40.1 
 
 		 784 aa  547  1e-154  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1574  hypothetical protein  42.69 
 
 		 810 aa  544  1e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.390542  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2127  hypothetical protein  39.38 
 
 		 816 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00224294  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1579  hypothetical protein  38.79 
 
 		 799 aa  533  1e-150  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.69775  normal  0.0697261 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3723  RND efflux transporter  38.14 
 
 		 799 aa  526  1e-148  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2060  hypothetical protein  37.97 
 
 		 790 aa  528  1e-148  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137629  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1551  hypothetical protein  38.14 
 
 		 799 aa  525  1e-148  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2019  hypothetical protein  38.13 
 
 		 799 aa  525  1e-147  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.62058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24330  hypothetical protein  37.72 
 
 		 793 aa  525  1e-147  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.507248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0133  transporter, putative  40.31 
 
 		 808 aa  506  9.999999999999999e-143  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.134014  normal  0.924862 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3202  transporter, putative  38.77 
 
 		 826 aa  504  1e-141  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.320198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3142  transporter, putative  38.05 
 
 		 799 aa  505  1e-141  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2165  transporter, putative  38.46 
 
 		 808 aa  495  9.999999999999999e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.119631 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0967  putative transporter  39.69 
 
 		 813 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.108319  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2244  putative transporter  37.56 
 
 		 831 aa  491  1e-137  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.166877  hitchhiker  0.0000000000000152774 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2666  RND efflux transporter  37.52 
 
 		 821 aa  486  1e-136  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0970775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2809  transporter, putative  37.06 
 
 		 821 aa  482  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0254275  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0645  RND family transporter  36.8 
 
 		 834 aa  473  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0103634  normal  0.324813 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4062  RND superfamily transporter, putative  38.23 
 
 		 813 aa  444  1e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6867  putative transporter  34.73 
 
 		 827 aa  444  1e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0544338  normal  0.0493157 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4029  RND superfamily transporter, putative  38.29 
 
 		 813 aa  440  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.622803  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3922  RND superfamily transporter  38.1 
 
 		 809 aa  434  1e-120  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3778  putative transport protein  28.08 
 
 		 796 aa  254  6e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000448082  decreased coverage  0.0000696113 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1350  RND efflux transporter  26.29 
 
 		 790 aa  242  2e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000832069  decreased coverage  0.00000222062 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4691  putative transport protein  26.4 
 
 		 797 aa  240  5.999999999999999e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.628482  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2270  putative transport protein  26.6 
 
 		 799 aa  233  8.000000000000001e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0857118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0943  RND efflux transporter  25.96 
 
 		 791 aa  229  1e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2467  RND efflux transporter  26.96 
 
 		 792 aa  226  1e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.022945  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3230  hypothetical protein  24.94 
 
 		 808 aa  199  1.0000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1155  RND efflux transporter  25.22 
 
 		 830 aa  186  1.0000000000000001e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0582  RND efflux transporter  24.81 
 
 		 805 aa  179  2e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135299 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0595  RND efflux transporter  24.81 
 
 		 806 aa  179  2e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.115384  hitchhiker  0.0000495016 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0397  RND efflux transporter  25.16 
 
 		 805 aa  177  5e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0885  RND efflux transporter  25.16 
 
 		 805 aa  177  5e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08450  efflux transporter, putative, hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  20.23 
 
 		 764 aa  137  9e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3675  membrane protein  20.31 
 
 		 808 aa  117  6.9999999999999995e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0413  conserved hypothetical protein, membrane  22.21 
 
 		 773 aa  115  4.0000000000000004e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0655355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1161  Patched family protein  20.72 
 
 		 831 aa  107  8e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0460  putative exporter of the RND superfamily protein  20.2 
 
 		 806 aa  97.4  9e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0581  RND efflux transporter  20.72 
 
 		 788 aa  93.6  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.843516  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0258  hypothetical protein  17.72 
 
 		 767 aa  84.3  0.000000000000007  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.467137  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2986  RND efflux transporter  19.42 
 
 		 1051 aa  83.2  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.594238  normal  0.491222 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2229  Patched family protein  22.26 
 
 		 755 aa  81.6  0.00000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.271746  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0677  RND efflux transporter  21.96 
 
 		 811 aa  75.9  0.000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0456  HAE1 family efflux transporter  22.47 
 
 		 752 aa  73.6  0.00000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.857513  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04040  hypothetical protein  21.13 
 
 		 803 aa  70.5  0.0000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1317  RND efflux transporter  20.92 
 
 		 778 aa  68.9  0.0000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00469095  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1805  Patched family protein  21.4 
 
 		 804 aa  65.1  0.000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.732433  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003709  predicted exporter of the RND superfamily  21.04 
 
 		 792 aa  63.9  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1774  Patched family protein  20.11 
 
 		 815 aa  63.5  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4897  hypothetical protein  21.77 
 
 		 864 aa  62.8  0.00000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1652  hypothetical protein  20.28 
 
 		 779 aa  62  0.00000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0699635  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1669  hypothetical protein  27.66 
 
 		 388 aa  62  0.00000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4151  hypothetical protein  20.87 
 
 		 807 aa  61.6  0.00000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.735313  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0610  exporter of the RND superfamily protein-like protein  20.42 
 
 		 807 aa  62  0.00000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1526  RND efflux transporter  22.75 
 
 		 756 aa  61.6  0.00000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0469  hypothetical protein  21.59 
 
 		 905 aa  61.6  0.00000006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0264  MMPL domain-containing protein  27.97 
 
 		 385 aa  60.8  0.00000009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00700265 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1637  hypothetical protein  27.22 
 
 		 385 aa  60.8  0.00000009  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>