More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4435 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2812  transporter, putative  65.7 
 
 		 804 aa  1054    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.796656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2971  RND efflux transporter  69.81 
 
 		 797 aa  1107    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6390  transporter, putative  94.4 
 
 		 786 aa  1519    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.191266  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4865  RND efflux transporter  69.97 
 
 		 786 aa  1162    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.743305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2749  transporter, putative  66.28 
 
 		 804 aa  1055    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00176897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6781  RND efflux transporter  67.26 
 
 		 799 aa  1068    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6840  RND efflux transporter  86.26 
 
 		 786 aa  1394    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.172281  normal  0.135262 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0027  RND superfamily exporter  50 
 
 		 783 aa  726    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4325  transporter, putative  100 
 
 		 786 aa  1609    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0993317 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2006  RND superfamily exporter  46.67 
 
 		 794 aa  667    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.882933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4359  RND efflux transporter  85.24 
 
 		 786 aa  1399    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5040  RND efflux transporter  84.99 
 
 		 786 aa  1397    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.981854  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4435  transporter, putative  100 
 
 		 786 aa  1609    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.565976 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4346  RND efflux transporter  82.32 
 
 		 786 aa  1352    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5820  RND efflux transporter  84.99 
 
 		 786 aa  1397    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1534  RND superfamily exporter  43.28 
 
 		 787 aa  610  1e-173  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0360223  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1679  hypothetical protein  40.99 
 
 		 771 aa  584  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.980542  normal  0.247829 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1754  hypothetical protein  40.99 
 
 		 771 aa  584  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0558079  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1784  hypothetical protein  40.86 
 
 		 771 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.455314  normal  0.263872 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3164  hypothetical protein  40.61 
 
 		 784 aa  579  1e-164  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.330305  normal  0.727475 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2594  hypothetical protein  41.09 
 
 		 771 aa  578  1.0000000000000001e-163  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1808  hypothetical protein  41.65 
 
 		 767 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1941  Patched family protein  40.74 
 
 		 767 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.314196  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2803  hypothetical protein  41.46 
 
 		 772 aa  575  1.0000000000000001e-162  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.929153  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1910  hypothetical protein  41.21 
 
 		 771 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0338156  normal  0.0625477 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1728  hypothetical protein  41.47 
 
 		 769 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2554  hypothetical protein  40.99 
 
 		 771 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0631379  normal  0.121883 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2222  hypothetical protein  40.6 
 
 		 768 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2434  hypothetical protein  41.21 
 
 		 771 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.338411  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1591  hypothetical protein  40.66 
 
 		 768 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2196  hypothetical protein  40.73 
 
 		 771 aa  572  1e-161  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.233357  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2139  hypothetical protein  40.85 
 
 		 770 aa  571  1e-161  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.124395 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2441  hypothetical protein  41.09 
 
 		 771 aa  569  1e-161  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2477  hypothetical protein  40.75 
 
 		 772 aa  570  1e-161  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0495637  normal  0.0162982 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2001  hypothetical protein  42.45 
 
 		 771 aa  565  1e-160  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1579  hypothetical protein  37.93 
 
 		 799 aa  526  1e-148  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.69775  normal  0.0697261 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2019  hypothetical protein  37.42 
 
 		 799 aa  524  1e-147  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.62058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1551  hypothetical protein  37.42 
 
 		 799 aa  522  1e-147  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3723  RND efflux transporter  37.42 
 
 		 799 aa  523  1e-147  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3229  hypothetical protein  37.58 
 
 		 794 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0514277  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2060  hypothetical protein  37.39 
 
 		 790 aa  515  1e-144  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137629  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2935  Patched family protein  38.06 
 
 		 784 aa  514  1e-144  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24330  hypothetical protein  37.52 
 
 		 793 aa  514  1e-144  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.507248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1447  RND efflux transporter  39.66 
 
 		 820 aa  512  1e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.751862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1701  hypothetical protein  37.33 
 
 		 796 aa  508  9.999999999999999e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.49055 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3777  hypothetical protein  36.95 
 
 		 796 aa  505  1e-141  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2127  hypothetical protein  38.21 
 
 		 816 aa  503  1e-141  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00224294  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2064  RND efflux transporter  37.48 
 
 		 795 aa  493  9.999999999999999e-139  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3202  transporter, putative  37.21 
 
 		 826 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.320198  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3429  hypothetical protein  36.27 
 
 		 787 aa  481  1e-134  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2165  transporter, putative  38.92 
 
 		 808 aa  473  1e-132  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.119631 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1574  hypothetical protein  39.92 
 
 		 810 aa  468  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.390542  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4029  RND superfamily transporter, putative  37.29 
 
 		 813 aa  469  9.999999999999999e-131  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.622803  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3142  transporter, putative  36.02 
 
 		 799 aa  466  1e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4062  RND superfamily transporter, putative  36.62 
 
 		 813 aa  459  9.999999999999999e-129  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2244  putative transporter  38.08 
 
 		 831 aa  460  9.999999999999999e-129  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.166877  hitchhiker  0.0000000000000152774 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3922  RND superfamily transporter  37.19 
 
 		 809 aa  459  9.999999999999999e-129  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0133  transporter, putative  37.18 
 
 		 808 aa  457  1e-127  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.134014  normal  0.924862 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0967  putative transporter  37.76 
 
 		 813 aa  457  1e-127  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.108319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2809  transporter, putative  36.55 
 
 		 821 aa  456  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0254275  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6867  putative transporter  35.36 
 
 		 827 aa  451  1e-125  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0544338  normal  0.0493157 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0645  RND family transporter  35.99 
 
 		 834 aa  452  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0103634  normal  0.324813 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2666  RND efflux transporter  36.73 
 
 		 821 aa  450  1e-125  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0970775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4691  putative transport protein  26.52 
 
 		 797 aa  269  2e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.628482  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2270  putative transport protein  27.51 
 
 		 799 aa  257  6e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0857118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0943  RND efflux transporter  26.54 
 
 		 791 aa  250  8e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3230  hypothetical protein  25.41 
 
 		 808 aa  239  1e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3778  putative transport protein  26.28 
 
 		 796 aa  234  5e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000448082  decreased coverage  0.0000696113 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1350  RND efflux transporter  25.29 
 
 		 790 aa  230  6e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000832069  decreased coverage  0.00000222062 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2467  RND efflux transporter  27.83 
 
 		 792 aa  223  8e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.022945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1155  RND efflux transporter  25.06 
 
 		 830 aa  190  8e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0582  RND efflux transporter  25.28 
 
 		 805 aa  177  8e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135299 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0595  RND efflux transporter  25.06 
 
 		 806 aa  175  2.9999999999999996e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.115384  hitchhiker  0.0000495016 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0397  RND efflux transporter  24.78 
 
 		 805 aa  167  1.0000000000000001e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0885  RND efflux transporter  24.78 
 
 		 805 aa  167  1.0000000000000001e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2229  Patched family protein  21.6 
 
 		 755 aa  115  5e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.271746  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08450  efflux transporter, putative, hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  20.05 
 
 		 764 aa  95.5  3e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0581  RND efflux transporter  19.86 
 
 		 788 aa  93.6  1e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.843516  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0222  efflux transporter, , hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  23.72 
 
 		 746 aa  84  0.00000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003709  predicted exporter of the RND superfamily  20.42 
 
 		 792 aa  81.6  0.00000000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4897  hypothetical protein  22.13 
 
 		 864 aa  80.1  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0456  HAE1 family efflux transporter  21.77 
 
 		 752 aa  78.6  0.0000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.857513  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0460  putative exporter of the RND superfamily protein  19.52 
 
 		 806 aa  78.2  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3675  membrane protein  19.46 
 
 		 808 aa  78.2  0.0000000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05360  predicted exporters of the RND superfamily  19.86 
 
 		 727 aa  77.8  0.0000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000165826  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0413  conserved hypothetical protein, membrane  19.77 
 
 		 773 aa  75.5  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0655355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0258  hypothetical protein  17.9 
 
 		 767 aa  74.7  0.000000000007  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.467137  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1637  hypothetical protein  24.44 
 
 		 385 aa  73.9  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0901  HAE1 family efflux transporter  20.51 
 
 		 752 aa  70.9  0.00000000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.395656  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1117  hypothetical protein  21.55 
 
 		 765 aa  70.1  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.103936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2275  RND superfamily transporter  22.71 
 
 		 797 aa  68.9  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.857443  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0469  hypothetical protein  20.91 
 
 		 905 aa  68.9  0.0000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3150  RND superfamily protein  19.93 
 
 		 755 aa  67.8  0.0000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0817693  normal  0.0240782 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2968  RND efflux transporter  20.53 
 
 		 869 aa  67.4  0.0000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0572  hypothetical protein  23.33 
 
 		 385 aa  67.4  0.0000000009  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.67085  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4267  putative RND superfamily transporter  23.67 
 
 		 789 aa  67  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2787  transporter, putative  20.15 
 
 		 869 aa  66.6  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2986  RND efflux transporter  20.61 
 
 		 1051 aa  66.6  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.594238  normal  0.491222 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3888  acriflavin resistance protein  27.2 
 
 		 1048 aa  66.6  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.471381  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1669  hypothetical protein  30.61 
 
 		 388 aa  66.6  0.000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>