221 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2809 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2019  hypothetical protein  50.39 
 
 		 799 aa  768    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.62058  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3202  transporter, putative  59.16 
 
 		 826 aa  899    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.320198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2434  hypothetical protein  43.54 
 
 		 771 aa  639    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.338411  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6867  putative transporter  60.61 
 
 		 827 aa  966    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0544338  normal  0.0493157 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3429  hypothetical protein  47.68 
 
 		 787 aa  712    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2594  hypothetical protein  42.62 
 
 		 771 aa  639    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3777  hypothetical protein  51.8 
 
 		 796 aa  787    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1701  hypothetical protein  51.79 
 
 		 796 aa  787    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.49055 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3229  hypothetical protein  50.13 
 
 		 794 aa  771    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0514277  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1579  hypothetical protein  50.39 
 
 		 799 aa  761    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.69775  normal  0.0697261 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2244  putative transporter  61.7 
 
 		 831 aa  998    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.166877  hitchhiker  0.0000000000000152774 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3142  transporter, putative  57.33 
 
 		 799 aa  885    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3922  RND superfamily transporter  56.01 
 
 		 809 aa  834    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3723  RND efflux transporter  50.26 
 
 		 799 aa  764    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0133  transporter, putative  59.03 
 
 		 808 aa  858    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.134014  normal  0.924862 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0645  RND family transporter  60.03 
 
 		 834 aa  930    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0103634  normal  0.324813 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2554  hypothetical protein  43.54 
 
 		 771 aa  638    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0631379  normal  0.121883 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1679  hypothetical protein  43.02 
 
 		 771 aa  637    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.980542  normal  0.247829 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1754  hypothetical protein  43.02 
 
 		 771 aa  637    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0558079  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4062  RND superfamily transporter, putative  55.75 
 
 		 813 aa  844    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1910  hypothetical protein  43.54 
 
 		 771 aa  639    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0338156  normal  0.0625477 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2935  Patched family protein  50.9 
 
 		 784 aa  764    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24330  hypothetical protein  49.94 
 
 		 793 aa  763    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.507248  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4029  RND superfamily transporter, putative  55.1 
 
 		 813 aa  842    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.622803  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1784  hypothetical protein  43.02 
 
 		 771 aa  639    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.455314  normal  0.263872 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2666  RND efflux transporter  95.49 
 
 		 821 aa  1544    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0970775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1591  hypothetical protein  43.68 
 
 		 768 aa  642    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2064  RND efflux transporter  47.62 
 
 		 795 aa  734    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2060  hypothetical protein  49.87 
 
 		 790 aa  766    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137629  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0967  putative transporter  57.54 
 
 		 813 aa  854    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.108319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1551  hypothetical protein  50.39 
 
 		 799 aa  766    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2809  transporter, putative  100 
 
 		 821 aa  1662    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0254275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1808  hypothetical protein  44.17 
 
 		 767 aa  644    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2165  transporter, putative  67.18 
 
 		 808 aa  1025    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.119631 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2441  hypothetical protein  43.41 
 
 		 771 aa  635  1e-180  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2477  hypothetical protein  42.62 
 
 		 772 aa  632  1e-179  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0495637  normal  0.0162982 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1941  Patched family protein  42.74 
 
 		 767 aa  624  1e-177  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.314196  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2196  hypothetical protein  42.76 
 
 		 771 aa  621  1e-176  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.233357  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2139  hypothetical protein  42.64 
 
 		 770 aa  622  1e-176  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.124395 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2803  hypothetical protein  42.78 
 
 		 772 aa  612  9.999999999999999e-175  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.929153  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1728  hypothetical protein  41.86 
 
 		 769 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2222  hypothetical protein  41.19 
 
 		 768 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2001  hypothetical protein  41.63 
 
 		 771 aa  591  1e-167  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3164  hypothetical protein  40.76 
 
 		 784 aa  581  1e-164  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.330305  normal  0.727475 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1447  RND efflux transporter  40.83 
 
 		 820 aa  569  1e-161  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.751862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2127  hypothetical protein  39 
 
 		 816 aa  550  1e-155  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00224294  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1534  RND superfamily exporter  38.77 
 
 		 787 aa  517  1.0000000000000001e-145  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0360223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1574  hypothetical protein  40.61 
 
 		 810 aa  513  1e-144  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.390542  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0027  RND superfamily exporter  38.26 
 
 		 783 aa  504  1e-141  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2006  RND superfamily exporter  37.18 
 
 		 794 aa  492  9.999999999999999e-139  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.882933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4346  RND efflux transporter  37.15 
 
 		 786 aa  490  1e-137  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6781  RND efflux transporter  37.58 
 
 		 799 aa  479  1e-133  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6390  transporter, putative  37.15 
 
 		 786 aa  473  1e-132  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.191266  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2812  transporter, putative  38.01 
 
 		 804 aa  472  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.796656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2749  transporter, putative  38.3 
 
 		 804 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00176897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2971  RND efflux transporter  36.73 
 
 		 797 aa  469  1.0000000000000001e-131  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4325  transporter, putative  36.55 
 
 		 786 aa  468  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0993317 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4435  transporter, putative  36.55 
 
 		 786 aa  468  9.999999999999999e-131  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.565976 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4865  RND efflux transporter  35.77 
 
 		 786 aa  466  1e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.743305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4359  RND efflux transporter  36.9 
 
 		 786 aa  464  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5040  RND efflux transporter  36.77 
 
 		 786 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.981854  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5820  RND efflux transporter  36.77 
 
 		 786 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6840  RND efflux transporter  37.19 
 
 		 786 aa  456  1e-127  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.172281  normal  0.135262 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4691  putative transport protein  27.05 
 
 		 797 aa  284  4.0000000000000003e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.628482  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3230  hypothetical protein  29.21 
 
 		 808 aa  276  1.0000000000000001e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0943  RND efflux transporter  27.71 
 
 		 791 aa  274  4.0000000000000004e-72  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1350  RND efflux transporter  28.06 
 
 		 790 aa  267  5.999999999999999e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000832069  decreased coverage  0.00000222062 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2270  putative transport protein  27.93 
 
 		 799 aa  248  3e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0857118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2467  RND efflux transporter  27.75 
 
 		 792 aa  243  1e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.022945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1155  RND efflux transporter  24.51 
 
 		 830 aa  235  3e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3778  putative transport protein  27.01 
 
 		 796 aa  233  9e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000448082  decreased coverage  0.0000696113 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0595  RND efflux transporter  24.06 
 
 		 806 aa  216  1.9999999999999998e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.115384  hitchhiker  0.0000495016 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0582  RND efflux transporter  23.8 
 
 		 805 aa  213  1e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135299 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0397  RND efflux transporter  25.06 
 
 		 805 aa  203  9e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0885  RND efflux transporter  25.06 
 
 		 805 aa  203  9e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08450  efflux transporter, putative, hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  22.47 
 
 		 764 aa  130  1.0000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0413  conserved hypothetical protein, membrane  21.42 
 
 		 773 aa  116  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0655355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1161  Patched family protein  22.02 
 
 		 831 aa  114  1.0000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0460  putative exporter of the RND superfamily protein  20.21 
 
 		 806 aa  104  5e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2986  RND efflux transporter  22.07 
 
 		 1051 aa  103  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.594238  normal  0.491222 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1321  RND efflux transporter  24.4 
 
 		 800 aa  99  3e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1805  Patched family protein  25.33 
 
 		 804 aa  98.6  4e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.732433  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2968  RND efflux transporter  23.44 
 
 		 869 aa  96.7  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2787  transporter, putative  23.29 
 
 		 869 aa  95.1  5e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1317  RND efflux transporter  20.69 
 
 		 778 aa  94.4  8e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00469095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3675  membrane protein  19.49 
 
 		 808 aa  94  9e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0581  RND efflux transporter  21.67 
 
 		 788 aa  92.8  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.843516  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2229  Patched family protein  20.47 
 
 		 755 aa  75.1  0.000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.271746  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0258  hypothetical protein  19.37 
 
 		 767 aa  71.6  0.00000000006  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.467137  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1526  RND efflux transporter  24.22 
 
 		 756 aa  70.9  0.0000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0610  exporter of the RND superfamily protein-like protein  21.76 
 
 		 807 aa  67.8  0.0000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0469  hypothetical protein  19.43 
 
 		 905 aa  67  0.000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1018  MMPL domain-containing protein  21.58 
 
 		 861 aa  67  0.000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00165976  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04040  hypothetical protein  20.39 
 
 		 803 aa  67  0.000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1637  hypothetical protein  24.32 
 
 		 385 aa  64.3  0.000000009  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2704  hypothetical protein  20.28 
 
 		 898 aa  63.9  0.00000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0264  MMPL domain-containing protein  24.27 
 
 		 385 aa  63.5  0.00000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00700265 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1961  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  22.73 
 
 		 758 aa  62.8  0.00000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0948  acriflavin resistance protein  27.07 
 
 		 1015 aa  62.4  0.00000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1873  phospholipid/glycerol acyltransferase  27.24 
 
 		 1291 aa  62  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>