180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2165 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2019  hypothetical protein  49.13 
 
 		 799 aa  761    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.62058  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3202  transporter, putative  61.77 
 
 		 826 aa  904    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.320198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3142  transporter, putative  55.82 
 
 		 799 aa  877    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2803  hypothetical protein  44.21 
 
 		 772 aa  643    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.929153  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3429  hypothetical protein  47.47 
 
 		 787 aa  711    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3777  hypothetical protein  50.63 
 
 		 796 aa  769    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1701  hypothetical protein  51.13 
 
 		 796 aa  765    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.49055 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2165  transporter, putative  100 
 
 		 808 aa  1625    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.119631 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3229  hypothetical protein  48.8 
 
 		 794 aa  748    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0514277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2244  putative transporter  62.39 
 
 		 831 aa  977    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.166877  hitchhiker  0.0000000000000152774 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3922  RND superfamily transporter  60.26 
 
 		 809 aa  866    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0133  transporter, putative  60.75 
 
 		 808 aa  887    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.134014  normal  0.924862 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0645  RND family transporter  60.1 
 
 		 834 aa  953    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0103634  normal  0.324813 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1728  hypothetical protein  43.38 
 
 		 769 aa  636    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24330  hypothetical protein  50.06 
 
 		 793 aa  750    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.507248  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1591  hypothetical protein  43.58 
 
 		 768 aa  649    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2064  RND efflux transporter  47.47 
 
 		 795 aa  722    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0967  putative transporter  58.45 
 
 		 813 aa  867    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.108319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1551  hypothetical protein  49.01 
 
 		 799 aa  759    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4062  RND superfamily transporter, putative  59.38 
 
 		 813 aa  878    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1808  hypothetical protein  43.68 
 
 		 767 aa  642    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2060  hypothetical protein  50.13 
 
 		 790 aa  749    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137629  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2935  Patched family protein  49.81 
 
 		 784 aa  756    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4029  RND superfamily transporter, putative  60.56 
 
 		 813 aa  876    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.622803  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1579  hypothetical protein  49.2 
 
 		 799 aa  760    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.69775  normal  0.0697261 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6867  putative transporter  62.66 
 
 		 827 aa  941    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0544338  normal  0.0493157 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2666  RND efflux transporter  67.27 
 
 		 821 aa  1043    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0970775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3723  RND efflux transporter  49.13 
 
 		 799 aa  759    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2809  transporter, putative  67.18 
 
 		 821 aa  1042    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0254275  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2222  hypothetical protein  42.99 
 
 		 768 aa  634  1e-180  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1941  Patched family protein  42.82 
 
 		 767 aa  633  1e-180  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.314196  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2477  hypothetical protein  42.93 
 
 		 772 aa  631  1e-179  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0495637  normal  0.0162982 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2434  hypothetical protein  42.91 
 
 		 771 aa  627  1e-178  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.338411  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1679  hypothetical protein  42.09 
 
 		 771 aa  628  1e-178  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.980542  normal  0.247829 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1754  hypothetical protein  42.09 
 
 		 771 aa  628  1e-178  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0558079  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2554  hypothetical protein  42.78 
 
 		 771 aa  626  1e-178  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0631379  normal  0.121883 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1910  hypothetical protein  42.91 
 
 		 771 aa  627  1e-178  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0338156  normal  0.0625477 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2139  hypothetical protein  42.41 
 
 		 770 aa  624  1e-177  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.124395 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2594  hypothetical protein  41.52 
 
 		 771 aa  622  1e-177  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1784  hypothetical protein  42.18 
 
 		 771 aa  624  1e-177  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.455314  normal  0.263872 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2441  hypothetical protein  42.78 
 
 		 771 aa  624  1e-177  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2196  hypothetical protein  42.65 
 
 		 771 aa  617  1e-175  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.233357  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2001  hypothetical protein  42.91 
 
 		 771 aa  615  9.999999999999999e-175  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3164  hypothetical protein  41.7 
 
 		 784 aa  579  1e-164  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.330305  normal  0.727475 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1447  RND efflux transporter  41.27 
 
 		 820 aa  573  1.0000000000000001e-162  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.751862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1574  hypothetical protein  41.34 
 
 		 810 aa  529  1e-149  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.390542  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2127  hypothetical protein  37.82 
 
 		 816 aa  529  1e-149  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00224294  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1534  RND superfamily exporter  38.46 
 
 		 787 aa  513  1e-144  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0360223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2006  RND superfamily exporter  38.56 
 
 		 794 aa  511  1e-143  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.882933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4346  RND efflux transporter  39.52 
 
 		 786 aa  504  1e-141  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0027  RND superfamily exporter  38.39 
 
 		 783 aa  504  1e-141  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2812  transporter, putative  40.3 
 
 		 804 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.796656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2749  transporter, putative  39.01 
 
 		 804 aa  492  1e-137  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00176897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6781  RND efflux transporter  38.75 
 
 		 799 aa  486  1e-136  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4359  RND efflux transporter  39.44 
 
 		 786 aa  487  1e-136  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6390  transporter, putative  38.92 
 
 		 786 aa  485  1e-135  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.191266  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4865  RND efflux transporter  37.5 
 
 		 786 aa  483  1e-135  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.743305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5040  RND efflux transporter  39.44 
 
 		 786 aa  484  1e-135  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.981854  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5820  RND efflux transporter  39.44 
 
 		 786 aa  484  1e-135  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4435  transporter, putative  38.92 
 
 		 786 aa  481  1e-134  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.565976 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4325  transporter, putative  38.92 
 
 		 786 aa  481  1e-134  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0993317 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2971  RND efflux transporter  38.35 
 
 		 797 aa  477  1e-133  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6840  RND efflux transporter  38.62 
 
 		 786 aa  476  1e-132  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.172281  normal  0.135262 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1350  RND efflux transporter  26.68 
 
 		 790 aa  259  1e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000832069  decreased coverage  0.00000222062 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3230  hypothetical protein  27.79 
 
 		 808 aa  257  6e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2270  putative transport protein  27.88 
 
 		 799 aa  255  3e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0857118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4691  putative transport protein  26.56 
 
 		 797 aa  249  2e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.628482  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3778  putative transport protein  26.62 
 
 		 796 aa  245  1.9999999999999999e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000448082  decreased coverage  0.0000696113 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0943  RND efflux transporter  26.05 
 
 		 791 aa  244  3.9999999999999997e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2467  RND efflux transporter  26.91 
 
 		 792 aa  233  9e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.022945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1155  RND efflux transporter  24.88 
 
 		 830 aa  209  2e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0397  RND efflux transporter  24.39 
 
 		 805 aa  193  1e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0885  RND efflux transporter  24.39 
 
 		 805 aa  193  1e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0582  RND efflux transporter  23.14 
 
 		 805 aa  182  2e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000135299 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0595  RND efflux transporter  23.26 
 
 		 806 aa  182  2.9999999999999997e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.115384  hitchhiker  0.0000495016 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08450  efflux transporter, putative, hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  20.92 
 
 		 764 aa  114  8.000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2986  RND efflux transporter  23.76 
 
 		 1051 aa  106  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.594238  normal  0.491222 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0413  conserved hypothetical protein, membrane  20.53 
 
 		 773 aa  102  2e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0655355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1161  Patched family protein  21.3 
 
 		 831 aa  100  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0581  RND efflux transporter  19.97 
 
 		 788 aa  100  1e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.843516  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05360  predicted exporters of the RND superfamily  20.38 
 
 		 727 aa  97.4  9e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000165826  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3675  membrane protein  19.27 
 
 		 808 aa  95.5  4e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1317  RND efflux transporter  21.8 
 
 		 778 aa  89.7  2e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00469095  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0460  putative exporter of the RND superfamily protein  19.08 
 
 		 806 aa  89.4  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2968  RND efflux transporter  22.69 
 
 		 869 aa  89.7  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2787  transporter, putative  22.54 
 
 		 869 aa  89.4  3e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1805  Patched family protein  22.06 
 
 		 804 aa  87.8  7e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.732433  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2229  Patched family protein  21.47 
 
 		 755 aa  86.3  0.000000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.271746  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04040  hypothetical protein  21.39 
 
 		 803 aa  84  0.000000000000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003709  predicted exporter of the RND superfamily  19.49 
 
 		 792 aa  71.2  0.00000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0610  exporter of the RND superfamily protein-like protein  21.59 
 
 		 807 aa  70.9  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1652  hypothetical protein  19.54 
 
 		 779 aa  69.7  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0699635  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2704  hypothetical protein  26.19 
 
 		 898 aa  67.8  0.0000000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0469  hypothetical protein  19.92 
 
 		 905 aa  64.3  0.00000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0768  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  18.36 
 
 		 747 aa  61.2  0.00000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.53096  normal  0.282667 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1669  hypothetical protein  27.34 
 
 		 388 aa  60.8  0.00000009  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1637  hypothetical protein  25.35 
 
 		 385 aa  60.5  0.0000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0020  Patched family protein  25.32 
 
 		 1359 aa  59.3  0.0000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.637086  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4151  hypothetical protein  19.9 
 
 		 807 aa  59.3  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.735313  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0264  MMPL domain-containing protein  25.9 
 
 		 385 aa  58.9  0.0000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00700265 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>