More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0413 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_1161  Patched family protein  47.17 
 
 		 831 aa  752    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0413  conserved hypothetical protein, membrane  100 
 
 		 773 aa  1579    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0655355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0460  putative exporter of the RND superfamily protein  42.26 
 
 		 806 aa  635    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3675  membrane protein  38.37 
 
 		 808 aa  595  1e-168  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04040  hypothetical protein  40.4 
 
 		 803 aa  550  1e-155  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0581  RND efflux transporter  37.91 
 
 		 788 aa  551  1e-155  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.843516  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1805  Patched family protein  40.29 
 
 		 804 aa  546  1e-154  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.732433  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08450  efflux transporter, putative, hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  23.61 
 
 		 764 aa  218  2.9999999999999998e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0610  exporter of the RND superfamily protein-like protein  24.87 
 
 		 807 aa  203  9e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0392  exporter of the RND superfamily protein-like protein  23.49 
 
 		 837 aa  194  6e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1317  RND efflux transporter  22.7 
 
 		 778 aa  193  9e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00469095  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2229  Patched family protein  23.41 
 
 		 755 aa  187  4e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.271746  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1774  Patched family protein  24.33 
 
 		 815 aa  172  2e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1279  hypothetical protein  23.26 
 
 		 821 aa  168  4e-40  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4151  hypothetical protein  22.63 
 
 		 807 aa  160  9e-38  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.735313  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2200  hypothetical protein  22.79 
 
 		 816 aa  160  1e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1652  hypothetical protein  22.55 
 
 		 779 aa  147  6e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0699635  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3164  hypothetical protein  22.63 
 
 		 784 aa  147  6e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.330305  normal  0.727475 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0677  RND efflux transporter  20.94 
 
 		 811 aa  146  1e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0588  hypothetical protein  22.69 
 
 		 815 aa  146  2e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003709  predicted exporter of the RND superfamily  23.4 
 
 		 792 aa  145  4e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1526  RND efflux transporter  23.16 
 
 		 756 aa  144  5e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2278  transport protein, putative  23.91 
 
 		 835 aa  140  1e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1180  hypothetical protein  21.03 
 
 		 801 aa  139  2e-31  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3230  hypothetical protein  20.81 
 
 		 808 aa  139  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0321  putative integral membrane protein  20.96 
 
 		 813 aa  139  3.0000000000000003e-31  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.322021  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2467  RND efflux transporter  20.57 
 
 		 792 aa  139  3.0000000000000003e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.022945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2477  hypothetical protein  21.92 
 
 		 772 aa  138  5e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0495637  normal  0.0162982 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1941  Patched family protein  21.85 
 
 		 767 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.314196  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0367  putative integral membrane protein  21.15 
 
 		 821 aa  136  9.999999999999999e-31  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.1024  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1350  RND efflux transporter  22.08 
 
 		 790 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000832069  decreased coverage  0.00000222062 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1534  RND superfamily exporter  21.77 
 
 		 787 aa  136  1.9999999999999998e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0360223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1321  RND efflux transporter  20.67 
 
 		 800 aa  134  5e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4691  putative transport protein  21.17 
 
 		 797 aa  134  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.628482  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0469  hypothetical protein  24.71 
 
 		 905 aa  134  9e-30  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0901  HAE1 family efflux transporter  22.74 
 
 		 752 aa  133  1.0000000000000001e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.395656  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3777  hypothetical protein  21.91 
 
 		 796 aa  131  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2594  hypothetical protein  21.01 
 
 		 771 aa  131  6e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0562  hypothetical protein  23.62 
 
 		 800 aa  130  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.593707  normal  0.20774 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1679  hypothetical protein  20.89 
 
 		 771 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.980542  normal  0.247829 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1754  hypothetical protein  20.89 
 
 		 771 aa  130  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0558079  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1784  hypothetical protein  20.76 
 
 		 771 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.455314  normal  0.263872 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1591  hypothetical protein  21.05 
 
 		 768 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1742  hypothetical protein  20.36 
 
 		 824 aa  129  2.0000000000000002e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00144404  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1281  resistance-nodulation-cell division family transporter  20.72 
 
 		 828 aa  128  5e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.338562  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0077  putative membrane transporter  19.68 
 
 		 797 aa  127  7e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.273508 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2986  RND efflux transporter  21.05 
 
 		 1051 aa  126  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.594238  normal  0.491222 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3429  hypothetical protein  22.01 
 
 		 787 aa  127  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2375  transport protein, putative  22.61 
 
 		 825 aa  125  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3229  hypothetical protein  22.35 
 
 		 794 aa  125  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0514277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1728  hypothetical protein  19.92 
 
 		 769 aa  124  5e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2006  hypothetical protein  20.57 
 
 		 789 aa  124  6e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000691446  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3142  transporter, putative  20.76 
 
 		 799 aa  124  7e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2019  hypothetical protein  21.31 
 
 		 799 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.62058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1701  hypothetical protein  21.57 
 
 		 796 aa  124  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.49055 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1021  exporter of the RND superfamily protein-like protein  22.69 
 
 		 762 aa  123  9.999999999999999e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.119734  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2196  hypothetical protein  21.02 
 
 		 771 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.233357  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2006  RND superfamily exporter  22.26 
 
 		 794 aa  122  1.9999999999999998e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.882933  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1808  hypothetical protein  20.67 
 
 		 767 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1579  hypothetical protein  21.11 
 
 		 799 aa  122  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.69775  normal  0.0697261 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0048  integral membrane protein  21.93 
 
 		 788 aa  121  3.9999999999999996e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2803  hypothetical protein  21.91 
 
 		 772 aa  121  4.9999999999999996e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.929153  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3357  putative integral membrane protein  21.9 
 
 		 872 aa  121  4.9999999999999996e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.42147  normal  0.0868518 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3723  RND efflux transporter  21.18 
 
 		 799 aa  121  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2060  hypothetical protein  22.19 
 
 		 790 aa  120  7e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137629  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0277  hypothetical protein  21.21 
 
 		 823 aa  120  9.999999999999999e-26  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24330  hypothetical protein  22.19 
 
 		 793 aa  120  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.507248  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1551  hypothetical protein  21.05 
 
 		 799 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2061  putative membrane transporter  19.36 
 
 		 796 aa  118  3e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2809  transporter, putative  21.63 
 
 		 821 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0254275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2666  RND efflux transporter  21.76 
 
 		 821 aa  118  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0970775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1447  RND efflux transporter  22.48 
 
 		 820 aa  117  6.9999999999999995e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.751862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1018  MMPL domain-containing protein  23.18 
 
 		 861 aa  117  7.999999999999999e-25  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00165976  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2139  hypothetical protein  20.59 
 
 		 770 aa  117  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.124395 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0540  hypothetical protein  20.62 
 
 		 764 aa  117  1.0000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4267  putative RND superfamily transporter  20.08 
 
 		 789 aa  116  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2275  RND superfamily transporter  18.6 
 
 		 797 aa  116  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.857443  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0943  RND efflux transporter  20.31 
 
 		 791 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0528  RND superfamily transporter  19.94 
 
 		 789 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3579  RND superfamily transporter  19.87 
 
 		 788 aa  116  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.900215  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2434  hypothetical protein  20.26 
 
 		 771 aa  115  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.338411  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1910  hypothetical protein  20.26 
 
 		 771 aa  115  3e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0338156  normal  0.0625477 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2554  hypothetical protein  20.1 
 
 		 771 aa  115  3e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0631379  normal  0.121883 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1269  RND superfamily protein  20.53 
 
 		 748 aa  115  4.0000000000000004e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2001  hypothetical protein  22.15 
 
 		 771 aa  115  4.0000000000000004e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2244  putative transporter  21.33 
 
 		 831 aa  114  7.000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.166877  hitchhiker  0.0000000000000152774 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1376  hypothetical protein  21.53 
 
 		 823 aa  113  1.0000000000000001e-23  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2222  hypothetical protein  20.15 
 
 		 768 aa  113  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2935  Patched family protein  21.03 
 
 		 784 aa  112  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0258  hypothetical protein  22.22 
 
 		 767 aa  111  6e-23  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.467137  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2441  hypothetical protein  20.13 
 
 		 771 aa  111  6e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1565  hypothetical protein  21.4 
 
 		 823 aa  110  1e-22  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2963  putative membrane transporter  19.44 
 
 		 785 aa  110  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.581109 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2127  hypothetical protein  23 
 
 		 816 aa  107  1e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00224294  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2064  RND efflux transporter  21.63 
 
 		 795 aa  105  2e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3150  RND superfamily protein  21.47 
 
 		 755 aa  105  4e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0817693  normal  0.0240782 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1155  RND efflux transporter  21.48 
 
 		 830 aa  103  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4865  RND efflux transporter  20.81 
 
 		 786 aa  103  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.743305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0456  HAE1 family efflux transporter  20.67 
 
 		 752 aa  102  3e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.857513  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1714  RND superfamily transporter  19.23 
 
 		 789 aa  101  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0904131 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>