245 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2787 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2787  transporter, putative  100 
 
 		 869 aa  1774    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2968  RND efflux transporter  99.19 
 
 		 869 aa  1762    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0610  exporter of the RND superfamily protein-like protein  25.77 
 
 		 807 aa  224  4.9999999999999996e-57  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0677  RND efflux transporter  26.19 
 
 		 811 aa  199  2.0000000000000003e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08450  efflux transporter, putative, hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  24.96 
 
 		 764 aa  186  2.0000000000000003e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2986  RND efflux transporter  23.5 
 
 		 1051 aa  180  1e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.594238  normal  0.491222 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2229  Patched family protein  25.11 
 
 		 755 aa  177  8e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.271746  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1774  Patched family protein  22.74 
 
 		 815 aa  174  9e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0540  hypothetical protein  22.98 
 
 		 764 aa  165  3e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0806  hypothetical protein  23.55 
 
 		 1083 aa  153  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.712772  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1321  RND efflux transporter  23.1 
 
 		 800 aa  151  4e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1652  hypothetical protein  22.43 
 
 		 779 aa  149  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0699635  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1317  RND efflux transporter  21.59 
 
 		 778 aa  142  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00469095  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003709  predicted exporter of the RND superfamily  22.5 
 
 		 792 aa  142  3.9999999999999997e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1180  hypothetical protein  24.63 
 
 		 801 aa  140  1e-31  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0392  exporter of the RND superfamily protein-like protein  20.43 
 
 		 837 aa  137  7.000000000000001e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0469  hypothetical protein  28.48 
 
 		 905 aa  135  1.9999999999999998e-30  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0209  Patched family protein  22.86 
 
 		 881 aa  132  2.0000000000000002e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2704  hypothetical protein  26.8 
 
 		 898 aa  129  3e-28  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0258  hypothetical protein  22.56 
 
 		 767 aa  129  3e-28  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.467137  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4691  putative transport protein  21.25 
 
 		 797 aa  115  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.628482  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4151  hypothetical protein  23.37 
 
 		 807 aa  115  4.0000000000000004e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.735313  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3675  membrane protein  21.66 
 
 		 808 aa  114  9e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2270  putative transport protein  22.11 
 
 		 799 aa  110  1e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0857118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0154  RND efflux transporter  21.63 
 
 		 751 aa  109  3e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2200  hypothetical protein  22.8 
 
 		 816 aa  109  3e-22  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1526  RND efflux transporter  20.9 
 
 		 756 aa  107  1e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1940  RND efflux transporter  28.04 
 
 		 877 aa  106  2e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3357  putative integral membrane protein  21.56 
 
 		 872 aa  105  3e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.42147  normal  0.0868518 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2278  transport protein, putative  23.43 
 
 		 835 aa  105  3e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2006  hypothetical protein  20.97 
 
 		 789 aa  104  8e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000691446  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2918  exporter of the RND superfamily protein  23.78 
 
 		 1204 aa  104  9e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0248285  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0958  hypothetical protein  23.25 
 
 		 779 aa  104  9e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.764454  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2139  hypothetical protein  21.95 
 
 		 770 aa  103  9e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.124395 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3777  hypothetical protein  23.19 
 
 		 796 aa  102  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2477  hypothetical protein  21.65 
 
 		 772 aa  102  3e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0495637  normal  0.0162982 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1701  hypothetical protein  23.27 
 
 		 796 aa  101  5e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.49055 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1941  Patched family protein  21.88 
 
 		 767 aa  100  9e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.314196  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2467  RND efflux transporter  22.78 
 
 		 792 aa  100  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.022945  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0460  putative exporter of the RND superfamily protein  22.3 
 
 		 806 aa  99  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2375  transport protein, putative  23.1 
 
 		 825 aa  97.8  8e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1161  Patched family protein  21.28 
 
 		 831 aa  97.8  8e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1447  RND efflux transporter  23.27 
 
 		 820 aa  96.7  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.751862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1422  RND efflux transporter  27.14 
 
 		 865 aa  96.7  2e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0501757  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1279  hypothetical protein  20.89 
 
 		 821 aa  95.9  3e-18  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04040  hypothetical protein  23.52 
 
 		 803 aa  95.5  3e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2971  RND efflux transporter  22.95 
 
 		 797 aa  95.5  4e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1742  hypothetical protein  21.42 
 
 		 824 aa  95.5  4e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00144404  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1591  hypothetical protein  22.19 
 
 		 768 aa  94.7  7e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2060  hypothetical protein  23.39 
 
 		 790 aa  94.4  9e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137629  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2809  transporter, putative  23.15 
 
 		 821 aa  94.4  9e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0254275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1155  RND efflux transporter  22.4 
 
 		 830 aa  94  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1117  hypothetical protein  22.6 
 
 		 765 aa  94  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.103936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3142  transporter, putative  21.65 
 
 		 799 aa  92.8  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0943  RND efflux transporter  21.39 
 
 		 791 aa  93.2  2e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24330  hypothetical protein  23.39 
 
 		 793 aa  92.8  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.507248  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2594  hypothetical protein  21.62 
 
 		 771 aa  92  4e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2666  RND efflux transporter  23.53 
 
 		 821 aa  92  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0970775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1784  hypothetical protein  21.94 
 
 		 771 aa  91.3  6e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.455314  normal  0.263872 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4029  RND superfamily transporter, putative  22.39 
 
 		 813 aa  91.3  7e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.622803  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2434  hypothetical protein  20.99 
 
 		 771 aa  90.5  1e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.338411  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1679  hypothetical protein  21.37 
 
 		 771 aa  90.5  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.980542  normal  0.247829 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1754  hypothetical protein  21.37 
 
 		 771 aa  90.5  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0558079  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1910  hypothetical protein  20.99 
 
 		 771 aa  90.5  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0338156  normal  0.0625477 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2554  hypothetical protein  20.99 
 
 		 771 aa  90.1  2e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0631379  normal  0.121883 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6781  RND efflux transporter  21.22 
 
 		 799 aa  90.1  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1579  hypothetical protein  21.77 
 
 		 799 aa  89.7  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.69775  normal  0.0697261 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1728  hypothetical protein  21.96 
 
 		 769 aa  89.7  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4062  RND superfamily transporter, putative  22.59 
 
 		 813 aa  89.4  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1808  hypothetical protein  22.2 
 
 		 767 aa  89.4  3e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0691  hypothetical protein  22.39 
 
 		 805 aa  88.6  5e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0367  putative integral membrane protein  23.74 
 
 		 821 aa  88.2  6e-16  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.1024  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1805  Patched family protein  22.37 
 
 		 804 aa  87  0.000000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.732433  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3164  hypothetical protein  20.83 
 
 		 784 aa  87  0.000000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.330305  normal  0.727475 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3168  exporter of the RND superfamily protein-like protein  19.44 
 
 		 723 aa  87  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.210013  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4346  RND efflux transporter  23.13 
 
 		 786 aa  87  0.000000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.312397  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2019  hypothetical protein  22.04 
 
 		 799 aa  86.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.62058  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3778  putative transport protein  20.51 
 
 		 796 aa  85.9  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000448082  decreased coverage  0.0000696113 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2441  hypothetical protein  20.81 
 
 		 771 aa  85.9  0.000000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4865  RND efflux transporter  21.03 
 
 		 786 aa  86.3  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.743305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3723  RND efflux transporter  22.04 
 
 		 799 aa  85.1  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5040  RND efflux transporter  21.86 
 
 		 786 aa  85.1  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.981854  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5820  RND efflux transporter  21.86 
 
 		 786 aa  85.1  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2812  transporter, putative  22.17 
 
 		 804 aa  84.7  0.000000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.796656  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1350  RND efflux transporter  20 
 
 		 790 aa  84.7  0.000000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000832069  decreased coverage  0.00000222062 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3922  RND superfamily transporter  21.88 
 
 		 809 aa  84.7  0.000000000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1281  resistance-nodulation-cell division family transporter  21.3 
 
 		 828 aa  84.7  0.000000000000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.338562  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2165  transporter, putative  22.42 
 
 		 808 aa  84  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.119631 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2006  RND superfamily exporter  21.47 
 
 		 794 aa  83.6  0.00000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.882933  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3229  hypothetical protein  22.05 
 
 		 794 aa  84  0.00000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0514277  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4435  transporter, putative  20.74 
 
 		 786 aa  84  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.565976 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4325  transporter, putative  20.74 
 
 		 786 aa  84  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0993317 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1018  MMPL domain-containing protein  25.44 
 
 		 861 aa  83.6  0.00000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00165976  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2935  Patched family protein  22.17 
 
 		 784 aa  83.2  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1534  RND superfamily exporter  20.55 
 
 		 787 aa  82.8  0.00000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0360223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4359  RND efflux transporter  21.89 
 
 		 786 aa  83.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1486  RND efflux transporter  24.09 
 
 		 694 aa  83.6  0.00000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0030427  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2744  RND efflux transporter  25.41 
 
 		 860 aa  83.2  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343287  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1551  hypothetical protein  21.71 
 
 		 799 aa  82.4  0.00000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1021  exporter of the RND superfamily protein-like protein  22.45 
 
 		 762 aa  82.4  0.00000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.119734  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>