171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1021 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_1021  exporter of the RND superfamily protein-like protein  100 
 
 
762 aa  1559    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.119734  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3300  exporter of the RND superfamily protein-like protein  29.9 
 
 
967 aa  257  5e-67  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.107727  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2229  Patched family protein  23.82 
 
 
755 aa  163  9e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.271746  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3675  membrane protein  21.59 
 
 
808 aa  144  6e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1526  RND efflux transporter  24.88 
 
 
756 aa  140  7.999999999999999e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1161  Patched family protein  23.23 
 
 
831 aa  140  8.999999999999999e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1279  hypothetical protein  21.89 
 
 
821 aa  137  8e-31  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1317  RND efflux transporter  23.74 
 
 
778 aa  136  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00469095  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2278  transport protein, putative  22.7 
 
 
835 aa  131  6e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0632  RND efflux transporter  25.21 
 
 
763 aa  128  3e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.510967  normal  0.17381 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0562  hypothetical protein  23.96 
 
 
800 aa  126  1e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.593707  normal  0.20774 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2200  hypothetical protein  22.56 
 
 
816 aa  124  8e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0413  conserved hypothetical protein, membrane  22.16 
 
 
773 aa  121  3.9999999999999996e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0655355  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0460  putative exporter of the RND superfamily protein  22.03 
 
 
806 aa  119  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0367  putative integral membrane protein  21.95 
 
 
821 aa  119  3e-25  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.1024  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0277  hypothetical protein  22.37 
 
 
823 aa  117  6.9999999999999995e-25  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2375  transport protein, putative  23.4 
 
 
825 aa  117  7.999999999999999e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1281  resistance-nodulation-cell division family transporter  22.51 
 
 
828 aa  117  8.999999999999998e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.338562  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1321  RND efflux transporter  24.06 
 
 
800 aa  116  1.0000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4151  hypothetical protein  23.32 
 
 
807 aa  115  3e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.735313  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1774  Patched family protein  22.12 
 
 
815 aa  114  5e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0392  exporter of the RND superfamily protein-like protein  21.88 
 
 
837 aa  114  6e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0154  RND efflux transporter  25.93 
 
 
751 aa  111  5e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08450  efflux transporter, putative, hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  20.87 
 
 
764 aa  111  5e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1376  hypothetical protein  22.01 
 
 
823 aa  111  6e-23  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1565  hypothetical protein  22.01 
 
 
823 aa  110  7.000000000000001e-23  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003709  predicted exporter of the RND superfamily  22.99 
 
 
792 aa  110  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1742  hypothetical protein  21.64 
 
 
824 aa  108  3e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00144404  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0321  putative integral membrane protein  22.78 
 
 
813 aa  105  2e-21  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.322021  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4267  putative RND superfamily transporter  22.44 
 
 
789 aa  105  3e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3579  RND superfamily transporter  21.93 
 
 
788 aa  104  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.900215  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0048  integral membrane protein  24.21 
 
 
788 aa  104  6e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0540  hypothetical protein  25.71 
 
 
764 aa  103  1e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0588  hypothetical protein  21.05 
 
 
815 aa  103  1e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0581  RND efflux transporter  21.15 
 
 
788 aa  100  7e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.843516  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1714  RND superfamily transporter  22.63 
 
 
789 aa  99.8  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0904131 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1805  Patched family protein  22.68 
 
 
804 aa  98.2  5e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.732433  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1720  RND superfamily transporter  21.41 
 
 
788 aa  97.1  1e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.362573  normal  0.170717 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0610  exporter of the RND superfamily protein-like protein  22.98 
 
 
807 aa  95.1  4e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2963  putative membrane transporter  20.16 
 
 
785 aa  89.7  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.581109 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1519  putative integral membrane protein  32.26 
 
 
859 aa  88.6  4e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.430265  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0958  hypothetical protein  20.19 
 
 
779 aa  86.7  0.000000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.764454  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1652  hypothetical protein  23.32 
 
 
779 aa  86.7  0.000000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0699635  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2275  RND superfamily transporter  20.89 
 
 
797 aa  85.9  0.000000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.857443  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0677  RND efflux transporter  21.88 
 
 
811 aa  86.7  0.000000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3357  putative integral membrane protein  27.31 
 
 
872 aa  85.5  0.000000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.42147  normal  0.0868518 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1152  RND efflux transporter  21.93 
 
 
692 aa  83.2  0.00000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0148359  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0077  putative membrane transporter  21.65 
 
 
797 aa  82  0.00000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.273508 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2061  putative membrane transporter  22.09 
 
 
796 aa  81.3  0.00000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2562  RND efflux transporter  24.49 
 
 
697 aa  80.5  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.143404  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1180  hypothetical protein  22.51 
 
 
801 aa  75.1  0.000000000004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1486  RND efflux transporter  21.48 
 
 
694 aa  75.5  0.000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0030427  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0572  hypothetical protein  22.51 
 
 
385 aa  75.1  0.000000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.67085  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2688  RND superfamily transporter  21.02 
 
 
787 aa  73.6  0.00000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1637  hypothetical protein  22.78 
 
 
385 aa  73.6  0.00000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0264  MMPL domain-containing protein  22.55 
 
 
385 aa  72.4  0.00000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.00700265 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2704  hypothetical protein  27.17 
 
 
898 aa  71.6  0.00000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2968  RND efflux transporter  21.23 
 
 
869 aa  71.6  0.00000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2787  transporter, putative  21.23 
 
 
869 aa  70.5  0.0000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2935  Patched family protein  21.65 
 
 
784 aa  68.6  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3183  exporter of the RND superfamily protein-like protein  20.96 
 
 
717 aa  67.8  0.0000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2006  hypothetical protein  20.53 
 
 
789 aa  67.4  0.0000000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000691446  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0469  hypothetical protein  28.1 
 
 
905 aa  66.6  0.000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0258  hypothetical protein  19.41 
 
 
767 aa  66.6  0.000000002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.467137  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3091  exporter of the RND superfamily protein-like protein  27.7 
 
 
776 aa  66.2  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114197  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1525  hypothetical protein  20.44 
 
 
694 aa  65.5  0.000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05360  predicted exporters of the RND superfamily  23.4 
 
 
727 aa  65.5  0.000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000165826  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0528  RND superfamily transporter  21.08 
 
 
789 aa  64.7  0.000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.760184 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1056  efflux transporter, , hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  21.26 
 
 
756 aa  63.9  0.000000009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0557741  normal  0.21545 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3229  hypothetical protein  20.4 
 
 
794 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0514277  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1117  hypothetical protein  24.3 
 
 
765 aa  63.9  0.00000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.103936  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1018  MMPL domain-containing protein  21.19 
 
 
861 aa  63.9  0.00000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00165976  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1297  hypothetical protein  23.39 
 
 
380 aa  63.9  0.00000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0768  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  20.92 
 
 
747 aa  63.2  0.00000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.53096  normal  0.282667 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1579  hypothetical protein  21.29 
 
 
799 aa  62  0.00000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.69775  normal  0.0697261 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0901  HAE1 family efflux transporter  21.93 
 
 
752 aa  62  0.00000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.395656  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1669  hypothetical protein  22.34 
 
 
388 aa  61.6  0.00000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4254  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  25.23 
 
 
868 aa  61.2  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0797101  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1269  RND superfamily protein  19.84 
 
 
748 aa  61.2  0.00000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2744  RND efflux transporter  23.86 
 
 
860 aa  60.8  0.00000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343287  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04040  hypothetical protein  32.67 
 
 
803 aa  60.5  0.0000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0766  hypothetical protein  20.88 
 
 
689 aa  60.1  0.0000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.71633  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2270  putative transport protein  24.13 
 
 
799 aa  59.7  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0857118  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0020  Patched family protein  22.16 
 
 
1359 aa  59.3  0.0000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.637086  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0819  antibiotic ABC transporter, permease protein  19.09 
 
 
695 aa  58.9  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.23648  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0297  hypothetical protein  22.7 
 
 
387 aa  58.9  0.0000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.981573  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1727  hypothetical protein  22.22 
 
 
862 aa  58.9  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0492721 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0209  Patched family protein  23.48 
 
 
881 aa  58.5  0.0000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1422  RND efflux transporter  25.28 
 
 
865 aa  57.8  0.0000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0501757  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2819  putative rRNA methylase  22.41 
 
 
1128 aa  57.8  0.0000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000245096  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2558  hypothetical protein  19.65 
 
 
890 aa  57.8  0.0000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.808467  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4691  putative transport protein  23.28 
 
 
797 aa  57.4  0.0000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.628482  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3246  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  24.04 
 
 
882 aa  57.4  0.0000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.689074 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0222  efflux transporter, , hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  21.27 
 
 
746 aa  57.4  0.000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1194  hypothetical protein  26.83 
 
 
832 aa  56.2  0.000002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  unclonable  0.0000134903  hitchhiker  0.0000145799 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0109  hypothetical protein  21.08 
 
 
674 aa  56.2  0.000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4905  hypothetical protein  25 
 
 
877 aa  55.8  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35717  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3767  hopanoid biosynthesis associated RND transporter like protein HpnN  23.8 
 
 
882 aa  55.5  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.919255  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1701  hypothetical protein  19.85 
 
 
796 aa  55.5  0.000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.49055 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4166  putative transporter  23.67 
 
 
908 aa  55.1  0.000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.90663  normal  0.139004 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>