298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0562 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0562  hypothetical protein  100 
 
 		 800 aa  1622    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.593707  normal  0.20774 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4151  hypothetical protein  47.31 
 
 		 807 aa  774    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.735313  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2278  transport protein, putative  34.16 
 
 		 835 aa  471  1.0000000000000001e-131  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2375  transport protein, putative  31.52 
 
 		 825 aa  431  1e-119  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1742  hypothetical protein  31.94 
 
 		 824 aa  416  9.999999999999999e-116  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00144404  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2200  hypothetical protein  29.63 
 
 		 816 aa  410  1e-113  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0588  hypothetical protein  30.36 
 
 		 815 aa  409  1.0000000000000001e-112  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0367  putative integral membrane protein  30.25 
 
 		 821 aa  403  1e-111  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.1024  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3357  putative integral membrane protein  29.55 
 
 		 872 aa  400  9.999999999999999e-111  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.42147  normal  0.0868518 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1279  hypothetical protein  30.56 
 
 		 821 aa  393  1e-108  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0321  putative integral membrane protein  30.4 
 
 		 813 aa  386  1e-105  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.322021  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1281  resistance-nodulation-cell division family transporter  29.96 
 
 		 828 aa  370  1e-101  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.338562  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0277  hypothetical protein  31.76 
 
 		 823 aa  369  1e-100  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1376  hypothetical protein  31.5 
 
 		 823 aa  364  4e-99  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1565  hypothetical protein  31.23 
 
 		 823 aa  361  3e-98  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1519  putative integral membrane protein  29.35 
 
 		 859 aa  246  9e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.430265  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2229  Patched family protein  24.45 
 
 		 755 aa  182  2.9999999999999997e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.271746  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0048  integral membrane protein  23.45 
 
 		 788 aa  164  4.0000000000000004e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3675  membrane protein  24.44 
 
 		 808 aa  159  2e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0460  putative exporter of the RND superfamily protein  22.42 
 
 		 806 aa  158  4e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1317  RND efflux transporter  22.38 
 
 		 778 aa  157  7e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00469095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0392  exporter of the RND superfamily protein-like protein  23.42 
 
 		 837 aa  155  2e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0581  RND efflux transporter  22.66 
 
 		 788 aa  147  8.000000000000001e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.843516  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0610  exporter of the RND superfamily protein-like protein  22.19 
 
 		 807 aa  144  4e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08450  efflux transporter, putative, hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  23.42 
 
 		 764 aa  142  1.9999999999999998e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1774  Patched family protein  22.01 
 
 		 815 aa  139  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0413  conserved hypothetical protein, membrane  23.33 
 
 		 773 aa  138  3.0000000000000003e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0655355  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1161  Patched family protein  22.19 
 
 		 831 aa  138  4e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0258  hypothetical protein  25 
 
 		 767 aa  130  8.000000000000001e-29  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.467137  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1805  Patched family protein  21.73 
 
 		 804 aa  130  1.0000000000000001e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.732433  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04040  hypothetical protein  23.47 
 
 		 803 aa  128  3e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003709  predicted exporter of the RND superfamily  21.22 
 
 		 792 aa  120  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2986  RND efflux transporter  22.38 
 
 		 1051 aa  120  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.594238  normal  0.491222 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0677  RND efflux transporter  22.35 
 
 		 811 aa  118  5e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1021  exporter of the RND superfamily protein-like protein  22.78 
 
 		 762 aa  117  6e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.119734  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3300  exporter of the RND superfamily protein-like protein  22.54 
 
 		 967 aa  117  1.0000000000000001e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.107727  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1526  RND efflux transporter  22.54 
 
 		 756 aa  112  3e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0154  RND efflux transporter  24.38 
 
 		 751 aa  110  1e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2006  hypothetical protein  24.29 
 
 		 789 aa  108  3e-22  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000691446  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0867  HAE1 family efflux transporter  24.55 
 
 		 778 aa  106  2e-21  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0632  RND efflux transporter  25.65 
 
 		 763 aa  102  3e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.510967  normal  0.17381 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1652  hypothetical protein  22.43 
 
 		 779 aa  102  4e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0699635  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0691  hypothetical protein  22.47 
 
 		 805 aa  101  5e-20  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1321  RND efflux transporter  20.84 
 
 		 800 aa  100  7e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0469  hypothetical protein  23.11 
 
 		 905 aa  100  1e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1180  hypothetical protein  21.39 
 
 		 801 aa  95.9  3e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2275  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  23.04 
 
 		 812 aa  95.5  4e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0590834  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3168  exporter of the RND superfamily protein-like protein  24.6 
 
 		 723 aa  92.8  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.210013  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0540  hypothetical protein  21.29 
 
 		 764 aa  92.4  3e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0806  hypothetical protein  23.62 
 
 		 1083 aa  91.3  7e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.712772  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2968  RND efflux transporter  20.15 
 
 		 869 aa  89.4  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2704  hypothetical protein  24.61 
 
 		 898 aa  89  3e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2275  RND superfamily transporter  21.73 
 
 		 797 aa  89  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.857443  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2787  transporter, putative  20 
 
 		 869 aa  87.8  7e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2061  putative membrane transporter  21.11 
 
 		 796 aa  86.7  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0768  hydrophobe/amphiphile efflux-3 HAE3  21.06 
 
 		 747 aa  84  0.00000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.53096  normal  0.282667 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0077  putative membrane transporter  20.77 
 
 		 797 aa  83.6  0.00000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.273508 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1668  Patched family protein  21.41 
 
 		 842 aa  83.6  0.00000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2918  exporter of the RND superfamily protein  22.35 
 
 		 1204 aa  83.2  0.00000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0248285  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3150  RND superfamily protein  22.11 
 
 		 755 aa  83.2  0.00000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0817693  normal  0.0240782 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05360  predicted exporters of the RND superfamily  20.53 
 
 		 727 aa  82.4  0.00000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000165826  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4267  putative RND superfamily transporter  20.9 
 
 		 789 aa  82  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4897  hypothetical protein  22.52 
 
 		 864 aa  79.7  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2467  RND efflux transporter  20.74 
 
 		 792 aa  79  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.022945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1486  RND efflux transporter  21.09 
 
 		 694 aa  78.2  0.0000000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0030427  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0020  Patched family protein  22.3 
 
 		 1359 aa  77  0.000000000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.637086  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3091  exporter of the RND superfamily protein-like protein  29.02 
 
 		 776 aa  76.3  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1525  hypothetical protein  22.48 
 
 		 694 aa  76.6  0.000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3183  exporter of the RND superfamily protein-like protein  26.86 
 
 		 717 aa  76.3  0.000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1018  MMPL domain-containing protein  24.18 
 
 		 861 aa  75.9  0.000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00165976  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1714  RND superfamily transporter  23.96 
 
 		 789 aa  75.5  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0904131 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1297  hypothetical protein  24.44 
 
 		 380 aa  74.7  0.000000000006  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3579  RND superfamily transporter  25.4 
 
 		 788 aa  74.3  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.900215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4691  putative transport protein  19.6 
 
 		 797 aa  73.9  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.628482  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1669  hypothetical protein  23.45 
 
 		 388 aa  73.6  0.00000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1056  efflux transporter, , hydrophobe/amphiphile efflux-3 (HAE3) family  22.3 
 
 		 756 aa  73.9  0.00000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0557741  normal  0.21545 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1701  hypothetical protein  21.79 
 
 		 796 aa  73.2  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.49055 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1350  RND efflux transporter  20.67 
 
 		 790 aa  73.2  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000000832069  decreased coverage  0.00000222062 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2562  RND efflux transporter  22.56 
 
 		 697 aa  72.8  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.143404  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2935  Patched family protein  22.31 
 
 		 784 aa  72.8  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2681  hypothetical protein  23.25 
 
 		 879 aa  72.8  0.00000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.43238 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2744  RND efflux transporter  22.61 
 
 		 860 aa  72.4  0.00000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0456  HAE1 family efflux transporter  20.24 
 
 		 752 aa  72.4  0.00000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.857513  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3778  putative transport protein  21.03 
 
 		 796 aa  71.2  0.00000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000448082  decreased coverage  0.0000696113 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0209  Patched family protein  23.96 
 
 		 881 aa  70.9  0.00000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0943  RND efflux transporter  20.5 
 
 		 791 aa  70.9  0.00000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2865  Patched family protein  25.43 
 
 		 1011 aa  70.5  0.0000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1695  exporter of the RND superfamily protein-like protein  21.79 
 
 		 782 aa  69.7  0.0000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2963  putative membrane transporter  19.85 
 
 		 785 aa  69.7  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.581109 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0572  hypothetical protein  21.32 
 
 		 385 aa  69.7  0.0000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.67085  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3229  hypothetical protein  21.71 
 
 		 794 aa  70.1  0.0000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0514277  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1720  RND superfamily transporter  24.68 
 
 		 788 aa  69.3  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.362573  normal  0.170717 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0264  MMPL domain-containing protein  23.27 
 
 		 385 aa  69.7  0.0000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00700265 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3164  hypothetical protein  21.18 
 
 		 784 aa  68.9  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.330305  normal  0.727475 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0456  hypothetical protein  22.09 
 
 		 849 aa  68.2  0.0000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.897508  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3777  hypothetical protein  21.07 
 
 		 796 aa  67.8  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1342  putative transporter  22.43 
 
 		 730 aa  67.8  0.0000000009  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.487554  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4002  putative transporter  22.09 
 
 		 730 aa  66.6  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000986471 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1206  MmpL family protein  21.76 
 
 		 730 aa  65.9  0.000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0860  Patched family protein  26.29 
 
 		 1131 aa  65.5  0.000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>