More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PHATRDRAFT_12384 on replicon NC_011676
Organism: Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011676  PHATRDRAFT_12384  predicted protein  100 
 
 
231 aa  474  1e-133  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_72127  predicted protein  38.31 
 
 
390 aa  161  7e-39  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.585913  normal 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_86671  predicted protein  42.5 
 
 
345 aa  156  2e-37  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.658611 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02967  tRNA dihydrouridine synthase (Smm1), putative (AFU_orthologue; AFUA_3G08390)  35.41 
 
 
437 aa  145  6e-34  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0155731  normal  0.608816 
 
 
-
 
NC_006687  CNE02870  conserved hypothetical protein  37.55 
 
 
496 aa  135  4e-31  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_33532  dihydrouridine synthase  31.86 
 
 
369 aa  119  3e-26  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.056699  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  35.56 
 
 
333 aa  118  9.999999999999999e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_3755  predicted protein  33.19 
 
 
307 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.278 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0374  dihydrouridine synthase, DuS  34.65 
 
 
295 aa  112  3e-24  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.918331  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  35.19 
 
 
326 aa  107  2e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  35.19 
 
 
326 aa  107  2e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.63 
 
 
347 aa  106  3e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA04140  tRNA dihydrouridine synthase, putative  37.14 
 
 
610 aa  105  6e-22  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.663253  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.03 
 
 
348 aa  103  2e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_58121  predicted protein  29.24 
 
 
415 aa  103  3e-21  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.17 
 
 
354 aa  102  4e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  33.19 
 
 
347 aa  102  7e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.44 
 
 
352 aa  101  9e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.36 
 
 
357 aa  99.8  3e-20  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.91 
 
 
328 aa  98.6  7e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.34 
 
 
326 aa  98.6  8e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  31.49 
 
 
320 aa  97.8  1e-19  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  34.48 
 
 
319 aa  97.4  2e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  31.9 
 
 
324 aa  96.3  3e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.19 
 
 
330 aa  95.9  4e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.44 
 
 
346 aa  95.9  5e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.2 
 
 
320 aa  95.5  7e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0441  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.19 
 
 
320 aa  94.7  9e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.69 
 
 
354 aa  94.7  9e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.96 
 
 
321 aa  94.4  1e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  33.48 
 
 
325 aa  94.7  1e-18  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  33.48 
 
 
322 aa  94.4  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.57 
 
 
345 aa  94.7  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.13 
 
 
327 aa  94.4  2e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  30.13 
 
 
333 aa  93.2  3e-18  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  28.02 
 
 
333 aa  93.2  3e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1003  hypothetical protein  32.9 
 
 
323 aa  93.2  3e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2154  dihydrouridine synthase, DuS  32.47 
 
 
318 aa  93.2  3e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.000009638  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0368  dihydrouridine synthase DuS  29.82 
 
 
322 aa  92.4  5e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  32.47 
 
 
308 aa  92.8  5e-18  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_3015  predicted protein  30.67 
 
 
233 aa  92  6e-18  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.420944  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1169  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.91 
 
 
318 aa  92.4  6e-18  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.2 
 
 
324 aa  92  7e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_011692  PHATRDRAFT_4048  predicted protein  33.05 
 
 
229 aa  90.9  1e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.413268  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.18 
 
 
338 aa  91.3  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  30.9 
 
 
335 aa  90.9  1e-17  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.47 
 
 
343 aa  90.9  1e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1088  nifR3 family TIM-barrel protein  33.63 
 
 
337 aa  90.9  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.267708  normal 
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_4049  predicted protein  33.05 
 
 
229 aa  90.9  1e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0150728  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  32.76 
 
 
347 aa  90.9  1e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  32.47 
 
 
343 aa  90.9  2e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.74 
 
 
333 aa  90.5  2e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.06 
 
 
322 aa  90.5  2e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  29 
 
 
347 aa  90.1  3e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.33 
 
 
358 aa  89.4  4e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.26 
 
 
329 aa  89.4  4e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.47 
 
 
321 aa  89.4  4e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6005  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.74 
 
 
348 aa  89.4  5e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.46 
 
 
330 aa  89  5e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  31.33 
 
 
341 aa  89.4  5e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0851  NifR3 family TIM-barrel protein  30.4 
 
 
306 aa  89  6e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.256251  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0828  nifR3 family TIM-barrel protein  30.4 
 
 
306 aa  89  6e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00297059  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  33.9 
 
 
330 aa  88.6  7e-17  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.73 
 
 
315 aa  88.6  8e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  32.62 
 
 
325 aa  87.8  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  33.19 
 
 
332 aa  87.8  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  31.14 
 
 
318 aa  87.8  1e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  32.77 
 
 
352 aa  87.4  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.89 
 
 
353 aa  87.4  2e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  31.6 
 
 
347 aa  87.4  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.59 
 
 
350 aa  87.4  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  29.57 
 
 
329 aa  87  2e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.26 
 
 
321 aa  86.7  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  32.48 
 
 
336 aa  86.3  3e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2936  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.06 
 
 
342 aa  86.7  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.123806  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.26 
 
 
327 aa  86.7  3e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.44 
 
 
333 aa  86.7  3e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_4121  predicted protein  31.03 
 
 
287 aa  86.7  3e-16  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.381062 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  26.52 
 
 
326 aa  86.3  4e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.9 
 
 
351 aa  86.3  4e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2246  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.63 
 
 
330 aa  85.9  5e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.3377  normal  0.126861 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  31.25 
 
 
331 aa  85.9  5e-16  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.19 
 
 
332 aa  85.5  6e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  31.84 
 
 
333 aa  85.1  7e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00956  dihydrouridine synthase family protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G16550)  32.02 
 
 
563 aa  84.3  0.000000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.89496 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.26 
 
 
329 aa  84.7  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  31.47 
 
 
388 aa  84.7  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1528  dihydrouridine synthase DuS  29.18 
 
 
301 aa  84.7  0.000000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000383307  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.67 
 
 
351 aa  84.3  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  30.53 
 
 
317 aa  84.7  0.000000000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  31.49 
 
 
334 aa  84.3  0.000000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.64 
 
 
337 aa  84  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  31.58 
 
 
332 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  31.58 
 
 
332 aa  83.6  0.000000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  31.58 
 
 
332 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  31.58 
 
 
332 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.04 
 
 
325 aa  84  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  31.58 
 
 
332 aa  83.6  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  32.03 
 
 
349 aa  84.3  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  31.3 
 
 
332 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>