More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PHATRDRAFT_3015 on replicon NC_011675
Organism: Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011675  PHATRDRAFT_3015  predicted protein  100 
 
 		 233 aa  478  1e-134  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.420944  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_3755  predicted protein  47.01 
 
 		 307 aa  211  5.999999999999999e-54  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.278 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_58121  predicted protein  40.34 
 
 		 415 aa  191  1e-47  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00956  dihydrouridine synthase family protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G16550)  40.86 
 
 		 563 aa  187  1e-46  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.89496 
 
 
-
 
NC_006670  CNA04140  tRNA dihydrouridine synthase, putative  37 
 
 		 610 aa  174  9.999999999999999e-43  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.663253  n/a   
 
 
-
 
NC_011692  PHATRDRAFT_4048  predicted protein  38.91 
 
 		 229 aa  144  9e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.413268  n/a   
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_4049  predicted protein  38.91 
 
 		 229 aa  144  9e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0150728  n/a   
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_23375  predicted protein  36.4 
 
 		 323 aa  144  1e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.0000883702  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_33532  dihydrouridine synthase  34.75 
 
 		 369 aa  144  2e-33  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.056699  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.32 
 
 		 352 aa  121  9e-27  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0018  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.89 
 
 		 335 aa  118  7e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.380372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  33.62 
 
 		 347 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1003  hypothetical protein  31.76 
 
 		 323 aa  114  8.999999999999998e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.05 
 
 		 357 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2154  dihydrouridine synthase, DuS  32.34 
 
 		 318 aa  114  1.0000000000000001e-24  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.000009638  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA02240  conserved hypothetical protein  30.51 
 
 		 407 aa  113  3e-24  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.12016  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.47 
 
 		 329 aa  113  3e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.89 
 
 		 329 aa  112  5e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.75 
 
 		 345 aa  112  6e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.77 
 
 		 354 aa  112  7.000000000000001e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  31.06 
 
 		 325 aa  110  2.0000000000000002e-23  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.68 
 
 		 315 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.91 
 
 		 327 aa  110  2.0000000000000002e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.62 
 
 		 348 aa  110  3e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.33 
 
 		 324 aa  110  3e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1088  nifR3 family TIM-barrel protein  35.16 
 
 		 337 aa  109  4.0000000000000004e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.267708  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.33 
 
 		 354 aa  108  5e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.19 
 
 		 350 aa  108  6e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.78 
 
 		 338 aa  108  8.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.62 
 
 		 326 aa  108  8.000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  35 
 
 		 332 aa  108  9.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.91 
 
 		 347 aa  107  1e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  32.91 
 
 		 332 aa  107  1e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  33.76 
 
 		 335 aa  107  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  29 
 
 		 320 aa  107  2e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0818  hypothetical protein  34.18 
 
 		 327 aa  107  2e-22  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.540115 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.9 
 
 		 347 aa  106  3e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.33 
 
 		 335 aa  106  3e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  31.2 
 
 		 327 aa  105  4e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  31.03 
 
 		 325 aa  105  5e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  31.33 
 
 		 330 aa  105  6e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  33.76 
 
 		 335 aa  105  6e-22  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  31.76 
 
 		 333 aa  104  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  33.48 
 
 		 347 aa  104  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  30.9 
 
 		 332 aa  104  1e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  32.76 
 
 		 334 aa  104  1e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  31.49 
 
 		 335 aa  104  1e-21  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.2 
 
 		 352 aa  103  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  30.77 
 
 		 333 aa  103  2e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.47 
 
 		 346 aa  103  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3688  tRNA-dihydrouridine synthase B  32.33 
 
 		 321 aa  103  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.51601  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  33.48 
 
 		 335 aa  103  2e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.33 
 
 		 358 aa  103  2e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.62 
 
 		 327 aa  103  3e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  32.48 
 
 		 351 aa  102  6e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  31.33 
 
 		 337 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  31.33 
 
 		 337 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.48 
 
 		 337 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.05 
 
 		 332 aa  101  1e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.05 
 
 		 333 aa  100  1e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0136  tRNA-dihydrouridine synthase B  31.65 
 
 		 308 aa  100  2e-20  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  33.05 
 
 		 322 aa  100  2e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  31.62 
 
 		 329 aa  100  2e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1077  nitrogen regulation protein Nifr3  33.04 
 
 		 333 aa  99.8  3e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00730813  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0158  tRNA-dihydrouridine synthase B  32.07 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.116258  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0118  tRNA-dihydrouridine synthase B  32.07 
 
 		 308 aa  100  3e-20  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  32.48 
 
 		 343 aa  99.8  3e-20  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.62 
 
 		 330 aa  100  3e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  31.03 
 
 		 337 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  31.2 
 
 		 324 aa  99.8  4e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  31.2 
 
 		 324 aa  99.8  4e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1169  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.88 
 
 		 318 aa  99  5e-20  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1079  dihydrouridine synthase DuS  31.6 
 
 		 328 aa  99  5e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.224362  normal  0.224142 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  32.19 
 
 		 330 aa  99  6e-20  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  30.93 
 
 		 319 aa  99  6e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.77 
 
 		 353 aa  99  6e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  31.2 
 
 		 332 aa  98.6  7e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  31.2 
 
 		 332 aa  98.6  7e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  31.2 
 
 		 332 aa  98.6  8e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  30.9 
 
 		 337 aa  98.6  8e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  31.2 
 
 		 332 aa  98.6  8e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  30.47 
 
 		 332 aa  98.6  8e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  31.2 
 
 		 332 aa  98.6  8e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.9 
 
 		 351 aa  98.2  9e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.05 
 
 		 343 aa  98.2  9e-20  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.33 
 
 		 336 aa  97.8  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.33 
 
 		 336 aa  97.8  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  28.51 
 
 		 331 aa  97.8  1e-19  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1399  nifR3 family TIM-barrel protein  33.48 
 
 		 356 aa  97.8  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372686 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  30.04 
 
 		 332 aa  97.1  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5928  NifR3 family TIM-barrel protein  32.62 
 
 		 358 aa  97.1  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235316  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4864  TIM-barrel protein, putative, NifR3 family  31.33 
 
 		 337 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1528  dihydrouridine synthase DuS  30 
 
 		 301 aa  97.4  2e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000383307  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0851  NifR3 family TIM-barrel protein  30.3 
 
 		 306 aa  97.1  2e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.256251  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0828  nifR3 family TIM-barrel protein  30.3 
 
 		 306 aa  97.1  2e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00297059  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1440  nifR3 family TIM-barrel protein  33.05 
 
 		 356 aa  97.4  2e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0100604  hitchhiker  0.0000369781 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  32.77 
 
 		 327 aa  96.3  3e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0615  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.9 
 
 		 336 aa  96.7  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  29.79 
 
 		 333 aa  96.3  3e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  31.33 
 
 		 321 aa  96.3  3e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>