More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PICST_58121 on replicon NC_009044
Organism: Scheffersomyces stipitis CBS 6054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009044  PICST_58121  predicted protein  100 
 
 
415 aa  871    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA04140  tRNA dihydrouridine synthase, putative  41.97 
 
 
610 aa  303  5.000000000000001e-81  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.663253  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00956  dihydrouridine synthase family protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G16550)  50.33 
 
 
563 aa  297  2e-79  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.89496 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_3755  predicted protein  45.63 
 
 
307 aa  255  1.0000000000000001e-66  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.278 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_3015  predicted protein  40.34 
 
 
233 aa  191  2.9999999999999997e-47  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.420944  n/a   
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_23375  predicted protein  34.6 
 
 
323 aa  149  1.0000000000000001e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.0000883702  n/a   
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_4049  predicted protein  37.61 
 
 
229 aa  137  4e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0150728  n/a   
 
 
-
 
NC_011692  PHATRDRAFT_4048  predicted protein  37.61 
 
 
229 aa  137  4e-31  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.413268  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1003  hypothetical protein  31.27 
 
 
323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_33532  dihydrouridine synthase  33.05 
 
 
369 aa  130  4.0000000000000003e-29  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.056699  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.48 
 
 
320 aa  115  2.0000000000000002e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2154  dihydrouridine synthase, DuS  29.57 
 
 
318 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.000009638  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  29.69 
 
 
325 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  31.47 
 
 
308 aa  112  2.0000000000000002e-23  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  31.09 
 
 
325 aa  111  3e-23  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  32.61 
 
 
324 aa  110  4.0000000000000004e-23  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.2 
 
 
322 aa  109  7.000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.9 
 
 
326 aa  109  9.000000000000001e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.47 
 
 
351 aa  109  1e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.78 
 
 
350 aa  107  3e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  29.61 
 
 
326 aa  107  3e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  29.61 
 
 
326 aa  107  3e-22  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.6 
 
 
357 aa  107  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1525  nifR3 family TIM-barrel protein  32.77 
 
 
320 aa  107  5e-22  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000000166 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  27.24 
 
 
324 aa  106  6e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  32.2 
 
 
319 aa  106  7e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_72127  predicted protein  28.27 
 
 
390 aa  105  1e-21  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.585913  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.33 
 
 
335 aa  104  2e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.26 
 
 
321 aa  104  3e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  33.33 
 
 
342 aa  103  4e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  30.25 
 
 
333 aa  103  5e-21  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.51 
 
 
358 aa  103  5e-21  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  28.28 
 
 
333 aa  103  6e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_12384  predicted protein  29.24 
 
 
231 aa  103  7e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  32.65 
 
 
335 aa  102  9e-21  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.91 
 
 
328 aa  101  2e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  31.2 
 
 
335 aa  101  2e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.74 
 
 
325 aa  101  2e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  31.72 
 
 
334 aa  101  2e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  29.31 
 
 
322 aa  101  3e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6005  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.07 
 
 
348 aa  101  3e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  29.13 
 
 
334 aa  101  3e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.44 
 
 
321 aa  100  4e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0828  nifR3 family TIM-barrel protein  27.51 
 
 
306 aa  100  5e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00297059  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0851  NifR3 family TIM-barrel protein  27.51 
 
 
306 aa  100  5e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.256251  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  28.82 
 
 
347 aa  100  6e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  30.3 
 
 
333 aa  100  6e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  32.9 
 
 
335 aa  99.8  9e-20  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5928  NifR3 family TIM-barrel protein  29.13 
 
 
358 aa  99.8  9e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235316  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.05 
 
 
354 aa  99.8  9e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  29.26 
 
 
347 aa  99.4  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.19 
 
 
337 aa  99  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.25 
 
 
333 aa  98.6  2e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.34 
 
 
332 aa  98.6  2e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  27.11 
 
 
352 aa  97.8  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1088  nifR3 family TIM-barrel protein  29.73 
 
 
337 aa  97.4  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.267708  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6537  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.31 
 
 
357 aa  97.4  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  30.26 
 
 
333 aa  97.1  5e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  28.97 
 
 
336 aa  97.1  5e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.88 
 
 
330 aa  96.7  6e-19  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.75 
 
 
338 aa  96.3  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  32.89 
 
 
351 aa  96.7  8e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.74 
 
 
328 aa  96.3  9e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  31.62 
 
 
323 aa  95.9  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  31.44 
 
 
330 aa  95.9  1e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  27 
 
 
332 aa  96.3  1e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  27.23 
 
 
332 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0800  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.22 
 
 
363 aa  95.5  2e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.873611  normal  0.99103 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  27.66 
 
 
332 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  27 
 
 
324 aa  95.1  2e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  27 
 
 
324 aa  95.1  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  29.74 
 
 
330 aa  95.5  2e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  27.66 
 
 
332 aa  95.1  2e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1399  nifR3 family TIM-barrel protein  31.03 
 
 
356 aa  94.7  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.372686 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  29.13 
 
 
318 aa  95.5  2e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.97 
 
 
333 aa  95.1  2e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  27 
 
 
332 aa  94.7  3e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  27 
 
 
332 aa  94.4  3e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  27 
 
 
332 aa  94.7  3e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  27 
 
 
332 aa  94.7  3e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.04 
 
 
345 aa  94.7  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  27 
 
 
332 aa  94.7  3e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  30.45 
 
 
341 aa  94  4e-18  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.04 
 
 
348 aa  94.4  4e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  29.06 
 
 
332 aa  94  5e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.96 
 
 
327 aa  94  5e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1528  dihydrouridine synthase DuS  27.71 
 
 
301 aa  94  5e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000383307  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  29.71 
 
 
349 aa  93.6  6e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.91 
 
 
352 aa  93.6  6e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.2 
 
 
343 aa  93.6  6e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1669  tRNA-dihydrouridine synthase A  27.12 
 
 
360 aa  92.4  1e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  29.83 
 
 
362 aa  92.4  1e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  31.2 
 
 
343 aa  92.8  1e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.79 
 
 
329 aa  92  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1079  dihydrouridine synthase DuS  26.45 
 
 
328 aa  92.4  1e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.224362  normal  0.224142 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2588  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein NifR3  31.2 
 
 
353 aa  92.4  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.225137  hitchhiker  0.00524476 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2082  dihydrouridine synthase DuS  25.62 
 
 
331 aa  92.4  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.08 
 
 
330 aa  92.4  1e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  29.54 
 
 
332 aa  92.4  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  30.64 
 
 
332 aa  91.7  2e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>