More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PICST_72127 on replicon NC_009044
Organism: Scheffersomyces stipitis CBS 6054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009044  PICST_72127  predicted protein  100 
 
 
390 aa  808    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.585913  normal 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02967  tRNA dihydrouridine synthase (Smm1), putative (AFU_orthologue; AFUA_3G08390)  42.15 
 
 
437 aa  249  6e-65  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0155731  normal  0.608816 
 
 
-
 
NC_006687  CNE02870  conserved hypothetical protein  44.86 
 
 
496 aa  222  7e-57  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_12384  predicted protein  38.31 
 
 
231 aa  161  2e-38  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_86671  predicted protein  34.04 
 
 
345 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.658611 
 
 
-
 
NC_009047  PICST_33532  dihydrouridine synthase  27.78 
 
 
369 aa  108  2e-22  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.056699  normal 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_58121  predicted protein  28.27 
 
 
415 aa  105  1e-21  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006670  CNA02240  conserved hypothetical protein  32.08 
 
 
407 aa  94.7  3e-18  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.12016  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_3755  predicted protein  24.83 
 
 
307 aa  90.5  5e-17  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.278 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2154  dihydrouridine synthase, DuS  29.07 
 
 
318 aa  83.2  0.000000000000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.000009638  n/a   
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_3015  predicted protein  27.91 
 
 
233 aa  82.8  0.000000000000009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.420944  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1003  hypothetical protein  29.64 
 
 
323 aa  82  0.00000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0247  tRNA-dihydrouridine synthase B  26.75 
 
 
306 aa  82.4  0.00000000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.244881  n/a   
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_23375  predicted protein  25.44 
 
 
323 aa  80.9  0.00000000000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.0000883702  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_83606  dihydrouridine synthase of tRNA  25.95 
 
 
613 aa  81.3  0.00000000000003  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.85826  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1635  hypothetical protein  30 
 
 
326 aa  80.5  0.00000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.270741 
 
 
-
 
NC_006670  CNA04140  tRNA dihydrouridine synthase, putative  27.84 
 
 
610 aa  79  0.0000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.663253  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0533  NifR3 family protein  27.56 
 
 
310 aa  78.2  0.0000000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1486  tRNA-dihydrouridine synthase A  27.41 
 
 
331 aa  78.6  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000110774  normal  0.294797 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1290  tRNA-dihydrouridine synthase C  30.34 
 
 
309 aa  77.8  0.0000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000404902  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2152  tRNA-dihydrouridine synthase C  32.45 
 
 
315 aa  77.8  0.0000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2504  tRNA-dihydrouridine synthase C  33.7 
 
 
311 aa  77.8  0.0000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1583  dihydrouridine synthase DuS  30 
 
 
326 aa  77.8  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.018372 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1786  dihydrouridine synthase DuS  25.07 
 
 
315 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000927227 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3192  dihydrouridine synthase, DuS  30.32 
 
 
342 aa  77.4  0.0000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742064  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1303  NifR3/Smm1 family protein  26.06 
 
 
322 aa  77  0.0000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0734085 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  28.8 
 
 
322 aa  76.6  0.0000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  28.29 
 
 
333 aa  76.3  0.0000000000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2859  dihydrouridine synthase, DuS  28.32 
 
 
308 aa  76.6  0.0000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.748261  hitchhiker  0.0000000322781 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1501  dihydrouridine synthase DuS  28.81 
 
 
319 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.944581  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1912  dihydrouridine synthase DuS  30 
 
 
318 aa  76.3  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.402938  normal  0.0330373 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2808  tRNA-dihydrouridine synthase C  33.53 
 
 
312 aa  75.5  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1355  tRNA-dihydrouridine synthase C  33.53 
 
 
314 aa  75.5  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.15198  hitchhiker  0.0054814 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2887  tRNA-dihydrouridine synthase C  33.53 
 
 
314 aa  75.5  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  28.4 
 
 
325 aa  74.7  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  28.04 
 
 
324 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3425  dihydrouridine synthase, DuS  29.08 
 
 
344 aa  74.7  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2242  dihydrouridine synthase, DuS  28.9 
 
 
309 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000197491  hitchhiker  0.000869385 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2414  dihydrouridine synthase, DuS  24.74 
 
 
314 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.127595  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.63 
 
 
328 aa  74.3  0.000000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1351  dihydrouridine synthase, DuS  30.64 
 
 
324 aa  73.9  0.000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3266  tRNA-dihydrouridine synthase C  34.1 
 
 
316 aa  73.9  0.000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0659452 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  25.19 
 
 
324 aa  74.3  0.000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2287  tRNA-dihydrouridine synthase C  34.83 
 
 
315 aa  73.9  0.000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0065633 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2364  tRNA-dihydrouridine synthase C  31.79 
 
 
331 aa  73.6  0.000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2320  tRNA-dihydrouridine synthase C  31.79 
 
 
331 aa  73.6  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  27.24 
 
 
347 aa  73.6  0.000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2521  tRNA-dihydrouridine synthase C  31.79 
 
 
312 aa  73.6  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2413  tRNA-dihydrouridine synthase C  31.79 
 
 
312 aa  73.6  0.000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.167319  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  25.9 
 
 
346 aa  73.6  0.000000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2429  tRNA-dihydrouridine synthase C  34.1 
 
 
315 aa  73.2  0.000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2409  tRNA-dihydrouridine synthase C  31.79 
 
 
312 aa  73.2  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.021708  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  26.74 
 
 
325 aa  73.2  0.000000000009  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1337  tRNA-dihydrouridine synthase C  32.98 
 
 
309 aa  72.8  0.000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02028  hypothetical protein  33.53 
 
 
315 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02069  tRNA-dihydrouridine synthase C  33.53 
 
 
315 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1518  dihydrouridine synthase DuS  33.53 
 
 
315 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2274  tRNA-dihydrouridine synthase C  33.53 
 
 
315 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1508  tRNA-dihydrouridine synthase C  33.53 
 
 
315 aa  72.4  0.00000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  24.02 
 
 
327 aa  72.8  0.00000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0691  dihydrouridine synthase, DuS  29.74 
 
 
340 aa  72.4  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0743  tRNA-dihydrouridine synthase A  28.99 
 
 
362 aa  71.6  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.255199  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.69 
 
 
358 aa  72  0.00000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1255  dihydrouridine synthase, DuS  28.24 
 
 
323 aa  71.6  0.00000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0939064  normal  0.0146388 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1528  dihydrouridine synthase DuS  22.82 
 
 
301 aa  71.6  0.00000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000383307  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2410  tRNA-dihydrouridine synthase C  31.52 
 
 
320 aa  71.6  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.148461  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  26.36 
 
 
321 aa  72  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2338  putative tRNA-dihydrouridine synthase C, DuS  31.76 
 
 
340 aa  72  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135158  normal  0.172582 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5201  dihydrouridine synthase DuS  29.49 
 
 
329 aa  71.6  0.00000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0136  tRNA-dihydrouridine synthase B  26.71 
 
 
308 aa  71.6  0.00000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2928  tRNA-dihydrouridine synthase C  33.7 
 
 
310 aa  72  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34320  tRNA-dihydrouridine synthase C  28.43 
 
 
326 aa  71.2  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0158  tRNA-dihydrouridine synthase B  26.71 
 
 
305 aa  71.2  0.00000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.116258  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2960  tRNA-dihydrouridine synthase A  26.34 
 
 
337 aa  70.9  0.00000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0118  tRNA-dihydrouridine synthase B  26.71 
 
 
308 aa  70.9  0.00000000004  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1177  tRNA-dihydrouridine synthase A  29.44 
 
 
347 aa  70.9  0.00000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1302  dihydrouridine synthase, DuS  31.05 
 
 
318 aa  70.9  0.00000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.905498  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2742  tRNA-dihydrouridine synthase C  32.37 
 
 
310 aa  70.9  0.00000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.212051  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00818  tRNA-dihydrouridine synthase 3 (EC 1.-.-.-) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q5BF62]  26.84 
 
 
714 aa  70.5  0.00000000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2279  dihydrouridine synthase, DuS  26.22 
 
 
314 aa  70.5  0.00000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  26.69 
 
 
320 aa  70.5  0.00000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1669  tRNA-dihydrouridine synthase A  24.15 
 
 
360 aa  70.5  0.00000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2006  NifR3/Smm1 family protein  24.15 
 
 
315 aa  70.1  0.00000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1847  dihydrouridine synthase DuS  27.36 
 
 
340 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323112  normal  0.104761 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2452  dihydrouridine synthase, DuS  24.57 
 
 
315 aa  70.1  0.00000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.334795  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  31.28 
 
 
349 aa  70.1  0.00000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.74 
 
 
355 aa  69.7  0.00000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  29.74 
 
 
355 aa  69.7  0.00000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  29.74 
 
 
355 aa  69.7  0.00000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02933  hypothetical protein  25.58 
 
 
319 aa  68.9  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0937  phosphoribosylamine--glycine ligase  26.03 
 
 
307 aa  68.9  0.0000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  32.58 
 
 
362 aa  68.9  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.74 
 
 
355 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  29.74 
 
 
355 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2261  dihydrouridine synthase, DuS  24.57 
 
 
315 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.214187  normal  0.298412 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1533  tRNA-dihydrouridine synthase C  32.61 
 
 
310 aa  69.3  0.0000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1664  tRNA-dihydrouridine synthase A  25.13 
 
 
357 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  decreased coverage  0.00000128148  normal  0.374359 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  29.74 
 
 
355 aa  69.3  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.87 
 
 
351 aa  68.2  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  28.06 
 
 
332 aa  68.9  0.0000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>