More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1533 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1533  tRNA-dihydrouridine synthase C  100 
 
 		 310 aa  639    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2928  tRNA-dihydrouridine synthase C  97.1 
 
 		 310 aa  625  1e-178  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1337  tRNA-dihydrouridine synthase C  89.58 
 
 		 309 aa  575  1.0000000000000001e-163  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2808  tRNA-dihydrouridine synthase C  87.95 
 
 		 312 aa  564  1e-160  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2887  tRNA-dihydrouridine synthase C  87.95 
 
 		 314 aa  565  1e-160  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1355  tRNA-dihydrouridine synthase C  87.95 
 
 		 314 aa  565  1e-160  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.15198  hitchhiker  0.0054814 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2742  tRNA-dihydrouridine synthase C  87.3 
 
 		 310 aa  563  1.0000000000000001e-159  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.212051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2320  tRNA-dihydrouridine synthase C  85.67 
 
 		 331 aa  561  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2504  tRNA-dihydrouridine synthase C  86.97 
 
 		 311 aa  560  1.0000000000000001e-159  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02069  tRNA-dihydrouridine synthase C  85.34 
 
 		 315 aa  558  1e-158  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1518  dihydrouridine synthase DuS  85.34 
 
 		 315 aa  558  1e-158  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3266  tRNA-dihydrouridine synthase C  85.02 
 
 		 316 aa  558  1e-158  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0659452 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2274  tRNA-dihydrouridine synthase C  85.34 
 
 		 315 aa  558  1e-158  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02028  hypothetical protein  85.34 
 
 		 315 aa  558  1e-158  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2364  tRNA-dihydrouridine synthase C  85.34 
 
 		 331 aa  560  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2409  tRNA-dihydrouridine synthase C  85.34 
 
 		 312 aa  558  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.021708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1508  tRNA-dihydrouridine synthase C  85.34 
 
 		 315 aa  558  1e-158  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2413  tRNA-dihydrouridine synthase C  85.02 
 
 		 312 aa  557  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.167319  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2287  tRNA-dihydrouridine synthase C  84.69 
 
 		 315 aa  556  1e-157  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0065633 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2521  tRNA-dihydrouridine synthase C  85.02 
 
 		 312 aa  557  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2429  tRNA-dihydrouridine synthase C  84.69 
 
 		 315 aa  553  1e-156  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2410  tRNA-dihydrouridine synthase C  85.99 
 
 		 320 aa  545  1e-154  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.148461  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1290  tRNA-dihydrouridine synthase C  65.91 
 
 		 309 aa  436  1e-121  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000404902  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2152  tRNA-dihydrouridine synthase C  60.67 
 
 		 315 aa  397  9.999999999999999e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02933  hypothetical protein  58.31 
 
 		 319 aa  384  1e-105  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002975  tRNA-dihydrouridine synthase C  57.33 
 
 		 319 aa  377  1e-103  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.386043  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1786  dihydrouridine synthase DuS  56.77 
 
 		 315 aa  355  5e-97  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000927227 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02307  NifR3/Smm1 family protein  56.49 
 
 		 312 aa  351  1e-95  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1303  NifR3/Smm1 family protein  57.43 
 
 		 322 aa  343  2e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0734085 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2452  dihydrouridine synthase, DuS  55.02 
 
 		 315 aa  343  2e-93  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.334795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2261  dihydrouridine synthase, DuS  55.02 
 
 		 315 aa  343  2e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.214187  normal  0.298412 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2333  dihydrouridine synthase, DuS  55.02 
 
 		 315 aa  343  2e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.108163  normal  0.0297059 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2309  dihydrouridine synthase, DuS  55.41 
 
 		 317 aa  343  2e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2414  dihydrouridine synthase, DuS  54.72 
 
 		 314 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.127595  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2859  dihydrouridine synthase, DuS  54.46 
 
 		 308 aa  342  4e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.748261  hitchhiker  0.0000000322781 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2242  dihydrouridine synthase, DuS  54.46 
 
 		 309 aa  342  5.999999999999999e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000197491  hitchhiker  0.000869385 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2006  NifR3/Smm1 family protein  54.72 
 
 		 315 aa  340  2e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1501  dihydrouridine synthase DuS  54.72 
 
 		 319 aa  339  2.9999999999999998e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.944581  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0906  NifR3/Smm1 family protein  55.37 
 
 		 310 aa  338  5.9999999999999996e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2697  dihydrouridine synthase DuS  53.75 
 
 		 315 aa  332  4e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0155722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2622  dihydrouridine synthase DuS  53.42 
 
 		 317 aa  332  5e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0113547  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1762  dihydrouridine synthase DuS  53.42 
 
 		 317 aa  332  6e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0181198  normal  0.0110218 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2581  dihydrouridine synthase DuS  53.42 
 
 		 317 aa  332  6e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.601403  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2388  dihydrouridine synthase, DuS  53.42 
 
 		 319 aa  332  6e-90  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0313315  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2915  dihydrouridine synthase, DuS  53.42 
 
 		 310 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2279  dihydrouridine synthase, DuS  48.22 
 
 		 314 aa  308  8e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1302  dihydrouridine synthase, DuS  45.6 
 
 		 318 aa  271  7e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.905498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3192  dihydrouridine synthase, DuS  46.01 
 
 		 342 aa  267  2e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742064  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3779  dihydrouridine synthase, DuS  44.9 
 
 		 323 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.605744 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2003  hypothetical protein  45.19 
 
 		 319 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.265323  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1882  dihydrouridine synthase, DuS  45.08 
 
 		 319 aa  265  5e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1512  dihydrouridine synthase DuS  44.41 
 
 		 323 aa  264  1e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0251677  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1981  NifR3/Smm1 family protein  44.27 
 
 		 323 aa  263  2e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0473795 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2727  dihydrouridine synthase, DuS  43.13 
 
 		 318 aa  263  2e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.165844  normal  0.161387 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23640  hypothetical protein  43.91 
 
 		 319 aa  264  2e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.963568  hitchhiker  0.00882346 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3425  dihydrouridine synthase, DuS  44.19 
 
 		 344 aa  262  4.999999999999999e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1544  dihydrouridine synthase DuS  43.63 
 
 		 323 aa  261  6.999999999999999e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.177604 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1635  hypothetical protein  43.23 
 
 		 326 aa  258  1e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.270741 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1583  dihydrouridine synthase DuS  42.58 
 
 		 326 aa  255  5e-67  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.018372 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2544  dihydrouridine synthase DuS  46.25 
 
 		 338 aa  256  5e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.542055  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2886  dihydrouridine synthase, DuS  43.43 
 
 		 319 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.014767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1057  dihydrouridine synthase, DuS  42.09 
 
 		 325 aa  254  2.0000000000000002e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1255  dihydrouridine synthase, DuS  43.97 
 
 		 323 aa  253  3e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0939064  normal  0.0146388 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2004  tRNA-dihydrouridine synthase  42.63 
 
 		 350 aa  248  7e-65  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1912  dihydrouridine synthase DuS  41.45 
 
 		 318 aa  246  4e-64  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.402938  normal  0.0330373 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1847  dihydrouridine synthase DuS  41.61 
 
 		 340 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323112  normal  0.104761 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2169  dihydrouridine synthase family protein  42.44 
 
 		 317 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.506844  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1304  RecR protein  43.75 
 
 		 318 aa  243  1.9999999999999999e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00113352  normal  0.0322688 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2338  putative tRNA-dihydrouridine synthase C, DuS  40.32 
 
 		 340 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135158  normal  0.172582 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3024  dihydrouridine synthase, DuS  40.79 
 
 		 335 aa  242  5e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167542  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34320  tRNA-dihydrouridine synthase C  45.85 
 
 		 326 aa  241  1e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1351  dihydrouridine synthase, DuS  40.65 
 
 		 324 aa  241  1e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1979  dihydrouridine synthase, DuS  41.53 
 
 		 321 aa  240  2e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.160423 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5201  dihydrouridine synthase DuS  42.36 
 
 		 329 aa  239  5.999999999999999e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2307  dihydrouridine synthase, DuS  42.17 
 
 		 340 aa  237  2e-61  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.936931 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2324  dihydrouridine synthase, DuS  41.1 
 
 		 323 aa  235  6e-61  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2126  dihydrouridine synthase DuS  43.14 
 
 		 339 aa  229  4e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0242432 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0624  tRNA-dihydrouridine synthase C  67.52 
 
 		 158 aa  227  2e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.011604  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1998  dihydrouridine synthase DuS  43.19 
 
 		 336 aa  227  2e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.774292  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0691  dihydrouridine synthase, DuS  44.37 
 
 		 340 aa  216  5e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3625  dihydrouridine synthase DuS  35.6 
 
 		 335 aa  214  1.9999999999999998e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000203836  decreased coverage  0.0000000672077 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0623  hypothetical protein  54.96 
 
 		 157 aa  157  2e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.114513  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  35.56 
 
 		 342 aa  144  1e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  37.66 
 
 		 319 aa  144  2e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.11 
 
 		 357 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.55 
 
 		 335 aa  142  8e-33  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  30.19 
 
 		 335 aa  141  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  31.44 
 
 		 335 aa  138  1e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  31.02 
 
 		 335 aa  138  1e-31  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.94 
 
 		 330 aa  138  1e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.17 
 
 		 350 aa  138  1e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.33 
 
 		 337 aa  137  3.0000000000000003e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  35.65 
 
 		 330 aa  136  5e-31  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  37.74 
 
 		 332 aa  135  9e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.86 
 
 		 351 aa  135  9.999999999999999e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  34.73 
 
 		 334 aa  134  9.999999999999999e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  37.5 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.06 
 
 		 381 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.46 
 
 		 356 aa  133  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0642  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.1 
 
 		 356 aa  133  3e-30  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>