More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CNA02240 on replicon NC_006670
Organism: Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_006670  CNA02240  conserved hypothetical protein  100 
 
 		 407 aa  851    Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.12016  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_33532  dihydrouridine synthase  42.37 
 
 		 369 aa  194  2e-48  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.056699  normal  1 
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_3015  predicted protein  30.51 
 
 		 233 aa  113  6e-24  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.420944  n/a   
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_3755  predicted protein  33.33 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.278 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_86671  predicted protein  32.34 
 
 		 345 aa  98.6  2e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.658611 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_4121  predicted protein  34.46 
 
 		 287 aa  98.2  2e-19  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.381062 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_02967  tRNA dihydrouridine synthase (Smm1), putative (AFU_orthologue; AFUA_3G08390)  28.67 
 
 		 437 aa  97.4  3e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0155731  normal  0.608816 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02069  tRNA-dihydrouridine synthase C  34.13 
 
 		 315 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1518  dihydrouridine synthase DuS  34.13 
 
 		 315 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02028  hypothetical protein  34.13 
 
 		 315 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1508  tRNA-dihydrouridine synthase C  34.13 
 
 		 315 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2274  tRNA-dihydrouridine synthase C  34.13 
 
 		 315 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_72127  predicted protein  32.08 
 
 		 390 aa  94.4  3e-18  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.585913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2429  tRNA-dihydrouridine synthase C  34.13 
 
 		 315 aa  94.4  4e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2287  tRNA-dihydrouridine synthase C  34.13 
 
 		 315 aa  94  4e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0065633 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2300  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.32 
 
 		 351 aa  94  4e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0905985  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.32 
 
 		 352 aa  93.2  8e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3266  tRNA-dihydrouridine synthase C  33.65 
 
 		 316 aa  92.8  9e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0659452 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00956  dihydrouridine synthase family protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_1G16550)  33.72 
 
 		 563 aa  92.8  1e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.89496 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2928  tRNA-dihydrouridine synthase C  32.79 
 
 		 310 aa  92.4  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.71 
 
 		 347 aa  92.4  1e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1533  tRNA-dihydrouridine synthase C  32.79 
 
 		 310 aa  92.8  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.27 
 
 		 354 aa  91.7  2e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1337  tRNA-dihydrouridine synthase C  32.79 
 
 		 309 aa  90.9  4e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  34.12 
 
 		 347 aa  90.5  4e-17  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.91 
 
 		 348 aa  90.5  5e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  32.97 
 
 		 322 aa  90.1  7e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6005  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.24 
 
 		 348 aa  89.4  9e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1528  dihydrouridine synthase DuS  28.12 
 
 		 301 aa  89.4  1e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000383307  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2742  tRNA-dihydrouridine synthase C  33.14 
 
 		 310 aa  89.4  1e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.212051  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1290  tRNA-dihydrouridine synthase C  33.91 
 
 		 309 aa  89  1e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000404902  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0091  dihydrouridine synthase DuS  28.92 
 
 		 305 aa  88.6  2e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1077  nitrogen regulation protein Nifr3  29.41 
 
 		 333 aa  88.6  2e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00730813  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2504  tRNA-dihydrouridine synthase C  32.97 
 
 		 311 aa  88.6  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011691  PHATRDRAFT_23375  predicted protein  28.4 
 
 		 323 aa  88.6  2e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  hitchhiker  0.0000883702  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  34.76 
 
 		 333 aa  87.4  4e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.69 
 
 		 346 aa  87.4  4e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_002620  TC0013  NifR3/Smm1 family protein  31.38 
 
 		 334 aa  87  5e-16  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3192  dihydrouridine synthase, DuS  33.33 
 
 		 342 aa  86.7  6e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742064  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0118  tRNA-dihydrouridine synthase B  30.59 
 
 		 308 aa  86.7  7e-16  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.85 
 
 		 327 aa  86.3  8e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  38.26 
 
 		 388 aa  85.9  0.000000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3024  dihydrouridine synthase, DuS  33.33 
 
 		 335 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167542  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.04 
 
 		 322 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0136  tRNA-dihydrouridine synthase B  30 
 
 		 308 aa  86.3  0.000000000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_58121  predicted protein  31.58 
 
 		 415 aa  84.7  0.000000000000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1355  tRNA-dihydrouridine synthase C  32.57 
 
 		 314 aa  85.1  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.15198  hitchhiker  0.0054814 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2808  tRNA-dihydrouridine synthase C  32.57 
 
 		 312 aa  85.1  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2886  dihydrouridine synthase, DuS  33.55 
 
 		 319 aa  84.7  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.014767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2887  tRNA-dihydrouridine synthase C  32.57 
 
 		 314 aa  85.1  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2544  dihydrouridine synthase DuS  34.5 
 
 		 338 aa  85.1  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.542055  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0158  tRNA-dihydrouridine synthase B  30 
 
 		 305 aa  85.1  0.000000000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.116258  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  29.96 
 
 		 325 aa  84.7  0.000000000000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  34.57 
 
 		 347 aa  84.7  0.000000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  27.73 
 
 		 332 aa  84.3  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2859  dihydrouridine synthase, DuS  32.12 
 
 		 308 aa  84.3  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.748261  hitchhiker  0.0000000322781 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1169  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  27.4 
 
 		 318 aa  84.3  0.000000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3425  dihydrouridine synthase, DuS  33.96 
 
 		 344 aa  84.7  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.15 
 
 		 357 aa  84.7  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_006687  CNE02870  conserved hypothetical protein  26.34 
 
 		 496 aa  84.3  0.000000000000004  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011683  PHATRDRAFT_4049  predicted protein  34.62 
 
 		 229 aa  84  0.000000000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0150728  n/a   
 
 
-
 
NC_011692  PHATRDRAFT_4048  predicted protein  34.62 
 
 		 229 aa  84  0.000000000000004  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.413268  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2410  tRNA-dihydrouridine synthase C  31.11 
 
 		 320 aa  84  0.000000000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.148461  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0828  nifR3 family TIM-barrel protein  29.84 
 
 		 306 aa  84  0.000000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00297059  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0851  NifR3 family TIM-barrel protein  29.84 
 
 		 306 aa  84  0.000000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.256251  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1255  dihydrouridine synthase, DuS  32.74 
 
 		 323 aa  84  0.000000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0939064  normal  0.0146388 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2246  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.93 
 
 		 330 aa  83.6  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.3377  normal  0.126861 
 
 
-
 
NC_004310  BR1119  nitrogen regulation protein Nifr3  29.02 
 
 		 333 aa  84  0.000000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.919164  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1882  dihydrouridine synthase, DuS  35 
 
 		 319 aa  84  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.22 
 
 		 333 aa  83.6  0.000000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  35.23 
 
 		 352 aa  84  0.000000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_011676  PHATRDRAFT_12384  predicted protein  30.73 
 
 		 231 aa  83.6  0.000000000000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0906  NifR3/Smm1 family protein  33.52 
 
 		 310 aa  83.2  0.000000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_31136  predicted protein  35.62 
 
 		 371 aa  83.2  0.000000000000008  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.47 
 
 		 326 aa  83.2  0.000000000000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  36.91 
 
 		 370 aa  83.2  0.000000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  31.11 
 
 		 326 aa  83.2  0.000000000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  31.11 
 
 		 326 aa  83.2  0.000000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2320  tRNA-dihydrouridine synthase C  32.2 
 
 		 331 aa  82.8  0.000000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  34.57 
 
 		 325 aa  82.4  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1981  NifR3/Smm1 family protein  33.75 
 
 		 323 aa  82.4  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0473795 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1512  dihydrouridine synthase DuS  33.75 
 
 		 323 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0251677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2727  dihydrouridine synthase, DuS  33.53 
 
 		 318 aa  82.8  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.165844  normal  0.161387 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.53 
 
 		 327 aa  82.4  0.00000000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.88 
 
 		 347 aa  82  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  29.73 
 
 		 332 aa  82  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.31 
 
 		 352 aa  81.6  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3779  dihydrouridine synthase, DuS  33.75 
 
 		 323 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.605744 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.63 
 
 		 315 aa  81.6  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  33.11 
 
 		 324 aa  82  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2364  tRNA-dihydrouridine synthase C  32.2 
 
 		 331 aa  81.3  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2324  dihydrouridine synthase, DuS  34.88 
 
 		 323 aa  81.3  0.00000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  32.63 
 
 		 355 aa  81.3  0.00000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7030  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.72 
 
 		 379 aa  81.3  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.417643 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02307  NifR3/Smm1 family protein  32.61 
 
 		 312 aa  81.3  0.00000000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1544  dihydrouridine synthase DuS  33.75 
 
 		 323 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.177604 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  33.71 
 
 		 333 aa  81.3  0.00000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  32.72 
 
 		 347 aa  80.9  0.00000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1302  dihydrouridine synthase, DuS  34.69 
 
 		 318 aa  80.9  0.00000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.905498  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2279  dihydrouridine synthase, DuS  32.93 
 
 		 314 aa  80.9  0.00000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>