More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_1544 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_1544  dihydrouridine synthase DuS  100 
 
 		 323 aa  651    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.177604 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3779  dihydrouridine synthase, DuS  95.36 
 
 		 323 aa  625  1e-178  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.605744 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1981  NifR3/Smm1 family protein  95.67 
 
 		 323 aa  625  1e-178  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0473795 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1512  dihydrouridine synthase DuS  94.74 
 
 		 323 aa  618  1e-176  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0251677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2727  dihydrouridine synthase, DuS  80.77 
 
 		 318 aa  518  1e-146  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.165844  normal  0.161387 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2003  hypothetical protein  78.3 
 
 		 319 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.265323  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23640  hypothetical protein  79.11 
 
 		 319 aa  514  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.963568  hitchhiker  0.00882346 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1882  dihydrouridine synthase, DuS  78.1 
 
 		 319 aa  509  1e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2169  dihydrouridine synthase family protein  72.24 
 
 		 317 aa  486  1e-136  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.506844  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1979  dihydrouridine synthase, DuS  73.72 
 
 		 321 aa  482  1e-135  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.160423 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34320  tRNA-dihydrouridine synthase C  76.03 
 
 		 326 aa  474  1e-133  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1302  dihydrouridine synthase, DuS  57.62 
 
 		 318 aa  349  3e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.905498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3425  dihydrouridine synthase, DuS  55.49 
 
 		 344 aa  345  8e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3192  dihydrouridine synthase, DuS  57.89 
 
 		 342 aa  343  2e-93  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742064  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1255  dihydrouridine synthase, DuS  57.7 
 
 		 323 aa  343  2e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0939064  normal  0.0146388 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02307  NifR3/Smm1 family protein  53.7 
 
 		 312 aa  339  5e-92  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1057  dihydrouridine synthase, DuS  54.33 
 
 		 325 aa  334  1e-90  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1583  dihydrouridine synthase DuS  52.9 
 
 		 326 aa  331  9e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.018372 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1912  dihydrouridine synthase DuS  53.62 
 
 		 318 aa  330  1e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.402938  normal  0.0330373 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3024  dihydrouridine synthase, DuS  52.84 
 
 		 335 aa  331  1e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167542  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1635  hypothetical protein  54.25 
 
 		 326 aa  330  2e-89  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.270741 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1847  dihydrouridine synthase DuS  54.11 
 
 		 340 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323112  normal  0.104761 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2338  putative tRNA-dihydrouridine synthase C, DuS  53.59 
 
 		 340 aa  324  1e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135158  normal  0.172582 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1351  dihydrouridine synthase, DuS  51.57 
 
 		 324 aa  323  2e-87  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1998  dihydrouridine synthase DuS  57.33 
 
 		 336 aa  318  7.999999999999999e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.774292  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2544  dihydrouridine synthase DuS  56.25 
 
 		 338 aa  317  1e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.542055  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2886  dihydrouridine synthase, DuS  50.34 
 
 		 319 aa  314  9.999999999999999e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.014767  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2006  NifR3/Smm1 family protein  48.55 
 
 		 315 aa  312  5.999999999999999e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5201  dihydrouridine synthase DuS  52.55 
 
 		 329 aa  311  6.999999999999999e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2279  dihydrouridine synthase, DuS  46.91 
 
 		 314 aa  311  1e-83  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2915  dihydrouridine synthase, DuS  51.13 
 
 		 310 aa  307  1.0000000000000001e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2452  dihydrouridine synthase, DuS  48.23 
 
 		 315 aa  307  1.0000000000000001e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.334795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1304  RecR protein  48.74 
 
 		 318 aa  305  6e-82  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00113352  normal  0.0322688 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2261  dihydrouridine synthase, DuS  47.91 
 
 		 315 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.214187  normal  0.298412 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2333  dihydrouridine synthase, DuS  47.91 
 
 		 315 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.108163  normal  0.0297059 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2309  dihydrouridine synthase, DuS  46.95 
 
 		 317 aa  300  2e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1762  dihydrouridine synthase DuS  46.62 
 
 		 317 aa  297  1e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0181198  normal  0.0110218 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2581  dihydrouridine synthase DuS  46.62 
 
 		 317 aa  297  1e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.601403  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2622  dihydrouridine synthase DuS  46.62 
 
 		 317 aa  296  2e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0113547  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2388  dihydrouridine synthase, DuS  48.16 
 
 		 319 aa  297  2e-79  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0313315  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0906  NifR3/Smm1 family protein  47.7 
 
 		 310 aa  296  3e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1501  dihydrouridine synthase DuS  47.49 
 
 		 319 aa  295  5e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.944581  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2697  dihydrouridine synthase DuS  46.3 
 
 		 315 aa  295  7e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0155722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1303  NifR3/Smm1 family protein  45.14 
 
 		 322 aa  294  1e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0734085 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2242  dihydrouridine synthase, DuS  46.62 
 
 		 309 aa  293  2e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000197491  hitchhiker  0.000869385 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2414  dihydrouridine synthase, DuS  45.98 
 
 		 314 aa  294  2e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.127595  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1786  dihydrouridine synthase DuS  44.3 
 
 		 315 aa  291  8e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000927227 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2126  dihydrouridine synthase DuS  56.19 
 
 		 339 aa  287  1e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0242432 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02933  hypothetical protein  46 
 
 		 319 aa  287  2e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2859  dihydrouridine synthase, DuS  45.48 
 
 		 308 aa  287  2e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.748261  hitchhiker  0.0000000322781 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2307  dihydrouridine synthase, DuS  46.71 
 
 		 340 aa  284  2.0000000000000002e-75  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.936931 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2004  tRNA-dihydrouridine synthase  48.04 
 
 		 350 aa  282  5.000000000000001e-75  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002975  tRNA-dihydrouridine synthase C  45 
 
 		 319 aa  281  1e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.386043  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2324  dihydrouridine synthase, DuS  45.57 
 
 		 323 aa  271  1e-71  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2152  tRNA-dihydrouridine synthase C  40.38 
 
 		 315 aa  265  5e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2742  tRNA-dihydrouridine synthase C  43.45 
 
 		 310 aa  262  4.999999999999999e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.212051  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1533  tRNA-dihydrouridine synthase C  43.63 
 
 		 310 aa  261  8e-69  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0691  dihydrouridine synthase, DuS  48.97 
 
 		 340 aa  261  1e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1337  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.63 
 
 		 309 aa  259  5.0000000000000005e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2287  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.26 
 
 		 315 aa  259  6e-68  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0065633 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3266  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.26 
 
 		 316 aa  257  2e-67  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0659452 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2887  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.39 
 
 		 314 aa  257  2e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2928  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.99 
 
 		 310 aa  257  2e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1355  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.39 
 
 		 314 aa  257  2e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.15198  hitchhiker  0.0054814 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2409  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.85 
 
 		 312 aa  257  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.021708  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2808  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.39 
 
 		 312 aa  257  2e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02069  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.26 
 
 		 315 aa  256  3e-67  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1518  dihydrouridine synthase DuS  42.26 
 
 		 315 aa  256  3e-67  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02028  hypothetical protein  42.26 
 
 		 315 aa  256  3e-67  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2274  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.26 
 
 		 315 aa  256  3e-67  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2429  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.26 
 
 		 315 aa  256  3e-67  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1508  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.26 
 
 		 315 aa  256  3e-67  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2364  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.85 
 
 		 331 aa  256  5e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2413  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.85 
 
 		 312 aa  255  7e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.167319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2521  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.67 
 
 		 312 aa  255  7e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2320  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.85 
 
 		 331 aa  255  8e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2504  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.99 
 
 		 311 aa  249  4e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1290  tRNA-dihydrouridine synthase C  40.51 
 
 		 309 aa  249  4e-65  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000404902  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2410  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.67 
 
 		 320 aa  242  5e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.148461  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3625  dihydrouridine synthase DuS  38.59 
 
 		 335 aa  232  6e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000203836  decreased coverage  0.0000000672077 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0624  tRNA-dihydrouridine synthase C  55.06 
 
 		 158 aa  186  4e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.011604  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.48 
 
 		 337 aa  145  8.000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.78 
 
 		 350 aa  144  3e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  34.05 
 
 		 334 aa  142  7e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.79 
 
 		 357 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.45 
 
 		 370 aa  139  4.999999999999999e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  31.09 
 
 		 347 aa  138  1e-31  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.7 
 
 		 348 aa  138  1e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2246  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.97 
 
 		 330 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.3377  normal  0.126861 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  35.22 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.62 
 
 		 336 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  29.81 
 
 		 354 aa  135  9.999999999999999e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.62 
 
 		 336 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.67 
 
 		 351 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.08 
 
 		 346 aa  132  5e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  36.36 
 
 		 319 aa  132  1.0000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  37.23 
 
 		 332 aa  131  2.0000000000000002e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  32.76 
 
 		 351 aa  131  2.0000000000000002e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  36.91 
 
 		 356 aa  130  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.46 
 
 		 327 aa  130  3e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>