More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2388 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2388  dihydrouridine synthase, DuS  100 
 
 		 319 aa  662    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0313315  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2309  dihydrouridine synthase, DuS  85.13 
 
 		 317 aa  567  1e-161  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1762  dihydrouridine synthase DuS  85.94 
 
 		 317 aa  565  1e-160  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0181198  normal  0.0110218 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2622  dihydrouridine synthase DuS  85.94 
 
 		 317 aa  565  1e-160  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0113547  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2581  dihydrouridine synthase DuS  85.94 
 
 		 317 aa  565  1e-160  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.601403  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2697  dihydrouridine synthase DuS  85.62 
 
 		 315 aa  562  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0155722  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2452  dihydrouridine synthase, DuS  84.03 
 
 		 315 aa  554  1e-157  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.334795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2414  dihydrouridine synthase, DuS  82.8 
 
 		 314 aa  555  1e-157  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.127595  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2006  NifR3/Smm1 family protein  83.39 
 
 		 315 aa  552  1e-156  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2261  dihydrouridine synthase, DuS  84.52 
 
 		 315 aa  551  1e-156  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.214187  normal  0.298412 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2333  dihydrouridine synthase, DuS  84.52 
 
 		 315 aa  553  1e-156  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.108163  normal  0.0297059 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1303  NifR3/Smm1 family protein  77.96 
 
 		 322 aa  502  1e-141  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0734085 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1501  dihydrouridine synthase DuS  75.08 
 
 		 319 aa  494  9.999999999999999e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.944581  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02307  NifR3/Smm1 family protein  60.06 
 
 		 312 aa  389  1e-107  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1786  dihydrouridine synthase DuS  58.82 
 
 		 315 aa  384  1e-105  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000927227 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2242  dihydrouridine synthase, DuS  57.19 
 
 		 309 aa  379  1e-104  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000197491  hitchhiker  0.000869385 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02933  hypothetical protein  57.28 
 
 		 319 aa  375  1e-103  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2859  dihydrouridine synthase, DuS  56.86 
 
 		 308 aa  375  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.748261  hitchhiker  0.0000000322781 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2915  dihydrouridine synthase, DuS  59.48 
 
 		 310 aa  373  1e-102  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002975  tRNA-dihydrouridine synthase C  58.05 
 
 		 319 aa  367  1e-100  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.386043  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0906  NifR3/Smm1 family protein  55.48 
 
 		 310 aa  364  1e-99  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2279  dihydrouridine synthase, DuS  51.3 
 
 		 314 aa  354  1e-96  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2152  tRNA-dihydrouridine synthase C  54.36 
 
 		 315 aa  347  2e-94  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1355  tRNA-dihydrouridine synthase C  53.5 
 
 		 314 aa  343  2e-93  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.15198  hitchhiker  0.0054814 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2742  tRNA-dihydrouridine synthase C  55.05 
 
 		 310 aa  343  2e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.212051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2887  tRNA-dihydrouridine synthase C  53.5 
 
 		 314 aa  343  2e-93  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2808  tRNA-dihydrouridine synthase C  53.53 
 
 		 312 aa  341  9e-93  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1337  tRNA-dihydrouridine synthase C  54.4 
 
 		 309 aa  338  8e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1290  tRNA-dihydrouridine synthase C  52.46 
 
 		 309 aa  337  1.9999999999999998e-91  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000404902  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2364  tRNA-dihydrouridine synthase C  53.14 
 
 		 331 aa  333  3e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2413  tRNA-dihydrouridine synthase C  53.14 
 
 		 312 aa  332  4e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.167319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2409  tRNA-dihydrouridine synthase C  52.77 
 
 		 312 aa  332  4e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.021708  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1533  tRNA-dihydrouridine synthase C  53.42 
 
 		 310 aa  332  6e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2521  tRNA-dihydrouridine synthase C  53.14 
 
 		 312 aa  332  7.000000000000001e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2320  tRNA-dihydrouridine synthase C  53.14 
 
 		 331 aa  331  8e-90  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2928  tRNA-dihydrouridine synthase C  53.42 
 
 		 310 aa  330  1e-89  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3266  tRNA-dihydrouridine synthase C  53.09 
 
 		 316 aa  329  3e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0659452 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2504  tRNA-dihydrouridine synthase C  53.57 
 
 		 311 aa  328  9e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2287  tRNA-dihydrouridine synthase C  52.44 
 
 		 315 aa  328  9e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0065633 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02069  tRNA-dihydrouridine synthase C  52.44 
 
 		 315 aa  327  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1518  dihydrouridine synthase DuS  52.44 
 
 		 315 aa  327  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2274  tRNA-dihydrouridine synthase C  52.44 
 
 		 315 aa  327  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2410  tRNA-dihydrouridine synthase C  52.56 
 
 		 320 aa  327  1.0000000000000001e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.148461  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1508  tRNA-dihydrouridine synthase C  52.44 
 
 		 315 aa  327  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02028  hypothetical protein  52.44 
 
 		 315 aa  327  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2429  tRNA-dihydrouridine synthase C  52.44 
 
 		 315 aa  327  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1302  dihydrouridine synthase, DuS  48.39 
 
 		 318 aa  308  6.999999999999999e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.905498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3425  dihydrouridine synthase, DuS  49.17 
 
 		 344 aa  308  6.999999999999999e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2727  dihydrouridine synthase, DuS  46.95 
 
 		 318 aa  302  5.000000000000001e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.165844  normal  0.161387 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3192  dihydrouridine synthase, DuS  48.06 
 
 		 342 aa  301  9e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742064  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1512  dihydrouridine synthase DuS  48.49 
 
 		 323 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0251677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3779  dihydrouridine synthase, DuS  48.16 
 
 		 323 aa  298  6e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.605744 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1981  NifR3/Smm1 family protein  48.16 
 
 		 323 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0473795 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1544  dihydrouridine synthase DuS  48.16 
 
 		 323 aa  297  2e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.177604 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1304  RecR protein  49.05 
 
 		 318 aa  295  6e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00113352  normal  0.0322688 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1255  dihydrouridine synthase, DuS  46.95 
 
 		 323 aa  293  3e-78  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0939064  normal  0.0146388 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1979  dihydrouridine synthase, DuS  45.54 
 
 		 321 aa  292  5e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.160423 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2169  dihydrouridine synthase family protein  45.34 
 
 		 317 aa  291  7e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.506844  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1882  dihydrouridine synthase, DuS  47.47 
 
 		 319 aa  290  2e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1057  dihydrouridine synthase, DuS  46.65 
 
 		 325 aa  290  3e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2003  hypothetical protein  46.82 
 
 		 319 aa  289  4e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.265323  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23640  hypothetical protein  46.82 
 
 		 319 aa  287  2e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.963568  hitchhiker  0.00882346 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2338  putative tRNA-dihydrouridine synthase C, DuS  43.77 
 
 		 340 aa  275  5e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135158  normal  0.172582 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1635  hypothetical protein  44.09 
 
 		 326 aa  275  9e-73  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.270741 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2324  dihydrouridine synthase, DuS  46.33 
 
 		 323 aa  275  9e-73  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34320  tRNA-dihydrouridine synthase C  47.02 
 
 		 326 aa  274  1.0000000000000001e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5201  dihydrouridine synthase DuS  43.13 
 
 		 329 aa  273  3e-72  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1351  dihydrouridine synthase, DuS  44.13 
 
 		 324 aa  273  3e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3024  dihydrouridine synthase, DuS  43.52 
 
 		 335 aa  273  3e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167542  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1847  dihydrouridine synthase DuS  44.41 
 
 		 340 aa  273  3e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323112  normal  0.104761 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2544  dihydrouridine synthase DuS  46.6 
 
 		 338 aa  272  5.000000000000001e-72  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.542055  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1583  dihydrouridine synthase DuS  44.87 
 
 		 326 aa  271  1e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.018372 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2004  tRNA-dihydrouridine synthase  44.92 
 
 		 350 aa  270  2.9999999999999997e-71  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2886  dihydrouridine synthase, DuS  44.82 
 
 		 319 aa  266  2.9999999999999995e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.014767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1912  dihydrouridine synthase DuS  44.77 
 
 		 318 aa  265  5.999999999999999e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.402938  normal  0.0330373 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2307  dihydrouridine synthase, DuS  46.06 
 
 		 340 aa  265  7e-70  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.936931 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1998  dihydrouridine synthase DuS  45.82 
 
 		 336 aa  252  7e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.774292  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0691  dihydrouridine synthase, DuS  45.45 
 
 		 340 aa  243  3.9999999999999997e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2126  dihydrouridine synthase DuS  42.99 
 
 		 339 aa  242  6e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0242432 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3625  dihydrouridine synthase DuS  40.71 
 
 		 335 aa  240  2.9999999999999997e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000203836  decreased coverage  0.0000000672077 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0624  tRNA-dihydrouridine synthase C  65.07 
 
 		 158 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.011604  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.3 
 
 		 337 aa  163  3e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.39 
 
 		 357 aa  152  5.9999999999999996e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0623  hypothetical protein  45.21 
 
 		 157 aa  150  3e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.114513  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.19 
 
 		 350 aa  150  4e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  31.31 
 
 		 334 aa  149  5e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  41.74 
 
 		 347 aa  149  7e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  38.2 
 
 		 319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.81 
 
 		 330 aa  147  2.0000000000000003e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.49 
 
 		 354 aa  147  3e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  32.6 
 
 		 330 aa  147  3e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  33.85 
 
 		 343 aa  145  8.000000000000001e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.29 
 
 		 343 aa  144  2e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  30.45 
 
 		 342 aa  143  3e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.03 
 
 		 370 aa  143  5e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.11 
 
 		 347 aa  141  9.999999999999999e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.44 
 
 		 327 aa  140  1.9999999999999998e-32  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  34.98 
 
 		 351 aa  141  1.9999999999999998e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.18 
 
 		 336 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.18 
 
 		 336 aa  141  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>