More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcryo_2307 on replicon NC_007969
Organism: Psychrobacter cryohalolentis K5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007969  Pcryo_2307  dihydrouridine synthase, DuS  100 
 
 
340 aa  707    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.936931 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2004  tRNA-dihydrouridine synthase  87.83 
 
 
350 aa  616  1e-175  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2324  dihydrouridine synthase, DuS  73.12 
 
 
323 aa  496  1e-139  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1979  dihydrouridine synthase, DuS  46.65 
 
 
321 aa  298  8e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.160423 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2169  dihydrouridine synthase family protein  46.71 
 
 
317 aa  294  2e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.506844  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1981  NifR3/Smm1 family protein  47.34 
 
 
323 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0473795 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3779  dihydrouridine synthase, DuS  47.02 
 
 
323 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.605744 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2003  hypothetical protein  47.32 
 
 
319 aa  285  7e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.265323  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1544  dihydrouridine synthase DuS  46.71 
 
 
323 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.177604 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1512  dihydrouridine synthase DuS  45.77 
 
 
323 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0251677  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23640  hypothetical protein  47 
 
 
319 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.963568  hitchhiker  0.00882346 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1057  dihydrouridine synthase, DuS  46.03 
 
 
325 aa  283  3.0000000000000004e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2727  dihydrouridine synthase, DuS  46.08 
 
 
318 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.165844  normal  0.161387 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0906  NifR3/Smm1 family protein  48.9 
 
 
310 aa  280  2e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02307  NifR3/Smm1 family protein  45.65 
 
 
312 aa  278  7e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1501  dihydrouridine synthase DuS  44.59 
 
 
319 aa  276  3e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.944581  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2414  dihydrouridine synthase, DuS  46.86 
 
 
314 aa  276  3e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.127595  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3192  dihydrouridine synthase, DuS  46.01 
 
 
342 aa  272  5.000000000000001e-72  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742064  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1255  dihydrouridine synthase, DuS  47.12 
 
 
323 aa  272  5.000000000000001e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0939064  normal  0.0146388 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1882  dihydrouridine synthase, DuS  47.25 
 
 
319 aa  268  7e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2333  dihydrouridine synthase, DuS  44.79 
 
 
315 aa  268  8.999999999999999e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.108163  normal  0.0297059 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1303  NifR3/Smm1 family protein  42.95 
 
 
322 aa  267  2e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0734085 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1302  dihydrouridine synthase, DuS  46.18 
 
 
318 aa  266  2.9999999999999995e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.905498  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2452  dihydrouridine synthase, DuS  44.24 
 
 
315 aa  266  4e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.334795  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2261  dihydrouridine synthase, DuS  44.48 
 
 
315 aa  265  5.999999999999999e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.214187  normal  0.298412 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2388  dihydrouridine synthase, DuS  46.06 
 
 
319 aa  265  8e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0313315  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2242  dihydrouridine synthase, DuS  43.04 
 
 
309 aa  265  1e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000197491  hitchhiker  0.000869385 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2006  NifR3/Smm1 family protein  44.48 
 
 
315 aa  264  2e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2309  dihydrouridine synthase, DuS  43.53 
 
 
317 aa  264  2e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3425  dihydrouridine synthase, DuS  45.28 
 
 
344 aa  263  2e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2152  tRNA-dihydrouridine synthase C  44.94 
 
 
315 aa  264  2e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2915  dihydrouridine synthase, DuS  44.13 
 
 
310 aa  262  6e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2581  dihydrouridine synthase DuS  42.9 
 
 
317 aa  261  2e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.601403  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2886  dihydrouridine synthase, DuS  44.22 
 
 
319 aa  260  2e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.014767  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1762  dihydrouridine synthase DuS  42.9 
 
 
317 aa  261  2e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0181198  normal  0.0110218 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002975  tRNA-dihydrouridine synthase C  44.79 
 
 
319 aa  259  3e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.386043  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2622  dihydrouridine synthase DuS  42.9 
 
 
317 aa  260  3e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0113547  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2697  dihydrouridine synthase DuS  43.22 
 
 
315 aa  259  7e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0155722  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2279  dihydrouridine synthase, DuS  43.31 
 
 
314 aa  258  9e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34320  tRNA-dihydrouridine synthase C  46.75 
 
 
326 aa  256  3e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02933  hypothetical protein  43.85 
 
 
319 aa  256  4e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1304  RecR protein  45.31 
 
 
318 aa  255  7e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00113352  normal  0.0322688 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3625  dihydrouridine synthase DuS  41.59 
 
 
335 aa  255  7e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000203836  decreased coverage  0.0000000672077 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2859  dihydrouridine synthase, DuS  42.99 
 
 
308 aa  253  3e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.748261  hitchhiker  0.0000000322781 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1847  dihydrouridine synthase DuS  43.73 
 
 
340 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323112  normal  0.104761 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1786  dihydrouridine synthase DuS  41.98 
 
 
315 aa  251  9.000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000927227 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1583  dihydrouridine synthase DuS  44.59 
 
 
326 aa  251  1e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.018372 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2338  putative tRNA-dihydrouridine synthase C, DuS  41.9 
 
 
340 aa  248  1e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135158  normal  0.172582 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1635  hypothetical protein  42.27 
 
 
326 aa  248  2e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.270741 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3024  dihydrouridine synthase, DuS  43.33 
 
 
335 aa  247  2e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167542  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5201  dihydrouridine synthase DuS  43.21 
 
 
329 aa  247  2e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2413  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.59 
 
 
312 aa  245  9.999999999999999e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.167319  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2287  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.59 
 
 
315 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0065633 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2544  dihydrouridine synthase DuS  45.51 
 
 
338 aa  244  1.9999999999999999e-63  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.542055  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2364  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.27 
 
 
331 aa  243  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1912  dihydrouridine synthase DuS  44.33 
 
 
318 aa  243  3e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.402938  normal  0.0330373 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2320  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.27 
 
 
331 aa  243  3.9999999999999997e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2409  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.06 
 
 
312 aa  242  7.999999999999999e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.021708  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1351  dihydrouridine synthase, DuS  42.59 
 
 
324 aa  241  1e-62  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2521  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.96 
 
 
312 aa  241  1e-62  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3266  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.96 
 
 
316 aa  240  2e-62  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0659452 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02069  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.96 
 
 
315 aa  239  4e-62  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2274  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.96 
 
 
315 aa  239  4e-62  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1518  dihydrouridine synthase DuS  41.96 
 
 
315 aa  239  4e-62  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1508  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.96 
 
 
315 aa  239  4e-62  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02028  hypothetical protein  41.96 
 
 
315 aa  239  4e-62  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2410  tRNA-dihydrouridine synthase C  40.57 
 
 
320 aa  239  5e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.148461  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2429  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.96 
 
 
315 aa  239  5.999999999999999e-62  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1290  tRNA-dihydrouridine synthase C  40.25 
 
 
309 aa  239  5.999999999999999e-62  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000404902  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1355  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.96 
 
 
314 aa  238  9e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.15198  hitchhiker  0.0054814 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2887  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.96 
 
 
314 aa  238  9e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2808  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.96 
 
 
312 aa  238  1e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1533  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.17 
 
 
310 aa  237  3e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2928  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.67 
 
 
310 aa  236  3e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1337  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.31 
 
 
309 aa  235  1.0000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2742  tRNA-dihydrouridine synthase C  40.69 
 
 
310 aa  234  2.0000000000000002e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.212051  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1998  dihydrouridine synthase DuS  42.76 
 
 
336 aa  232  6e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.774292  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2504  tRNA-dihydrouridine synthase C  40.33 
 
 
311 aa  230  3e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2126  dihydrouridine synthase DuS  43.77 
 
 
339 aa  226  5.0000000000000005e-58  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0242432 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0691  dihydrouridine synthase, DuS  42.37 
 
 
340 aa  204  2e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0624  tRNA-dihydrouridine synthase C  53.46 
 
 
158 aa  172  5.999999999999999e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.011604  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.6 
 
 
357 aa  147  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2818  NifR3 family TIM-barrel protein  38.27 
 
 
342 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.404964 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3045  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.27 
 
 
342 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  35 
 
 
337 aa  140  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2936  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.5 
 
 
342 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.123806  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.21 
 
 
328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  32.4 
 
 
334 aa  134  1.9999999999999998e-30  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.47 
 
 
350 aa  133  5e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.52 
 
 
330 aa  130  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  32.04 
 
 
330 aa  130  3e-29  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  30.54 
 
 
333 aa  130  3e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.59 
 
 
352 aa  130  4.0000000000000003e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.73 
 
 
347 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1130  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.42 
 
 
356 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353247  normal  0.37183 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4131  nifR3 family TIM-barrel protein  35.29 
 
 
349 aa  130  4.0000000000000003e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.314092  normal  0.627654 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  32.3 
 
 
351 aa  129  6e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  35.89 
 
 
320 aa  129  9.000000000000001e-29  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  34.45 
 
 
347 aa  128  2.0000000000000002e-28  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.1 
 
 
347 aa  127  2.0000000000000002e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>