More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3024 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3024  dihydrouridine synthase, DuS  100 
 
 		 335 aa  672    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.167542  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1302  dihydrouridine synthase, DuS  72.51 
 
 		 318 aa  470  1.0000000000000001e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.905498  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3425  dihydrouridine synthase, DuS  69.49 
 
 		 344 aa  461  9.999999999999999e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1255  dihydrouridine synthase, DuS  66.67 
 
 		 323 aa  431  1e-120  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0939064  normal  0.0146388 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3192  dihydrouridine synthase, DuS  65.86 
 
 		 342 aa  420  1e-116  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.742064  normal  0.427148 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2544  dihydrouridine synthase DuS  65.65 
 
 		 338 aa  400  9.999999999999999e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.542055  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5201  dihydrouridine synthase DuS  61.75 
 
 		 329 aa  394  1e-108  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2126  dihydrouridine synthase DuS  62.31 
 
 		 339 aa  343  2e-93  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0242432 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1981  NifR3/Smm1 family protein  53.43 
 
 		 323 aa  332  4e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.376229  normal  0.0473795 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3779  dihydrouridine synthase, DuS  53.13 
 
 		 323 aa  333  4e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.605744 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1544  dihydrouridine synthase DuS  52.84 
 
 		 323 aa  331  1e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.177604 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1512  dihydrouridine synthase DuS  52.84 
 
 		 323 aa  329  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0251677  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1882  dihydrouridine synthase, DuS  52.4 
 
 		 319 aa  328  6e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2338  putative tRNA-dihydrouridine synthase C, DuS  52.45 
 
 		 340 aa  322  6e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135158  normal  0.172582 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2727  dihydrouridine synthase, DuS  52.5 
 
 		 318 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.165844  normal  0.161387 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2169  dihydrouridine synthase family protein  52.5 
 
 		 317 aa  320  3e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.506844  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1583  dihydrouridine synthase DuS  51.24 
 
 		 326 aa  320  3e-86  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.018372 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1979  dihydrouridine synthase, DuS  52.19 
 
 		 321 aa  318  1e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.160423 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1847  dihydrouridine synthase DuS  51.53 
 
 		 340 aa  317  2e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323112  normal  0.104761 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1635  hypothetical protein  51.84 
 
 		 326 aa  317  3e-85  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.270741 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1351  dihydrouridine synthase, DuS  51.52 
 
 		 324 aa  316  3e-85  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23640  hypothetical protein  50.45 
 
 		 319 aa  315  5e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.963568  hitchhiker  0.00882346 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1998  dihydrouridine synthase DuS  54.52 
 
 		 336 aa  315  6e-85  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.774292  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2003  hypothetical protein  50.45 
 
 		 319 aa  315  6e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.265323  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1912  dihydrouridine synthase DuS  51.1 
 
 		 318 aa  312  3.9999999999999997e-84  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.402938  normal  0.0330373 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1057  dihydrouridine synthase, DuS  47.24 
 
 		 325 aa  311  1e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02307  NifR3/Smm1 family protein  48.51 
 
 		 312 aa  306  4.0000000000000004e-82  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2886  dihydrouridine synthase, DuS  48.29 
 
 		 319 aa  300  2e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.014767  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34320  tRNA-dihydrouridine synthase C  55.31 
 
 		 326 aa  300  2e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2242  dihydrouridine synthase, DuS  46.04 
 
 		 309 aa  294  1e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000197491  hitchhiker  0.000869385 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0906  NifR3/Smm1 family protein  45.65 
 
 		 310 aa  291  1e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2915  dihydrouridine synthase, DuS  48.35 
 
 		 310 aa  291  1e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1762  dihydrouridine synthase DuS  45.12 
 
 		 317 aa  287  1e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0181198  normal  0.0110218 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2006  NifR3/Smm1 family protein  44.82 
 
 		 315 aa  288  1e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2581  dihydrouridine synthase DuS  45.12 
 
 		 317 aa  287  1e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.601403  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2622  dihydrouridine synthase DuS  45.12 
 
 		 317 aa  287  2e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0113547  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2452  dihydrouridine synthase, DuS  43.9 
 
 		 315 aa  285  8e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.334795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2261  dihydrouridine synthase, DuS  43.9 
 
 		 315 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.214187  normal  0.298412 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2279  dihydrouridine synthase, DuS  46.27 
 
 		 314 aa  283  2.0000000000000002e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1786  dihydrouridine synthase DuS  43.9 
 
 		 315 aa  283  3.0000000000000004e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000927227 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1303  NifR3/Smm1 family protein  44.06 
 
 		 322 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0734085 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2333  dihydrouridine synthase, DuS  43.6 
 
 		 315 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.108163  normal  0.0297059 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2309  dihydrouridine synthase, DuS  45 
 
 		 317 aa  281  1e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2697  dihydrouridine synthase DuS  44.21 
 
 		 315 aa  281  2e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0155722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1501  dihydrouridine synthase DuS  44.38 
 
 		 319 aa  279  6e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.944581  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2859  dihydrouridine synthase, DuS  45.12 
 
 		 308 aa  278  7e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.748261  hitchhiker  0.0000000322781 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2414  dihydrouridine synthase, DuS  43.2 
 
 		 314 aa  278  7e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.127595  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2388  dihydrouridine synthase, DuS  43.52 
 
 		 319 aa  273  3e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0313315  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1304  RecR protein  44.25 
 
 		 318 aa  272  7e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00113352  normal  0.0322688 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02933  hypothetical protein  42.81 
 
 		 319 aa  260  2e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002975  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.22 
 
 		 319 aa  259  4e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.386043  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2152  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.3 
 
 		 315 aa  254  1.0000000000000001e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2364  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.69 
 
 		 331 aa  254  2.0000000000000002e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2320  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.69 
 
 		 331 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2413  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.69 
 
 		 312 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.167319  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2521  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.69 
 
 		 312 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2409  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.69 
 
 		 312 aa  252  5.000000000000001e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.021708  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02069  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.69 
 
 		 315 aa  250  2e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1518  dihydrouridine synthase DuS  41.69 
 
 		 315 aa  250  2e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2004  tRNA-dihydrouridine synthase  43.03 
 
 		 350 aa  250  2e-65  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02028  hypothetical protein  41.69 
 
 		 315 aa  250  2e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2274  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.69 
 
 		 315 aa  250  2e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2287  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.69 
 
 		 315 aa  251  2e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0065633 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1508  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.69 
 
 		 315 aa  250  2e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2742  tRNA-dihydrouridine synthase C  42.3 
 
 		 310 aa  249  3e-65  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.212051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3266  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.69 
 
 		 316 aa  249  4e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0659452 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2429  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.39 
 
 		 315 aa  248  1e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2307  dihydrouridine synthase, DuS  43.33 
 
 		 340 aa  247  2e-64  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.936931 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1337  tRNA-dihydrouridine synthase C  40.77 
 
 		 309 aa  244  1.9999999999999999e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1290  tRNA-dihydrouridine synthase C  39.82 
 
 		 309 aa  243  3e-63  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.0000404902  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2324  dihydrouridine synthase, DuS  43.17 
 
 		 323 aa  242  6e-63  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.571719 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2504  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.67 
 
 		 311 aa  242  6e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1533  tRNA-dihydrouridine synthase C  40.79 
 
 		 310 aa  242  6e-63  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2928  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.07 
 
 		 310 aa  242  6e-63  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2808  tRNA-dihydrouridine synthase C  39.88 
 
 		 312 aa  241  1e-62  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2887  tRNA-dihydrouridine synthase C  39.88 
 
 		 314 aa  241  1e-62  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1355  tRNA-dihydrouridine synthase C  39.88 
 
 		 314 aa  241  1e-62  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.15198  hitchhiker  0.0054814 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2410  tRNA-dihydrouridine synthase C  41.07 
 
 		 320 aa  239  4e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.148461  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0691  dihydrouridine synthase, DuS  45.66 
 
 		 340 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3625  dihydrouridine synthase DuS  38.44 
 
 		 335 aa  233  3e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000203836  decreased coverage  0.0000000672077 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0624  tRNA-dihydrouridine synthase C  57.89 
 
 		 158 aa  178  1e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.011604  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.39 
 
 		 347 aa  146  4.0000000000000006e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.2 
 
 		 337 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  30.79 
 
 		 347 aa  144  3e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  34.62 
 
 		 334 aa  141  1.9999999999999998e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.26 
 
 		 357 aa  139  6e-32  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.06 
 
 		 350 aa  139  7e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.12 
 
 		 354 aa  138  1e-31  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.9 
 
 		 346 aa  138  1e-31  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  33.85 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.47 
 
 		 327 aa  136  6.0000000000000005e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.43 
 
 		 348 aa  135  9.999999999999999e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1530  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.55 
 
 		 380 aa  134  1.9999999999999998e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.85935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.61 
 
 		 370 aa  134  3e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  34.43 
 
 		 322 aa  133  5e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  31.85 
 
 		 351 aa  130  4.0000000000000003e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.75 
 
 		 352 aa  129  7.000000000000001e-29  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2773  hypothetical protein  38.69 
 
 		 328 aa  129  7.000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.77 
 
 		 336 aa  129  9.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.77 
 
 		 336 aa  129  9.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>